GST pull-down技术验证CIPK7蛋白激酶与CBL1蛋白的相互作用

采用DNA重组技术,构建pGEX-4T-3-CIPK7和pET28-CBL1蛋白表达载体,转化大肠杆菌并诱导表达目的蛋白,利用亲和层析纯化法纯化GST标签、His标签融合蛋白,通过GST pull-down试验验证CIPK7与CBL1之间的相互作用.成功构建了CBL1和CIPK7的重组质粒,经诱导表达及纯化获得了可溶性GSTCIPK7和CBL1-His融合蛋白,GST pull-down试验证实了CBL1能够与CIPK7结合.CIPK7蛋白与CBL1蛋白之间存在直接的相互作用,为进一步研究蛋白激酶CIPK7的功能奠定了基础.

GST pull-down验证流感病毒PB1-F2蛋白与热休克蛋白40的相互作用

为体外验证流感病毒PB1-F2与热休克蛋白Hsp40相互作用,通过两个方向的GST pull-down试验验证PB1-F2与Hsp40的相互作用。构建GST-多肽融合蛋白原核表达载体pGEX-6P-1-PB1-F2和pGEX-6P-1-Hsp40,并在大肠杆菌(E.co-li)BL21中诱导表达;构建真核表达载体pLEGFP-Hsp40及pCAGGS-PB1-F2,并分别转染293T细胞使其表达Hsp40及PB1-F2融合蛋白,然后进行GST pull-down试验验证二者的相互作用。成功地构建了两种蛋白的各种表达载体,经表达、纯化获得了可溶性的GST-多肽融合蛋白,GST pull-down试验正反两方向都证实了PB1-F2与Hsp40的相互作用,初步证实了流感病毒PB1-F2在体外能与Hsp40发生相互作用。

GST pull-down验证新城疫病毒基质蛋白与鸡importinβ1蛋白的相互作用

旨在利用GST pull-down技术验证新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基质(matrix,M)蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外的相互作用。根据NDV ZJ1株M基因和鸡importinβ1基因序列设计引物,通过PCR扩增获得NDV M基因和鸡importinβ1基因,将其分别定向插入到原核表达载体pGEX-6p-1和pET-32a(+)构建重组原核表达载体pGEX-6p-M、pET-32a-importinβ1,然后转化至大肠杆菌BL21(DE3)后进行IPTG诱导表达,SDSPAGE检测重组蛋白的表达情况,并对包涵体重组蛋白进行变性和复性处理。然后以GST-M重组蛋白为诱饵蛋白,His-importinβ1重组蛋白为猎物蛋白,利用GST pull-down技术验证M蛋白与importinβ1蛋白的相互作用。结果表明,成功构建了重组原核表达载体pGEX-6p-M和pET-32a-importinβ1,将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)获得了正确表达。SDS-PAGE电泳检测显示GST-M重组蛋白主要以包涵体形式存在,而His-importinβ1重组蛋白以可溶性和包涵体两种形式存在。利用蛋白重折叠试剂盒获得了有活性的GST-M重组蛋白,将其作为诱饵蛋白,可以捕获并检测到His-importinβ1重组蛋白,但是GST标签蛋白不能结合His-importinβ1重组蛋白。利用GST pull-down技术证实了NDV M蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外具有直接的相互作用,这为深入研究importinβ1蛋白在NDV M蛋白细胞核定位的分子机制以及在NDV复制和致病中的作用奠定了基础。

FLAG Pull-down技术筛选LASP-1相互作用蛋白

目的筛选与LASP-1蛋白发生相互作用的蛋白质。方法构建携带FLAG标签的LASP-1融合表达载体,转染人结直肠癌细胞系SW480表达FLAG-LASP-1融合蛋白,用FLAG-M2亲和柱筛选并经SDS-PAGE分析差异条带,切取差异条带酶解进行质谱鉴定。结果成功构建pcDNA3-FLAG-LASP-1真核表达载体,转染SW480细胞表达FLAG-LASP-1融合蛋白,SDS-PAGE电泳分离得到8个差异蛋白条带,质谱鉴定LASP-1相互作用蛋白78 kDa葡萄糖调控蛋白(GRP78)和热休克同源蛋白71(HSC71)。结论 GRP78、HSC71均可能与LASP-1存在相互作用,这将为进一步研究LASP-1的功能和作用机制提供依据。

GST pull-down联合LC-MS/MS筛选柑橘抗溃疡病转录因子CsBZIP40的互作蛋白

【目的】CsBZIP40是一个与溃疡病抗性相关的转录因子,本研究旨在筛选转录因子CsBZIP40在响应柑橘溃疡病菌(Xanthomonas citri subsp. citri,Xcc)侵染过程中的互作蛋白,对CsBZIP40的互作网络进行分析,为柑橘抗溃疡病的分子育种提供理论依据。【方法】采用GST pull-down技术筛选柑橘在溃疡病菌侵染过程中CsBZIP40的互作蛋白。首先,构建带有GST标签的CsBZIP40蛋白融合表达载体,经IPTG(异丙基硫代半乳糖苷)诱导表达、纯化后获得GST-CsBZIP40融合蛋白作为诱饵蛋白;然后,将GST-CsBZIP40融合蛋白固定在谷胱甘肽亲和磁珠上,用固定在亲和磁珠的GST-CsBZIP40诱饵蛋白与接种溃疡病菌或LB培养基后柑橘叶片总蛋白进行孵育,与GST-CsBZIP40诱饵蛋白结合的蛋白复合物洗脱收集后进行SDS-PAGE凝胶电泳验证。将验证成功的样品洗脱液进行液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)检测,鉴定出未侵染和侵染状态下CsBZIP40的互作蛋白,将检测到的蛋白利用甜橙基因组数据库进行注释,筛选出在溃疡病菌侵染过程中与CsBZIP40特异结合的蛋白,并进行GO、KEGG和互作网络分析。【结果】过表达CsBZIP40的转基因植株表型正常,与对照植株无明显差异。过表达CsBZIP40的转基因植株溃疡病抗性评价中病斑面积、病情指数均显著小于野生型植株,分别为野生型的45%和54%。以该转基因植株为材料成功提取出侵染溃疡病菌后和未接种溃疡病菌状态下的柑橘叶片总蛋白。成功构建出GST-CsBZIP40诱饵蛋白表达载体,诱导表达纯化出GST-BZIP40诱饵蛋白。利用GST-CsBZIP40诱饵蛋白从侵染溃疡病菌后柑橘总蛋白和未接菌柑橘总蛋白中成功钓取蛋白,并用LC-MS/MS检测。经过比对、注释和筛选,在柑橘溃疡病菌侵染过程中与GST-BZIP40特异结合的蛋白有53个,这些蛋白参与多个分子功能和通路。在这53个蛋白中,有6个蛋白(Cs1g02310、Cs3g05280、Cs3g23950、Cs6g13880、Cs7g12130、orange1.1t04973)可能与植物抗病性密切相关。数据库中已经证明53个蛋白中44个与CsBZIP40有直接或间接的互作关系。【结论】溃疡病菌侵染过程中有53个蛋白与CsBZIP40互作,根据注释6个蛋白与植物抗病性密切相关,这些蛋白可能在提高柑橘生物胁迫抗逆性方面发挥着重要的作用。

GST pull-down联合质谱分析技术筛选鸡NOS2的互作蛋白

为了筛选NOS2在鸡雄性生殖细胞形成过程中的互作蛋白,通过克隆NOS2序列,构建pGEX-6p-NOS2原核表达载体且诱导表达NOS2蛋白,采用GST pull-down联合质谱分析技术筛选与鸡NOS2相互作用的蛋白质。结果显示:经GST pull-down质谱分析鉴定到316个与鸡NOS2相互作用的候选蛋白质,其中12个高评分蛋白具有相同的功能注释,参与精子运动调控,且主要分布在细胞质、细胞核等细胞组分中,可能通过与其它蛋白质、核酸等分子结合而参与MAPK、Notch等信号通路;质谱分析还发现GOT1蛋白与NOS2互作最为明显,该蛋白参与Notch信号通路,后续将作为重点候选互作蛋白以探究其与NOS2蛋白的互作方式。该结果为进一步探究NOS2在鸡胚胎干细胞向雄性生殖细胞分化中的调控机制奠定了实验基础。

利用GST pull-down联合质谱技术鉴定H7N9禽流感病毒PA-X的互作蛋白

【目的】为探究H7N9亚型禽流感病毒(AIV)PA-X蛋白的功能,采用GST pull-down联合质谱技术筛选与鉴定与PA-X相互作用的宿主蛋白。【方法】构建PA-X的重组表达载体pGEX-4T-PA-X,转化大肠杆菌BL21(DE3)中表达重组蛋白,并利用GST亲合树脂进行纯化得到GST-PA-X融合蛋白。利用GST pull-down技术,将GST-PA-X和GST对照蛋白分别与A549细胞裂解液总蛋白进行体外孵育,得到的蛋白复合物经SDS-PAGE分离后进行质谱检测分析。【结果】经GST pull-down筛选与质谱分析鉴定后得到39个高可信度的可能与PA-X互作的候选蛋白质。通过GO注释和KEGG等通路富集分析发现,这些蛋白主要参与RNA的代谢及加工、mRNA翻译及运输、多肽生物合成及基因表达的转录后调节等生物学过程。对其中评分最高的蛋白Hsp70-2与PA-X的相互作用作进一步验证,免疫荧光试验结果表明Hsp70-2与PA-X可以在细胞浆中共定位。【结论】利用GST pulldown联合质谱技术筛选到39种与PA-X互作的候选蛋白,且经免疫荧光试验证明候选蛋白Hsp70-2与PA-X存在共定位,为深入探讨PA-X在AIV生命周期中的作用机制奠定基础。

应用GST pull-down技术筛选番茄SIVQ6互作蛋白

【目的】含有VQ基序(VQ)的蛋白质是植物特异性蛋白质,具有保守的“FxxhVQxhTG”氨基酸序列,调节植物生长和发育。番茄SlMPK1在高温胁迫过程中发挥重要作用,酵母双杂交(Y2H)显示SlVQ6蛋白能够与SlMPK1相互作用,通过GST pull-down技术进一步验证SlMPK1与SlVQ6的互作以及SlVQ6的互作网络,为研究SlVQ6介导的高温应答信号通路奠定基础。【方法】通过pGEX-4T-1-PC-VQ6质粒构建,以含有目的基因SIVQ6的菌液为模板,设计特异性引物,扩增目的基因序列,将获得的目的基因VQ6克隆到载体pGEX-4T-1的BamHⅠ和NotⅠ的酶切位点之间,将获得的重组质粒pGEX-4T-1-PC-VQ6转入TOP10克隆菌株经IPTG(异丙基硫代半乳糖苷)诱导表达,通过GST柱亲和纯化获得目标蛋白PC-VQ6,进而获得预期GST-SlVQ6融合蛋白,通过体外磷酸化进一步确定SlVQ6是否是SlMPK1的下游底物;以GST-SlVQ6为诱饵蛋白固定于GST Sepharose Beads上,与番茄叶片总蛋白孵育后洗脱,收集洗脱液进行SDS-PAGE凝胶电泳验证,通过LC-MS/MS检测SlVQ6可能互作的候选蛋白,并对筛选的SIVQ6互作蛋白通过GO、KEGG和蛋白互作网络进行生物信息学分析。【结果】成功构建pGEX-4T-1-PC-SlVQ6基因重组表达质粒,并获得带有GST标签的GST-SlVQ6融合蛋白,其分子量大小约为54 kD;将GST-SlVQ6和His-SlMPK1进行体外磷酸化试验,SlMPK1能够磷酸化SlVQ6,而作为阴性对照的GST与SlMPK1无相互作用,且SlVQ6不存在自磷酸化的现象,表明GST-SlVQ6和His-SlMPK1具有相互作用,且SlVQ6是SlMPK1的下游底物;以GST-SlVQ6融合蛋白为诱饵蛋白(空GST为阴性对照),利用pull-down试验筛选番茄叶片组织蛋白中与SlVQ6蛋白结合的蛋白,经SDS-PAGE分离、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)鉴定以及Mascot与蛋白数据库检索,共鉴定出37个与SlVQ6结合的蛋白,包括蛋白激酶Receptor for Activated C Kinase 1B(RACK1B),通过GO、KEGG和蛋白互作网络的生物信息学分析,表明这些蛋白参与多种信号通路,其中8个核糖体蛋白可能与高温胁迫密切相关。【结论】SlVQ6是SlMPK1的底物蛋白,且37个蛋白可能与SlVQ6互作,这些蛋白与胁迫反应有着密切的联系,可能会在提高番茄植株高温耐受性等方面发挥重要作用。

GST Pull-down实验鉴定NF-κB相互作用多肽

目的体外鉴定NF-κB相互作用多肽与p50和p65间的相互作用。方法首先构建GST-作用多肽融合蛋白的原核表达载体pET-42a/polypeptide及NF-κB p50和p65亚基保守结构域的原核表达载体pET22b/p50和pET22b/p65,并在大肠杆菌E.coliBL-21中诱导表达,后进行GST pull-down实验验证多肽与NF-κB p50和p65的结合效应。结果经诱导表达获得了可溶性的GST-多肽融合蛋白和具有DNA结合活性的p50p、65蛋白,GST pull-down实验证实3条多肽与p50发生特异地相互作用。结论证实3条多肽在体外能与p50发生物理性的相互作用,这为获得靶向NF-κB的功能拮抗多肽工作奠定了基础。

GST pull-down结合质谱技术鉴定Muted蛋白相互作用蛋白

目的鉴定Muted蛋白相互作用蛋白。方法表达并纯化GST-Muted蛋白融合蛋白,与小鼠脑组织蛋白共孵育,银染获得与Muted互作的蛋白条带,利用质谱技术获得这些条带的氨基酸序列,鉴定Muted的相互作用蛋白。结果初步鉴定出31个与Muted特异结合的互作蛋白,包括外泌体蛋白、细胞骨架蛋白及马达蛋白等,进一步应用免疫共沉淀技术验证了Muted与Stxbp1的相互作用。结论从小鼠脑组织初步鉴定了Muted蛋白的结合蛋白,为进一步研究Muted蛋白在LDCVs形成和分泌过程中的功能及机制提供了新的线索。

GST pull-down方法寻找组蛋白去乙酰化酶的互作蛋白研究

用GST pull-down方法寻找组蛋白去乙酰化酶(HDACs)的互作蛋白,发现了HDAC8新的互作蛋白烯醇酶ENO1,ENO1在糖代谢过程中发挥着重要作用,ENO1参与HDAC8复合物发挥作用的过程。

GST pull-down联合质谱分析筛选番茄SLSPRH1的互作蛋白

促分裂源活化蛋白激酶(MAPK)在植物逆境应答过程中发挥重要的作用。SLSPRH1是一种丝氨酸脯氨酸富集蛋白质,作为番茄SlMPK1下游靶蛋白,参与逆境响应。然而,SLSPRH1的作用机制尚不明确。为确定SLSPRH1可能的相作蛋白,以进一步研究其作用机制,构建pGEX-4T-1-SLSPRH1重组载体并转化BL21表达菌,经IPTG诱导表达和GST柱纯化,获得GST-SLSPRH1融合蛋白。通过蛋白质体外结合GST pull-down试验结合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)分析筛选SLSPRH1的互作蛋白,共鉴定出15种蛋白质与其互作。生物信息学分析表明SLSPRH1互作蛋白主要参与植物各种代谢过程和胁迫应激反应。

长足大竹象信息素结合蛋白CbuqPBP2互作蛋白的筛选与验证

【目的】筛选长足大竹象(Cyrtotrachelus buqueti)信息素结合蛋白CbuqPBP2的互作蛋白,为实现利用信息物质对长足大竹象种群持续控制提供参考。【方法】利用GST pull-down联合质谱技术,对长足大竹象信息素结合蛋白CbuqPBP2的互作蛋白进行筛选、鉴定和分析,并采用酵母双杂交试验验证了CbuqPBP2与信息素结合蛋白CbuqPBP1的特异性互作。【结果】GST pull-down共筛选出45个与长足大竹象信息素结合蛋白CbuqPBP2特异性结合的候选互作蛋白,包括CbuqPBP1、ND2、CYTB。这些互作蛋白主要参与细胞过程、定位、代谢过程、应激反应以及生物调控等多个生物学过程。使用酵母双杂交体系,构建了pGADT7-PBP1重组猎物质粒与pGBKT7-PBP2重组诱饵质粒,通过诱饵质粒毒性检测和自激活检测,表明重组诱饵质粒对Y2HGold酵母菌无毒性作用。共转化验证结果显示,诱饵质粒pGBKT7-PBP2共转化酵母菌株能够在TDO培养基上生长。【结论】CbuqPBP2和CbuqPBP1之间有相互作用,不同信息素结合蛋白间的互作对深入理解长足大竹象嗅觉感受机制提供了新的思路。

玉米大斑病菌细胞周期蛋白依赖性激酶结构亚基StCks1鉴定及其基因功能分析

【目的】Cks1(cyclin-dependent kinase subunit 1)是细胞周期蛋白依赖性激酶复合体CDK(cyclin-dependent kinase)的结构亚基,是细胞周期调控过程中的关键基因。论文旨在鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)StCks1,分析玉米大斑病菌附着胞发育过程中StCks1表达量差异及其互作蛋白,为进一步研究StCks1在附着胞发育中的作用打下基础。【方法】通过对玉米大斑病菌野生型菌株01-23全基因组数据分析,获取StCks1蛋白序列;利用软件MEGA 5.0和在线数据库Pfam、SMART对酿酒酵母、裂殖酵母和拟南芥等物种Cks1蛋白进行系统发育树构建和保守结构域分析;收集玉米大斑病菌附着胞发育不同时期样品进行转录组测序以及表达量分析。利用原核诱导表达系统,构建原核表达载体pGEX-6p-3-StCks1,并转化大肠杆菌表达菌株BL21,对重组蛋白GST-StCks1诱导表达纯化;通过GST pull-down、Western blot技术和酵母双杂交试验,鉴定StCks1的互作蛋白。【结果】玉米大斑病菌全基因组中鉴定到唯一StCks1蛋白编码基因,该蛋白由130个氨基酸组成;其三级结构主要由4股β折叠和3个α螺旋构成,含有HxPEPH(His-anyPro-Glu-Pro-His)保守位点和Cks保守结构域;通过转录组测序和表达量分析发现,StCks1在附着胞发育不同时期表达量显著上调;重组蛋白GST-StCks1在1 mmol·L^(-1) IPTG,30℃诱导2 h可获得大量可溶性蛋白;通过GST pull-down技术获取大量互作蛋白并进行质谱鉴定,通过Western blot和酵母双杂交试验,验证StCks1与细胞周期蛋白依赖性激酶CDK1存在互作。【结论】玉米大斑病菌中含有唯一的StCks1,通过与细胞周期蛋白依赖性激酶CDK1互作调控附着胞的发育。

GSTpull-down联合质谱鉴定BAG结构域相互作用蛋白

目的:BAG结构域(BAG domain,BD)为BAG家族蛋白的基本功能结构域,通过对BAG家族蛋白6个成员的9个BDs的相互作用蛋白进行分析,以探明不同BD相互作用蛋白的异同点并为研究BAG家族蛋白多样性生物功能的分子机制提供理论依据。方法:构建p-GEX-4T2-BDs重组子并转化E.coli BL21(DE3)经IPTG诱导表达GST-BDs融合蛋白并纯化。采用GST pulldown技术联合高效液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)的策略对BDs相互作用蛋白进行定性定量分析。最后,用DAVID(The Database for Annotation,Visualization and Intergrated Discovery)和cytoscape对BDs相互作用蛋白进行GO(Gene Ontology)功能分析及KEGG(Kyoto Enyoolpedia of Genes and Genomes)通路分析。结果:在Hela细胞的胞浆蛋白中总共鉴定到370个潜在的BDs相互作用蛋白,主要为核糖体蛋白(ribosomal proteins)、翻译起始因子(Eukaryotic translation initiation factors)、翻译延长因子(Eukaryotic translation elongation factors)、泛素化-蛋白酶体相关蛋白(ubiquitin-proteasome associated proteins)及HSP40家族蛋白。GO功能富集分析结果显示,BDs相互作用蛋白涉及多种生物学功能,包括细胞内蛋白质质量控制(protein quality control)、糖代谢(glycolysis)、免疫调控(immune response)、应激反应(stress response)、细胞周期(cell cycle)等。KEGG通路分析结果表明BDs相互作用蛋白参与多条细胞内重要的信号通路,包括FGF信号通路(FGF signaling pathway)、EGF受体信号通路(EGF receptor signaling pathway)、PDGF信号通路(PDGF signaling pathway)、Ras通路(Ras pathway)等。结论:BAG家族蛋白不同成员的BD所介导的蛋白-蛋白相互作用既有共性又有特异性,BAG家族蛋白通过BDs介导多种蛋白相互作用并参与细胞内多条重要的信号通路来调控细胞内蛋白质稳态、糖代谢、免疫反应、应激反应、细胞周期等过程。

GST pull-down筛选冠突曲霉MAT的互作蛋白

目的:冠突曲霉(Aspergillus cristatus)是一种同宗结合菌,它的产孢受渗透压调控,与构巢曲霉的光调控产孢机制存在较大差异。冠突曲霉的有性生殖主要受MAT1-1-1和MAT1-2-1调控,但MAT基因对该菌有性生殖的调控机制仍不清楚。期望筛选得到冠突曲霉MAT的互作蛋白,为深入研究冠突曲霉有性产孢机制奠定基础。方法:利用GST pull-down联合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术筛选可能与冠突曲霉MAT1-1-1和MAT1-2-1互作的蛋白,结合ProteinPilot和冠突曲霉基因组注释结果进行互作蛋白的注释及GO分析,其中互作蛋白SI65_00917和SI65_03348利用RT-qPCR探索它们与有性发育的联系,并利用酵母双杂交技术初步验证它们与MAT蛋白的互作关系。结果:成功构建了GST-MAT1-1-1、GST-MAT1-2-1表达载体,诱导表达纯化出目的诱饵蛋白,分别利用诱饵蛋白捕获冠突曲霉总蛋白中的互作蛋白,经分析、筛选共鉴定出与MAT1-1-1互作的蛋白56个,与MAT1-2-1互作的蛋白413个。GO分析表明,这些蛋白参与翻译调控、代谢过程、蛋白质转运及蛋白结合等生物学过程,具有核苷酸结合活性、催化活性、蛋白结合活性;RT-qPCR结果表明互作蛋白SI65_00917可能与有性发育相关。酵母双杂交结果表明,SI65_00917蛋白具有自激活作用,可能是转录因子;SI65_03348蛋白与MAT1-1-1、MAT1-2-1在酵母中均有互作。结论:MAT通过与其他蛋白直接或间接的相互作用调控其有性发育过程。

GST pull-down结合质谱筛选猪圆环病毒2型ORF4潜在互作蛋白

猪圆环病毒2型编码的ORF4蛋白是近年来发现的新蛋白。迄今为止,人们对ORF4所参与的细胞生物学过程知之甚少。本研究首先构建了带双标签的真核表达载体pCMV-N-Flag-GST,再将ORF4基因插入该载体中,形成pCMV-N-Flag-GST-ORF4。将质粒转染293T细胞表达ORF4后,通过GSTPull-down试验捕获细胞内潜在与ORF4互作的蛋白库。经SDS-PAGE分离及银染后,对所得的特异性条带进行质谱鉴定,筛选出5个与ORF4潜在互作的蛋白,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶6催化亚基、α心肌蛋白、β肌动蛋白、SEC-14样蛋白5和肌球蛋白myosin 9。上述研究结果为深入揭示ORF4在病毒感染细胞过程中发挥的作用提供新的思路与方向。

lnc85通过调节CDC42的表达促进肝癌细胞增殖

目的:探讨长链非编码RNA RP11-85G21.1(lnc85)对肝癌细胞增殖的作用及可能机制。方法:RNA全转录组测序结合实时荧光定量PCR(RT-qPCR)筛选验证肝癌中差异高表达的lnc85;利用lnc85过表达/空载慢病毒感染细胞,构建lnc85过表达肝癌细胞株(OE)和对照细胞(control);RNA下拉实验(RNA pull-down)联合质谱筛选lnc85互作蛋白并进行蛋白免疫印迹(western blotting)验证;MTT实验、细胞克隆形成实验分析lnc85过表达对细胞增殖的影响;生物信息学分析lnc85互作蛋白表达水平及对生存的影响。结果:RNA全转录组测序发现,与对照相比,lnc85在肝癌患者血浆外泌体中明显高表达(P<0.001),RT-qPCR验证lnc85在3种肝癌细胞中显著升高(P<0.01,P<0.001);RNA pull-down联合质谱分析发现CDC42为lnc85的互作蛋白,RT-qPCR证实CDC42水平在肝癌细胞显著升高(P<0.001);且lnc85过表达的肝癌细胞中,CDC42蛋白水平显著上调(P<0.001),细胞增殖能力显著增强(P<0.01);生物信息学分析发现,肝癌患者CDC42的表达水平显著高于健康对照(P<0.001),并随着肿瘤等级的增高而增高;高表达CDC42的肝癌患者预后不良(P<0.001)。结论:lnc85在肝癌中高表达,可能通过靶向调节CDC42的表达促进肝癌细胞的增殖。

植物中验证蛋白相互作用的Pull-down和Co-IP技术

蛋白互作在细胞生命活动中发挥关键作用,在不同时空层面上参与多种细胞学过程,因此研究蛋白互作对理解分子调控网络至关重要。通常情况下,利用酵母双杂交系统筛选植物蛋白互作必须通过体外和体内系统进行验证。Pull-down和Co-IP是验证植物蛋白互作的常用技术。Pull-down被广泛用于体外验证蛋白间的直接互作;而在植物活体内,利用本氏烟草(Nicotiana benthamiana)叶片瞬时表达蛋白,继而通过Co-IP进行鉴定是目前验证蛋白互作最简单且最有效的方法之一。该文对GST Pull-down和烟草瞬时表达系统中Co-IP技术原理及实验方案进行详细描述,以期为验证植物蛋白互作提供参考。

GST pull-down联合质谱技术鉴定与calponin-3相互作用的蛋白质

人(Homo sapiens)源calponin-3蛋白由CNN3基因编码,是一种与应激纤维相关肌动蛋白结合的蛋白质。研究表明其参与伤口愈合、细胞收缩、生物发育、细胞融合以及癌细胞侵袭转移等生物过程。鉴于calponin-3生物学功能的多样性,了解其在细胞中的相互作用信息,将有助于深入探讨其执行生物功能的分子机制。本研究通过构建人源calponin-3的重组原核表达质粒pGEX-4T-CNN3,优化重组蛋白的原核表达诱导条件,获得GST-calponin-3融合蛋白。并通过GST pull-down实验“垂钓”人胚肾上皮细胞293t中直接或间接与calponin-3结合的靶蛋白。经由LC-MS/MS质谱分析,共鉴定到11个潜在的与calponin-3相互作用靶蛋白。进而对这些蛋白质进行GO(gene ontology)功能分析,发现其主要参与细胞黏附、催化活性、结构分子活性和翻译调控等生物过程。其中,靶蛋白Actin参与了阿尔茨海默病、钙黏着蛋白信号通路、Rho GTPase调节细胞骨架、亨廷顿病、趋化因子和细胞因子信号转导途径介导炎症以及Wnt信号通路等。这些结果表明calponin-3可能通过这些途径发挥重要生物学功能。因此,本研究从相互作用蛋白质的角度,为深入阐明calponin-3的生物学功能提供实验基础。