基于psbA-trnH序列的辽宁省黄精药材DNA条形码研究

目的:基于psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对辽宁省12个地区及省外2个地区黄精药材样本进行鉴别分析,为辽宁省黄精药材的鉴别和遗传多样性分析提供参考。方法:利用DNA试剂盒提取法,从38个黄精样本的药用部位中提取DNA,对psbA-trnH部分进行聚合酶链式反应(PCR)扩增及双向测序,并从GenBank下载药用植物黄精的不同来源和外群序列,运用SeqMan软件对测序结果进行拼接,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,并采用邻接法(NJ)建立系统发育树进行分析。结果:根据NJ系统发育树结果可知,不同来源的所有黄精样品聚为一大支,外群猪牙花聚为一支,区别较明显;辽宁省、湖北省及贵州省黄精与美国国家生物技术信息中心(NCBI)所下载的黄精聚为一支,并且结合变异位点与遗传距离可知,辽宁省、湖北省及贵州省的黄精物种为黄精Polygonatum sibiricum Red.,种间差异较小,辽宁省所收集的黄精有4个样品出现了变异位点,其余样本碱基序列均相同。结论:使用psbA-trnH序列DNA条形码技术能够对黄精药材不同的基原植物进行区分鉴别且成功率较高,可用于对黄精属物种进行种内和种间鉴别,为保障辽宁省黄精药材来源的准确鉴定提供参考。

基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性

对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235～281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000～0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167～0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000～0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。

滇重楼的psbA-trnH条形码分子鉴定研究

为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-joining tree)进行结果分析。研究表明,叶绿体psb A-trn H片段在滇重楼种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.007,而滇重楼与其它重楼种间平均K2P遗传距离为0.025,滇重楼种间最大K2P遗传距离明显小于滇重楼与重楼属其它种内的最小K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明psb A-trn H序列可区分滇重楼及其同属物种,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。

基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文)

关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。

巴山榧树及近缘种的psbA-trnH序列分析

采用PCR产物直接测序法对巴山榧树12个地理种群的叶绿体psb A-trn H序列进行了测定,并从Gen Bank搜索并下载巴山榧树近缘种的psb A-trn H序列,运用Clustal X和MEGA 4.1软件分析和构建系统发育树。结果表明,巴山榧树12个地理种群间的遗传分化程度较低;巴山榧树与云南榧、日本榧树的亲缘关系较近,而与长叶榧、榧树、加州榧和佛罗里达榧的亲缘关系较远。研究结果为进一步探讨巴山榧树分子谱系地理学及榧树属的分子系统发育提供了理论依据。

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析

[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。

禾本科psbA-trnH基因的序列分析及其在斑点野生稻鉴定中的应用

通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有或很少存在碱基差异,野生稻相对变异丰富,其中靠近3′端下游序列碱基变异较为丰富,5′端相对保守。根据斑点野生稻psbA-trnH基因序列的特异位点设计的引物,扩增的目的片段ptBD118长118bp,退火温度在62℃时特异性最佳。在条码基因差异位点分析的基础上,开发的特异分子标记用于物种的快速鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。

基于psbA-trnH序列变异分析川明参属亲缘关系及分类地位

采用PCR直接测序法对伞形科（ Apiaceae）前胡族（ Trib. Peucedaneae）种类川明参（ Chuanminshen violaceum Sheh et Shan）、泰山前胡〔Peucedanum wawrae （ H. Wolff） Su〕和华中前胡（ P. medicum Dunn）以及美味芹族（ Trib. Smyrnieae）种类明党参（Changium smyrnioides H. Wolff）、宝兴棱子芹（Pleurospermum davidii Franch.）、丽江棱子芹（ P. foetens Franch.）和鸡冠棱子芹（ P. cristatum de Boiss.）的叶绿体基因组psbA-trnH片段进行了扩增测序,获得的序列已提交至GenBank,登录号为KF557756-KF557762。结合引自GenBank的前胡族阿魏属（ Ferula Linn.）1种、大瓣芹属（ Semenovia Regel et Herder）1种、当归属（ Angelica Linn.）2种和美味芹族的舟瓣芹属（ Sinolimprichtia H. Wolff）1种、羌活属（ Notopterygium de Boiss.）1种、瘤果芹属（ Trachydium Lindl.）1种以及针果芹族（ Trib. Scandicineae）刺果芹〔Turgenia latifolia （ Linn.） Hoffm.〕的psbA-trnH片段序列,对各种类的psbA-trnH片段信息进行分析；并以刺果芹为外类群构建了MP、ML和BI系统发育树。结果表明：川明参和明党参的psbA-trnH片段长度均为258 bp、GC含量均为23％,而其他种类的psbA-trnH片段长度为228~405 bp、GC含量为26％~35％；排序后psbA-trnH 序列总长度为553 bp（包括空位）,其中变异位点237个、信息位点178个。川明参与明党参间的相对遗传距离最小（仅为0.02）,而川明参与其他种类间的相对遗传距离为0.10~1.34,且总体上川明参与美味芹族种类的相对遗传距离较小,表明川明参与明党参及美味芹族种类的亲缘关系较近。在3类系统树上,川明参与明党参均聚在一起,并与美味芹族的属种聚为一大支,而远离由前胡族属种构成的另一大支。结合外部形态和果实解剖结构特征,建议将川明参属（ Chuanminshen Sheh et Shan ）从前胡族中分出并置于美味芹族中,与明党参属（ Changium H. Wolff）为姐妹类群。

巴戟天及其伪品的psbA-trnH序列鉴定

目的利用叶绿体基因psbA-trnH间区序列探讨巴戟天及其常见伪品大果巴戟、樟叶巴戟、羊角藤、虎刺的分子鉴定方法。方法分别提取巴戟天及其伪品植物的总DNA,经PCR扩增纯化后,测序,利用Clustal X和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果各样品psbA-trnH序列长度为306 bp,巴戟天及其伪品之间存在多个特异性信息位点。结论 psbA-trnH序列可作为巴戟天分子鉴定的依据。

利用核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列探讨野扁桃和矮扁桃分类学关系

研究旨在通过植物学性状和分子生物学分析确认扁桃类植物中野扁桃和矮扁桃是否同物异名或是不同的2个种。从出版的专著和发表的文献中查找野扁桃和矮扁桃的植物学特征,对2者的描述进行对比,并以新疆塔城的野扁桃为实验材料,扩增其细胞核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列,与GeneBank中下载的矮扁桃的ITS和psbA-trnH序列进行比对。结果表明,野扁桃和矮扁桃的植物学特征描述基本一致,psbA-trnH序列100%相似,并且在以ITS序列对扁桃亚属所有物种进行构树时以100%的自展值聚在一起。对2者的主要植物学特征和分子生物学的核质基因序列综合分析,认为野扁桃和矮扁桃是一个种。

基于psbA-trnH序列的土茯苓基原植物及其近缘种DNA分子鉴定

目的:对土茯苓基原植物及其近缘种进行psbA-trnH条形码鉴定。方法:提取样品DNA,利用PCR技术对样品进行叶绿体基因psbA-trnH片段扩增并双向测序。所得序列经CodonCode Aligner拼接后,利用MEGA 6.0软件进行数据分析;计算种内种间K2P遗传距离并采用邻接法构建NJ系统树。结果:土茯苓基原植物种内最大K2P遗传距离远小于种间最小K2P遗传距离;由构建的系统聚类树图可以看出,不同来源的土茯苓基原植物聚成一支,表现为单性系,并与其近缘种明显分开。结论:psbA-trnH序列作为DNA条形码可以有效地鉴别土茯苓基原植物及其近缘种,为土茯苓药材基原鉴定及临床安全用药提供了分子依据。

基于psbA-trnH序列对广藿香与藿香、广防风的分子鉴定

目的采用叶绿体基因psb A-trn H间隔区序列探讨广藿香及其常见伪品的分子鉴定方法。方法分别提取广藿香及藿香、广防风植物的总DNA,经PCR扩增psb A-trn H间隔区序列,产物纯化后测序,采用Clustal_X 1.8和MEGA 5.05软件对序列进行分析。结果广藿香与藿香、广防风的最小种间K2P距离(0.159 2)大于最大种内K2P距离(0.004 3),邻接树中广藿香9个不同产地来源样品聚为一支。广藿香与藿香、广防风之间存在多个特异性信息位点。结论 psb A-trn H序列可作为广藿香及藿香、广防风分子鉴定的依据。

青海野生与栽培麻花艽psbA-trnH序列的比较

[目的]分析野生与栽培麻花艽(Gentiana straminea Maxim.)psbA-trnH序列的差异,为麻花艽的基源鉴定和品质评价提供分子依据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定野生与栽培麻花艽cpDNA psbA-trnH核苷酸序列并作序列同源性分析。[结果]野生与栽培麻花艽的cpDNA psbA-trnH片段长度分别为316和317 bp,两者之间有4个碱基的变异。[结论]利用psbA-trnH区序列的差异可以鉴别野生与栽培麻花艽。

穿龙薯蓣、黄山药和盾叶薯蓣psbA-trnH片段序列分析

为研究薯蓣叶绿体psbA-trnH片段遗传多样性，探讨该片段用于中药穿龙薯蓣、黄山药和盾叶薯蓣种间分子鉴别和系统学研究中的意义，我们对不同类群薯蓣种的叶绿体psbA-trnH基因间区进行PCR扩增并测序，获得了该区间的完整序列，所得序列用软件MEGA3．0进行相关分析．穿龙薯蓣的psbA-trnH片段全长274bp，黄山药全长279bp，盾叶薯蓣植物个体内的叶绿体DNA则有两种psbA-trnH片段，长度分别为241bp和503bp．经MEGA3．0软件分析，3种薯蓣种间psbA-tmH片段序列的遗传距离（p-distance）为0．00350—0．04545，各个薯蓣种内的不同类群该序列无差异．用UPGMA法根据psbA-trnH序列的遗传距离建立系统发生树，聚类结果和形态分类相符．所得结果显示，psbA-trnH片段序列在所研究的3种薯蓣种内保守，在种间具有明显的较大差异，而3种薯蓣及薯蓣属的系统发生关系尚须进一步研究．

青海五裂茶藨子叶绿体DNA psbA-trnH序列的遗传变异研究

采集青海不同地理居群五裂茶藨子植物样品,采用改良CTAB法提取五裂茶藨子总DNA。运用分子生物学技术分析青海不同地理居群五裂茶藨子的遗传多样性。结果表明：青海不同地理居群五裂茶藨子psbA-trnH序列可分为11种单倍型,存在38个变异位点,具有较高的遗传多样性（h=0.684 1）,单倍型多态性水平（h）为0.464 3-0.892 9,核苷酸多态性水平（p）为0.005 90-0.023 33。居群遗传分化系数Gst为0.042,基因流值Nm为0.014 98。

探索psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种的鉴定

目的:采用psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药准确、安全。方法:收集竹茹、天竺黄及其近缘物种共71份材料,提取基因组DNA、PCR扩增并双向测序,经Codon Code Aligner V 4.2拼接获得序列,应用MEGA5.0比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统发育树。结果:竹茹、天竺黄各基原及其近缘物种基于psbA-trnH序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与近缘物种的种间最小K2P遗传距离;NJ树图结合MEGA比对结果显示,基原植物青杆竹与青皮竹之间无法区分,而竹茹、天竺黄及其他基原物种之间均可较好地区分并呈现明显的单系性。结论:基于psbA-trnH序列可以准确地鉴定多基原药材竹茹、天竺黄及其近缘物种。

蒿属药用植物叶绿体上的psbA-trnH序列分析(英文)

黄花蒿是中国传统使用的抗疟药,但由于同属中的茵陈蒿、青蒿两种植物在形态上与黄花蒿非常相似,导致某些地方常用茵陈蒿、青蒿植物代替黄花蒿使用。为了给蒿属药用植物的鉴定提供科学依据,采用叶绿体上psbA-trnH序列中的信息,运用物种特异的DNA序列信息位点区分黄花蒿和常见同属植物的混淆种茵陈蒿、青蒿。结果表明黄花蒿和茵陈蒿、青蒿植物之间psbA-trnH序列虽具有较高的相似性,但也有显著的特征性的不同,可以依靠它们各自特有的信息位点区分开来。该方法首次为蒿属药用植物的分子鉴定提供了可靠、简便的参考依据。

华南忍冬psbA-trnH基因序列特征及生态因子相关性研究

[目的]对海南和广东2省6个产地的华南忍冬分子地理标识及生态因子的关系进行研究,以寻找其内在联系。[方法]应用主成分分析和数量分类技术对华南忍冬6个产地的温度、水分、光照、经纬度等地理生态因子进行分析,通过psb A-trn H序列测序和分子指纹图谱分析,寻找不同产地的差异。[结果]可以将6个产区分为3部分,其中屯昌和琼中产区以年均降水量贡献值最大,韶关产区则以7月均最高温、经纬度贡献值最大;海口、文昌和湛江则以年均气温、年均相对湿度、1月气温等贡献值最大。基于psb A-trn H序列对不同产地华南忍冬进行分子指纹图谱鉴别及分析,结果表明,利用psb A-trn H序列比对分析发现,华南忍冬不同产地间序列位点存在较大差异,保守位点有267 bp,占序列总长度的60.2%;变异位点有182 bp,占序列总长度的39.8%,NJ tree分析表明,华南忍冬2省6产区可分为3支,与基于地理生态因子的分类具有很强的相关性。[结论]该研究为进一步研究山银花的生态型和品质变异的生物学本质提供科学依据。

海南黎药胆木PsbA-trnH-PCR体系的建立与优化

为了建立适合黎药胆木的PsbA-trnH-PCR体系来研究不同地理居群胆木遗传多样性,本研究以植物基因组试剂盒法提取胆木基因组DNA为模板,采用单因素实验和正交试验对PsbA-trnH-PCR过程中的关键影响因素进行优化,并对PsbA-trnH-PCR产物进行测序鉴定。结果表明,最佳PsbA-trnH-PCR反应体系(25μL)为:Taq酶1.0 U,dNTPs 0.4 mmol/L,Mg^(2+)0.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,模板20 ng,10×PCR Buffer(不含Mg^(2+))2.5μL;采用该最佳体系对胆木基因组DNA进行PCR扩增,获得扩增产物,经单向测序获得了胆木PsbA-trnH部分序列;并建立了稳定的PsbA-trnH-PCR体系,为胆木的药材鉴别及其遗传多样性研究奠定了基础。

基于psbA-trnH序列鉴定酸模属几种药用植物

目的:分析酸模、皱叶酸模、巴天酸模、长刺酸模、毛脉酸模、羊蹄酸模的psbA-trnH条形码序列,探讨酸模属植物的鉴定新方法。方法:对24份植物样品提取基因组DNA,PCR聚合酶链式反应扩增psbA-trnH序列进行双向测序,序列经过Condon Code Aligner拼接后,采用MEGA 6.0软件进行序列比对,计算种内种间K2P遗传距离,构建系统邻接树(NJ Tree)。结果:表明酸模属psbA-trnH序列种内平均K2P距离均小于种间平均K2P距离;应用相似性搜索法分析结果表明psbA-trnH序列可准确鉴定酸模属植物;NJ树显示除巴天酸模和皱叶酸模聚为一支,其余酸模属植物表现出良好的单系性。结论:psbA-trnH序列可用于鉴定酸模属植物,为酸模属植物的临床安全用药提供依据。