SSR多态性信息含量(PIC)对大麦糖化力的选择效果

通过检测103份贵州地方栽培大麦(Hordeum vulgare L.)的糖化力和麦芽无水浸提率,并在此基础上选择22对麦芽品质紧密连锁的SSR引物进行遗传标记。不同糖化力群体的引物多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)的分析结果表明,与低糖化力群体相比,高糖化力种群具有丰富的谱带信息和更高的PIC参数(包括平均等位位点数、PIC平均值、PIC值大于0.5的比例和PIC值大于0.5的平均等位位点数),表明大麦的高糖化力可能与数量性状的基因加性效应有关,也提示了麦芽品质紧密连锁的SSR位点可作为大麦糖化力分子辅助选择(marker assisted selection,MAS)的候选指标。

多态信息量(PIC)等于杂合度吗?

多态信息量用于连锁分析时对标志基因(或标志序列)的多态性估计,杂合度则用于群体遗传学上对群体多态性的描述;前者主要服务于基因定位和产前诊断,而后者则可对进化因子的效应予以分析,两者不仅含义不同,而且往往值也不同.本文对上述问题进行了分析并提出了自已的一些看法.

也迷里鸡微卫星遗传多样性分析

【目的】研究也迷里鸡遗传多样性变化及世代间遗传分化,为也迷里鸡品种选育提供理论依据。【方法】利用15个微卫星位点对也迷里鸡2个世代共4个群体(G_(1):1世代公鸡、G_(2):2世代公鸡、M _(1):1世代母鸡、M _(2):2世代母鸡)进行遗传多样性分析。【结果】15个微卫星位点在120个个体中共检测到102个等位基因,每个位点平均等位基因数(Na)为6.8个。各位点的期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)平均值分别为0.708和0.660。平均多态信息含量(PIC)较高(0.661),表现为高度多态性。F-统计量中群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)和群体间遗传分化系数(Fst)平均值分别为0.051、0.070和0.020,也迷里鸡群体的近交程度低、遗传分化不明显。群体基因流MCW0216位点最大(29.689),LEI0166位点最小(6.192),各位点平均基因流(Nm)为15.091,4个群体间存在高度的基因交流。也迷里鸡4个群体按遗传距离被分为2类。【结论】也迷里鸡具有较大的选择潜力,拥有丰富的遗传多样性。

两种凝胶电泳系统对SSR标记多态性的影响

利用 35个SSR引物和 14个玉米自交系直接比较了 3%Metaphor琼脂糖凝胶和 12 %聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR位点多态性水平的影响。结果表明 ,两种凝胶系统检测出的等位基因数目和基因多态性水平存在显著差异 ,12 %聚丙烯酰胺凝胶在区分微小差异片段能力上明显高于 3%Metaphor琼脂糖凝胶。另一方面在两种电泳检测系统下 ,14个自交系之间的遗传相似系数相关性 (r =0 516)达到了极显著水平 (P <0 0 1)。在 10个具有最大多态性信息量的SSR引物中 ,8个在两种凝胶系统中保持相同。利用 8个引物可以对供试自交系进行初步鉴定。笔者认为 ,3%Metaphor琼脂糖凝胶电泳比较适合在遗传作图或基因定位研究中应用 ;而在品种指纹图谱分析或遗传多样性研究中 ,应采用 12

中国大豆主产区不同年代大面积种植品种的遗传多样性分析

利用与大豆产量、品质、抗逆性、适应性等重要性状相关的125对SSR标记对中国大豆主产区东北和黄淮海地区自20世纪40年代以来大面积种植的89个大豆品种进行遗传多样性分析。结果表明,自北向南大面积种植品种SSR标记的多态性呈逐渐升高的趋势,黑龙江北部、黑龙江中南部、吉林辽宁地区和黄淮海地区大面积种植品种标记的多态性信息含量(PIC)依次为0.414、0.469、0.522和0.562。除黑龙江北部以外,其余3个地区20世纪80年代以来大面积种植品种的多态性信息含量均比80年代以前种植的品种高。根据Nei和Li提出的遗传相似系数对供试品种进行聚类分析,发现除黄淮海北部地区的冀豆12外,东北和黄淮海地区大面积种植品种各自聚成一类,而在东北地区品种中,吉林辽宁地区和黑龙江地区的品种归属不同亚类,表明同一区域内大面积种植品种的同质化现象相当明显。

辽宁省主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了37份玉米自交系的遗传多样性,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。这70对引物在供试材料中检测出260个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.71个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.157～0.813,平均为0.564。37份自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.69～0.89。UPGMA聚类分析结果表明,37份供试自交系划分为6个类群,分类结果与系谱来源基本一致。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。

四川省常用玉米自交系SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了33个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出72对扩增产物具有稳定多态性的引物.72对引物在供试材料中共检测出289个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均4.01个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.277～0.792之间,平均为0.599.33个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.5866～0.9247,平均为0.7056.UPGMA聚类分析结果表明,33个供试自交系划分为4大类,其中第Ⅰ类又分为6个亚类,分类结果与系谱来源基本一致,而且类间平均遗传相似系数均小于类内平均遗传相似系数,表明分类是合理的;同时生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的大类或亚类;研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析,并用于杂种优势群的划分.本研究还筛选出14对不仅带型稳定、重复性好,而且PIC值较高的引物组成核心引物,可以对供试材料进行初步分析,并认为选用大约50对以上扩增产物稳定、多态性高的引物,对供试材料进行分析就可获得较可靠的划类结果.

草棉EST-SSRs的遗传评价

根据GenBank中公布的247条草棉EST序列,搜索SSR并进行引物设计。其中的25条序列含有27个SSR,1～6碱基重复类型都存在,二碱基和三碱基重复的频率较高。为了明确在A、D和AD基因组中的可转移性,依据25条序列共设计25对EST-SSR引物,其中22对引物扩增出清晰可辨的DNA条带,产生92个多态性片段,平均每对引物产生3.64个多态性片段。引物的多态性信息含量(PIC)在0.49～0.91之间,平均为0.81。6对引物在BC1种间作图群体[(鄂棉22×Pima3-79)×鄂棉22]中表现多态性,产生7个多态性位点,其中5个为共显性,2个为显性。除HAU230b标记在BC1分离群体中不符合孟德尔式分离比例,其余引物表现正常分离。6个位点被整合到陆地棉和海岛棉种间BC1遗传连锁图谱上的6条染色体:有4个位于A亚基因组的4条染色体上(Chr.6、10、11和12),2个位于D亚基因组的2条染色体(Chr.19和20)。

东北地区主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用70对扩增产物具有稳定多态性的SSR标记研究了66份玉米自交系的遗传多态性。70对引物在供试材料中共检测出273个等位基因变异，每对引物检测等位基因2—7个，平均3．9个，每个位点的多态性信息量（HC）变化于0．121—0．814之间，平均0．584。66份自交系之间的遗传相似系数变化范围0．70-0．93。UPGMA聚类分析结果表明，66份供试自交系划分为5个类群，分类结果与系谱来源基本一致，东北地区生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。

草鱼Ⅰ型微卫星标记的发掘及其多态性检测

表达序列标签(EST)是发掘Ⅰ型微卫星标记的重要资源。研究运用生物信息学方法,从草鱼头肾组织3027条EST序列中搜索到322个微卫星位点,占整个EST数据库的10.6%。其中,二核苷酸重复位点151个(46.9%),三核苷酸重复位点137个(42.5%),四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的50.3%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的40.4%,AT和GC重复较少。10个微卫星位点的多态性检测结果显示,4个位点在草鱼测试群体中呈多态性,多态性位点的平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.5236和0.5441,其中,2个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现高度多态性特征。Ⅰ型微卫星标记将为草鱼遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的基因分子标记。

SSR分子标记在玉米杂种优势群划分中的应用

利用SSR标记研究了20个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。70对引物在供试材料中共检测出270个等位基因变异,每对引物检测到等位基因2～6个,平均3.86个,多态性信息含量变化范围为0.26～0.80,平均多态性信息量为0.59。20个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.5946～0.7711,平均为0.6601。UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为5群,分类结果与系谱基本一致,划群后群间平均距离大于群内平均距离,群间平均产量大于群内平均产量。SSR标记可以进行玉米自交系遗传变异分析,并用于杂种优势群的划分。

复等位基因平衡群体熵的性质

研究了复等位基因平衡群体熵的性质 ,并与基因多样度 D、相对信息多样度 S′(A)、相对纯合度信息多样度 S′ J(A)、相对杂合度信息多样度 S′ H(A)及多态信息含量 PIC进行了比较研究。结果表明 ,在表征基因变异与遗传变异上 ,信息论方法与统计学方法具有一致性 。

猕猴桃野生居群的SSR分析初报

采用SSR分子标记技术对我国猕猴桃的2个商业栽培物种——中华猕猴桃和美味猕猴桃的9个天然居群(共221个样)的遗传多样性进行了初步分析。通过对14对猕猴桃引物的筛选,8对重现性好的引物扩增结果表现出良好的多态性。在8个多态性位点上共获得222个等位基因。居群等位基因平均数A=17.3,多态位点百分率P=100,多态信息指数PIC为0.87～0.96,显示出我国的猕猴桃野生居群具有极高的遗传多样性。中华猕猴桃和美味猕猴桃野生居群拥有高比例的共同等位基因,反映出二者的亲缘关系极近。

山东省地方绵羊品种微卫星遗传多态性

利用24个微卫星标记，分析了山东省内原有地方绵羊品种的遗传多样性．结果表明，在来自4个品种共71个种群的164只绵羊中，共检测到等位基因467个，有效等位基因占49．59％，不同微卫星基因座之间的等位基因数差异大于品种之间的差异；发现特有等位基因123个，优势等位基因43个．在所有微卫星基因座中，89％处于Hardy-Weinberg不平衡状态，有50％属于中性基因座．不同品种的微卫星基因座多态信息含量呈高度多态（PIC〉0．5），Shannon指数较高（I〉1．5），平均观察杂合度（范围0．454～0．560）明显低于期望杂合度（范围0．831～0．849），证明4个地方绵羊种群具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传基础，但品种内存在着一定程度的近交．聚类分析表明，山东地方绵羊品种遗传进化关系明确，可划分为鲁西地区的小尾寒羊和大尾寒羊、鲁东地区的山地绵羊和洼地绵羊两大类群，其遗传距离与地理分布距离相一致．

尼西鸡遗传多样性微卫星标记分析

尼西鸡抗病力强,产蛋性能高,适应高海拔及寒冷的气候条件,是具有独特群体遗传特性的高原地方鸡种。为了对其有效保护和合理利用提供遗传背景资料,筛选了家鸡基因组24条染色体上的33个微卫星标记,对随机选取的50个尼西鸡个体进行多态性检测,共检测到122个等位基因,每个座位平均等位基因数为3·7个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0·5514和0·6350,大染色体较小染色体的微卫星多态性程度高。表明尼西鸡属多态性较丰富的群体。

中国地方鸡种资源不同保种方法的分子检测

采用13对高度多态的微卫星标记对我国7个受国家重点保护的地方鸡种的原地保护和异地保存两种活体保种方法的保种效果进行了检测,计算了各品种的遗传杂合度和多态信息含量,比较了各品种在不同保种方法之间的遗传参数。结果表明:7个品种在两种保种方法中都有高度多态性,但异地保存的品种的多态性较原地保护的品种的多态性要多;虽然两种方法的保种效果较好,但是原地保护和异地保存之间在同一品种内的遗传变异并不相同。

微卫星DNA检测近交系五指山小型猪(WZSP)群体遗传结构

通过评价五指山小型猪(WZSP)近交系世代间的群体遗传结构和遗传变异的变化,为该品种早日用于实验动物研究提供可靠的理论依据。本试验先后采集五指山小型猪(WZSP)近交系F14-F16共50个个体DNA材料,利用不同染色体上的9个微卫星DNA标记对WZSP近交系群体中的3个家系进行了研究。试验结果证实,所检测的微卫星基因座有1-3个等位基因,各基因座等位基因频率在0.1250-1.0000之间,杂合度处于0.0000-0.6226之间,多态信息含量为0.0000-0.5480;平均杂合度为0.3849,平均多态信息含量为0.3270。3个家系在9个微卫星基因座的平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.2934、0.2075、0.3005和0.2227、0.1588、0.2408。结果表明,WZSP已成为一个稳定的遗传群体,WZSP实验动物化培育已取得长足的进展。同时也从分子遗传学水平上证实WZSP近交繁育的可靠性,为WZSP近交系的开发利用提供了理论依据。

三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记的发掘及多态性分析

为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点。结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少。挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.57和0.63。其中6个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现较高多态性特征。研究表明,基于三疣梭子蟹EST数据发掘Ⅰ型微卫星标记的方法切实可行。本研究发掘的Ⅰ型微卫星标记将为三疣梭子蟹遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的分子标记。

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。

盐津乌骨鸡微卫星DNA多态性研究

筛选了33对微卫星引物对盐津乌骨鸡的53个个体进行了遗传多样性检测分析,共检测到136条DNA片段,每个座位观察等位基因数从2个到8个不等,群体等位基因数平均为4.12个,平均有效等位基因数为3.18,平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.6232和0.5712。以上数据表明:盐津乌骨鸡群体遗传多态性较高。