目的基于分子对接技术探究天花粉活性成分与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)靶点的相互作用。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,T...目的基于分子对接技术探究天花粉活性成分与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)靶点的相互作用。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库获得天花粉活性成分及作用靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库中获得T2DM靶点。将天花粉活性成分靶点与T2DM靶点取交集,获取药物-疾病共有靶点,导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。构建共有靶点的蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI),分析得出关键靶点。最后,利用Sybyl软件进行分子对接,验证活性成分与关键靶点相互作用。结果天花粉活性成分为仙人掌甾醇(schottenol)和菠菜甾醇(spinasterol),获得药物-疾病共有靶点21个。PPI、GO和KEGG富集分析表明,天花粉可能作用于过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPARs),进而通过PPAR信号通路和胰岛素抵抗信号通路调节糖脂代谢。分子对接表明,天花粉活性成分仙人掌甾醇和菠菜甾醇均与关键靶点过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)有较强的结合作用。结论天花粉活性成分仙人掌甾醇和菠菜甾醇,可能通过作用于T2DM靶点PPARγ改善胰岛素抵抗。展开更多
目的基于网络药理学探讨葛根-半夏对2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的调控机制。方法2022年8—9月,利用中草药系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析工具...目的基于网络药理学探讨葛根-半夏对2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的调控机制。方法2022年8—9月,利用中草药系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)以及中医药百科全书(The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)数据库筛选葛根-半夏活性成分及成分对应靶点,通过GeneCard、OMIM、TTD数据库收集T2DM疾病相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集,利用STRING数据库分析交集靶点,获取蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape对结果进行可视化分析,得到核心靶点;交集靶点导入Metascape进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)功能富集分析。结果葛根-半夏药物活性成分主要包括芒柄花素、β-谷甾醇、黄芩素、豆甾醇和松柏苷等,包括4个葛根和9个半夏成分,其中β-谷甾醇为两者共有,成分靶点和疾病的交集靶点共93个,核心靶点为JUN、TP53、AKT1、ESR1、RELA、FOS、MAPK14、HIF1A、PPARG、NCOA1等,交集靶点主要涉及脂质和动脉粥样硬化、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、雌激素信号通路等信号通路。结论葛根-半夏可以通过调节多个生物过程,激活多通路、多靶点发挥改善2型糖尿病的作用。展开更多
文摘目的基于分子对接技术探究天花粉活性成分与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)靶点的相互作用。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库获得天花粉活性成分及作用靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库中获得T2DM靶点。将天花粉活性成分靶点与T2DM靶点取交集,获取药物-疾病共有靶点,导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。构建共有靶点的蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI),分析得出关键靶点。最后,利用Sybyl软件进行分子对接,验证活性成分与关键靶点相互作用。结果天花粉活性成分为仙人掌甾醇(schottenol)和菠菜甾醇(spinasterol),获得药物-疾病共有靶点21个。PPI、GO和KEGG富集分析表明,天花粉可能作用于过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPARs),进而通过PPAR信号通路和胰岛素抵抗信号通路调节糖脂代谢。分子对接表明,天花粉活性成分仙人掌甾醇和菠菜甾醇均与关键靶点过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)有较强的结合作用。结论天花粉活性成分仙人掌甾醇和菠菜甾醇,可能通过作用于T2DM靶点PPARγ改善胰岛素抵抗。
文摘目的基于网络药理学探讨葛根-半夏对2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的调控机制。方法2022年8—9月,利用中草药系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)以及中医药百科全书(The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)数据库筛选葛根-半夏活性成分及成分对应靶点,通过GeneCard、OMIM、TTD数据库收集T2DM疾病相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集,利用STRING数据库分析交集靶点,获取蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape对结果进行可视化分析,得到核心靶点;交集靶点导入Metascape进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)功能富集分析。结果葛根-半夏药物活性成分主要包括芒柄花素、β-谷甾醇、黄芩素、豆甾醇和松柏苷等,包括4个葛根和9个半夏成分,其中β-谷甾醇为两者共有,成分靶点和疾病的交集靶点共93个,核心靶点为JUN、TP53、AKT1、ESR1、RELA、FOS、MAPK14、HIF1A、PPARG、NCOA1等,交集靶点主要涉及脂质和动脉粥样硬化、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、雌激素信号通路等信号通路。结论葛根-半夏可以通过调节多个生物过程,激活多通路、多靶点发挥改善2型糖尿病的作用。