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Analysis of Genetic Diversity and Relationships in a Tunisian Fig (Ficus carica) Germplasm Collection by Random Amplified Microsatellite Polymorphisms 被引量:2
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作者 Khaled Chatti Olfa Saddoud +3 位作者 Amel Salhi-Hannachi Messaoud Mars Mohamed Marrakchi Mokhtar Trifi 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2007年第3期386-391,共6页
The random amplified mirosatellite polymorphism method was performed in a set of Tunisian fig landraces using eighteen primer combinations. A total of sixty three random amplified microsatellite polymorphism (RAMPO)... The random amplified mirosatellite polymorphism method was performed in a set of Tunisian fig landraces using eighteen primer combinations. A total of sixty three random amplified microsatellite polymorphism (RAMPO) markers were scored and used either to assess the genetic diversity in these cultivars or to detect cases of mislabeling. Opportunely, data proved that the designed procedure constitutes an attractive and fast method with low costs and prevents radio exposure. As a result, we have identified the primer combinations that are the most efficient to detect genetic polymorphism in this crop. Therefore, the derived unweighted pair-group method with arithmetic averages (UPGMA) dendrogram illustrates the genetic divergence among the landraces studied and exhibits a typically continuous variation. Moreover, no evident correlation between the sexes of trees was observed. In addition, using these markers, discrimination between landraces has been achieved. Thus, random amplified mirosatellite polymor- phism is proved to be powerful for characterizing the local fig germplasm. 展开更多
关键词 COLLECTION Ficus carica genetic diversity GERMPLASM random amplified microsatellite polymorphism Tunisia
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应用RAMP分子标记分析小豆栽培型种质资源遗传多样性 被引量:11
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作者 佘跃辉 荣廷昭 +2 位作者 粟生群 刘坚 田孟良 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期217-222,共6页
利用42对引物组合,对93份小豆栽培型种质资源的基因组DNA进行了RAMP分析,得到308条扩增谱带,其中297条(96.43%)具有多态性,每对引物组合可扩增出3-17条多态性谱带,平均7.1条,总遗传多样性指数或平均期望杂合度(Ht)达0.69... 利用42对引物组合,对93份小豆栽培型种质资源的基因组DNA进行了RAMP分析,得到308条扩增谱带,其中297条(96.43%)具有多态性,每对引物组合可扩增出3-17条多态性谱带,平均7.1条,总遗传多样性指数或平均期望杂合度(Ht)达0.693,表明小豆栽培型种质资源内存在较丰富的遗传多样性;小豆种质问遗传距离变异幅度为0.066-0.494,平均值为0.281,表明来源于不同生态区的小豆栽培型种质间的亲缘关系较近。利用RAMP扩增谱带数据进行聚类分析,可将93份小豆栽培型种质材料中的91份区分开,并划分为5个类群;其RAMP分子标记表现出明显的生育特性和生长习性趋同性,及一定的地域相关性。 展开更多
关键词 ramp 小豆 种质资源 遗传多样性
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一种新的分子标记方法——随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD) 被引量:18
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作者 蓝贤勇 陈宏 +2 位作者 张永德 孙维斌 雷初朝 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期78-84,共7页
随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)是利用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为该扩增的引物,在TaqDNA聚合酶、MgC l2、dNTPs和模板DNA等共同作用下进行PCR扩增的一种新型分子标记方法。其核心是RMAPD引物的有效性问题。通过对西农萨... 随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)是利用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为该扩增的引物,在TaqDNA聚合酶、MgC l2、dNTPs和模板DNA等共同作用下进行PCR扩增的一种新型分子标记方法。其核心是RMAPD引物的有效性问题。通过对西农萨能奶山羊群体RMAPD电泳检测、数据统计分析及验证实验等证明RMAPD的引物是有效的。通过与微卫星和RAPD标记比较,发现RMAPD标记在扩增引物、扩增程序和重复性等方面区别于微卫星和RAPD标记;它是RAPD标记的一种广义的延伸,但又不完全等同于RAPD标记。因此,确定RMAPD是一种新的分子标记方法。该方法也具有DNA标记的特点,在群体遗传结构和亲缘关系分析以及标记辅助选择等动物遗传育种领域具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 RMAPD RAPD 微卫星标记 ramp 分子标记
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利用 RAPD和微卫星标记对协优杂交稻及其亲本进行区别与鉴定(英文) 被引量:24
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作者 李莉 杨剑波 +2 位作者 汪秀峰 向太和 吴家道 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期203-207,共5页
选用 40 0个随机寡核苷酸和 40个荧光标记的微卫星引物对 ,对我国主栽的协优杂交稻组合及其亲本进行多态性分析。RAPD分析显示 ,40 0个随机寡核苷酸引物中 ,有 36 4个能够在供试基因型材料中扩增出肉眼可见的 DNA条带 ,其中 2 8个显示... 选用 40 0个随机寡核苷酸和 40个荧光标记的微卫星引物对 ,对我国主栽的协优杂交稻组合及其亲本进行多态性分析。RAPD分析显示 ,40 0个随机寡核苷酸引物中 ,有 36 4个能够在供试基因型材料中扩增出肉眼可见的 DNA条带 ,其中 2 8个显示扩增的多态性 ,这中间 9个引物产生的 13条多态性条带具有清晰、易分辨的特点 ,可以在供试的水稻组合与亲本之间 ,以及杂交组合之间进行区别和鉴定。微卫星分析指出 ,40对荧光标记引物中 ,13对引物产生的 31条标记带 ,能够在供试基因型材料中显示稳定的多态性 ,且杂种表现为双亲的互补型。与 RAPD相比 ,微卫星分析具有多态性强、精确性高和重复性好的特点。 展开更多
关键词 杂交水稻 亲本鉴定 随机扩增多态性 DNA 标记
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芙蓉鲫(芙蓉鲤♀×红鲫♂)及其原始亲本间的遗传关系 被引量:3
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作者 王金龙 刘臻 +3 位作者 李传武 王冬武 曾国清 鲁双庆 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期197-202,共6页
利用RAPD和微卫星标记技术,对芙蓉鲫及其原始亲本(红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤)5个群体的遗传关系进行研究。利用20条随机引物进行RAPD分析,其中12条在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示:芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜... 利用RAPD和微卫星标记技术,对芙蓉鲫及其原始亲本(红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤)5个群体的遗传关系进行研究。利用20条随机引物进行RAPD分析,其中12条在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示:芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8757、0.7478、0.7419、0.7449,遗传距离分别为0.1327、0.2906、0.2985、0.2944。在进行微卫星标记分析时,所扩增的29对微卫星引物中共有13对在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示,芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8717、0.7434、0.6680、0.7552,遗传距离分别为0.1374、0.2965、0.4034、0.2808。两种分析结果均表明,芙蓉鲫的遗传结构更接近于父本红鲫,与外祖父兴国红鲤的遗传相似性比与外祖母散鳞镜鲤的遗传相似性要大,其遗传结构更偏向于具红色体征的原始亲本。 展开更多
关键词 芙蓉鲫 随机扩增多态性DNA 微卫星 遗传关系 原始亲本
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随机扩增杂交微卫星方法在大仓鼠种群遗传多态性研究中的应用 被引量:2
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作者 谢佳燕 张知彬 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期22-26,共5页
随机扩增杂交微卫星(Random amplified hybridization microsatellites,RAHM)是一种复合RAPD扩增和寡核苷酸扫描的方法。该方法能够从RAPD产物凝胶上获得更多的信息,具有分析方法快速,高敏感性,能检测到高水平的多态性等优点。RAHM方法... 随机扩增杂交微卫星(Random amplified hybridization microsatellites,RAHM)是一种复合RAPD扩增和寡核苷酸扫描的方法。该方法能够从RAPD产物凝胶上获得更多的信息,具有分析方法快速,高敏感性,能检测到高水平的多态性等优点。RAHM方法通过对RAPD扩增的DNA片段进行微卫星杂交来替代限制性内切酶对基因组DNA的消化,有助于揭示微卫星基因组克隆,进行微卫星引物的筛选。本文采用随机扩增杂交微卫星方法来检测小型哺乳动物大仓鼠(Techerskia triton)种群的遗传多态性,结果表明RAHM方法能够检测到大仓鼠种群中较高的多态性以及种群间的差异,这些条带模式可能代表真核基因组中另一种多态性标记的来源,可用于检测小型哺乳动物种群的遗传多态性。 展开更多
关键词 随机扩增杂交微卫星 RAPD 大仓鼠 多态性 微卫星
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红麻微卫星DNA的分离 被引量:1
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作者 周建林 揭雨成 《湖南师范大学自然科学学报》 EI CAS 北大核心 2006年第1期78-82,共5页
分别采用RAPD、锚定PCR和磁珠捕获等3种方法富集含微卫星序列的红麻基因组DNA片段,并连接到pMD18-T载体,构建基因组文库.然后以通用引物M13F,M13R和根据微卫星核心序列所设计的引物[VRV(CT)12或VRV(TG)12],用PCR方法直接对文库筛选,并... 分别采用RAPD、锚定PCR和磁珠捕获等3种方法富集含微卫星序列的红麻基因组DNA片段,并连接到pMD18-T载体,构建基因组文库.然后以通用引物M13F,M13R和根据微卫星核心序列所设计的引物[VRV(CT)12或VRV(TG)12],用PCR方法直接对文库筛选,并将获得的阳性克隆进行测序.分别从RAPD,锚定PCR和磁珠捕获3种富集方法构建的基因组文库中获得6,23,19个微卫星位点. 展开更多
关键词 红麻 微卫星 随机扩增多态性DNA 锚定PCR 磁珠捕获
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三种分子生物技术在传粉生物学中的应用
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作者 权秋梅 黎云祥 《广西农业生物科学》 CAS CSCD 2008年第2期177-182,共6页
在传粉生物学研究中,为了揭示传粉事件(繁育系统、花粉流、基因流、花粉竞争等)的真实本质,必须从分子水平进行研究。近年来,分子技术在传粉生物学中的应用主要有两大方面:一是繁育系统;二是花粉流、基因流。文章就目前运用较多的三种... 在传粉生物学研究中,为了揭示传粉事件(繁育系统、花粉流、基因流、花粉竞争等)的真实本质,必须从分子水平进行研究。近年来,分子技术在传粉生物学中的应用主要有两大方面:一是繁育系统;二是花粉流、基因流。文章就目前运用较多的三种主要的分子技术——同功酶、RAPD(随机扩增多态性DNA)、SSRs(微卫星)作一综述,旨在为传粉生物学的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 分子生物学 传粉生物学 同功酶 RAPD 微卫星
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新型湘云金鳙遗传多样性的RAPD及微卫星分析 被引量:3
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作者 严斌 彭亮跃 +3 位作者 谢伟民 肖亚梅 刘少军 周工健 《激光生物学报》 CAS CSCD 2011年第1期54-60,73,共8页
湘云金鳙是本实验室经过近十年的工作选育出来的,该种鱼通体金红色,肉质鲜嫩,生长速度快,是一种很有价值的养殖鱼种和实验材料。随机选取12尾湘云金鳙(RBC)和12尾来自湘江流域的普通鳙鱼BC(作为对照)进行RAPD和微卫星分析。在优化RAPD... 湘云金鳙是本实验室经过近十年的工作选育出来的,该种鱼通体金红色,肉质鲜嫩,生长速度快,是一种很有价值的养殖鱼种和实验材料。随机选取12尾湘云金鳙(RBC)和12尾来自湘江流域的普通鳙鱼BC(作为对照)进行RAPD和微卫星分析。在优化RAPD检测条件基础上,从230个随机引物中筛选出来的45个扩增较好且多态性强的引物对这两个群体的DNA多态性及分子标记进行了分析。结果显示在45个随机引物的扩增谱带中找到了2个引物(S20、S46)的特异扩增谱带,可以作为RBC和BC间的分子遗传标记。普通鳙鱼群体内个体之间的遗传距离范围从0.04-0.13,群体内的平均遗传距离为0.075,而湘云金鳙群体内个体之间的遗传距离范围从0.02-0.35,群体内的平均遗传距离为0.139。这表明湘云金鳙群体遗传多样性明显强于普通鳙鱼群体。从32对微卫星标记中筛选9对微卫星标记用于两个群体24个个体的扩增。平均每个微卫星位点在湘云金鳙群体和普通鳙鱼群体中检测到的平均有效等位基因数分别为2.44和1.89。普通鳙鱼群体的平均杂合度期望值(0.34)和平均杂合度观测值(0.39)要比湘云金鳙群体的平均杂合度期望值(0.51)和平均杂合度观测值(0.54)的小得多。由此可见,RAPD和微卫星这两种方法得出的结果是一致的,普通鳙鱼群体的遗传多样性比湘云金鳙群体低。此外,通过RAPD和微卫星对两种鳙鱼遗传多样性水平的分析,为鳙鱼种质保护提供科学证据,为鳙鱼良种选育提供了更多的遗传学背景资料。 展开更多
关键词 湘云金鳙 RAPD 微卫星 遗传多样性
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