基于rbcL-a和ITS的枸杞鉴别、遗传关系分析及ITS假基因的发现

利用rbcL-a及ITS序列作为分子标记,对14个枸杞种或品种及1个伪品白刺进行了真伪鉴别及遗传关系分析。CTAB法提取总DNA,用通用引物对rbcL-a和ITS序列扩增、克隆、测序及分析,T克隆解决部分样品ITS无法成功测序问题。rbcL-a和ITS序列通用引物可在所有样品中成功扩增,rbcL-a序列全长643 bp,在14个枸杞种或品种中完全一致,与白刺具有45bp(7%)的碱基变异。ITS序列在14个枸杞种或品种中长度变异范围为513-692 bp。采用UPGMA法构建系统树,可区分白刺与枸杞,黑果枸杞和宁夏枸杞各品种分别聚为两支,云南枸杞、韩国枸杞及黄果枸杞则聚在宁夏枸杞大分支内。rbcL-a序列可有效进行枸杞真伪鉴别,ITS序列可用于枸杞品种鉴定及遗传关系分析。此外,本研究首次揭示了枸杞品种及个体内的ITS多态性,发现在枸杞中存在ITS假基因这一现象,为未来利用ITS序列进行枸杞系统进化研究提供一些新的参考。

利用rbcL-a序列模拟检测小鼠食性

动物食性是研究动物生活习性中非常重要的一环,利用DNA条形码进行检测变得非常快捷和方便。利用这项技术,模拟生态环境研究动物食性,来检测小白鼠的食物组成。首先,给小白鼠喂食了6种植物(白菜、玉米、胡萝卜、小麦、生菜、花椰菜)并收集其粪便,然后对这些样本进行DNA提取、PCR扩增与克隆,最后测序并获得来自质体的rbcL基因(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase large subunit gene)的部分序列(rbcL-a)。粪便样本中得到的序列分别与GenBank数据库和实验中得到的作为食物的5种植物的rbcL-a序列(玉米中未发现)进行比对,确定其分类单元。利用GenBank数据库,共鉴定出了3科和1属。与实验中的5种植物rbcL-a序列比对能鉴定出3个植物物种。表明实验用的rbcL-a序列在检测粪便中物种方面具有很大的潜力,对野生动物的食性分析及分子生态学的研究具有重要的意义。

部分苔藓植物叶绿体DNArbcL-a序列的亲缘关系分析

目的:利用rbcL-a序列对13种苔藓植物进行亲缘关系分析。方法:以毛地钱为外类群,利用ClustalX2.0和MEGA4.1软件对13种苔藓植物的rbcL-a基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果:13种苔藓植物的rbcL-a序列长度在643bp～656bp之间,排序后总长度为661bp,其中变异位点54个,信息位点91个。遗传距离在0.019～0.144之间,平均遗传距离为0.073。利用MP法建立的系统树显示,13种苔藓植物分为3组。结论:序列分析结果与形态学结果一致,rbcL-a序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。

姜科砂仁属植物DNA条形码序列的筛选

砂仁属(Amomum)隶属于姜科,全属约150种,我国有39种。该属多种植物可作药物或香料,但目前砂仁属的分类还不清楚,准确鉴定物种有很大难度。本研究利用DNA barcoding技术,对砂仁属50种121个个体的matK、rbcL-a、trnH-psbA序列及其不同组合进行比较,用Taxon DNA计算种间、种内bar-coding gap,运用相似法的BLASTn计算条码的正确鉴定率,筛选适合砂仁属的条码片段。结果显示:所有条码的barcoding gap均不存在;matK的正确鉴定率高于trnH-psbA和rbcL-a,联合片段的条码正确鉴定率高于单片段条码,三个片段联合条码的正确鉴定率最高。因此,推荐matK+rbcL-a+trnH-psbA作为砂仁属物种鉴定的候选条码。