太湖地区典型菜地土壤微生物16S rDNA的PCR-RFLP分析

土壤微生物多样性是土壤生态功能的基础,但长期以来缺乏对高强度土地利用条件下的土壤微生物多样性的认识。作者采用间接法提取了江苏省太湖地区典型菜地土壤微生物的总DNA,以细菌的通用引物27F和1492R扩增16SrDNA片段,将扩增产物与T-载体酶连,转化大肠杆菌,建立土壤微生物16SrDNA克隆文库。PCR扩增基因文库中插入的16SrDNA外源片段,用两种限制性内切酶HhaI和RsaI分别酶切,获得该土壤173个克隆的酶切指纹图谱。结果表明,HhaI和RsaI联合酶切产生了63个基因分型,文库的覆盖度达76.30%,单一酶切产生的基因分型少,但文库的覆盖度高;克隆文库中存在两种优势类群,分别占总克隆的16%和12%。16SrDNA测序结果表明,太湖地区菜地土壤细菌在分类方面主要属于-和-变形杆菌亚门。以上结果为进一步研究太湖地区菜地土壤微生物生态功能提供了基础资料。

北戴河近岸沉积物中微生物16SrDNA的PCR-RFLP分析

采用间接法提取了北戴河地区近岸沉积物中微生物的总DNA,以细菌的通用引物27F和1492R扩增16S rDNA片段,将扩增产物克隆到T-载体上,并转化大肠杆菌感受态细胞,构建沉积物中细菌16S rDNA克隆文库。PCR扩增基因文库中插入的16S rDNA外源片段,用两种限制性内切酶HhaI和RsaI分别酶切,获得该海洋沉积物131个克隆的酶切指纹图谱。结果表明:HhaI和RsaI联合酶切产生了41个基因分型,文库的覆盖度达74.81%,HhaI和RsaI单酶切产生的基因分型分别为30和22,但文库的覆盖度高;克隆文库中存在一种优势类群,占总克隆的23%。16S rDNA测序结果表明:北戴河近岸沉积物中的细菌在分类方面主要属于α-和γ-变形杆菌亚门。

应用16S rDNA克隆文库法分析B6-Co小鼠角膜炎细菌组成

目的鉴定B6-Co突变系小鼠角膜的病原菌组成,并与人类细菌性角膜炎病原菌组成进行比较分析。方法选取10 d龄B6小鼠和B6-Co小鼠各6只为实验动物,提取小鼠角膜组织刮取物细菌基因组DNA,通过PCR扩增构建16S rDNA克隆文库,采用随机测序法分析B6-Co小鼠角膜细菌组成,B6小鼠作为对照。结果 B6-Co角膜混浊小鼠中共鉴定出20种细菌,隶属于15个属,包括葡萄球菌属、假单胞菌属、链球菌属、微球菌属、棒状杆菌属等。葡萄球菌属和假单胞菌属为优势群,葡萄球菌属丰度为19.7%~53.1%,假单胞菌属的丰度为17.4%~32.8%。其中葡萄球菌属主要是表皮葡萄球菌,丰度为13.8%~20.9%;缓慢葡萄球菌,丰度为14.0%~30.9%;金黄色葡萄球菌,丰度为7.4%~20.3%。此外,棒状杆菌和微球菌也比较常见。10 d龄B6小鼠未检测出细菌。结论 B6-Co突变系小鼠角膜细菌组成与人类角膜炎病原菌相似,是研究人类角膜炎诊断方法、发病机理及临床用药的很好的动物模型。

16S rDNA克隆文库方法分析好氧颗粒污泥细菌组成

采用构建16SrDNA克隆文库方法对好氧颗粒污泥的细菌种群多样性进行研究.随机测定了82个克隆子序列(700 bp),Blast比对结果表明,好氧颗粒污泥中微生物群落具有高度多样性,可分为7个主要类群,其中,β变形菌(β-Proteobacteria)类群和鞘脂杆菌(Sphingobacteria)类群在文库中所占比例最大,分别为34.16%和30.50%;其次是Candidate division TM7类群、黄杆菌(Flavobacteria)类群和γ变形菌(γ-Proteobacteria)类群,分别为9.76%,7.32%和7.32%;放线菌(Actinobacteria)类群和α变形菌(α-Proteobacteria)类群所占比例相对较小,分别为4.88%和1.22%.序列分析结果表明,好氧颗粒污泥中不仅含有对好氧颗粒污泥形成和稳定运行具有重要作用的食酸菌属(Acidovorax)细菌、假单胞菌(Pseudomonas)等细菌,还含有对CODCr和氨氮具有很好去除能力的Micropruina glycogenica,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)等细菌.

应用16S rDNA克隆文库技术解析四川泡菜发酵过程中的细菌多样性

采用构建16SrDNA基因文库的方法,对四川泡菜发酵过程中细菌多样性进行了研究。结果表明:所得到的1190个克隆子分布于17个类群,泡菜发酵1天细菌多样性最高,发酵31天细菌多样性最低。发酵前期的绝对优势菌为Pseudomonas(35.0%),Vibrio(56.9%),主要优势菌为Lactobacillus(29.5%),Acinetobacter(15.4%),Halomonas(14.3%),Sphingobacterium(12.9%);发酵中期的绝对优势菌为Lactobacillus(94.0%),主要优势菌为Vibrio(12.8%);发酵后期的绝对优势菌为Lactobacillus(50.3%),主要优势菌为Vibrio(19.8%),Halomonas(13.0%),Arcobacter(11.1%),此结果揭示了四川泡菜发酵过程中的细菌多样性,可为四川泡菜的基础研究提供一定的理论基础。

16S rDNA克隆文库方法对制药废水处理系统中微生物多样性的研究

采用分子生物学构建16SrDNA克隆文库的方法对制药废水交替流生物反应器内的微生物群落进行了多样性研究,该反应器对CODcr、氨氮、石油类化合物以及多种特殊污染物均有较高的去除效率。代表序列的BLAST比对结果表明微生物群落具有高度多样性,优势菌群为Proteobacteria,占78.6%。微生物群落分属7个不同纲,优势顺序为Alphaproteobacteria(39.8%),Betaproteobacteria(23.5%),Gammaproteobacteria(14.3%),Chlorobi1(6.3%),Firmicutes(4.1%),Flavobacteria(1.0%),Deltaproteobacteria(1.0%)。使用VectorNTISuite6.0软件对50个OTU的代表序列和NCBI基因库中最相近的已知细菌16SrDNA序列绘制系统进化树,表明克隆子与已知菌之间的基因系统进化关系。

应用16SrDNA克隆文库解析人工快速渗滤系统细菌种群多样性

本文通过构建16S rDNA克隆文库开展了人工快速渗滤(CRI)系统表层(10cm深)细菌种群多样性研究,结果表明,在CRI系统表层填料中细菌多样性十分丰富,存在7个主要类群,其中不可培养的酸杆菌纲(uncultured Acidobacteria)和其它不可培养细菌(uncultured bacteria)在整个克隆文库中比例最大,比例为53.72%,其次是浮霉菌纲(uncultured planctomycete)和β-变形菌纲(β-proteobacterium),分别占文库比例的13.89%和8.33%;克隆文库中反硝化菌的比例高于亚硝化单胞菌属细菌(0.925%),没有出现Nitrospira属的克隆子。本文通过16S rDNA克隆文库揭示了在生物膜上存在的优势菌为不可培养菌,而假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和紫色色杆菌(Chromobacterium sp.)等在平板分离培养中出现的频率较高,两种方法之间的结果存在差异。本研究采用16S rDNA克隆文库方法揭示的结果,将为CRI系统生物降解的进一步提高提供依据。

用16S rDNA克隆文库法分析患病刺参幼苗的菌群结构

采用16S rDNA克隆文库法对某刺参养殖场患病刺参Apostichopus japonicus幼苗（体长为3～5 cm）表皮的菌群结构进行分析。结果表明：化皮参苗病灶组织和未明显化皮参苗表皮菌群均由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌为γ-变形菌纲,主要包括志贺氏菌Shigella sp.、不动杆菌Acinetobacter sp.和假单胞菌Pseudomonas sp.;化皮参苗病灶组织中志贺氏菌、不动杆菌和假单胞菌比例分别为49%、17%和5%,未明显化皮参苗表皮中3类菌的比例分别为20%、26%、9%。将该养殖场育苗池海水作为对照并进行菌群结构分析,结果显示,水中菌群同样由γ-变形菌纲、β-变形菌纲和α-变形菌纲组成,优势菌也为γ-变形菌纲,主要包含弧菌Vibrio sp.（75%）与志贺氏菌（12%）。此外,对化皮参苗病灶处进行细菌分离培养,得到一株优势菌,经16S rDNA初步鉴定为弧菌。研究表明,采用16S rDNA克隆文库法所得结果与传统的病原分离培养法存在差异。

16SrDNA克隆法分析小曲优势细菌

用16S rDNA克隆法对某酒厂小曲中优势细菌进行分析,以期探讨强化酵母菌制曲后酒体风味变差的问题。用SDS-酶裂解法提取小曲总DNA,采用细菌通用引物对用PCR方法扩增其16S rDNA,并对PCR产物进行克隆与测序分析。结果表明,小曲中的优势细菌种类是以植物乳杆菌为主的乳酸菌。故强化制曲后发酵生产的白酒中乳酸乙酯含量增加,乙酸乙酯含量下降,造成酒整体风味变差。

应用16S rDNA克隆文库解析好氧颗粒污泥细菌菌群多样性

采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法,对厌氧折流板反应器(处理黄连素制药废水)出水培养的好氧颗粒污泥进行了细菌多样性研究。从16S rDNA克隆文库中随机挑选了95个克隆子进行序列测定,对测序结果进行了Blast对比。结果表明,好氧颗粒污泥系统中的细菌群落具有高度多样性,52个克隆子分属6个不同的细菌类群,43个克隆子属于未知类群,优势类群主要为变形菌(Proteobacteria)菌群。好氧颗粒污泥中已知菌群的优势菌群为:β-proteobacteria类群、CFB group bacteria类群、α-proteobacteria类群、γ-proteobacteria类群、Enterobacteria类群和ε-proteobacteria类群。

圈养老年大熊猫肠道菌群16S rDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。

PCR-RFLP法分析白酒小曲细菌多样性

采用CTAB法提取白酒小曲细菌总DNA,用细菌通用引物扩增16S rDNA,并构建16S rDNA克隆文库。采用限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)技术对16S rDNA文库进行分析,获得76个克隆的酶切指纹图谱。选择酶切带型不同的阳性克隆进行测序并且构建进化树。结果表明,小曲主要细菌种类为黄单胞菌属、沙雷氏菌属、乳杆菌属、木崎氏菌属和片球菌属,其中优势细菌是以戊糖片球菌为主的乳酸菌。

甘肃西峰黄土中细菌16S rDNA文库的构建与组成初步分析

对黄土高原西峰地区黄土沉积物中的有机质进行了总DNA提取和PCR(聚合酶链式反应)扩增,通过克隆测序技术构建了含有44个克隆子的细菌16SrDNA文库。对16SrDNA系统发育的分析表明,西峰地区的黄土沉积物中细菌可分属13个类群,包括:酸杆菌(Acidobacteria)、变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actinobacteria)、绿弯菌(Chloroflexi)、厚壁菌(Firmicutes)、疣微菌(Verrucomicrobia)、浮霉菌(Planctomycetes)、芽单胞菌(Gemmatimonadetes)、异常球菌—栖热菌(Deinococcus-Thermus)、硝化螺旋菌(Nitrospirae)、蓝细菌(Cyanobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)和Candidate division TG1。其中酸杆菌为最主要优势类群,变形菌为次优势类群,二者占黄土细菌总克隆数的70%,且大多为不可培养的基因型。

3DBER-S反硝化脱氮性能及其菌群特征

针对污水处理厂尾水TN去除问题,采用16S r DNA克隆文库法,探究了3DBER-S(三维电极生物膜耦合硫自养脱氮工艺)的强化脱氮机制及其菌群特征.结果表明,I(电流)和HRT(水力停留时间)对3DEBR-S中氢自养和硫自养反硝化作用所占比例的影响较大,但对脱氮效率影响不显著.当进水C/N〔ρ(CODCr)/ρ(TN)〕为1、ρ(NO3--N)为35 mg/L、I为300 m A、HRT为4 h时,NO3--N和TN去除率可分别稳定在80%和74%以上.16S r DNA克隆文库结果显示,反应器中β变形菌纲为优势菌群,占47.89%〔以OUT(操作单元)计〕.在β变形菌纲中,与具有反硝化功能的陶厄氏菌属(Thauera)相似的细菌所占比例最大,为52.94%;与可分别利用硫和氢为电子供体进行反硝化脱氮的硫杆菌属(Thiobacillus)和食酸菌属(Acidovorax)相似的细菌分别占17.65%和14.71%.3DBER-S中存在异养联合氢自养和硫自养反硝化协同去除硝酸盐氮的作用,可为反硝化脱氮提供充足的电子供体,节约了有机碳源消耗,并保证了稳定高效的脱氮效果.

16SrDNA克隆文库方法分析两纯系鸡回肠及盲肠黏膜细菌的组成

以1日龄纯系的优质肉鸡A系(♂,A组)和惠阳胡须鸡(♂,B组)为试验动物,研究比较两纯系鸡28日龄回肠与盲肠黏膜菌群的组成及多样性。于第28日龄分别从2组中采集鸡2个肠段并提取黏膜细菌基因组DNA,应用16S rDNA基因序列技术,建立2个肠段黏膜细菌16S rDNA V3区的随机克隆文库。回肠文库分析发现,A组文库有86个序列共产生6个OTUs()perational taxonomic units),其已知序列主要属于肠球菌属、乳杆菌属、粪球菌属及梭菌属类序列,而B组文库有97个序列共产生2个OTUs,主要属于梭菌类序列;盲肠文库分析发现,A组文库有93个序列共产生44个OTUs,其优势菌群是未分类瘤胃球菌属(18.28%)、粪球菌属(13.98%)、拟杆菌属(10.75%)、Blautia(10.75%)及未分类毛螺菌属(7.53%);B组文库有97个序列共产生42个OTUs,其优势菌群是普拉梭杆菌属(17.53%)、粪球菌属(11.34%)、拟杆菌属(9.28%)及未分类瘤胃球菌属(8.25%);2组盲肠文库中其他菌属的数量存在较大差异,且未发现与大肠杆菌相关的序列。优质肉鸡A系和惠阳胡须鸡28日龄回肠与盲肠黏膜细菌的组成差异明显,尤其是瘤胃球菌属与产丁酸菌的组成比例,这种差异可能是宿主遗传的影响所致。

应用16SrDNA克隆文库解析苏铁珊瑚状根内生放线菌种群多样性

苏铁为古老孑遗植物，被誉为“植物界的大熊猫”和“活化石”。为了研究苏铁珊瑚状根内生放线菌的多样性，通过16SrDNA克隆文库开展了珊瑚状根内生放线菌种群多样性研究，从16SrDNA克隆文库中随机挑选了164个克隆子进行序列测定，对测序结果进行了Blast对比，结果表明，苏铁珊瑚状根中放线菌多样性十分丰富，存在5个目7个科10个属，主要类群为短小杆菌属Curtobacterium、利夫森氏菌属Leifsonia、考克氏菌Kocuria、鸟氨酸微菌属Ornithinimicrobium、微球菌属Micrococcus、丙酸杆菌属Propionibacterium、链霉菌属Streptomyces、拟诺卡氏菌属Nocardiopsis、芽球菌属Blastococcus；克隆得到的内生放线菌优势菌为短小杆菌属Curtobacterium，其次为拟诺卡氏菌属Nocardiopsis和链霉菌属Streptomyces。其中68株内生放线菌是能分离培养的，经16SrDNA片段测序分析，结果表明这些内生放线菌分别与GenBank中已知属相似性达97％-100％；其余的序列相似性低于97％，表明苏铁珊瑚状根中可能存在着放线菌新种。

16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性

通过构建16S rDNA克隆文库的方法,分析太岁样品中细菌的群落结构及多样性。太岁样品中的细菌归属于4个门9个目,优势类群依次是芽胞杆菌目(Bacillales,33.01%)、柄杆菌目(Caulobacterales,32.04%)和伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales,12.62%);优势属为短波单胞菌属(Brevundimonas,30.10%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,29.13%)和食酸菌属(Acidovorax,7.77%)。并且其中的5个目中含有未培养的细菌,红杆菌目(Rhodobacterales)、伯克霍尔德氏菌目和红环菌目(Rhodocyclales)的11个克隆子的细菌16S rDNA序列同源性低于97%。研究表明太岁样品中细菌多样性较丰富,且蕴藏着许多未知的微生物资源。

杜氏利什曼原虫基因文库的构建及SSU rDNA基因的克隆和筛选

采用新型载体（ＬａｍｂｄａＧＥＭＲ－１１ｖｅｃｔｏｒ系统）完成了杜氏利什曼原虫四川人分离株（简称Ｌ．ｄ．四川人株）的基因组ＤＮＡ大片段克隆。重组噬菌体总数为１．５×１０６。采用地高辛标记的Ｌ．ｄ．四川人株ＳＳＵｒＤＮＡ扩增产物探针筛选文库，获得３个含有Ｌ．ｄ．四川人株ｒＤＮＡ插入片段的重组噬菌体克隆，为今后的亚克隆和ＳＳＵｒＤＮＡ可变区及间隔区结构和功能研究打下了基础。

利用16S rDNA克隆文库研究猪场污水微藻净化后菌群的变化

为促进猪场污水治理,研究微藻净化对猪场污水菌群的影响,将小球藻接种于含60%沼液与40%水的猪场污水进行批式模式培养,循环三次后将小球藻液离心,检测猪场污水、小球藻液以及离心后上清液中的水质指标及菌群变化情况。菌群采用16S rDNA克隆文库方法检测。结果显示,和猪场污水相比,小球藻液及上清液中的化学耗氧量(COD)、总氮、氨氮、总磷、铜、锌等含量极显著降低(P<0.01)。除未知菌群外,猪场污水中的主要菌群为Firmicutes群和Bellilinea群,含量分别为12.25%和11.22%;小球藻液中主要菌群为小球藻和Cytophaga群,含量分别为42.42%和12.12%;上清液中的主要菌群为Dyadobacter、Cytophaga、Algoriphagus群和Pedobacter群,含量分别为25.00%、14.00%、11.00%和10.00%。猪场污水和小球藻液中未发现共存的微生物,小球藻液与上清液中皆含有Cytophaga群和Dyadobacter、Pseudomonas、Flavobacterium、Algoriphagus、Flexibacter群。表明接种小球藻可以净化猪场污水中的氨氮、总磷以及重金属,改变污水中的菌群,污水净化可能是小球藻和其共存菌共同作用的结果。

利用16S rDNA分析不同地区传统发酵泡菜的细菌多样性

为了解不同地区传统发酵泡菜的细菌多样性,采用构建16S r DNA克隆文库的方法,对吉林、河南、辽宁、内蒙古4个地区的传统自然发酵泡菜的细菌群落多样性进行研究。结果表明,4个地区泡菜的细菌多样性、优势度和均匀度存在差异,辽宁地区泡菜中细菌群落的多样性最高,优势属突出,且均匀度较好。而河南地区泡菜的细菌群落多样性,优势度和均匀度最低。经过16S rDNA基因序列分析,实验中的200个克隆子分布于4个属,分别是乳杆菌属(Lactobacillus),肠球菌属(Enterococcus),明串珠菌属(Leuconostoc)以及片球菌属(Pediococcus)。其中L.brevis均为吉林、河南、辽宁、内蒙古地区泡菜的绝对优势菌种。该研究通过探讨不同地区泡菜的细菌多样性,揭示了不同地区泡菜在微生物群落结构上的差异性,为探究泡菜风味物质的形成机理提供理论依据并为开发利用泡菜中的微生物资源奠定基础。