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Amplification of UGPase cDNA 3' UTR from Saccharum Officinarum
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作者 Bingying Ye Ling Lian +1 位作者 Youqiang Chen Rukai Chen 《Journal of Life Sciences》 2010年第1期43-45,共3页
UDP-glucose pyrophosphorylase is an important enzyme concerned with carbohydrate metabolism in plants. Cloning of UGPase is a premise for further study on molecular level, and it is also crucial for study of carbohydr... UDP-glucose pyrophosphorylase is an important enzyme concerned with carbohydrate metabolism in plants. Cloning of UGPase is a premise for further study on molecular level, and it is also crucial for study of carbohydrate metabolism. UGPase cDNA sequence as a template, designed primer, then 3'-untranslate region (3' UTR) of UGPase were amplified by 3'-rapid amplification of cDNA ends (3'-RACE). The results suggested the 3' UTR were 243 bp, contained AATAA sequence and Poly(A). 展开更多
关键词 UGPASE rapid amplification of cDNA ends (race amplification of 3' UTR sequence analysis.
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RACE法分离团头鲂生长抑素全长cDNA及其序列测定 被引量:20
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作者 俞菊华 夏德全 +3 位作者 杨弘 贺艳辉 陈勇军 吴婷婷 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期533-539,共7页
生长抑素具有抑制脑垂体GH释放的作用,是调控鱼类生长的主要激素之一。本研究采用RT和RACE(rapid amplification of cDNA ends)法,分离和测定了团头鲂脑中生长抑素PSSI cDNA的全长核苷酸序列,并对该基因进行了结构和系统进化分析。3’R... 生长抑素具有抑制脑垂体GH释放的作用,是调控鱼类生长的主要激素之一。本研究采用RT和RACE(rapid amplification of cDNA ends)法,分离和测定了团头鲂脑中生长抑素PSSI cDNA的全长核苷酸序列,并对该基因进行了结构和系统进化分析。3’RACE扩增得到700bp左右的片段,5’RACE分离得到500bp左右的片段,把3’片段与5’片段拼接得到全长cDNA。cDNA全长735bp[不含poly(A)],5’端非翻译区有100nt,3’端290bP[不包含poly(A)],阅读框(open reading frame,ORF)345bp。该序列与金鱼PSSI cDNA序列同源性为90%,主要差异在5’端非翻译区。团头鲂生长抑素mRNA阅读框编码114个氨基酸,包括一些酶切位点,产生26个氨基酸的大分子态生长抑素,进一步加工成与人等结构相似的14个氨基酸的生长抑素;团头鲂生长抑素前体氨基酸序列与金鱼、虹鳟、鲶鱼、鮟鱇、蛙、牛、鼠、鸡、猴、人等的比较发现,它与金鱼的同源性最高达95%,与鮟鱇最低50%,与人68%。这说明生长抑素基因在长期的进化中相当保守,同时,也因为鱼类生活环境多样导致基因变异较大。 展开更多
关键词 race 分离鉴定 团头鲂 生长抑素 CDNA 序列测定
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用RACE结合cDNA文库筛选的方法获取新的锌指蛋白基因 被引量:8
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作者 杜占文 刘立仁 张俊武 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期329-331,共3页
大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同... 大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同源部位 ,然后以非同源序列为探针 ,筛选cDNA文库。利用此方法成功地从人骨髓cDNA文库中克隆到几个编码锌指蛋白并代表原有EST的新的全长cDNA。这一策略也应适用于筛选编码具有其他序列保守性功能结构域蛋白的基因。 展开更多
关键词 race CDNA文库 筛选 锌指蛋白基因 非同源DNA序列 新基因
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克隆与序列分析中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)HSP70基因全长ORF的RACE 被引量:3
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作者 袁嘉恩 许忠能 +3 位作者 雷腊梅 李慕婵 韩博平 谢数涛 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期516-521,共6页
采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)的Hsp70基因并进行序列分析.以中华绒螯蟹卵组织cDNA为模板,克隆测序后拼接得到一条长2 429 bp的cDNA序列,序列分析表明其覆盖了完整编码... 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)的Hsp70基因并进行序列分析.以中华绒螯蟹卵组织cDNA为模板,克隆测序后拼接得到一条长2 429 bp的cDNA序列,序列分析表明其覆盖了完整编码区,编码649个氨基酸.经antheprot分析发现2个Hsp70基因的签名序列:IFDLGGGTFDVSIL,IVLVGGSTRIPKIQK;Dnak特征基序DLGTT-S-V;非细胞器基序:RARFEEL;核定位信号标签:KKDPSESKRALRRL;胞质Hsp70特征基序GPTIEEVD.经BLASTn和BLASTx软件分析,该编码区核苷酸序列与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)、斑节对虾(Penaeus monodon)的相似性分别为85.30%和84.89%.根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的相似性分别为93.23%和93.40%.本研究克隆了中华绒螯蟹的Hsp70基因,为进一步深入研究锯缘青蟹的抗逆机理及其遗传改良奠定了基础. 展开更多
关键词 HSP70基因 CDNA末端快速扩增 逆转录聚合酶链反应 中华绒螯蟹
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RACE法克隆甜菜NR基因及生物信息学分析 被引量:1
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作者 王琦 冯二艳 +1 位作者 王荣 任嘉红 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期89-95,101,共8页
硝酸还原酶是氮素代谢的关键酶和限速酶,研究硝酸还原酶的功能对提高甜菜的产量具有重要作用。运用RACE法克隆出甜菜的硝酸还原酶基因,并利用生物信息学对甜菜NR进行主要结构分析和功能预测,并使其在拟南芥中表达,观察根对向重性应答过... 硝酸还原酶是氮素代谢的关键酶和限速酶,研究硝酸还原酶的功能对提高甜菜的产量具有重要作用。运用RACE法克隆出甜菜的硝酸还原酶基因,并利用生物信息学对甜菜NR进行主要结构分析和功能预测,并使其在拟南芥中表达,观察根对向重性应答过程中的弯曲情况。结果表明,利用RACE法克隆得到甜菜NRcDNA全长为2760bp;甜菜NR为易溶、亲水性强的蛋白;二级结构预测结果显示,甜菜NR为混合型蛋白;甜菜NR含有钼辅因子、细胞色素b5、FAD及NADH结合域,具有跨膜区域,但不含有信号肽;利用拟南芥突变体观察到野生型比突变体的弯曲较快,暗示甜菜的NR基因可能通过调节NO积累参与植物向重性应答。 展开更多
关键词 甜菜 生物信息学 硝酸还原酶 race 重力
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RACE: cDNA末端快速扩增技术进展 被引量:11
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作者 明洪 黄秉仁 《生物工程进展》 CSCD 1997年第5期7-13,共7页
RACE:cDNA末端快速扩增技术进展明洪黄秉仁中国协和医科大学基础医学院中国医学科学院基础医学研究所国家分子生物学重点实验室北京100005基因表达水平和模式的变化驱动着生物体内主要的生物学过程。分离和克隆基因是研... RACE:cDNA末端快速扩增技术进展明洪黄秉仁中国协和医科大学基础医学院中国医学科学院基础医学研究所国家分子生物学重点实验室北京100005基因表达水平和模式的变化驱动着生物体内主要的生物学过程。分离和克隆基因是研究基因结构、功能以及表达的基础。以... 展开更多
关键词 CDNA 末端快速扩增术 race
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利用优化的5′-RACE实验定位副溶血弧菌基因的转录起始位点 被引量:2
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作者 李杰 张义全 +3 位作者 高鹤 王丽 胡小许 周冬生 《生物技术通讯》 CAS 2014年第3期328-332,共5页
目的:优化5′-cDNA末端快速扩增(5′-RACE)实验平台,用于定位副溶血弧菌(VP)基因的转录起始位点。方法:提取VP的总RNA,用rDNaseⅠ消化去除可能污染的基因组DNA;利用T4 RNA连接酶将已知序列的寡核苷酸片段连接至RNA的5′端,进而将其逆转... 目的:优化5′-cDNA末端快速扩增(5′-RACE)实验平台,用于定位副溶血弧菌(VP)基因的转录起始位点。方法:提取VP的总RNA,用rDNaseⅠ消化去除可能污染的基因组DNA;利用T4 RNA连接酶将已知序列的寡核苷酸片段连接至RNA的5′端,进而将其逆转录成cDNA;以cDNA为模板,采用巢式PCR技术扩增目的基因DNA片段,并将其直接克隆入T载体;最后通过测序比对的方法确定靶基因的转录起始位点。利用引物延伸实验进一步研究VPA1027的转录起始位点,以检验5′-RACE实验结果的可靠性。结果:5′-RACE实验结果表明,VPA1027、scrG、scrA、cpsA及VPA0198的转录起始位点分别为G(-103)、G(-70)、T(-205)、C(-129)和G(-238)(翻译起始位点为+1);引物延伸结果显示,VPA1027的转录起始位点也为G(-103)。结论:优化后的5′-RACE实验可以精确定位VP基因的转录起始位点。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 5'-cDNA末端快速扩增 转录起始位点
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RACE法克隆湖羊SPLUNC1基因及序列分析 被引量:1
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作者 陈凯丽 孙延鸣 +2 位作者 沈文 陈冬梅 郭海英 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期8-13,共6页
通过克隆湖羊短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1(short palate,lung and nasal epithelium clone 1,SPLUNC1)基因的cDNA序列,为研究其蛋白的结构和功能奠定基础。参照GenBank上牛、山羊的SPLUNC1基因的cDNA序列,设计简并引物,分别扩增出5′和... 通过克隆湖羊短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1(short palate,lung and nasal epithelium clone 1,SPLUNC1)基因的cDNA序列,为研究其蛋白的结构和功能奠定基础。参照GenBank上牛、山羊的SPLUNC1基因的cDNA序列,设计简并引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,测序后进行拼接,获得湖羊SPLUNC1基因cDNA全长序列,并对序列进行分析。结果表明:克隆的湖羊SPLUNC1基因cDNA序列全长为1 091bp(GenBank登录号KJ749828),其中开放阅读框为768bp,共编码255个氨基酸。构建的氨基酸进化树结果显示湖羊SPLUNC1与预测绵羊的氨基酸同源性最高,山羊次之。 展开更多
关键词 湖羊 短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1基因 CDNA末端快速扩增 序列分析
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RACE技术研究进展与展望 被引量:5
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作者 沈元月 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第S1期131-134,共4页
近年来,RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,即cDNA末端快速扩增技术,是一种快速扩增cDNA的5′和3′末端的有效方法,在扩增全长cDNA方面得到了广泛的应用。综述了RACE技术的研究进展,总结了优化RACE技术几个关键环节。最后展望... 近年来,RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,即cDNA末端快速扩增技术,是一种快速扩增cDNA的5′和3′末端的有效方法,在扩增全长cDNA方面得到了广泛的应用。综述了RACE技术的研究进展,总结了优化RACE技术几个关键环节。最后展望了RACE技术的发展。 展开更多
关键词 race 全长CDNA克隆 进展
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褐黄血蜱脂肪酸结合蛋白对褐黄血蜱卵及其原生质蛋白影响的研究
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作者 王兰兰 刘金宝 程天印 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期342-349,共8页
为了解蜱类脂肪酸结合蛋白(FABP)及其基因的结构和功能,本研究基于褐黄血蜱转录组文库中的Contig 879序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)扩增其两翼缺失部分,拼接后得到编码褐黄血蜱FABP (HfFABP)的全长cDNA序列;采用qPCR法... 为了解蜱类脂肪酸结合蛋白(FABP)及其基因的结构和功能,本研究基于褐黄血蜱转录组文库中的Contig 879序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)扩增其两翼缺失部分,拼接后得到编码褐黄血蜱FABP (HfFABP)的全长cDNA序列;采用qPCR法检测该基因在褐黄血蜱的不同发育阶段、不同组织器官中的转录水平;采用平行反应监测(PRM)法分析HfFABP dsRNA干扰对褐黄血蜱产卵和孵化,以及卵原生质蛋白的影响。结果显示,HfFABP的cDNA全长1 443 bp,ORF长396 bp,编码132个氨基酸的多肽。HfFABP基因在雌蜱中的转录水平高于幼蜱、若蜱和雄蜱;在蜱的卵巢、中肠和体壳中的转录水平高于其在唾液腺中的转录水平;吸血使HfFABP基因的转录水平升高。HfFABP dsRNA干扰使蜱产卵减少,其中约30%的卵大小不均、蜡质增多、塌瘪易裂;表观正常的卵孵化率降低,原生质中的FABP、卵黄蛋白原(Vitellogenin)、弹性蛋白酶抑制剂(Neutrophil elastase inhibitor)、天冬氨酸蛋白酶(Aspartic protease)和热休克蛋白83 (Heat shock protein 83)等12种蛋白的丰度大幅下降(P<0.01、P<0.05)。上述结果首次表明HfFABP在蜱卵发育过程中发挥重要作用,本研究为HfFABP在抑制雌蜱生殖中的应用提供科学依据。 展开更多
关键词 褐黄血蜱 脂肪酸结合蛋白(FABP) cDNA末端快速扩增技术(race) 平行反应监测(PRM)
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灯盏花chi的克隆及其生物信息学分析 被引量:11
11
作者 刘春霞 王玥 +4 位作者 崔明昆 严胜柒 谢庆华 官会林 张云峰 《武汉植物学研究》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期682-690,共9页
查尔酮异构酶(CHI)是调控黄酮生物合成的关键酶,分离和克隆这一酶的功能基因,对利用转基因技术进行灯盏花黄酮生物合成的调控具有重要意义。本研究采用RT-PCR和RACE技术,获得了chi cDNA全序列,GenBank登录号为GU208823.1,序列全长996 bp... 查尔酮异构酶(CHI)是调控黄酮生物合成的关键酶,分离和克隆这一酶的功能基因,对利用转基因技术进行灯盏花黄酮生物合成的调控具有重要意义。本研究采用RT-PCR和RACE技术,获得了chi cDNA全序列,GenBank登录号为GU208823.1,序列全长996 bp,开放阅读框为594 bp,编码197个氨基酸,3-Race有一个多聚腺苷酸加尾信号。应用软件预测该基因编码蛋白分子量约为21.6 kD,理论等电点为4.78。该基因编码的蛋白无跨膜结构域,其二级结构的主要构件为α-螺旋和随机卷曲。对其三级结构进行了建模,表明其结构与苜蓿chi的三级结构相似。同时根据灯盏花chi N端序列变化的特征,提出了灯盏乙素的合成可能与chi在细胞亚结构的定位及其与合成代谢相关酶形成复合酶的特异性有关。研究为利用基因工程定向改变灯盏花黄酮代谢产物奠定了基础。 展开更多
关键词 灯盏花 查尔酮异构酶(CHI) RT-PCR(Polymerase Chain Reaction) race(rapid amplification of cDNA ends) 序列分析
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一个大鼠心肌缺血-再灌诱导表达上调的新基因Mip1的克隆和特性分析 被引量:15
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作者 袁灿 张华莉 +2 位作者 刘瑛 王秋鹏 肖献忠 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第3期231-236,共6页
采用生物信息学方法和 5′cDNA末端快速扩增法 (RACE)技术相结合 ,克隆了一个大鼠心肌缺血 再灌诱导表达上调的新基因Mip1,并经RT PCR测序及多组织膜RNA印迹证实 .生物信息学分析显示 ,MIP 1定位于大鼠染色体 1q12区 ,含 5个外显子和 ... 采用生物信息学方法和 5′cDNA末端快速扩增法 (RACE)技术相结合 ,克隆了一个大鼠心肌缺血 再灌诱导表达上调的新基因Mip1,并经RT PCR测序及多组织膜RNA印迹证实 .生物信息学分析显示 ,MIP 1定位于大鼠染色体 1q12区 ,含 5个外显子和 4个内含子 ,开放阅读框 (ORF)为 182 7bp ,编码 6 0 8个氨基酸 ,其编码蛋白N端含KRAB结构域 ,C端含 14个连续的C2H2型锌指蛋白结构域 ,氨基酸第 2 77位至 2 93位为双向的核定位信号 ,多组织膜RNA印迹显示该基因在脑组织表达最高 ,其次是心脏 ,在其他组织表达较低或无表达 .进一步深入研究该基因的功能具有重要生物学意义 . 展开更多
关键词 大鼠 心肌缺血-再灌 基因 生物信息学 cDNA末端快速扩增法 克隆 脑组织 表达 心肌细胞
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金桂芳樟醇合成酶基因的克隆与序列分析(英文) 被引量:12
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作者 唐丽 唐芳 +2 位作者 段经华 刘友全 钟秋平 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第5期11-19,共9页
以金桂的花器官为试材,设计芳樟醇合成酶基因简并引物,通过逆转录PCR、快速扩增cDNA末端技术和Blastn分析等,获得金桂芳樟醇合成酶基因的全长cDNA序列,命名为OfLis(Osmanthus fragransvar.thunbergii linalool synthase,GenBank登录号FJ... 以金桂的花器官为试材,设计芳樟醇合成酶基因简并引物,通过逆转录PCR、快速扩增cDNA末端技术和Blastn分析等,获得金桂芳樟醇合成酶基因的全长cDNA序列,命名为OfLis(Osmanthus fragransvar.thunbergii linalool synthase,GenBank登录号FJ645727)。OfLis基因全长cDNA长度为2003bp,包含1个1731bp的开放阅读框,编码576个氨基酸。序列分析表明:OfLis具有单萜烯类合成酶基因典型的保守结构域,即DDXXD和(N,D)D(L,I,V)X(S,T)XXXE;具有多数单萜烯类合成酶活性必需的RR(X)8W功能基团。OfLis推导氨基酸序列的预测分子质量和等电点分别为67.29ku和5.26;疏水性分析结果表明其大部分氨基酸区域为亲水结构。氨基酸水平上,OfLis与薰衣草芳樟醇合成酶基因的相似性最高,为63.6%,与山字草芳樟醇合成酶基因的相似性最低,为19.0%。逆转录PCR结果表明:整个花期内OfLis基因在花瓣、雌蕊和雄蕊中均有表达,而在萼片和叶片中不表达。研究结果为香味植物的育种、品种改良及香味成分的调控提供理论基础。 展开更多
关键词 金桂 单萜烯合成酶 芳樟醇合成酶 逆转录PCR 快速扩增CDNA末端
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家蚕3-羟基异丁酸脱氢酶基因克隆及其在模拟失重环境中的表达模式分析 被引量:2
14
作者 田宗成 周博 +7 位作者 骞爱荣 续惠云 狄升蒙 赵云坡 章玉萍 刘佳 黄勇平 商澎 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2041-2048,共8页
采用RT-PCR和RACE技术克隆了家蚕3-羟基异丁酸脱氢酶(hibadh)基因全长cDNA(GenBank登录号EU719652)并对其序列进行了分析,用RT-PCR方法检测了hibadh基因在家蚕5龄幼虫不同组织中的分布,最后用real-timeRT-PCR方法分析了整个胚胎期家蚕hi... 采用RT-PCR和RACE技术克隆了家蚕3-羟基异丁酸脱氢酶(hibadh)基因全长cDNA(GenBank登录号EU719652)并对其序列进行了分析,用RT-PCR方法检测了hibadh基因在家蚕5龄幼虫不同组织中的分布,最后用real-timeRT-PCR方法分析了整个胚胎期家蚕hibadh基因在模拟失重环境中的表达模式。克隆的hibadh基因cDNA全长1074bp,包含1个能编码完整Hibadh长度为969bp的开放阅读框。家蚕hibadh基因与伯霍尔德杆菌、果蝇、蜜蜂、热带爪蟾、小鼠、人类等6个物种hibadh基因推导的氨基酸序列同源性分别达到46%、43%、48%、44%、45%、45%。Hibadh蛋白为分泌蛋白,不存在糖基磷脂酰肌醇锚定位点,分子量和等电点分别为34.1kD和9.14。hibadh基因在家蚕5龄幼虫的头、丝腺、中肠、皮肤、血液、脂肪体、马氏管等组织中稳定表达。模拟失重环境中家蚕hibadh基因在胚胎发育的不同时期表达量不同,胚体突起发生期和反转期hibadh基因表达量分别上调2.3倍(P<0.05)和4.6倍(P<0.01),气管形成期hibadh基因表达量下调7.6倍(P<0.01),其余时间段hibadh基因表达量没有明显变化。整个胚胎发育期内,模拟失重组与对照组相比较hibadh基因总表达量下调2.6倍(P<0.05)。在模拟失重环境中,家蚕hibadh基因的表达模式与家蚕整体的响应模式有相似之处但不尽相同。基因对环境反应的灵敏度高于有机体整体对环境反应的灵敏度。该研究有利于进一步探讨hibadh基因的重力生物学机制。 展开更多
关键词 家蚕 3-羟基异丁酸脱氢酶 race(rapid amplification of cDNA ends) 失重
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油茶乙酰CoA酰基转移酶基因cDNA克隆及序列特征分析 被引量:21
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作者 张琳 谭晓风 +2 位作者 胡姣 姚小华 林萍 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期108-112,共5页
在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该... 在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该序列与油茶乙酰COA酰基转移酶基因进行序列拼接,确定了油茶乙酰COA酰基转移酶基因的全长cDNA序列,将该序列提交至GeneBank,登录号为GU594059。油茶乙酰COA酰基转移酶基因全长cDNA序列为1 495 bp,含有一个1 227 bp的ORF,编码408个氨基酸残基。在氨基酸序列水平上,该基因与胡黄连(P.kurrooa)的乙酰COA酰基转移酶基因的相似性最高,为86%,与稻瘟病菌(M.grisea)的最低,为65%。通过在线预测,油茶乙酰COA酰基转移酶基因编码蛋白的等电点pI为6.19,分子量Mw为41 628.6 Da。本研究为揭示油茶油脂合成规律和油茶的分子育种提供了理论依据和科学基础。 展开更多
关键词 油茶 乙酰CoA酰基转移酶 快速扩增CDNA末端 生物信息学分析
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Molecular Cloning and Characterization of a DFR from Developing Seeds of Blue-grained Wheat in Anthocyanin Biosynthetic Pathway 被引量:8
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作者 杨国华 赵学强 +4 位作者 李滨 刘建中 郑琪 童依平 李振声 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第11期1329-1338,共10页
Blue-grained wheat derived from the hybrid Triticum aestivum L. X Thinopyrum ponticum (Podp.) Barkworth et D. R. Dewey (Agropyron elongatum (Host) P. Beauv., 2n=70). The molecular biological mechanism of the biosynthe... Blue-grained wheat derived from the hybrid Triticum aestivum L. X Thinopyrum ponticum (Podp.) Barkworth et D. R. Dewey (Agropyron elongatum (Host) P. Beauv., 2n=70). The molecular biological mechanism of the biosynthetic pathway of blue pigments in the blue grain remains unclear yet. Dihydroflavonol 4-reductase (DFR) is one of the key enzymes controlling flavonoid synthesis in anthocyanin biosynthetic pathway, and may directly participate in the formation of blue pigment in the aleurone layer of blue-grained wheat. Here we cloned a DFR cDNA (TaDFR) from the developing seeds of blue-grained wheat, and four DFR genomic DNAs from Th. ponticum (ThpDFR.t), blue-grained wheat (TaDFR.bg), white-grained offspring of light blue-grained wheat (TaDFR.wg) and Chinese Spring (2n=42) (TaDFR.csg), respectively. TaDFR cDNA encodes a 354 amino-acids polypeptide with high identity to DFR from Hordeum vulgare L. (94%), Oryza sativa L. (83%), Zea mays L.(84%). The result of cluster analysis showed that TaDFR cDNA nucleotide sequence has 100% identity with that of TaDFR.csg. The four DFR genomic DNAs have extraordinary high homology and each has three introns. The differences of the four DFR genomic DNAs mainly exist in introns. Southern blotting analysis showed that there are at least 3-5 DFR copies in wheat, the copy numbers in different color grain wheats are not significantly different. The hybridization band patterns were the same, but different from that of Th. ponticum. DFR in blue-grained wheat belongs to a DFR superfamily. Northern blotting analysis indicated that the DFR expressed in the developing seeds of both blue- and white-grained wheat at 15 d after flowering (DAF), the mRNA levels of DFR reached the highest at 18 DAF, then declined quickly and disappeared at 33 DAF But the expression levels in blue-grained seeds were higher than that in white grain at the same seed developing stages. DFR transcripts accumulated in young leaves, and leaf sheaths of blue- and white-grained wheat and Th ponticum, but not detected in roots from different color wheats and developing seeds of Th. ponticum. Results indicated that there may exist some regulatory gene(s) which can increase the expression of DFR in the aleurone layer of blue-grained wheat, and thus resulting in the formation of blue pigments. 展开更多
关键词 blue-grained wheat anthocyanin biosynthetic pathway dihydroflavonol 4-reductase (DFR) rapid amplification of cDNA ends (race) Thinopyrum ponticum (2n=70)
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三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全长克隆及表达分析 被引量:9
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作者 袁一鸣 李家乐 +2 位作者 汪桂玲 白志毅 李西雷 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期691-700,共10页
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放... 采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为41.9ku,理论等电点为5.3。三角帆蚌β-actin氨基酸序列中Met178,Ser305,Ser321,Pro325,Val331,Pro346等6个氨基酸残基具有特异性,此外还发现3个特殊的氨基酸残基位点以及2个软体动物特有的氨基酸残基。三角帆蚌β-actin氨基酸序列与软体动物、节肢动物、脊椎动物的相似性高达98%~99%。NJ法系统进化分析显示三角帆蚌首先与软体动物聚在一起,然后与节肢动物聚在一起,再依次与鱼类、两栖类、哺乳类聚在一起。RT-PCR显示β-actin基因在外套膜、血液、肝、肾、胃、肠、鳃、斧足共8个组织的表达基本一致,具有良好的稳定性。 展开更多
关键词 三角帆蚌 快速扩增cDNA末端(race) β-肌动蛋白基因 CDNA
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黄颡鱼脑P-450芳香化酶基因的克隆和组织表达 被引量:9
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作者 徐跑 俞菊华 +1 位作者 李建林 夏德全 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期591-598,共8页
P-450芳香化酶(P450arom)是催化雄激素生物合成雌激素的关键酶.本文采用RT-PCR和RACE法,首次分离和克隆了黄颡鱼脑P450 芳香化酶基因HP450aromB, 并使用荧光实时定量RT-PCR对其组织表达进行了研究.结果表明HP450aromB cDNA全长2080 bp(... P-450芳香化酶(P450arom)是催化雄激素生物合成雌激素的关键酶.本文采用RT-PCR和RACE法,首次分离和克隆了黄颡鱼脑P450 芳香化酶基因HP450aromB, 并使用荧光实时定量RT-PCR对其组织表达进行了研究.结果表明HP450aromB cDNA全长2080 bp(不包括poly(A)), 5′端非翻译区有25 bp,3′端555 bp(不包含poly(A)),阅读框(open reading frame, ORF)1500 bp,编码 500个氨基酸,推测的蛋白质分子量为56 kDa.同源性分析显示,HP450aromB的氨基酸序列与其它鱼脑P450arom具有70%以上的同源性,与其它鱼卵巢P450arom为60%左右同源,与人胚盘和鸡卵巢P450arom 则为50%左右同源;但芳香化酶高保守区包括I-螺旋区,芳香化酶特异保守区II及血红素结合区III和其它鱼芳香化酶相比同源性分别为83%~96%,78%~86%和85%~100%.系统发育分析表明HP450aromB与鱼类脑P450arom属于同一分支的,并且也显示了黄颡鱼和鲶鱼分类地位最近,这和传统的分类一致.实时定量RT-PCR研究显示,HP450arom B在前脑,下丘脑,垂体、卵巢、精巢均有表达,在肝脏没表达,表达量脑部高于性腺,但雌雄鱼脑部HP450arom B的表达总量没显著差异. 展开更多
关键词 黄颡鱼 P450芳香化酶 cDNA末端快速扩增法 系统发育 组织表达
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羊驼TGF-β1基因的克隆及表达分析 被引量:7
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作者 贾小云 金雷皓 +3 位作者 丁娜 罗东萍 范瑞文 董常生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期885-892,共8页
旨在克隆羊驼TGF-β1基因,了解TGF-β1序列特征及其在不同组织中的表达特征,寻找TGF-β1基因的mRNA表达量与毛色之间的相关性,为研究TGF-β1基因的生物学功能提供基础。以羊驼为材料,利用3′和5′RACE技术克隆羊驼TGF-β1基因,利用DNAma... 旨在克隆羊驼TGF-β1基因,了解TGF-β1序列特征及其在不同组织中的表达特征,寻找TGF-β1基因的mRNA表达量与毛色之间的相关性,为研究TGF-β1基因的生物学功能提供基础。以羊驼为材料,利用3′和5′RACE技术克隆羊驼TGF-β1基因,利用DNAman、PROSITE和megAlign软件分别分析序列特征和相似性,应用荧光定量PCR(qRT-PCR)分析TGF-β1基因在不同被毛颜色羊驼皮肤组织中的表达及TGF-β1在山羊不同组织中的表达特异性。结果表明,羊驼TGF-β1cDNA克隆全长为1 364bp(GenBank登录号:KF887499),ORF长1 173bp,编码390个氨基酸。氨基酸序列分析显示,羊驼TGF-β1具有其家族的典型结构特征,与其他哺乳动物相似性很高,与野猪的亲缘关系最近。羊驼TGF-β1基因在棕色羊驼皮肤组织中的表达量是白色羊驼皮肤组织的3.5倍。组织特异性分析表明,TGF-β1在山羊不同组织中均有表达,且在淋巴组织中表达量相对最高。羊驼TGF-β1全长cDNA的克隆和不同组织器官TGF-β1基因表达分析显示,TGF-β1与羊驼毛色形成密切相关。本研究为深入探讨TGF-β1参与动物毛色形成及调控的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 羊驼 TGF-Β1基因 CDNA末端快速扩增 QRT-PCR 表达分析
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cDNA文库构建策略及其分析研究进展 被引量:81
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作者 晏慧君 黄兴奇 程在全 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第1期1-6,共6页
cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从... cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从而克隆cDNA全长;对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库,可以增加克隆低丰度mRNA的机会;差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义;改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主,介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。 展开更多
关键词 CDNA文库 CDNA全长 基因克隆 均一化cDNA文库 差减CDNA文库 固相cDNA文库 快速扩增cDNA末端(race)
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