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一种针对大规模Read Mapping的高效DBG索引方法
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作者 于长永 李俊杰 +1 位作者 马海涛 赵宇海 《东北大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第6期770-776,共7页
为了能够回答生物信息学中关于de Bruijn graph(DBG)的两个问题——①对于任意的k-mer,回答其是否为DBG的顶点,②对于DBG的任意顶点,回答其邻接信息(入边和出边),提出了一种针对大规模read mapping的高效DBG索引方法.本文将以上两个问... 为了能够回答生物信息学中关于de Bruijn graph(DBG)的两个问题——①对于任意的k-mer,回答其是否为DBG的顶点,②对于DBG的任意顶点,回答其邻接信息(入边和出边),提出了一种针对大规模read mapping的高效DBG索引方法.本文将以上两个问题转化为非重复多路径上的k-mer和(k+1)-mer的确切查找问题,并利用FM-index进行解决.首先,对给定的参考序列进行压缩,即非重复多路径的发现,从而压缩了序列中大量存在的重复(k+1)-mer.其次,基于非重复多路径FM-index对DBG进行索引.查找k-mer是否出现在DBG上,若找到,给出该k-mer的直接前驱和直接后继结点,从而提高时空效率.最后,在62种大肠杆菌菌株的基因组上进行实验.实验结果表明,所提出的方法可以高效地对多参考序列的DBG进行索引. 展开更多
关键词 de Bruijn graph 索引 read mapping(序列映射) FM-index 参考序列
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New Generations: Sequencing Machines and Their Computational Challenges 被引量:1
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作者 David C. Schwartz Michael S. Waterman 《Journal of Computer Science & Technology》 SCIE EI CSCD 2010年第1期3-9,共7页
New generation sequencing systems are changing how molecular biology is practiced. The widely promoted $1000 genome will be a reality with attendant changes for healthcare, including personalized medicine. More broadl... New generation sequencing systems are changing how molecular biology is practiced. The widely promoted $1000 genome will be a reality with attendant changes for healthcare, including personalized medicine. More broadly the genomes of many new organisms with large samplings from populations will be commonplace. What is less appreciated is the explosive demands on computation, both for CPU cycles and storage as well as the need for new computational methods. In this article we will survey some of these developments and demands. 展开更多
关键词 genome sequencing new generation sequencing read mapping optical mapping sequence assembly Eulerian graphs
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