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溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定
被引量:
12
1
作者
郭静
Liswaniso Gadafii
+5 位作者
郭安南
阎永伟
张德民
裘琼芬
黄素文
戴海平
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期383-390,共8页
哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2...
哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。
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关键词
溶藻弧菌
16S
RDNA
toxR
pyrh
VITEK2COMPACT
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职称材料
题名
溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定
被引量:
12
1
作者
郭静
Liswaniso Gadafii
郭安南
阎永伟
张德民
裘琼芬
黄素文
戴海平
机构
宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室
宁波出入境检验检疫局
浙江省宁波市鄞州区渔业技术管理服务站
出处
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期383-390,共8页
基金
国家自然科学基金项目(30970104)
浙江省自然科学基金人才培养项目(R305333)
+2 种基金
宁波市科技计划项目(2010C10013)
宁波大学人才工程项目(2010859)
宁波大学科研基金(xkl116)
文摘
哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。
关键词
溶藻弧菌
16S
RDNA
toxR
pyrh
VITEK2COMPACT
Keywords
Vibrio alginolyticus
16S rDNA
toxR
pyrh
VITEK 2 COMPACT
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
Q93-331 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定
郭静
Liswaniso Gadafii
郭安南
阎永伟
张德民
裘琼芬
黄素文
戴海平
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
12
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职称材料
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