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获得构建miRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法
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作者 李嘉熙 宋刘梅 +6 位作者 王美晨 蓝茜 李玥 刘莉 王璇 韩燕 李冬民 《中国医学教育技术》 2013年第5期546-549,共4页
近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase&... 近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase"数据库获得pre-miRNA在"Ensembl"数据库的位置链接;然后在"Ensembl"数据库内获得pre-miRNA在基因组上的位置及碱基序列;最后在pre-miRNA序列导出窗口5'和3'侧翼序列输入框内填写所需侧翼序列的长度,进而获得pre-miRNA及其侧翼的DNA序列。 展开更多
关键词 “miRBase”数据库 “Ensembl”数据库 成熟miRNA miRNA前体(precursormicroRNA pre-mirna) pre-mirna侧翼
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大豆Pre-miRNAs作为内参基因在盐碱胁迫下的表达稳定性分析 被引量:4
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作者 周永刚 王骐 +11 位作者 刘伟灿 邓宇 李晰亮 靳京 邓文波 赵利旦 王兴超 王南 王法微 李晓薇 董园园 李海燕 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第1期61-67,共7页
【目的】对比大豆Pre-miRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性,筛选出适合盐、碱胁迫条件下RT-qPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的Pre-miRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因,通过RT-qPCR的方法,利用Ge... 【目的】对比大豆Pre-miRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性,筛选出适合盐、碱胁迫条件下RT-qPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的Pre-miRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因,通过RT-qPCR的方法,利用GeNorm和NormFinder软件,评价了10个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR166和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是FboX;根中表达最稳定的基因组合是Act11和EF1A,表达最稳定的单一基因是Act11。大豆碱胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR393和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是Pre-miR393;根中表达最稳定的基因组合是Act11和60S,表达最稳定的单一基因是Pre-miR172。【结论】大豆Pre-miRNAs可以与传统内参基因一样作为内参定量目的基因。 展开更多
关键词 大豆 盐胁迫 碱胁迫 荧光定量PCR pre-mirnas(前体miRNAs) 内参基因
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基于具有多茎环特征GA-SVM的人类Pre-miRNA的预测研究
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作者 熊大鹏 刘蓉杰 +4 位作者 胡凯 谭艳平 张园 唐广宇 曾寅 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1174-1178,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,... MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征,将遗传算法(GA)与支持向量机(SVM)结合以进行特征选择,同时优化SVM分类器模型参数(c,g),并对数据集的不平衡性进行处理,构造出新的分类器.本文采用人类pre-miRNA作为研究数据集,通过5折交叉验证,实验结果显示,新的分类器能够有效地提高预测精度. 展开更多
关键词 pre-mirna 多分枝茎环结构 计算预测 遗传算法(GA) 支持向量机(SVM)
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Relationship between Mutations in DNA Sequences Loci Coding Pre-miRNAs and Genes Related to Biogenesis of SncRNAs with MiRNA Expression in Endometrial Carcinoma Tissues
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作者 Massimiliano Chetta Angela Cordella +3 位作者 Giuseppina Bruno Maurizio Guida Alessandro Weisz Maria Ravo 《Journal of Environmental Science and Engineering(B)》 2015年第7期372-379,共8页
关键词 子宫内膜癌 miRNA DNA序列 前体基因 生物合成 癌组织 突变位点 编码
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8种模式生物的miRNA比较分析 被引量:2
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作者 冯世鹏 刘梦佳 《生物技术通讯》 CAS 2016年第5期629-633,共5页
目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物... 目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物种成熟miRNA序列长度均约为22 nt,植物miRNA长度分布范围较动物更集中;而pre-miRNA则相反,植物pre-miRNA的长度变异远大于动物;各物种miRNA序列第一个碱基倾向于U,而其他位点的碱基在不同物种间变异较大;miRNA的保守性有一定的范围,不存在在所有物种中均保守的miRNA。结论:找到了miRNA间的一些共同点及差异点,可为后续miRNA鉴定注释提供借鉴。 展开更多
关键词 MIRNA pre-mirna 保守性 GC含量 碱基偏好性
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文心兰25条miRNA前体序列特性及其表达分析 被引量:4
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作者 王培育 王丛巧 +4 位作者 张舒婷 王雪晶 叶炜 赖钟雄 林玉玲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1587-1597,共11页
为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-miRNAs在文心兰不同组织部位及... 为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-miRNAs在文心兰不同组织部位及软腐病侵染的假鳞茎中的表达情况进行实时荧光定量分析。结果显示:(1)文心兰25条pre-miRNAs序列可分为13个家族,其中包含15条成熟体序列。(2)Mfold二级结构预测显示,文心兰25条pre-miRNAs的最小折叠自由能在-32.04~-120.98kal/mol之间,均可以形成典型、稳定的发夹结构。(3)序列比对分析发现,同一家族的前体与成熟体存在一个约20个碱基长度的保守区域,推测该区域可能为文心兰miRNA成熟体所在区域。其中,13个前体家族中,有10个家族的成熟体可以完全定位于其前体中。(4)实时荧光定量PCR结果显示,在文心兰不同组织部位中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR167-unigene0002619、miR169-unigene0022341、miR172-unigene006514、miR396-unigene19032、miR398-unigene0009996、miR2950-unigene0006151、miR2950-unigene0006422等pre-miRNAs在叶片中大量累积可能有利于其叶的形态建成;miR162-unigene0003615、miR162-unigene0013441、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958等pre-miRNAs同时在根和叶中均大量表达有利于其根和叶的发育;而miR171-unigene0045985、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180在根和茎中的大量表达可能有利于其根和茎的发育。(5)在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎的过程中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180、miR396-unigene0019032、miR845-unigene0012489的表达总体呈下降趋势;miR162-unigene0040566、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958、miR171-unigene0045985在软腐病菌液侵染4h其表达量升高,之后表达量下调;miR162-unigene0003615、miR167-unigene0002619、miR168-unigene0047942、miR169-unigene0022341、miR845-unigene0012489在菌液侵染过程中其表达量呈现先下降后上升的趋势,并在侵染8h后表达量达到最低。研究表明,文心兰pre-miRNAs 13个家族不同成员在进化进程中具有高度保守性与特异性的结构特点,并可能广泛参与文心兰不同组织的生长发育及参与软腐病菌侵染的响应。 展开更多
关键词 文心兰 pre-mirnas 序列特性 表达分析
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大豆干旱胁迫下miRNA与mRNA荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:15
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作者 刘伟灿 王骐 +10 位作者 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第2期61-67,共7页
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为... 【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNorm和NormFinder程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156a、miR167a,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156a、miR1520d与miR167a。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分别为Fbox、Act11,最合适的内参基因组合分别为Act11与Fbox、Act11与EF1A。【结论】筛选出大豆干旱胁迫条件下成熟miRNA、前体miRNA及其对应靶基因mRNA的荧光定量PCR的内参基因,最稳定内参基因数目为2个。 展开更多
关键词 大豆 干旱胁迫 荧光定量PCR 内参基因 成熟miRNA 前体miRNA 靶基因mRNA
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microRNA的生物发生及作用机制研究进展 被引量:2
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作者 王宁 范志朋 《中华老年口腔医学杂志》 2021年第3期187-192,共6页
miRNA是一种小的非编码RNA。在细胞转录时,DNA双链打开,在RNA聚合酶II的作用下转录形成发卡样结构pri-miRNA,经过DGCR8和Drosha酶微处理器的作用后,剪切成pre-miRNA,在转运蛋白的协助下出核后,经酶的进一步剪切形成成熟的miRNA。成熟的m... miRNA是一种小的非编码RNA。在细胞转录时,DNA双链打开,在RNA聚合酶II的作用下转录形成发卡样结构pri-miRNA,经过DGCR8和Drosha酶微处理器的作用后,剪切成pre-miRNA,在转运蛋白的协助下出核后,经酶的进一步剪切形成成熟的miRNA。成熟的miRNA负载到AGO蛋白后,通过碱基互补配对的原则与下游靶向mRNA结合,沉默或降解下游mRNA。部分miRNA在细胞质内未发挥作用,再次入核,结合到下游靶基因的启动子上,使下游靶基因的组蛋白发生甲基化。若下游靶基因组蛋白H3K4发生甲基化,会促进转录,促进下游靶基因的表达。若下游靶基因发生H3K9或H3K27的甲基化,会导致转录抑制,抑制下游靶基因的表达。此外,miRNA还可被包裹进外泌体内,分泌到细胞外,发挥其生物学作用。miRNA在细胞质内还可与其他非编码RNA相互作用,如miRNA与miRNA,miRNA与LncRNA,miRNA与circRNA的相互作用,抑制其他非编码RNA发挥其生物学功能,最终影响细胞的功能。miRNA在细胞的生长发育,分化和疾病中都发挥重要的功能,本文就miRNA形成的生物学过程及作用机制的研究现状作一综述。 展开更多
关键词 MIRNA pre-mirna 生物发生 作用机制
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miRNA的生物合成过程 被引量:15
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作者 李伟 金由辛 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期707-711,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.... MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.这些小分子调控RNA是从60~200nt的具有发夹状结构的前体中被切割出来而成熟的,在动物细胞中,miRNA基因的转录初产物(pri-miRMA)很快被一种核糖核酸酶ⅢDrosha加工成为miRNA前体(pre-miRNA),然后由细胞核转运至细胞质中,经另一种核糖核酸酶ⅢDicer识别剪切为成熟miRNA.对这一过程进行了简要的综述,并且对植物miRNA的成熟过程也进行了探讨.对miRNA的生物合成过程的深入了解,将有助于研究这一类起重要调控作用的RNA是如何行使功能的,从而进一步研究其在生长发育及各种疾病中所起的重要作用. 展开更多
关键词 miRNA的成熟 MIRNA miRNA初级转录产物 miRNA前体
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绵羊骨骼肌特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态检测 被引量:4
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作者 宋广超 张伟 +3 位作者 许瑞霞 赵伟利 刘守仁 甘尚权 《家畜生态学报》 北大核心 2015年第1期18-23,共6页
试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检... 试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检测,并分析多态性位点对miR-133前体序列二级结构、二级结构稳定性及加工、成熟的影响。结果表明,miR-133前体序列下游194bp(g.54047535)处检测到A>G突变,并且该SNP与绵羊的产肉性能存在明显的相关性,在特克赛尔羊中GG是优势基因型,G等位基因频率高达0.86,是中国美利奴细毛羊群体该位点频率的4倍。二级结构的生物信息学预测结果表明,该SNP位点致使miR-133前体的二级结构发生明显改变,自由能值降低3.2kJ/mol。以上结果提示,绵羊miR-133前体序列的SNP(g.54047535)位点可能对miR-133前体的加工成熟具有重要影响,并最终影响绵羊的产肉性能。 展开更多
关键词 pri—miRNA pre—miRNA miR-133 多态性 骨骼肌 绵羊
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应用离散增量方法识别人类MicroRNAs前体序列
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作者 高智红 张利绒 罗辽复 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期673-677,共5页
MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(int... MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-miRNAs进行分析和预测.当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上. 展开更多
关键词 pre-mirnas 离散增量 二级结构特征
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机采血小板储存过程中5种miRNA前体的表达变化
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作者 叶银才 李强 +2 位作者 蔡雪娇 郭瑞德 俞石芳 《中国输血杂志》 CAS 北大核心 2015年第10期1222-1225,共4页
目的分析机采血小板储存过程中表达量有明显升高的5个miRNA前体(pre-miRNA)表达谱,为研究机采血小板中miRNA的成熟及调节机制提供参考。方法分别提取不同储存时间(1、3、5 d)各2 m L机采血小板总RNA,以5S rRNA为内参照,采用实时荧光定量... 目的分析机采血小板储存过程中表达量有明显升高的5个miRNA前体(pre-miRNA)表达谱,为研究机采血小板中miRNA的成熟及调节机制提供参考。方法分别提取不同储存时间(1、3、5 d)各2 m L机采血小板总RNA,以5S rRNA为内参照,采用实时荧光定量(qRT-PCR)法分别检测5个miRNA前体pre-miR-16、-96、-150、-155和-316的表达水平。结果以新鲜机采血小板0 d pre-miRNA表达水平为基准,pre-miR-16的相对表达量在1、3、5 d分别为0.98±0.08、0.96±0.11、0.92±0.14;pre-miR-96的相对表达量在1、3、5 d分别为0.97±0.08、0.98±0.09、0.94±0.12;pre-miR-150的相对表达量在1、3、5 d分别为0.95±0.09、0.91±0.06、0.93±0.15;pre-miR-155的相对表达量在1、3、5 d分别为0.97±0.12、0.95±0.08、0.95±0.10;pre-miR-326的相对表达量在1、3、5 d分别为0.98±0.08、0.96±0.12、0.86±0.18。相对于新鲜血小板,上述5种pre-miRNA在储存过程中表达量无明显改变(P>0.05)。结论机采血小板储存过程中表达量明显升高的5个miRNA的pre-miRNA表达相对稳定,并未伴随miRNA表达改变而改变。 展开更多
关键词 血小板 MIRNA miRNA前体 实时荧光定量PCR 血小板储存损伤
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Hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and cancer risk:a meta-analysis
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作者 Peng Zou Lin Zhao +5 位作者 Haitao Xu Ping Chen Aihua Gu Ning Liu Peng Zhao Ailin Lu 《The Journal of Biomedical Research》 CAS 2012年第4期253-259,共7页
MicroRNAs(miRNAs) are gene regulators involved in numerous diseases including cancer,heart disease,neurological disorders,vascular abnormalities and autoimmune conditions.Although hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism ... MicroRNAs(miRNAs) are gene regulators involved in numerous diseases including cancer,heart disease,neurological disorders,vascular abnormalities and autoimmune conditions.Although hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism was shown to contribute to the susceptibility of multiple genes to cancer,the data have yielded conflicting results.Therefore,this meta-analysis was performed to provide a comprehensive assessment of potential association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and cancer risk.In this meta-analysis,a total of 9 articles regarding 10 eligible case-control studies in English(including 6134 cases and 7141 controls) were analyzed.No significant association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and overall cancer risk was demonstrated.However,an increased risk was observed in the subgroup of breast cancer patients(G allele vs A allele:OR = 1.10,95% CI = 1.00-1.20;P heterogeneity = 0.114;I 2 = 53.9%) and population-based studies(G allele vs A allele:OR = 1.12,95% CI = 1.00-1.25;P heterogeneity = 0.062;I 2 = 64.0%).The findings suggested an association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and increased risk to breast cancer. 展开更多
关键词 cancer META-ANALYSIS hsa-mir-499 rs3746444 POLYMORPHISM susceptibility miRNAs pre-mirna
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非编码RNA与RNA组学研究现状及发展态势 被引量:1
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作者 冷方伟 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1051-1053,共3页
人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领... 人类基因组计划的完成(2001年)宣告了后基因组时代的到来,也掀起新一轮的RNA研究热潮.作为后基因组时代的科学前沿,RNA组学近年来成为生命科学领域的研究热点,各种新型ncRNA的发现,让人们对遗传信息表达调控网络有了新的认识.结合RNA领域的最新研究进展,《中国科学C辑:生命科学》(Science in China Series C-Life Sciences)2009年第3期的8篇述评,从动植物小分子非编码RNA、miRNA与细胞分化发育、miRNA与肿瘤发生及诊断治疗的靶点、核酶的结构与功能、遗传印记起源、miRNA基因簇的进化等多个方面进行了综述,展现了ncRNA领域的研究现状和发展前景. 展开更多
关键词 NCRNA RNA组学 miRNA RNAI 核酶 TRNA mRNA剪接
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microRNAs的SNPs研究进展 被引量:2
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作者 张谊 《西昌学院学报(自然科学版)》 2013年第1期7-13,共7页
miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究... miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究情况进行综述,对miRNAs的SNP在未来可能的为人类疾病治疗、提高畜禽生产性能方面的作用进行思考。 展开更多
关键词 microRNA pre—microRNAs 成熟miRNAs miRNAs靶基因 SNP
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MicroRNA前体的特征选择方法
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作者 玄萍 郭茂祖 +3 位作者 吴玲 王姗姗 张兆功 李媛 《智能计算机与应用》 2012年第6期1-3,10,共4页
microRNA(miRNA)是一类长度约为21nt的非编码RNA,具有重要的调控功能。miRNA前体包含一级序列特征和二级结构特征,其中含有冗余和无用的特征,这些特征无益于前体分类模型的分类准确度。因此需要去除冗余特征,进而降低特征维数并提高分... microRNA(miRNA)是一类长度约为21nt的非编码RNA,具有重要的调控功能。miRNA前体包含一级序列特征和二级结构特征,其中含有冗余和无用的特征,这些特征无益于前体分类模型的分类准确度。因此需要去除冗余特征,进而降低特征维数并提高分类性能。针对miRNA的前体序列数据,已有特征选取方法,仅考虑了特征之间的区分距离。全面考虑了每个特征属性对分类的增益和特征间冗余性,选取的特征有助于建立高效的分类模型。实验结果表明,选取的特征子集有效地提高了miRNA前体分类器的预测性能,取得了更好的分类结果。 展开更多
关键词 miRNA前体 特征选择 信息增益 特征冗余性
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支持向量机方法预测七鳃鳗miRNA前体
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作者 张洁 李庆伟 邹丽 《济南大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第5期333-339,共7页
将七鳃鳗miRNA前体(pre-miRNA)序列的结构特征作为支持向量机工具Lib-SVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发序列预测程序Lj-miRSVM,通过10倍交叉法验证,平均敏感性和特异性分别为95%和95.9%,准确率为95.8%,接收者操作特征曲线(ROC)... 将七鳃鳗miRNA前体(pre-miRNA)序列的结构特征作为支持向量机工具Lib-SVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发序列预测程序Lj-miRSVM,通过10倍交叉法验证,平均敏感性和特异性分别为95%和95.9%,准确率为95.8%,接收者操作特征曲线(ROC)下的面积比约为98.9%。用Lj-miRSVM预测其他20个物种的pre-miRNA,平均正确率为78.5%。 展开更多
关键词 七鳃鳗 支持向量机 miRNA前体预测 ROC曲线
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染色体上聚集的microRNAs具有更多共同的靶基因
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作者 李永庆 徐建震 +1 位作者 孟志刚 李永进 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期470-474,共5页
miRNAs是一类 ̄22nt、在转录后调节mRNAs表达的内源性非编码RNA。人类miRNA具有成簇聚集于染色体上的特点。文章系统分析了人基因组簇内miRNA各成员的预测靶基因之间的关系,发现簇内miRNA各成员具有更多共同的靶基因,表明簇内miRNA各成... miRNAs是一类 ̄22nt、在转录后调节mRNAs表达的内源性非编码RNA。人类miRNA具有成簇聚集于染色体上的特点。文章系统分析了人基因组簇内miRNA各成员的预测靶基因之间的关系,发现簇内miRNA各成员具有更多共同的靶基因,表明簇内miRNA各成员功能相似。仔细分析簇内miRNA和mRNA的结合位点,发现有两种类型:一种是簇内miRNAs可能竞争性结合同一个靶基因的同一个结合位点;另一种是簇内miRNAs可能协同结合于同一个靶基因的不同结合位点。 展开更多
关键词 MICRORNA 前体miRNA 成簇miRNA miRNA基因组学
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miRNA中的G-四链体结构
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作者 李方园 郭丹 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1441-1448,共8页
G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含鸟嘌呤碱基的DNA或RNA序列组成的非典型核酸二级结构。在过去几十年中,人们着重研究了基因启动子区、UTR、端粒等常见基因功能区中的富G序列,探讨其结构与功能之间的关系。近些年,随着对非编码RNA在... G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含鸟嘌呤碱基的DNA或RNA序列组成的非典型核酸二级结构。在过去几十年中,人们着重研究了基因启动子区、UTR、端粒等常见基因功能区中的富G序列,探讨其结构与功能之间的关系。近些年,随着对非编码RNA在人类基因表达调控和疾病关系中的深入研究,非编码基因,尤其是miRNA中的富G序列也在受到更多的关注。富G序列参与miRNA的整个生理过程,从miRNA初级转录本(primary miRNA,pri-miRNA)、miRNA前体(precursor miRNA,pre-miRNA)到成熟体miRNA:G-四链体与RNA茎环结构之间所形成的动态平衡,将会影响pri-miRNA与pre-miRNA的成熟加工过程,引起成熟体miRNA含量改变,从而进一步或直接通过miRNA中结构转变影响miRNA与下游靶基因mRNA的互补配对,调控miRNA功能的发挥。本综述重点回顾了G4结构与发夹结构之间存在的动态变化,分别阐述了富G序列在pri-miRNA、pre-miRNA、成熟体miRNA及mRNA 3'UTR区中的潜在功能,探讨了G-四链体在miRNA的成熟加工过程与功能中发挥的重要作用,总结出离子条件(K^(+)、Mg^(2+)、K^(+)+Mg^(2+)、Li^(+)+Mg^(2+)等)、G-四链体配体分子(去稳定剂TMPyP4等)等外界调控因子的改变会调控G-四链体与茎环结构之间的平衡,从而调控miRNA相应功能,为研究G-四链体功能与调控提供思路与方向。 展开更多
关键词 G-四链体 MIRNA miRNA前体 miRNA初级转录本
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糖尿病前期患者循环miR-103b表达、临床意义及靶基因功能研究 被引量:3
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作者 罗宇霖 方丹 +3 位作者 刘钰熙 贺朝晖 吴剑波 罗茂 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期663-670,共8页
目的:探讨2型糖尿病前期患者循环血清中微小RNA(miR)-103b的表达变化与临床意义,并分析其靶基因生物信息学功能。方法:收集糖尿病前期患者(n=48)、糖尿病无并发症患者(n=47)及正常健康人群(n=50)的血清标本,用real-time PCR检测各血清... 目的:探讨2型糖尿病前期患者循环血清中微小RNA(miR)-103b的表达变化与临床意义,并分析其靶基因生物信息学功能。方法:收集糖尿病前期患者(n=48)、糖尿病无并发症患者(n=47)及正常健康人群(n=50)的血清标本,用real-time PCR检测各血清样本中miR-103b的表达水平,并比较3组miR-103b表达水平的差异与临床病理特征之间的相关性,运用受试者工作特征(ROC)曲线评估诊断效率及特异性。利用生物信息学技术,对hsa-miR-103b的特征、进化保守性、靶基因功能以及GO信号通路等进行深入分析。结果:Real-time PCR结果显示,与健康人群相比,循环血清中miR-103b在糖尿病前期及糖尿病无并发症患者的表达显著降低(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,糖尿病前期患者血清中miR-103b的ROC曲线下面积(AUC)达到0.877,提示miR-103b是糖尿病前期具有较高灵敏性和特异性的临床诊断标志物。生物信息学分析结果表明,hsa-miR-103b定位于人染色体5q34,并在10个物种间具有高度的保守性。靶基因预测共获得53个潜在的功能性靶向基因。进一步应用DAVID数据库和GO数据库进行靶基因功能富集分类,结果显示miR-103b靶基因功能主要涉及蛋白质氨基酸的磷酸化、RNA聚合酶II启动子转录调控和DNA依赖的转录调节,参与细胞周期、细胞生长增殖和细胞凋亡,调节功能蛋白结合并与PIP3结合激活下游信号通路。这些功能因子主要富集于MAPK、Wnt、胰岛素和Ras等信号通路,少量因子参与调节细胞周期和脂肪酸代谢等生理过程。结论:2型糖尿病前期患者血清中低水平miR-103b可能是潜在的2型糖尿病早期超前诊断标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 微小RNA-103b 糖尿病前期 受试者工作特征曲线 生物信息学分析
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