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Analysis of 5'-Noncoding Region of Sorghum Light-regulated psbA Gene 被引量:2
1
作者 施晓梅 孙凯鸣 +1 位作者 张晓武 吴乃虎 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1994年第14期1224-1227,共4页
The chloroplast psbA gene coding for Q_B of the photosystem Ⅱ reaction center in higher plants is an important light-regulated gene, and the promoter region controlling the efficiency of its expression is in the upst... The chloroplast psbA gene coding for Q_B of the photosystem Ⅱ reaction center in higher plants is an important light-regulated gene, and the promoter region controlling the efficiency of its expression is in the upstream region from the 5’-ending. The promoter structure of this gene resembles those E. coli, having a "-10" box and a "-35" box, but between these two boxes, a consensus sequence resembling eukaryotic "TATA" box has been found recently in some plants. 展开更多
关键词 SORGHUM light-regulated psba gene PROMOTER structure.
原文传递
Mutational effect of the “-35” element of sorghum psbA gene promoter 被引量:1
2
作者 Wu, NH Fan, TS Ren, DL 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1999年第16期1474-1480,共7页
Mutations of the first position T and the third position G in TTGACA, the ' - 35' element of sorghum psbA gene promoter, were induced using chemically synthesized 20 nt oligonucleotide primer. Three mutants we... Mutations of the first position T and the third position G in TTGACA, the ' - 35' element of sorghum psbA gene promoter, were induced using chemically synthesized 20 nt oligonucleotide primer. Three mutants were produced: ATTACA, GTGACA, and ATGACA. Then the protein binding affinity of the mutants and the wild type sorghum psbA gene promoter was tested in a spinach chloroplast protein extract system. Gel retardation assay of the 展开更多
关键词 SORGHUM ( SORGHUM valgare P.) psba gene 5’-noncodlng region SITE-SPECIFIC MUTAgeneSIS expression control.
原文传递
Structural feature of sorghum chloroplast psbA gene and regulation effects of its 5'-noncoding region 被引量:1
3
作者 吴乃虎 方晓华 +3 位作者 施晓梅 张晓武 周立 黄美娟 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 1999年第4期383-394,共12页
Comparative analysis reveals remarkable homology between the sequences of both psbA gene nucleotides and the inferred amino acids of sorghum, a C<sub>4</sub> plant, and those of rice, a C<sub>3</s... Comparative analysis reveals remarkable homology between the sequences of both psbA gene nucleotides and the inferred amino acids of sorghum, a C<sub>4</sub> plant, and those of rice, a C<sub>3</sub> plant. The 5’-noncoding region of sorghum psbA gene contains the conservative promoter elements, "-35" element and "-10" element, like the prokaryote and the promoter element, TATA box, like the eukaryote. As compared with that of the rice, an extra sequence of 7 bp is found in the leader sequence of the mRNA in the former. Using an in vitro system, it has been demonstrated that protein factor exists in sorghum chloroplast protein extract which specifically binds to the 5’-noncoding region of psbA gene. Measurement of the expression of luciferase shows a 2—5 time greater reaction of the expression plasmids pALqs which contain leader region of sorghum psbA gene than that of the expression plasmids pALqr which contain leader region of rice psbA gene in E. coli. 展开更多
关键词 SORGHUM CHLOROPLAST psba gene PROMOTER structure 5’-noncoding region TRANSCRIPTION regulation.
原文传递
Expression Profiles of <i>psbA, ALS, EPSPS</i>, and Other Chloroplastic Genes in Response to PSII-, ALS-, and EPSPS-Inhibitor Treatments in <i>Kochia scoparia</i>
4
作者 Vijay K. Varanasi Shahniyar Bayramov +1 位作者 P. V. Vara Prasad Mithila Jugulam 《American Journal of Plant Sciences》 2017年第3期451-470,共20页
Kochia (Kochia scoparia L. Schrad.), also known as tumbleweed, is an economically important annual C4 broadleaf weed found throughout the US Great Plains. Several herbicides with different modes of action are used in ... Kochia (Kochia scoparia L. Schrad.), also known as tumbleweed, is an economically important annual C4 broadleaf weed found throughout the US Great Plains. Several herbicides with different modes of action are used in the management of kochia. The effect of commonly used herbicides on the expression of their target site(s) and photosynthetic/chloroplastic genes is poorly understood in weed species, including kochia. The objective of this research was to characterize the expression profiles of herbicide target-site genes, KspsbA, KsALS, and KsEPSPS upon treatment with PSII- (e.g. atrazine), ALS- (e.g. chlorsulfuron), and EPSPS- (e.g. glyphosate)-inhibitors, respectively, in kochia. Furthermore, the expression of genes involved in photosynthesis (e.g. KsRubisco, KsCAB, and KsPPDK) was also determined in response to these herbicide treatments. KspsbA was strongly upregulated (>200-fold) 24 h after atrazine treatment. Transcript levels of the KsALS or KsEPSPS genes were 7 and 3-fold higher 24 h after chlorsulfuron or glyphosate treatment, respectively. KsRubisco, a Calvin cycle gene important for CO2 fixation, was upregulated 7 and 2.6-fold 8 and 24 h after glyphosate and chlorsulfuron treatments, whereas it downregulated 8 and 24 h after atrazine treatment. The transcript levels of KsPPDK remained unchanged after glyphosate treatment but increased 1.8-fold and decreased 2-fold at 24 h after chlorsulfuron and atrazine treatments, respectively. KsCAB remained unchanged after chlorsulfuron treatment, but was downregulated after glyphosate and atrazine treatments. The results show that herbicide treatments not only affect the respective target-site gene expression, but also influence the genes involved in the critical photosynthetic pathway. 展开更多
关键词 Kochia scoparia L. Schrad. C4 Herbicide Stress gene Expression psba ALS EPSPS Photosynthesis Rubisco PPDK CAB
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外源ABA对干旱胁迫下不同品种灌浆期小麦psbA基因表达的影响 被引量:32
5
作者 汪月霞 索标 +4 位作者 赵鹏飞 曲小菲 袁利刚 赵雪娟 赵会杰 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1372-1377,共6页
脱落酸(abscisic acid,ABA)是一种重要的植物激素,与作物的抗干旱胁迫密切相关。本试验以灌浆期的豫麦949和陕麦5号小麦品种为试材,PEG干旱处理72h后,比较了脱落酸对小麦相对水分含量、叶绿素、丙二醛含量以及产量的影响,并采用反转录... 脱落酸(abscisic acid,ABA)是一种重要的植物激素,与作物的抗干旱胁迫密切相关。本试验以灌浆期的豫麦949和陕麦5号小麦品种为试材,PEG干旱处理72h后,比较了脱落酸对小麦相对水分含量、叶绿素、丙二醛含量以及产量的影响,并采用反转录半定量PCR方法测定PSII中psbA基因转录水平的变化。结果表明,干旱胁迫明显降低小麦叶片中相对水分和叶绿素含量,增加丙二醛含量,抑制psbA基因的转录,降低小麦的产量,而外源脱落酸能明显缓解这些胁迫反应。与豫麦949相比,陕麦5号中质膜损伤较小,相对水分和叶绿素含量、产量以及psbA基因转录水平的下降也较小,外源脱落酸处理后,各参数也能够恢复到对照水平,说明不同小麦品种的抗干旱胁迫能力与psbA基因的表达水平密切相关。本研究首次发现外源ABA能够调控干旱胁迫下灌浆期小麦psbA基因的表达,稳定PSII系统中重要基因的转录水平,从而提高灌浆期小麦的抗干旱胁迫能力。 展开更多
关键词 小麦 脱落酸 灌浆期 psba基因转录 干旱胁迫
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外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗叶绿体抗氧化酶及psbA基因表达的调节 被引量:15
6
作者 侯鹏飞 马俊青 +5 位作者 赵鹏飞 张欢玲 赵会杰 刘华山 赵一丹 汪月霞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1319-1324,共6页
为了探究外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗的生长调节作用,以优质高产、高抗旱的小麦品种矮抗58为材料,四叶期分别用0.1、1.0和10.0mmolL?1的GB预处理小麦叶片,同时在根部施加30%聚乙二醇(PEG-6000)以模拟干旱环境,研究其对小麦超氧化物... 为了探究外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗的生长调节作用,以优质高产、高抗旱的小麦品种矮抗58为材料,四叶期分别用0.1、1.0和10.0mmolL?1的GB预处理小麦叶片,同时在根部施加30%聚乙二醇(PEG-6000)以模拟干旱环境,研究其对小麦超氧化物歧化酶(SOD),过氧化氢酶(CAT),过氧化物酶(POD),丙二醛(MDA)、超氧阴离子自由基(O???)产生速率、叶绿素含量及相对含水量的影响,并采用Real-timePCR测定叶绿体psbA基因表达水平的变化。结果表明,干旱胁迫明显减少小麦叶片相对含水量和叶绿素含量,降低SOD、CAT及POD活性,提升MDA含量和O???产生速率,抑制psbA基因表达水平,而外施GB具一定浓度效应,在适当浓度下能明显缓解这些胁迫反应,调控干旱胁迫下小麦叶绿体抗氧化酶活性以清除多余活性氧,减缓相对含水量及叶绿素含量的降低,提升psbA基因的表达水平,从而加快受损D1蛋白的周转并提高小麦的抗干旱胁迫能力。 展开更多
关键词 小麦 甜菜碱 psba基因 干旱胁迫 叶绿体抗氧化酶
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SDS-蛋白酶法分离棉花cpDNA及psbA基因启动子、终止子克隆 被引量:5
7
作者 金双侠 韩杰 +4 位作者 刘小云 刘冠泽 王一娴 唐文鑫 张献龙 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第5期683-689,共7页
采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子... 采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子序列设计引物,成功地扩增出预期为312bp和382bp的目标片段。将目标片段克隆测序,经Blantn分析,结果表明上述片段正是psbA基因启动子、终止子序列。该方法与传统的提取方法相比省时、高效、无污染,为进一步开展棉花叶绿体基因工程奠定了良好基础。 展开更多
关键词 棉花 CPDNA psba基因 SDS-蛋白酶法
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亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析 被引量:4
8
作者 侯士昌 崔玉琳 +2 位作者 温少红 唐志红 秦松 《生物学杂志》 CAS CSCD 2014年第1期1-4,14,共5页
psbA基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因,编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白。根据叶绿体基因组序列高度保守的特性,利用莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)psbA基因的保守序列(基因登录号:HQ667991.1)设计引物,采用PCR步移的方... psbA基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因,编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白。根据叶绿体基因组序列高度保守的特性,利用莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)psbA基因的保守序列(基因登录号:HQ667991.1)设计引物,采用PCR步移的方法从亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis)基因组DNA中克隆到psbA基因全长(基因登录号:KF528742)。序列分析表明,亚心型扁藻psbA基因全长1939 bp,编码区长度为1062 bp,推导编码353个氨基酸,包括4个赖氨酸残基。有效密码子数显示psbA基因具有明显的密码子偏好性,并且偏好使用以A/T结尾的密码子。相对同义密码子使用度表明25个密码子在编码使用时具有偏好性,其中20个密码子以A/T碱基结尾,占到80%。其终止密码子使用了TAG。 展开更多
关键词 亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis) PCR步移 psba基因 序列分析
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禾本科psbA-trnH基因的序列分析及其在斑点野生稻鉴定中的应用 被引量:6
9
作者 许瑾 徐涛 +2 位作者 肖正康 朱水芳 张万霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期85-92,共8页
通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有... 通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有或很少存在碱基差异,野生稻相对变异丰富,其中靠近3′端下游序列碱基变异较为丰富,5′端相对保守。根据斑点野生稻psbA-trnH基因序列的特异位点设计的引物,扩增的目的片段ptBD118长118bp,退火温度在62℃时特异性最佳。在条码基因差异位点分析的基础上,开发的特异分子标记用于物种的快速鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。 展开更多
关键词 psba-trnH基因 斑点野生稻 分子标记 物种鉴定
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小麦叶绿体psbA基因的克隆及表达 被引量:2
10
作者 俞新大 于玲 +2 位作者 岳强 杜荣骞 张自立 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1995年第3期110-112,共3页
用PCR直接从小麦叶绿体基因组扩增到完整的psbA基因,并构建了psbA基因的克隆pTD1Ⅱ。为研究psbA基因在E·coli中的表达,将完整的psbA基因正向插入高表达载体pKK223-3中构建表达克隆pKTD... 用PCR直接从小麦叶绿体基因组扩增到完整的psbA基因,并构建了psbA基因的克隆pTD1Ⅱ。为研究psbA基因在E·coli中的表达,将完整的psbA基因正向插入高表达载体pKK223-3中构建表达克隆pKTD1。含有重组表达质粒的转化细胞经IPTG诱导后提取总蛋白,经SDS-PAGE分析,小麦叶绿体psbA基因能在E·coli中表达32kD的D1蛋白,表达的D1蛋白占细菌总蛋白的3%以上。 展开更多
关键词 小麦 psba基因 无性系 叶绿体 基因表达
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蛋白核小球藻psbA基因的克隆及其在自养和异养培养的表达变化 被引量:1
11
作者 孙雪 吴晓微 +1 位作者 徐年军 杨锐 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1469-1474,共6页
psbA基因是高等植物和藻类中介导光合电子传递D1蛋白的编码基因,该基因受光照等因素的调控。以单细胞绿藻蛋白核小球藻为材料,克隆了psbA全编码序列并用荧光定量PCR的方法研究了自养和异养藻psbA基因转录水平的变化,以揭示不同培养方式... psbA基因是高等植物和藻类中介导光合电子传递D1蛋白的编码基因,该基因受光照等因素的调控。以单细胞绿藻蛋白核小球藻为材料,克隆了psbA全编码序列并用荧光定量PCR的方法研究了自养和异养藻psbA基因转录水平的变化,以揭示不同培养方式下psbA基因表达变化规律。结果克隆到2 595 bp psbA序列,包括676 bp的5'-非翻译区和857 bp的3'非翻译区。该psbA基因开放阅读框编码353个氨基酸,A+T百分含量为58.0%,其成熟的D1蛋白加工方式与高等植物高粱相似。荧光定量结果表明,自养藻在光周期内psbA基因表达量先升高后下降,而异养藻psbA表达变化不明显。从自养转为异养2 h时psbA表达量略有升高,4 h后下降至转化前的0.41倍并缓慢下降,而从异养转为自养psbA表达量增加,4 h时增加至1.69倍,4 h后趋于稳定。不同浓度光合抑制剂DCMU降低自养小球藻psbA转录活性至未添加组的40%~59%,而不同程度地促进了异养藻psbA的转录表达。 展开更多
关键词 蛋白核小球藻 psba基因 荧光定量PCR 表达
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条斑紫菜光系统Ⅱ反应中心蛋白编码psbA和psbD的表达分析 被引量:2
12
作者 陈张帆 王广策 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期52-56,共5页
从条斑紫菜(Porphyra yezoensisUeda)的3个不同的生长阶段:壳孢子、孢子体和配子体中提取总RNA,并用相应基因的引物扩增序列,用荧光定量PCR技术检测条斑紫菜3个生长阶段中psbA和psbD的转录水平变化。结果表明,psbA和psbD的变化趋势不一... 从条斑紫菜(Porphyra yezoensisUeda)的3个不同的生长阶段:壳孢子、孢子体和配子体中提取总RNA,并用相应基因的引物扩增序列,用荧光定量PCR技术检测条斑紫菜3个生长阶段中psbA和psbD的转录水平变化。结果表明,psbA和psbD的变化趋势不一致,并且,在壳孢子内基因表达量相对较高。这说明在细胞内,D1蛋白和D2蛋白并非同比例合成。壳孢子成熟发育成叶状体的过程要求光合作用提供更多的能量。 展开更多
关键词 爷斑紫菜(Porphyra YEZOENSIS Ueda) 不同发育阶段 psba psbD 基因表达
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小米psbA基因5'末端非编码区的结构特征
13
作者 黄瑶 吴乃虎 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第2期119-123,共5页
以小米(Setaria italica)为材料,克隆了含有叶绿体psbA基因的2.2kb EcoRⅠ片段,测定了该基因5'末端非编码区的核苷酸序列。序列分析显示psbA基因5'末端非编码区存在着与原核类似的启动子结构,其“-10”区的序列为TATACT,与原核生物“... 以小米(Setaria italica)为材料,克隆了含有叶绿体psbA基因的2.2kb EcoRⅠ片段,测定了该基因5'末端非编码区的核苷酸序列。序列分析显示psbA基因5'末端非编码区存在着与原核类似的启动子结构,其“-10”区的序列为TATACT,与原核生物“-10”共有基序(Consensus motif)仅相差一个核苷酸;其“-35”区的序列为TTGACA,与原核生物“-35”共有基序完全相同。另外,在“-10”区和“-35”区之间还存在着一个类似真核启动子结构的“TATATA”保守序列。这些结果表明小米psbA基因的启动子既具有原核的特征又具有真核的特征。小米psbA基因的mRNA前导序列长87bp,与高粱完全一致,而比水稻多出了“CTATTTT”7个核苷酸,比小麦、大麦和黑麦多出了“TTTT”4个核苷酸。因此推测在禾本科的C_3和C_4植物之间,psbA基因mRNA前导序列区的差异可能具有普遍性。计算机分析结果显示,以上6种植物的psbA基因mRNA前导序列区内均能形成小的茎环结构,而且这段“CTATTTT”额外序列恰好位于茎环结构中,造成了6种植物间茎环大小的差异。这一小的二级结构可能对psbA基因的表达调控有一定的影响。 展开更多
关键词 小米 psba基因 启动子 茎环结构
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细鳞苔科psbA基因的适应性进化分析 被引量:8
14
作者 陈晓霞 苏应娟 王艇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1534-1544,共11页
在时间框架下,采用机理式模型(Mechanistic model)和MEC模型(Mechanistic-empirical combination mod-el)以及Datamonkey对细鳞苔科psbA基因的进化式样进行了分析.结果均未检测到统计上显著的正选择位点,显示负选择对细鳞苔科psbA... 在时间框架下,采用机理式模型(Mechanistic model)和MEC模型(Mechanistic-empirical combination mod-el)以及Datamonkey对细鳞苔科psbA基因的进化式样进行了分析.结果均未检测到统计上显著的正选择位点,显示负选择对细鳞苔科psbA基因起主导作用.另外,基于UCLD分子钟估算出的细鳞苔科各分支分歧时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世. 展开更多
关键词 细鳞苔科 psba基因 分歧时间 正选择 负选择
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不同光质对黍子(Panicum miliaceum)叶绿体光系统发育及psbA基因转录物稳态含量的影响 被引量:2
15
作者 马建忠 娄世庆 +3 位作者 匡廷云 黎家 童哲 汤佩松 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1997年第5期464-470,共7页
本文以一种C4植物——黍子(Panicum miliaceum)为材料,在白光、红光、蓝光、远红光和黑暗5种不同条件下培养黍子幼苗,叶片采收后用于叶绿素积累、叶绿体吸收光谱、叶绿体低温荧光发射光谱和高分子量cpRNA积累的测定以及psbA基因的Northe... 本文以一种C4植物——黍子(Panicum miliaceum)为材料,在白光、红光、蓝光、远红光和黑暗5种不同条件下培养黍子幼苗,叶片采收后用于叶绿素积累、叶绿体吸收光谱、叶绿体低温荧光发射光谱和高分子量cpRNA积累的测定以及psbA基因的Northern Blot分析。结果表明:白光、红光和蓝光下生长的黍子,它们的叶绿体都有功能完善的光合系统;而远红光下生长的黍子,已有光系统Ⅱ的发射峰,只是强度和波长都与白光、红光和蓝光下的有所不同;不同光质促进叶绿素积累和高分子量cpRNA积累的效率是平行的,其中红光较蓝光和远红光有效,而复合光(白光)的作用效果最好。当以白光诱导的积累量为100%时,可以分别求出不同光质诱导叶绿素积累和高分子量cpRNA积累的相对量,结果表明,高分子量cpRNA的积累对光的依赖性要比叶绿素积累对光的依赖性大得多。psbA基因的Northern Blot分析表明,不同光质下psbA转录物的积累与高分子量cpRNA的积累是一致的。据此我们推测,在黍子叶绿体的光诱导发育过程中,psbA的转录过程可能不受光信号的直接调控,而是受叶绿体整体发育状态的控制。 展开更多
关键词 黍子 光质 叶绿体 发育 psba基因 基因转录
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不同盐浓度和光照强度对杜氏盐藻psbA基因表达的影响 被引量:3
16
作者 吕文兵 刘红涛 薛乐勋 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期288-292,共5页
利用半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR研究不同浓度的NaCl和不同的光照强度条件下杜氏盐藻psbA基因的表达差异.结果显示,杜氏盐藻在2.5 mol NaCl的培养基中,其psbAmRNA的表达达到最高,与其它各组不同NaCl浓度(1.5 mol,2.0 mol,3.0 mol和4.... 利用半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR研究不同浓度的NaCl和不同的光照强度条件下杜氏盐藻psbA基因的表达差异.结果显示,杜氏盐藻在2.5 mol NaCl的培养基中,其psbAmRNA的表达达到最高,与其它各组不同NaCl浓度(1.5 mol,2.0 mol,3.0 mol和4.0 mol)相比,差异显著(P<0.05);高浓度的NaCl(4.0 mol)能明显抑制杜氏盐藻psbA基因的表达.此外,与暗培养相比,杜氏盐藻在3 000 lx和4 500 lx的条件下,psbA基因的表达量明显升高(P<0.05),其中4500 lx光强下psbA表达量达到峰值.但高光强(8 000 lx)与暗培养相比,psbA基因的表达量无差异(P>0.05).上述结果提示,高浓度的盐(4.0 mol)和高光强(8 000 lx)能明显抑制PsbA基因mRNA的表达;而适量浓度的盐和光照条件能促进PsbA基因mRNA的表达. 展开更多
关键词 杜氏盐藻 psba基因 氯化钠 光照强度
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基于psbA基因的噬藻体遗传多样性研究进展 被引量:2
17
作者 李樾 刘婷婷 +1 位作者 刘丽 夏雪山 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期417-423,共7页
噬藻体作为一类感染蓝藻的特异性病毒,广泛分布于不同水生态系统中。随着水体富营养化的加剧,蓝藻水华频繁爆发,具有潜在控藻能力的生物因子——噬藻体的研究备受关注。目前对于噬藻体的研究主要集中在其分离纯化及生物学特性等,因缺乏... 噬藻体作为一类感染蓝藻的特异性病毒,广泛分布于不同水生态系统中。随着水体富营养化的加剧,蓝藻水华频繁爆发,具有潜在控藻能力的生物因子——噬藻体的研究备受关注。目前对于噬藻体的研究主要集中在其分离纯化及生物学特性等,因缺乏广泛通用的分子标记致使其遗传多样性研究受限。以编码光合作用反应中心D1蛋白的psb A基因为靶基因,综述了海洋、淡水环境中噬藻体psb A基因遗传多样性的最新研究进展,分析了噬藻体在不同自然环境中的分布及差异,同时也提出了噬藻体多样性研究中存在的一些问题。 展开更多
关键词 噬藻体 psba基因 遗传多样性
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云南高原异龙湖噬藻体psbA基因遗传多样性研究 被引量:3
18
作者 李春筱 刘婷婷 +1 位作者 刘玉珊 刘丽 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1322-1329,共8页
噬藻体作为一类感染蓝藻的特异性病毒,广泛分布于不同水生态系统中。作为噬藻体的一种靶标基因,编码光合作用反应中心D1蛋白的基因psbA不仅可用于揭示噬藻体的遗传多样性,还可用于探索噬藻体与其宿主蓝藻之间的关系。该文以云南高原富... 噬藻体作为一类感染蓝藻的特异性病毒,广泛分布于不同水生态系统中。作为噬藻体的一种靶标基因,编码光合作用反应中心D1蛋白的基因psbA不仅可用于揭示噬藻体的遗传多样性,还可用于探索噬藻体与其宿主蓝藻之间的关系。该文以云南高原富营养化湖泊异龙湖为研究对象,以psbA基因为分子标记,从异龙湖浓缩水样中共获得15条噬藻体psbA环境序列。基于噬藻体的psbA序列构建系统进化树,分析异龙湖水样噬藻体光合作用基因psbA的遗传多样性。研究结果表明:云南高原湖泊异龙湖水体中噬藻体psbA基因类群与海洋、其他淡水湖和日本稻田水体中psbA基因类群不同,与中国东北稻田的生态类群进化距离较近,进化相对独立。异龙湖水体中存在新的噬藻体类群,并且不同季节水样中噬藻体psbA基因序列存在差异,秋季其遗传多样性更加丰富。 展开更多
关键词 噬藻体 异龙湖 psba基因 遗传多样性
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百合科植物psbA基因密码子偏好性分析 被引量:1
19
作者 倪典墨 李冉郡 +3 位作者 郭忠静 高玲玲 周嘉裕 廖海 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期68-72,共5页
利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现。ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱。GC和GC3... 利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现。ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱。GC和GC3s平均值分别为42.5%和48.0%,表明密码子组成偏向A与U碱基,且倾向于以A/U结尾。CAI的平均值为0.218,说明密码子的表达水平偏低。ENc-plot表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于RSCU更适合作为百合科植物系统发育分析。 展开更多
关键词 密码子偏好性 聚类分析 百合科 psba基因
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水稻(Oryza sativa L.)核基因组存在叶绿体psbA基因的同源片段
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作者 俞皓 韩爱东 +2 位作者 王春新 李焱 刘良式 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 1999年第3期230-236,共7页
序列比较说明,重复DNA顺序pRRD9与水稻叶绿体基因组中编码QB蛋白的psbA基因存在高度的同源。用pRRD9亚克隆片段pRRD9R和片段pRRD9L对水稻的叶绿体和核DNA进行Southern杂交分析,揭示了psbA基因同源片段在某个进化时期由叶绿体基因组转... 序列比较说明,重复DNA顺序pRRD9与水稻叶绿体基因组中编码QB蛋白的psbA基因存在高度的同源。用pRRD9亚克隆片段pRRD9R和片段pRRD9L对水稻的叶绿体和核DNA进行Southern杂交分析,揭示了psbA基因同源片段在某个进化时期由叶绿体基因组转移到水稻核基因组,而且两者在水稻进化过程中的变异程度存在明显的差异。利用它们对野生稻和栽培稻总DNA的Southern杂交分析,显示亚洲栽培稻与AA基因组型的野生稻有较近的亲缘关系,以及在部分野生稻产生特异的杂交带谱,说明它可以作为一种分子探针来研究水稻的进化问题。 展开更多
关键词 水稻 重复DNA顺序 叶绿体 psba基因
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