Prevalence and Study of the Clonality of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Klebsiella pneumoniae Strains in Neonatology at the University Hospitals of Abidjan by the Pulsed Field Gel Electrophoresis and the Quantitative Antibiogram

Background: ESBL-producing strains of Klebsiella pneumoniae, one of the main causes of nosocomial and hospital-acquired infections, are commonly associated with therapeutic impasses. Surveillance of these multidrug-resistant pathogens is a crucial tool for controlling and preventing infections. This surveillance involves the use of appropriate molecular and phenotypic typing techniques. The choice of techniques is based on criteria such as discriminatory power, intra- and inter-laboratory reproducibility, epidemiological concordance, ease of use and cost. The aim of our study was to identify clusters of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-producing Klebsiella pneumoniae (ESBL-K. pneumoniae) strains circulating in neonatology using quantitative antibiogram (QA) and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Materials and Methods: This cross-sectional study included 55 K. pneumoniae strains isolated from a total of 513 samples. These various samples are taken from newborns, healthcare personnel, and the environment. K. pneumoniae identification followed standard bacteriological procedures and was confirmed using the Vitek® 2 (bioMérieux). The detection of the ESBL phenotype was performed using the synergy test. QA and PFGE were used to identify clonal relationships between the various strains isolated. Concordance between these two methods was assessed by calculating Cohen’s KAPPA coefficient and Simpson’s diversity index. Results: Among the 55 K. pneumoniae strains included in this study, 58.2% (32/55) were found to be Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) producers. Most of these strains were isolated from neonatal samples (blood samples and rectal swabs). The quantitative antibiogram method applied to 28 out of the 32 ESBL-producing strains revealed that the isolates were grouped into 5 clusters. Pulsed Field Gel Electrophoresis performed on a total of 16 ESBL-producing strains showed the existence of four profiles. A perfect concordance was observed between the two methods. Conclusion: The results of this study highlighted the existence of clonal strains of various origins within neonatology units.

CHARACTERIZATION OF PATHOGENIC FUNGI GENOMES USING PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS

Pulsed field gel electrophoresis(PFGE) has been firstly introduced in characterization of the pathogenic fungi Penicillium marne f fei and Exophiala dermatitidis genomes.The numbers and sizes of their chromosomes have been detected.Polymorphism was identified on the smallest chromosome of E.dermatitidis.The result shows that PFGE for characterization of large molecular DNA pathogenic fungi is very suitable,it is more simple and more efficacy.The result also shows the diversity of pathogenic fungi is relative common even in rare occurred pathogenic fungi such as E.dermatitidis.

Optimization of Pulse-Field Gel Electrophoresis for Borrelia burgdorferi Subtyping

Objective To optimize the performance of Pulsed-Field Gel Electrophoresis （PFGE） for the comparison of inter-laboratory results and information exchange of Borrelia burgdorferi subtypingo Methods A panel of 34 strains of B. burgdorferi were used to optimize PFGE for subtyping. In order to optimize the electrophoretic parameters （EPs）, all 34 strains of B. burgdorferi were analyzed using four EPs, yielding different Simpson diversity index （D） values and the epidemiological concordance was also evaluated. Results The EP of a switch time of l s to 25 s for13 h and l s to10 s for 6 h produced the highest D value and was declared to be optimal for Mlul and 5mal PFGE of B. burgdorferi. Mlul and Smal were selected as the first and second restriction enzymes for PFGE subtyping of B. burgdorferi according to discrimination and consistency with epidemiological data. Conclusion PFGE can be used as a valuable test for routine genospecies identification of B burgdorferi.

Establishment and Comparison of Pulsed-field Gel Electrophoresis,Multiple-locus Variable Number Tandem Repeat Analysis and Automated Ribotyping Methods for Subtyping of Citrobacter Strains

Objective To establish and compare the pulsed-field gel electrophoresis （PFGE）, multiple-locus variable number tandem repeat analysis （MLVA） and automated ribotyping for subtyping of Citrobacter strains. Methods PFGE protocol was optimized in terms of plug preparation procedure, restriction enzymes and configuration of electrophoretic parameters. MLVA method was evaluated by finding variable number tandem repeats in two genomes of Citrobacter strains. The ribotyping was performed by using the automated RiboPrinter system. Results We optimized the plug preparation procedure, focused on the cell suspension concentration （turbidity of 2.5 to 3.5）, SDS addition （no SDS needed） and lysis time （1 h）, and selected the appropriate restriction enzyme （Xbal） and the electrophoretic parameters （1.0 s-20.0 s for 19 h） of PFGE. There was nearly no discriminatory power of MLVA between Citrobacter strains. For 51 Citrobacter strains, automated ribotyping gave a D-value of 0.9945, while PFGE gave a D-value of 0.9969. Both PFGE and automated ribotyping clustered strains from the same sources （with the same species from the same place at the same time identified as the same source） and divided strains from different sources （from different years, places and hosts） into different subtypes. Conclusion PFGE protocol established in this paper and automated ribotyping are suitable for application in Citrobacter subtyping.

2022—2023年贵州省单核细胞增生李斯特氏菌PFGE分型及耐药性分析

目的了解2022—2023年贵州省单核细胞增生李斯特氏菌血清表型、脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型特征和耐药情况,旨在为贵州省李斯特氏菌病的防控提供实验室数据支持并提高预警监测能力。方法收集2022年1月—2023年12月贵州省致病菌识别网中心实验室监测腹泻疾病相关样本1220份,按照GB 4789.30—2016《食品安全国家标准食品卫生微生物学检验单核细胞增生李斯特氏菌检验》的执行标准分别进行分离培养,按照《国家致病菌识别网实验室监测技术手册(2022试用版)》进行实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法鉴定,多重PCR检测血清型分型、PFGE分子分型和药敏试验。结果1220份腹泻疾病相关样本分离出424株菌株,其中单核细胞增生李斯特氏菌11株,阳性率为2.59%(11/424);11株单核细胞增生李斯特氏菌分为6种血清表型,血清型分布为1/2a、1/2b、1/2c、3a、3b和3c型;11株单核细胞增生李斯特氏菌对头孢西丁(cefoxitin,FOX)耐药率高达100%,对氯霉素(chloroamphenicol,CHL)中介率为72.72%,剩余12种药物[红霉素(erythromycin,ERY)、复方新诺明(trime-thoprim/sulfamethoxazole,T/SUL)、庆大霉素(gentamicin,GEN)、亚胺培南(imipenem,IPM)、苯唑西林(benzoxacillin,OXA)、克林霉素(clindamycin,CLI)、环丙沙星(ciprofloxacine,CIP)、达托霉素(datomycin,DAP)、氨苄西林(ampicillin,AMP)、四环素(tetracycline,TET)、万古霉素(vancomycin,VAN)、青霉素(chloramphenical,PEN)]均100%敏感;经AscⅠ酶切后11株单核细胞增生李斯特氏菌分成7种PFGE带型,相似性为40%~100%,其中3株菌相似性高达100%。结论2022—2023年贵州省发生了一起家庭聚集性李斯特氏菌病事件,遵义市肉制品中存在相同的污染来源,且污染源持续存在,贵州省具有多种致病性单核细胞增生李斯特氏菌,但尚未出现严重耐药情况。

深圳市伤寒PulseNet数据库的初步建立与应用

[目的]建立深圳市伤寒PulseNet数据库,用于伤寒的实时监测和分子流行病学调查。[方法]采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,对深圳市2002～2005年106株伤寒的染色体DNA进行酶切,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱电子化数据分析,建立分子分型数据库。[结果]深圳市各年的伤寒菌株变异较多,呈现30多种PFGE图谱。同一起伤寒暴发的临床分离株具有相同的PFGE图谱。[结论]深圳市伤寒PulseNet数据库的初步建立,对直观地分析各起疫情之间的相互关系,对疫情的控制和传染来源的追踪具有重要意义。

89株蜡样芽孢杆菌食品分离株携带毒力基因情况及PFGE分型研究

目的了解上海市青浦区食品中蜡样芽孢杆菌污染情况、蜡样芽孢杆菌毒力基因的携带情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。方法参照GB4789.14-2014对729份食品样品(包含熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐、酱料、蔬菜)进行蜡样芽孢杆菌的分离鉴定、生化分型;应用PCR对检出的蜡样芽孢杆菌进行9种腹泻毒素毒力基因和1种呕吐毒素毒力基因检测;使用PFGE分型方法及BioNumerics5.10软件进行聚类分析。结果该研究729份食品样品中检出89株蜡样芽孢杆菌,检出率为12.21%,其中熟制米面制品中蜡样芽孢杆菌检出数最多、检出率最高(35株,16.83%),生化分型以2型为主。9株菌株携带所有腹泻毒素毒力基因,14株携带呕吐毒素基因ces。PFGE结果显示,89株菌株可分为85个带型,NotⅠ酶切可得5~12条DNA片段,存在带型完全一致菌株。结论上海市青浦区熟制米面制品、熟肉制品、学生午餐等食品中均能检出蜡样芽孢杆菌且毒力基因携带率较高,存在同地点采样不同样品受相同菌株污染的情况,需加强食品的常规监测,预防食品受污染后引起的食源性疾病,保障公众食品安全,排除潜在食源性风险。

2019—2020年桂林市食源性沙门菌耐药分析及PFGE分型研究

目的了解2019—2020年桂林市沙门菌耐药情况及分子分型特征,以期了解桂林市食源性沙门菌的流行变化规律。方法对2019—2020年食源性风险监测及突发公共卫生事件检出的69株沙门菌进行血清分型,根据CLSI 2020推荐标准,采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度(MIC),分析耐药性,以脉冲场凝胶电泳法(PFGE)进行分子分型。结果69株沙门菌分属20个血清型,优势血清型为鼠伤寒沙门菌(27.54%)和肠炎沙门菌(14.49%);2019年的32株菌共产生17个耐药谱,其中9株鼠伤寒沙门菌对四环素100%耐药;2020年的37株菌共产生24个耐药谱,其中10株鼠伤寒沙门菌对磺胺异噁唑100%耐药。69株沙门菌呈现出多个不同的基因型别。相同血清型的基因型比较相近,具有同源性,不同血清型的PFGE结果具有多态性。结论2019—2020年桂林市沙门菌的优势菌株为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,检出的沙门菌存在耐药现象,不同沙门菌菌株之间可能具有亲缘性关系。

Antimicrobial resistance, genotypic characterization and pulsed-field gel electrophoresis typing of extended spectrum β-lactamases-producing clinical Escherichia coli strains in Macao, China

Background The rise of the production of CTX-M class extended spectrum β-lactamases （ESBLs） has been well documented in traveling countries but no data are found for Macao, an international travel city. The objectives of this study were to identify the antimicrobial resistance pattern, and determine the prevalence, genotype and clonal relationship of ESBLs in 209 clinical Escherichia coli strains from Macao, China. Methods Antimicrobial susceptibility test was performed to determine the resistance patterns of the isolates using the disk diffusion method with 17 antimicrobial agents. Phenotypic detection was screened and confirmed according to the Clinical and Laboratory Standards Institute. Genotypic characterization was detected by isoelectric focusing analysis, polymerase chain reaction and sequencing. The clonal relationship between the different ESBL isolates was studied by pulsed-field gel electrophoresis （PFGE）. Results Imipenem and meropenem exhibited 100% susceptible among 209 strains. Overall, 82.3%, 67.3%, 52.9%, 51.2% and 51.0% of the isolates displayed resistance to ampicillin, tetracylcline, ciprofloxacin, sulfamethoxazole trimethoprin and gentamycin. The prevalence rate of ESBLs was 30.1%. Antibiotic resistances were found to be significantly higher among the ESBL producing group compared to non-ESBL producing group. We detected CTX-M-14 to be the major genotypic characterization of ESBLs （76.2%）. Two strains showed indistinguishable patterns by PFGE. Conclusions The prevalence of antimicrobial resistance is alarming high in Macao. Antimicrobial resistance is significantly higher among the ESBL producing group. This study documented CTX-M-14 as the predominant ESBL type. Although indistinguishable pattern was found between two strains, it was too small to decide whether any of the investigated strains was epidemic. Our findings may be also pertinent for other geographic areas undergoing similar travel characteristics to understand the corresponding effects on bacterial populations.

2021年贵州省遵义市李斯特菌血清型和PFGE分型分析

目的了解2021年贵州省遵义市李斯特菌血清型分布和PFGE分子分型特征,为贵州省李斯特菌病防控提供实验室依据。方法收集2021年贵州省致病菌识别网遵义市网络实验室监测的242份食品样本,对其进行分离培养,PCR鉴定,多重PCR血清型分型和脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型。结果242份食品标本分离出5株李斯特菌,分离率为2.07%(5/242),其中4株为单增李斯特菌;5株李斯特菌分成2种血清群,其中1株非单增李斯特菌未分离出血清群,l/2a、3a血清群为优势血清群,经AscⅠ酶切后5株李斯特菌分成5种PFGE带型,相似性为45%~85%。结论贵州省遵义市可能出现除单增李斯特菌外其他李斯特菌种属,李斯特菌PFGE型别呈多样性,主要以食品污染为主,未发现聚集病例,有散发病例出现的可能性,应加强对其分子分型监测。

东海县2起山夫登堡沙门菌食物中毒溯源调查

目的对东海县2乡镇同一天内发生由山夫登堡沙门菌引起的食物中毒事件开展溯源调查,为该类事件处置及预防提供参考。方法对2起食物中毒20例患者进行现场流行病学调查,采集可疑剩余食品、相关人员肛拭子、容器涂抹样等进行检测;对检出的9株沙门菌进行血清分型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型。结果2起食物中毒所食用的猪耳朵为某农贸市场同一摊位生产,9株沙门菌血清分型显示同为山夫登堡沙门菌,PFGE分型显示带型相似度100%。结论该2起食物中毒事件均为食品加工烹饪环节受山夫登堡沙门菌污染所引起,经溯源调查是1起食物中毒事件,与某农贸市场某摊位所销售的肉制品污染有关。

副溶血性弧菌引起食源性疾病暴发事件调查与病原特征分析

目的调查和分析山西省阳泉市一起食源性疾病暴发事件中副溶血性弧菌的病原特征,提高对食物中毒应急事件的处理能力。方法使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、血清学分型、毒力基因检测、药物敏感实验和全基因组测序的方法分析25例有腹泻、腹痛、恶心、呕吐等消化道症状的患者分离出的11株分离菌株。结果11株分离菌株均为副溶血性弧菌,其中8株副溶血性弧菌分离株携带毒力基因tdh,1株同时携带毒力基因trh和tdh,1株只携带毒力基因trh,1株只有毒力基因tlh。血清型分为3种型别,分别是O10:K4、O4:K63以及O5:unknown。根据11株副溶血性弧菌的PFGE图谱将菌株分为5种不同的群,基于全基因组序列的分析显示8株来自患者的副溶血性弧菌具有相同的ST型,属于同一克隆群。副溶血性弧菌病原体毒力、耐药基因和药敏表型相同,符合暴发流行病学特征,判断其为该起食物中毒事件的病原体。11株菌均只含有blaCARB耐药基因,且未检测到耐药质粒,对氯霉素、萘啶酸、四环素、美罗培南、阿米卡星、氨苄西林、厄他培南、替加环素、头孢噻肟、头孢他啶和环丙沙星均敏感,对多黏菌素E中度敏感,均无耐药表型。结论这是一起由多种血清型副溶血性弧菌污染了食品而导致的食源性疾病暴发事件。该食堂储存食物时生熟不分,副溶血性弧菌机会性繁殖在合适的含盐食物中也可以增殖,进而引起该起事件发生。

1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨

目的分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析。结果共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001~DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份。常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致。12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药。基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致。选取DXH001~DXH009开展PFGE和WGS分析。9株鼠伤寒沙门氏菌获得完全一致的PFGE图谱,全基因组序列大小无明显差异,约为4.9 Mbp,MLST型均为ST19。从SNP的最小生成树来看共存在17个变异位点,各菌株间SNP差异数为1~6。全基因组系统发育进化树分析显示,9株沙门氏菌自成一簇,与数据库其他沙门氏菌相差甚远,属于新的克隆分支。同源性最高的来源于江西的GCF_020221795.1参考样本。结论本次食物中毒事件致病源为鼠伤寒沙门氏菌ST19,为同一暴发来源。9株沙门氏菌遗传距离较近,但与数据库中其他沙门氏菌遗传距离较远,自成一簇属于新的克隆分支。本研究中沙门氏菌具有多重耐药性,需加强对多重耐多药菌株的监控及抗菌药物使用的监管。

2019-2021年兰州市腹泻患者肠炎沙门菌耐药特征及分子分型研究

目的了解兰州市肠炎沙门菌的耐药谱及耐药特点,建立兰州市沙门菌基因型数据库,为有效预防沙门菌的感染及治疗提供科学参考。方法对2019—2021年从兰州市食源性主动监测中分离到的94株沙门菌进行血清分型、生化鉴定;利用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测41株肠炎沙门菌的指纹图谱;使用BioNumerics软件对41株肠炎沙门菌PFGE指纹图谱进行聚类分析。结果94株沙门菌分属为20个血清型,其中肠炎沙门菌为优势血清群,占43.62%(41/94)。41株肠炎沙门菌对喹诺酮类萘啶酸的耐药率为100.00%,对青霉素类氨苄西林耐药率高达80.49%(33/41),对头孢唑林的耐药率为39.02%(16/41),对氨苄西林/舒巴坦、四环素的耐药率均为31.71%(13/41),但对亚胺培南、头孢西丁的耐药率为0.00%;其中26株菌(63.41%,26/41)出现多重耐药,共产生18种耐药谱。41株肠炎沙门菌通过XbaⅠ酶切共获得19种带型,各带型之间的相似度为74.20%~100.00%,各带型所包含的菌株数不同,同一年份菌株间的同源性较高并且有100.00%相同带型。结论兰州市沙门菌血清型呈多样性,其优势血清群肠炎沙门菌高耐药和多重耐药严重,PFGE带型复杂多样,呈现出一定的遗传多样性。

福建省嗜肺军团菌血清1型及血清6型菌株PFGE分型研究

目的研究福建省2008年至2010年公共场所空调冷却塔水及冷凝水中分离的嗜肺军团菌血清Ⅰ型(LP1)及血清Ⅵ型(LP6)的基因特征。方法应用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)技术对57株LP1型军团菌及15株LP6军团菌进行电泳,并用BioNumerics(version 6.0,Applied Maths,Inc)软件包对其进行聚类分析。结果 57株LP1军团菌可分为40种PFGE型,菌株间相似性系数在24.107%～100.000%之间不等,大部分菌株的PFGE型别差异明显,无优势型别。不同地区分离的LP1军团菌既有差异较大的带型,也存在相同和相似的带型;相同地区,菌株间相似性系数存在差异,无优势菌株。15株LP6军团菌可分为12个不同的PFGE型别,菌株间相似性系数在27.87%～100.00%之间。结论 2008-2010年福建省公共场所空调冷却塔水及冷凝水中分离的LP1及LP6军团菌呈现基因多样性。

云南省2016—2022年志贺氏菌分子分型及耐药性分析

目的对云南省2016—2022年食源性疾病主动监测分离的志贺氏菌进行血清、分子分型和药敏试验等分析,了解云南省志贺氏菌的病原学特性,为志贺氏菌感染的防控和治疗提供数据支持。方法2016年1月至2022年12月从患者粪便中分离志贺氏菌,采用玻片凝集法进行血清学分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型分析,微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果共分离志贺氏菌89株,其中福氏志贺氏菌占52.81%,宋内志贺氏菌占47.19%。PFGE分析发现,2种志贺氏菌均分为A和B 2个聚类簇,B簇为优势簇。47株福氏志贺氏菌分为30种PFGE带型,有3组优势带型,42株宋内志贺氏菌分为22种PFGE带型,有4组优势带型,并识别两起疑似暴发事件。志贺氏菌对13种抗生素存在不同程度的耐药,78.65%的菌株为多重耐药菌株。结论云南省志贺氏菌PFGE优势带型明显,部分带型聚集分布。耐药形势严峻,多重耐药现象严重。福氏志贺氏菌和宋内志贺氏菌耐药表型存在差异。

烧伤病房MRSA医院感染暴发的PFGE分型研究

利用表型分型和基因分型的方法解析医院感染常见致病菌——耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)造成医院感染暴发的可能传播途径。本实验对某医院烧伤科、ICU、肿瘤科病房内从患者和环境分离的19株MRSA,进行了16种抗生素的耐药性实验和全基因组稀有位点限制性内切酶酶切脉冲凝胶电泳(PFGE)分析,并聚类分析归纳了菌株之间的相关性。结果发现在19株MRSA中有11株属于同一个菌种A型,在这些菌株中,有8株属于相同的克隆亚型A1型,分别来自烧伤科和ICU患者以及烧伤科医生、护士的手。4株属于B型,均分离自同一烧伤病房。这暗示该医院可能存在MRSA(A型)院内感染的暴发,并且存在B型流行的潜在危险。MRSA很有可能通过医护工作人员的手及鼻腔等媒介在患者间传播。因此,加强医护人员的感染控制观念,利用灵敏、可靠且分辨率强的分型技术加强MRSA感染监控至关重要。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌PFGE分型研究

目的:检测不同医院耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)优势菌株是否相同。方法:用常规方法对从天津医科大学第二医院及武汉同济医院临床标本中分离的金黄色葡萄球菌进行鉴定,采用头孢西丁纸片扩散法及mecA基因检测筛选出MRSA。采用脉冲场凝胶电泳法(PFGE)进行分型,以了解不同地区两家医院的优势菌株是否相同。结果:共分离出金黄色葡萄球菌127株,MRSA83株,其中天津56株,武汉27株。天津56株MRSA临床株PFGE分型为15型27个亚型,以A1型为主;武汉27株MRSA临床株PFGE分型为6型12个亚型,以A2、A4型为主。结论:2家医院MRSA优势菌株并不相同,尚未发现MRSA流行菌株。

嗜肺军团菌SBT、PFGE、AFLP分子分型方法的比较

比较SBT、PFGE、AFLP三种分子分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力,探讨SBT方法在嗜肺军团菌分型中的可应用性。收集石家庄市6所医院冷却塔水中分离的32株嗜肺军团菌,对其中的24株血清I型嗜肺军团菌进行SBT分型研究,并与PFGE和AFLP分型结果进行了比较。24株LP1型嗜肺军团菌共分为4个ST型,分辨系数为0.239 1。PFGE方法将32株菌株共分为15个PFGE型,分辨系数为0.925 4。AFLP方法将32株菌株分为23个AFLP型,分辨系数为0.973 7。通过比对EWGLI网站SBT数据库,ST1021型和ST345型为本地区独特型别且属于同一克隆系;ST1型为优势型别并在我国长期流行;由于缺失neuA而未分型的嗜肺军团菌株与其他23株菌分属于不同的克隆系。SBT方法的分型能力不及PFGE方法和AFLP方法。但SBT分型方法能够通过全球比对数据库得到更多的关于菌株遗传进化和流行分布的资料,在研究菌株分子流行病学及进化方面优于PFGE和AFLP方法。

单核细胞增生李斯特菌的毒力基因检测及PFGE分型的研究

目的了解福建省食品中单核细胞增生李斯特菌携带hly、plcA、plcB和prfA毒力基因的情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)的分型情况。方法将hly、plcA、plcB和prfA基因作为靶序列选取4对引物,通过聚合酶链反应(PCR)检测61株单核细胞增生李斯特菌和2株可疑单核细胞增生李斯特菌的毒力基因,用PulseNet单核细胞增生李斯特菌标准方法进行7株单核细胞增生李斯特菌的PFGE分子分型。结果61株单核细胞增生李斯特菌毒力基因为hly+、plcA+、plcB+和prfA+,2株可疑单核细胞增生李斯特菌的毒力基因分别为hly-、plcA+、plcB-、prfA-和hly-、plcA-、plcB-、prfA-。7株单核细胞增生李斯特菌的PFGE分为5个型。结论实验结果表明福建省食品中分离到的单核细胞增生李斯特菌均含有hly、plcA、plcB和prfA基因,属于致病株。对2株可疑单核细胞增生李斯特菌进行了进一步的鉴定,排除了单核细胞增生李斯特菌,该毒力基因检测方法可用于可疑单核细胞增生李斯特菌的进一步鉴别。7株菌中有两对2株PFGE型别一致,一致的菌株来自不同年份不同销售地点的同一品牌,应用PFGE方法可以进一步调查该厂冻鸡肉中单核细胞增生李斯特菌的传播途径和污染源。