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题名基于贪婪算法的疾病相关蛋白质子网搜索
被引量:1
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作者
樊振杰
王炜
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机构
兰州大学信息科学与工程学院
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出处
《微计算机信息》
2010年第6期188-189,217,共3页
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文摘
各种研究结果不断证明,人类各种常见疾病都属于复杂疾病,是由多基因、多因素、遗传和环境共同作用的结果。借助于高通量生物技术的飞速发展,生物学家建立起了蛋白交互网络,如果借助复杂网络研究的方法,从这些网络中找出与疾病相关的蛋白质子网络,将有助于我们更深入地了解生物体的运作机制。本文提出了一种基于贪婪算法的搜索方法,能够自动地搜索整个网络中的子网或模块,并且能够结合芯片数据同时进行T检验来判断子网络对疾病表型的区分能力。通过计算子网的P值,给出该蛋白质子网络的统计显著性值并进行区分能力排序。运行结果表明,本方法不但能够用于发现已知的疾病蛋白,而且能够对未知的蛋白进行预测,结合生物芯片技术,将会对疾病基因的研究提供有价值的信息。
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关键词
蛋白交互网络
贪婪算法
蛋白质子网
C++
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Keywords
protein-protein interaction network
greedy algorithm
protein subnetwork
C++
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分类号
TP391.4
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
Q811.4
[生物学—生物工程]
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题名基于动态网络切分的关键蛋白质预测方法
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作者
钟坚成
方卓
瞿佐航
钟颖
彭玮
潘毅
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机构
湖南师范大学信息科学与工程学院
昆明理工大学信息工程与自动化学院
中国科学院深圳理工大学计算机与控制工程学院
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出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2022年第7期1569-1588,共20页
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基金
深圳市海外高层次人才创新创业孔雀团队计划(KQTD20200820113106007)
湖南省教育厅科学研究重点项目(19A316)
+2 种基金
教育部产学合作协同育人项目(201902098015)
2019年度湖南师范大学教改项目(2019-82)
国家大学生创新训练项目(202110542004)。
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文摘
关键蛋白质作为蛋白质中的关键物质,不仅对研究细胞生长调控有着重要意义,也为更深层次的疾病研究奠定理论基础.目前,针对关键蛋白质的识别方法大多为应用基因表达信息和蛋白质相互作用网络,提出识别关键蛋白质的静态和动态网络方法,但这些方法未考虑基因表达调控的周期性规律,无法准确地刻画受基因周期调控的蛋白质网络.为此,在基因表达动态性的基础上引入了基因周期性表达的概念,提出了一种动态网络切分方法.该方法通过构建基因“活性”表达矩阵,利用切分后的“活性”表达矩阵作用于蛋白质相互作用网络,从而形成蛋白质周期子网络,最终综合各周期子网络来衡量蛋白质结点在网络中的重要性.实验结果表明,该方法在酵母、大肠杆菌和人类膀胱数据中可以有效地提高关键蛋白质预测率.
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关键词
关键蛋白质
蛋白质相互作用网络
动态网络
周期子网络
动态基因表达
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Keywords
essential proteins
PPI network
dynamic network
periodic subnetworks
dynamic gene expression
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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