期刊文献+
共找到13篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
The hepatitis C virus 5’ untranslated region gene amplified by rapid amplification of cDNA ends and its secondary structure 被引量:1
1
《Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International》 SCIE CAS 2002年第3期368-372,共5页
Objectives: To obtain very end full-length cDNA ofhepatitis C virus (HCV) 5’ untranslated region(5’UTR) and analyze its primary and secondarystructure.Methods: A patient infected genotype 2a HCV wasidentified by rev... Objectives: To obtain very end full-length cDNA ofhepatitis C virus (HCV) 5’ untranslated region(5’UTR) and analyze its primary and secondarystructure.Methods: A patient infected genotype 2a HCV wasidentified by reverse transcription-nested polymerasechain reaction (RT-PCR) and restriction fragmentlength polymorphism (RFLP). Total RNA isolatedfrom the serum was used as template, and the cDNAof the 5’ untranslated region was amplified using rap-id amplification of cDNA ends (RACE). The frag-ments were recombinated by A-T clone strategy, andthe recombinants were confirmed by RFLP andPCR, and sequenced subsequently. Secondary struc-tures were analysed by RNAdraw.Results: Very end full-length cDNA of genotype 2aHCV 5’ UTR was obtained by RACE. In five clonesobtained, three contained full-length 5’UTR cDNA;A21G, G170A, T222C, T247C, C339T substitutionswere found as compared to HC-J6. Homological re-sults of HCV-1, HC-J6, HC-C2, HC-J8 were 93.6%-94.4%, 92.1%-93%, 98.8%-99.7%, 96.2%-96.5%, respectively; however, the substitutions didnot alter secondary structure. Two of 5 clones weredeletions of 53bp and 135bp at the 5’terminal ofHCV 5’UTR, respectively.Conclusions: RACE can be used to obtain the full-length cDNA of 2a genotype HCV 5’UTR. Genes de-leted at the 5’ terminal of HCV circulate in hepatitisC patients. 展开更多
关键词 HEPATITIS c 5’ untranslated region SEQUENcE analysis rapid amplification cdna ends
下载PDF
油茶乙酰CoA酰基转移酶基因cDNA克隆及序列特征分析 被引量:21
2
作者 张琳 谭晓风 +2 位作者 胡姣 姚小华 林萍 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期108-112,共5页
在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该... 在已知油茶乙酰COA酰基转移酶基因EST序列基础上,设计6条特异引物,以油茶优良无性系‘湘林1号’种仁总RNA为模板,通过反应体系和反应条件优化,最终扩增出一条700 bp左右的目的片段,将该片段回收、克隆、测序,获得718 bp的cDNA序列,将该序列与油茶乙酰COA酰基转移酶基因进行序列拼接,确定了油茶乙酰COA酰基转移酶基因的全长cDNA序列,将该序列提交至GeneBank,登录号为GU594059。油茶乙酰COA酰基转移酶基因全长cDNA序列为1 495 bp,含有一个1 227 bp的ORF,编码408个氨基酸残基。在氨基酸序列水平上,该基因与胡黄连(P.kurrooa)的乙酰COA酰基转移酶基因的相似性最高,为86%,与稻瘟病菌(M.grisea)的最低,为65%。通过在线预测,油茶乙酰COA酰基转移酶基因编码蛋白的等电点pI为6.19,分子量Mw为41 628.6 Da。本研究为揭示油茶油脂合成规律和油茶的分子育种提供了理论依据和科学基础。 展开更多
关键词 油茶 乙酰coA酰基转移酶 快速扩增cdna末端 生物信息学分析
下载PDF
cDNA文库构建策略及其分析研究进展 被引量:81
3
作者 晏慧君 黄兴奇 程在全 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第1期1-6,共6页
cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从... cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从而克隆cDNA全长;对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库,可以增加克隆低丰度mRNA的机会;差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义;改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主,介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。 展开更多
关键词 cdna文库 cdna全长 基因克隆 均一化cdna文库 差减cdna文库 固相cdna文库 快速扩增cdna末端(RAcE)
下载PDF
用RACE结合cDNA文库筛选的方法获取新的锌指蛋白基因 被引量:8
4
作者 杜占文 刘立仁 张俊武 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期329-331,共3页
大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同... 大多数有重要功能的蛋白质都含相应的由保守氨基酸顺序组成的功能结构域。本文首先根据蛋白质功能结构域保守氨基酸序列设计简并引物 ,用PCR方法扩增出基因EST序列 ,再利用改进的快速扩增cDNA末端(RACE)方法从cDNA文库中扩增出基因非同源部位 ,然后以非同源序列为探针 ,筛选cDNA文库。利用此方法成功地从人骨髓cDNA文库中克隆到几个编码锌指蛋白并代表原有EST的新的全长cDNA。这一策略也应适用于筛选编码具有其他序列保守性功能结构域蛋白的基因。 展开更多
关键词 RAcE cdna文库 筛选 锌指蛋白基因 非同源dna序列 新基因
下载PDF
T_4 DNA连接酶介导的5’RACE法克隆大鼠Nor 1全长cDNA 被引量:2
5
作者 银巍 黄奕俊 +3 位作者 苏兴文 赵灵芝 邱鹏新 颜光美 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期317-321,共5页
目的:克隆75AEST全长cDNA序列。方法:抽提在25mmol/L KCl条件下培养7d的大鼠小脑颗粒神经元的总RNA后,用DNA连接酶介导的5’RACE法克隆75A表达序列标签(EST)cDNA5’端未知序列,其产物亚克隆到pGEM-Teasy后进行序列测定以及同源性分性。... 目的:克隆75AEST全长cDNA序列。方法:抽提在25mmol/L KCl条件下培养7d的大鼠小脑颗粒神经元的总RNA后,用DNA连接酶介导的5’RACE法克隆75A表达序列标签(EST)cDNA5’端未知序列,其产物亚克隆到pGEM-Teasy后进行序列测定以及同源性分性。结果:首轮5’RACE扩增出2.5kb序列后,75A EST鉴定为神经来源孤儿受体1(Nor1)基因的部分序列;再经过二次轮5’RACE,我们首次克隆Nor-1的全长cDNA序列。结论:T_4DNA连接酶介导的5’RACE是一种效率较高的克隆mRNA5’端未知序列的好方法,为进一步研究Nor1在小脑颗粒神经元存活或分化过程中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 T4dna连接酶 5’cdna末端快速扩增法 Nor1 小脑 神经元
下载PDF
天祝白牦牛IGF-2基因的cDNA克隆
6
作者 李亚兰 张全伟 +3 位作者 王雪莹 马友记 张勇 赵兴绪 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期102-106,共5页
旨在克隆天祝白牦牛胰岛素样生长因子2(IGF-2)基因编码区全长cDNA序列,为研究该基因的生理功能奠定基础。运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得天祝白牦牛IGF-2基因全长cDNA序列。扩增获得天祝白牦牛IGF-2基因全长cDNA序列为1 060 bp(Gen... 旨在克隆天祝白牦牛胰岛素样生长因子2(IGF-2)基因编码区全长cDNA序列,为研究该基因的生理功能奠定基础。运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得天祝白牦牛IGF-2基因全长cDNA序列。扩增获得天祝白牦牛IGF-2基因全长cDNA序列为1 060 bp(GenBank登录号:KF682139),ORF长540 bp,编码179个氨基酸。其编码的氨基酸与已报道哺乳动物IGF-2氨基酸序列同源性在80%-92%之间。天祝白牦牛IGF-2基因的成功克隆为进一步研究该基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 天祝白牦牛 胰岛素生长因子2 cdna末端快速扩增 基因克隆 RT-PcR
下载PDF
水蕨(Ceratopteris thalictroides)查尔酮合成酶基因的克隆和表达(英文) 被引量:3
7
作者 曹建国 陈雪菲 +2 位作者 谢颖华 张敏 王全喜 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期489-498,共10页
查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)是植物类黄酮化合物合成的关键酶,有关蕨类植物CHS基因的序列及功能信息尚不完善。本研究采用快速扩增c DNA末端(RACE)技术克隆获得了模式蕨类植物——水蕨(Ceratopteris thalictroides)Ct CHS基因(Ge... 查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)是植物类黄酮化合物合成的关键酶,有关蕨类植物CHS基因的序列及功能信息尚不完善。本研究采用快速扩增c DNA末端(RACE)技术克隆获得了模式蕨类植物——水蕨(Ceratopteris thalictroides)Ct CHS基因(Gen Bank登录号:JX027616.1),其c DNA序列全长为1616 bp,具有3个外显子和2个内含子,开放阅读框(ORF)为1215 bp,编码404个氨基酸。进化树分析表明,Ct CHS与问荆(Equisetum arvense)、松叶蕨(Psilotum nudum)和3种薄囊蕨的查尔酮合成酶基因聚为一枝,说明这些蕨类植物亲缘关系较近且为单系起源。通过构建原核表达体系成功获得Ct CHS蛋白的多克隆抗体并用于免疫印迹分析,结果表明Ct CHS基因的表达明显受紫外光(UV)诱导。Ct CHS基因的克隆与表达分析为进一步研究水蕨类黄酮化合物的合成及其调控机制提供了依据。 展开更多
关键词 查尔酮合成酶(cHS) RAcE 水蕨
下载PDF
一色齿毛菌锰过氧化物酶2基因克隆及生物信息学分析 被引量:1
8
作者 于存 池玉杰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期1366-1373,共8页
锰过氧化物酶(manganese peroxidase,Mn P)是由一系列同功酶组成的木质素降解酶。我们前期工作克隆了一色齿毛菌(Cerrena unicolor)Mn P1基因序列。在此基础上,本研究采用简并PCR、染色体步移和RACE等技术对C.unicolor mnp2基因(Cu-mnp2... 锰过氧化物酶(manganese peroxidase,Mn P)是由一系列同功酶组成的木质素降解酶。我们前期工作克隆了一色齿毛菌(Cerrena unicolor)Mn P1基因序列。在此基础上,本研究采用简并PCR、染色体步移和RACE等技术对C.unicolor mnp2基因(Cu-mnp2)序列进行克隆。同时,采用生物信息学软件对Cu-mnp2的基因结构、Cu-Mn P2的蛋白质结构及多物种Mn Ps蛋白质序列的系统进化关系进行分析。克隆得到3 053 bp的Cu-mnp2 DNA序列(Gen Bank:JX270806.1)和1 429 bp的Cu-mnp2 c DNA序列(Gen Bank:JQ782580.1)。序列分析结果显示,Cu-mnp2 DNA序列包含14个外显子和13个内含子,启动子区域包含TATA-BOX、SP1和AP1等作用元件;Cu-mnp2 c DNA序列包含71 bp的5'UTR、230 bp的3'UTR以及1 128 bp的开放阅读框(ORF)。Cu-mnp2 ORF序列的BLAST比对结果表明,Cu-mnp2与Trametes versicolor FP-101664 SS1 mnp序列覆盖度为53%,序列相似性为65%;与Heterobasidion irregulare mnp、C.unicolor mnp1等c DNA序列都有较高的序列相似性。Cu-mnp2的ORF编码(Gen Bank:AFK91530.1)由340个氨基酸残基组成的多肽链(CuMn P2)。Cu-Mn P2蛋白质序列的BLAST比对和蛋白质三维结构均显示,Cu-Mn P2包含Mn2+、Ga2+、血红素及芳香底物结合位点。对包含Cu-Mn P1、Cu-Mn P2蛋白质序列在内的多物种Mn Ps蛋白质序列的系统发育分析表明,多物种的Mn Ps分为两大类群,分别为包含4个二硫键的短Mn Ps和包含5个二硫键的长Mn Ps。其中,Cu-Mn P1与Cu-Mn P2均属于短Mn Ps,Cu-Mn P2与Trametes versicolor Mr P的蛋白质序列亲缘关系最近。通过Cu-mnp2基因的克隆和序列分析,对继续研究C.uniclor的Mn P同工酶基因结构和功能奠定基础。 展开更多
关键词 一色齿毛菌 锰过氧化物酶 染色体步移 c dna末端快速扩增(RAcE) 生物信息学
下载PDF
绵羊ACSL1基因cDNA序列克隆及其序列分析
9
作者 曹阳 曹阳 +2 位作者 于永生 张立春 金海国 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期190-193,共4页
为研究绵羊长链脂酰辅酶A合成酶1(Long-chain fatty acyl-Co A 1,ACSL1)基因功能,以绵羊肝组织总RNA为模板,应用RACE技术扩增得到了绵羊ACSL1基因完整的CDS区以及3'端序列,利用生物信息学软件对已知序列及其预测蛋白结构进行了分析... 为研究绵羊长链脂酰辅酶A合成酶1(Long-chain fatty acyl-Co A 1,ACSL1)基因功能,以绵羊肝组织总RNA为模板,应用RACE技术扩增得到了绵羊ACSL1基因完整的CDS区以及3'端序列,利用生物信息学软件对已知序列及其预测蛋白结构进行了分析。结果表明:绵羊ACSL1基因序列开放阅读框长为2 100 bp,共编码699个氨基酸,理论分子质量为82.76 ku,理论等电位点为5.38,为疏水性蛋白,无信号肽,不属于分泌蛋白,经序列对比发现其与牛和猪的同源性为97%。 展开更多
关键词 绵羊 RAcE AcSL1基因
原文传递
红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)干扰素调节因子2基因的克隆及原核表达
10
作者 孙赛红 马普 +9 位作者 孙鹤 孔德荣 李慧 仇雪梅 姜志强 刘海映 刘洋 刘圣聪 孟雪松 王秀利 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期107-113,共7页
干扰素调节因子(Interferon regulatory factor,IRF)是一种多功能的转录因子。采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了红鳍东方鲀干扰素调节因子2(Interferon regulatory factor 2,IRF2)基因的全长c DNA... 干扰素调节因子(Interferon regulatory factor,IRF)是一种多功能的转录因子。采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了红鳍东方鲀干扰素调节因子2(Interferon regulatory factor 2,IRF2)基因的全长c DNA。该基因全长为1 552 bp,其中5'非编码区(5'-UTR)187 bp,3'非编码区(3'-UTR)429 bp,编码区(CDS)为936 bp,共编码311个氨基酸。将IRF2的编码区序列连接到原核表达载体p ET32a(+),成功构建了重组体p ET32a(+)-IRF2。将重组体p ET32a(+)-IRF2转入大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3)中,获得了重组表达IRF2的基因工程菌。经IPTG诱导,p ET32a(+)-IRF2在BL21中得到了融合表达。通过对表达产物的纯化和Western blotting检测,结果显示红鳍东方鲀IRF2基因在大肠杆菌中的表达效果较高,目的蛋白准确。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀 干扰素调节因子2 c dna末端快速扩增 原核表达
下载PDF
丹参2-C-甲基-D-赤藓糖醇2,4-环焦磷酸合成酶(SmMCS)基因全长克隆及其生物信息学分析 被引量:6
11
作者 高伟 程琪庆 +4 位作者 马晓惠 何云飞 蒋超 袁媛 黄璐琦 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第22期3365-3370,共6页
目的:从丹参毛状根中克隆2-C-甲基-D-赤藓糖醇2,4-环焦磷酸合成酶(SmMCS)全长基因,并进行生物信息学分析。方法:根据丹参转录组数据提供的基因片段设计特异引物,采用RACE方法克隆SmMCS全长cDNA,并对SmMCS进行蛋白结构预测、序列多重比... 目的:从丹参毛状根中克隆2-C-甲基-D-赤藓糖醇2,4-环焦磷酸合成酶(SmMCS)全长基因,并进行生物信息学分析。方法:根据丹参转录组数据提供的基因片段设计特异引物,采用RACE方法克隆SmMCS全长cDNA,并对SmMCS进行蛋白结构预测、序列多重比对和构建进化树等分析;同时采用实时定量PCR检测Ag+诱导子诱导丹参毛状根不同时期的SmMCS基因转录水平。结果:克隆的SmMCS全长cDNA由988个核苷酸组成,具有完整编码框,编码234个氨基酸,蛋白相对分子质量约24.6 kDa,等电点pI 8.53;实时定量PCR结果表明该基因受Ag+诱导后表达水平在12 h时急剧上升并达到最高值。结论:从丹参毛状根中克隆得到一条SmMCS全长cDNA,为进一步研究丹参酮类成分的生物合成和萜类次生代谢提供靶基因。 展开更多
关键词 丹参 2-c-甲基-D-赤藓糖醇2 4-环焦磷酸合成酶 cdna末端快速扩增 生物信息学分析
原文传递
红花栝楼鲨烯合酶基因的克隆及其序列分析 被引量:8
12
作者 陶晨陈 马成通 +4 位作者 吴耀生 周青鸟 苏荷玲 晁耐霞 罗育 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1034-1041,共8页
目的克隆红花栝楼鲨烯合酶(squalene synthase,SS)的基因并进行序列分析,为进一步研究葫芦科植物三萜合成通路关键酶SS的正选择位点与功能的关联性分析奠定基础。方法根据绞股蓝与罗汉果SS基因c DNA比对分析的结果,设计SS的5’端简并... 目的克隆红花栝楼鲨烯合酶(squalene synthase,SS)的基因并进行序列分析,为进一步研究葫芦科植物三萜合成通路关键酶SS的正选择位点与功能的关联性分析奠定基础。方法根据绞股蓝与罗汉果SS基因c DNA比对分析的结果,设计SS的5’端简并引物,采用3’RACE扩增红花栝楼SS全长c DNA基因。结果获得红花栝楼SS c DNA全长共1 466个核苷酸,其中包括一个含有1 254个核苷酸的开放读码框,编码417个氨基酸残基。通过NCBI的Blast比对,发现红花栝楼SS基因编码的氨基酸序列与已知植物SS基因编码的氨基酸序列同源性为78%~94%,核苷酸的同源性为74%~93%。结论成功克隆了红花栝楼SS的全长c DNA,为进一步研究红花栝楼SS基因结构、基因表达、基因突变提供了基础,并为葫芦科植物三萜合成通路关键酶SS的正选择位点与功能的关联性分析提供了数据支持。 展开更多
关键词 红花栝楼 鲨烯合酶 RAcE 基因克隆 序列分析
原文传递
毛白杨形成层中4种MADS-box基因的克隆和序列分析
13
作者 苏文龙 刘程 +3 位作者 苏哲 岳彩云 王晓霞 樊金会 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期653-657,共5页
MADS-box基因家族是一类具有特异性序列的转录因子,并在植物体发育过程中起着重要作用。本研究以毛白杨形成层为材料,利用RACE技术克隆得到4个MADS-box基因,命名为Pt MADS1、Pt MADS2、Pt MADS3和Pt MADS5。Pt MADS1全长1 067 bp,开放... MADS-box基因家族是一类具有特异性序列的转录因子,并在植物体发育过程中起着重要作用。本研究以毛白杨形成层为材料,利用RACE技术克隆得到4个MADS-box基因,命名为Pt MADS1、Pt MADS2、Pt MADS3和Pt MADS5。Pt MADS1全长1 067 bp,开放阅读框(ORF)长度678 bp,编码含有225个氨基酸;Pt MADS2全长912 bp,ORF长度609 bp,编码含有202个氨基酸;Pt MADS3全长909 bp,ORF长度654 bp,编码含有217个氨基酸;Pt MADS5全长1 029 bp,ORF长度663 bp,编码220个氨基酸。系统进化树分析表明Pt MADS1与SVP同源性较高,属于STMADS11亚族;Pt MADS2与AGL12基因同源性较高,属于AGL12亚族;Pt MADS3和Pt MADS5分别与AGL14和SOC1同源性较高,同属于SOC1亚族。 展开更多
关键词 毛白杨 MADS-BOX基因 形成层 RAcE技术 序列分析
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部