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利用rep-PCR技术研究我国9省柑橘溃疡病菌遗传多样性 被引量:11
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作者 姚廷山 胡军华 +3 位作者 唐科志 冉春 李中安 周常勇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期819-822,共4页
采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供... 采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供试菌株可划分为5个簇;以遗传相似距离0.5划分,供试菌株可划分为4个簇;15个菌株与标准A菌株遗传相似距离较近,菌株CJX、CZJ1、CGDN2与标准A菌株遗传相似距离较远;来自同一省的少数溃疡病菌株的遗传相似性也较低,说明我国柑橘溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 柑橘溃疡病菌 rep-pcr 遗传多样性
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Rep-PCR技术对中国水稻条斑病菌的遗传多样性初析 被引量:16
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作者 姬广海 许志刚 张世珖 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期26-32,共7页
采用 Rep- PCR技术 ,对 30个水稻细菌性条斑病菌株 (Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)进行遗传多样性分析 ,同时对李氏禾条斑病菌等其它 10个参试菌株也进行了比较。 Rep- PCR是利用一些基于细菌的短的重复序列引物 (ERIC和 BOX)的 DN... 采用 Rep- PCR技术 ,对 30个水稻细菌性条斑病菌株 (Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)进行遗传多样性分析 ,同时对李氏禾条斑病菌等其它 10个参试菌株也进行了比较。 Rep- PCR是利用一些基于细菌的短的重复序列引物 (ERIC和 BOX)的 DNA扩增特性 ,2种引物组合的电泳图谱结合并分析 ,以水稻细菌性条斑病菌各自的指纹谱型在相似率 80 %时可分为 6簇 ,初步表明我国水稻细菌性条斑病菌群体的遗传分化明显 ;发现自然界存在的弱或无毒性菌株与毒性菌株的 Rep- PCR指纹图谱差异很大 ;毒性菌株的遗传分簇与其致病性具有一定的相关性。用 ERIC扩增水稻条斑病菌基因组DNA的指纹比 BOX更为多样 ,两者对菌株的分辨率不同。因此 ,Rep- PCR技术可有效地用于监测水稻细菌性条斑病菌的遗传变异 ,还可应用于菌株的鉴定和分类学研究。 展开更多
关键词 水稻 细菌性条斑病菌 遗传多样性 rep-pcr
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布鲁氏菌的Rep-PCR分型研究 被引量:33
3
作者 崔步云 尹继明 +3 位作者 李兰玉 朴冬日 赵鸿雁 尚德秋 《疾病监测》 CAS 2005年第8期397-400,共4页
目的探索对布鲁氏菌属的分子生物学分类方法。方法应用Rep-PCR进行分型研究,以布鲁氏菌属各种型代表菌株为参考,将该方法对国内分离的典型、非典型布鲁氏菌菌株、疫苗菌株进行分类研究。结果使用Rep-PCR方法,不仅在属的水平上可以检测... 目的探索对布鲁氏菌属的分子生物学分类方法。方法应用Rep-PCR进行分型研究,以布鲁氏菌属各种型代表菌株为参考,将该方法对国内分离的典型、非典型布鲁氏菌菌株、疫苗菌株进行分类研究。结果使用Rep-PCR方法,不仅在属的水平上可以检测、鉴定布鲁氏菌属,而且能够将107株国内外布鲁氏菌的参考菌株和地方流行菌株分为8个组。结论使用Rep-PCR方法可以对布鲁氏菌株进行分型,将典型和非典型布鲁氏菌进行鉴定和分型,弥补传统分类方法的不足。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 分型 rep-pcr
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利用rep-PCR研究云南尼泊尔桤木根瘤内Frankia基因多样性 被引量:2
4
作者 熊智 唐晓萌 +3 位作者 代玉梅 张成刚 张忠泽 徐丽华 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期623-627,共5页
利用rep-PCR指纹技术对云南5个地区的尼泊尔桤木根瘤内Frankia菌基因多样性进行研究,实验发现Frankia菌呈现丰富的基因多样性.所有71个样品被分为11种不同的基因类型.除高黎贡山外,不同地域都有某种基因型占优势,显示Frankia菌基因型与... 利用rep-PCR指纹技术对云南5个地区的尼泊尔桤木根瘤内Frankia菌基因多样性进行研究,实验发现Frankia菌呈现丰富的基因多样性.所有71个样品被分为11种不同的基因类型.除高黎贡山外,不同地域都有某种基因型占优势,显示Frankia菌基因型与地域有紧密关系.所观察的5个地区中,高黎贡山Frankia菌基因型种类最多,多样性指数最高,基因多样性最为丰富.结合高黎贡山地理资料及其它生物多样性相关研究,推测与高黎贡山尼泊尔桤木共生的Frankia可能作为种储备库,为其它地区的寄主植物提供了祖先菌株. 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr 尼泊尔桤木 云南 地域 基因多样性
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用REP-PCR DNA指纹鉴别Frankia菌 被引量:6
5
作者 彭源东 张忠泽 丁鉴 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1998年第1期1-5,共5页
用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性... 用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性所得结果具有良好的相关性。 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr DNA指纹鉴别 分类学
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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:5
6
作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《中国草食动物科学》 CAS 2014年第3期55-57,共3页
文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自... 文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源的或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 真菌 环境微生物 遗传多样性
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蚕豆茎疫病菌rep-PCR初析 被引量:2
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作者 黄琼 孙启明 +3 位作者 姬广海 钱君 孙跃先 刘凤权 《西南农业学报》 CSCD 2003年第1期74-77,共4页
对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌... 对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌株具有丰富的DNA多态性和较大的遗传变异。 2 4~ 2 5个菌株在 75 %遗传水平上相似。研究发现来自景东、昭通、玉溪、宣威、弥渡、文山、洱源、保山的菌株具有 75 %的同源性 ,与菌株的地理来源有一定相关关系。 展开更多
关键词 蚕豆茎疫病菌 rep-pcr 蚕豆
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应用rep-PCR微生物源方法追踪夏秋季桂五水库粪便污染来源 被引量:4
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作者 李伟伟 陈晓东 +2 位作者 顾玲 丁震 汪华 《江苏预防医学》 CAS 2010年第3期6-9,共4页
目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪。方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics... 目的:应用重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)微生物源追踪方法,追踪夏秋季江苏桂五水库的粪便污染来源追踪。方法:采集已知来源的人和动物粪便标本以及夏秋两季水样标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增;用Bionumerics4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算各源种类的正确归类率。结果:10、5、3和2分类法平均正确归类率分别为68.13%、74.76%、82.36%和86.03%。判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开。水样中主要粪便污染来源为人、鸡和牛。结论:建立的rep-PCR微生物源追踪方法能较好地区分水体中指示菌的不同来源,水体标本监测显示桂五水库粪便污染来源种类多,其中人、鸡和牛相对较多,提示应对桂五水库地区加强人、家禽和家畜动物粪便的无害化管理。 展开更多
关键词 微生物源追踪 rep-pcr BOXA1R 大肠杆菌
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水稻白叶枯病菌北方菌株遗传多样性rep-PCR分析 被引量:1
9
作者 阙海勇 陈华民 +1 位作者 吴茂森 何晨阳 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期482-487,共6页
为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,... 为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,ERIC-PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC-PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX-PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群。在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 rep-pcr 分子谱型 簇群
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沙尘天气气载耐甲氧西林葡萄球菌监测及其REP-PCR指纹图谱分析 被引量:1
10
作者 邱玉玉 崔南南 +2 位作者 李晓霞 王芳 刘玉可心 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期765-771,共7页
目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRS... 目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRSA的基因组DNA形成聚类图谱,分析不同源MRSA的相似性。结果气载金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌浓度沙尘天气时浓度均明显增高,与正常天气时的浓度差异有统计学意义(P<0.05);在火车站中最高,浓度分别为116.7CFU/m^3和162.0CFU/m^3。从空气中共分离得到金黄色葡萄球菌111株,其中MRSA20株;凝固酶阴性葡萄球菌179株,其中MRCNS共11株。20株气载MRSA图谱显示菌株相似性在48%~100%之间;气载MRSA与医院临床MRSA分离株之间的相似性在50%~100%之间;与动物源MRSA之间的相似性在40%~100%之间。结论沙尘天气空气中存在着多种葡萄球菌,而且空气中的部分MRSA株与医院临床分离株及动物源的MRSA有着较高的遗传相似性,应加强空气中葡萄球菌尤其是耐药葡萄球菌的监测及防控。 展开更多
关键词 沙尘天气 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝固酶阴性葡萄球菌 基因外重复回文序列PCR(rep-pcr)
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重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术在病原真菌鉴定和分型中的应用 被引量:4
11
作者 项明洁 刘锦燕 +3 位作者 倪培华 张华 陈华 倪语星 《中国真菌学杂志》 2010年第6期376-380,共5页
随着医学科学的发展及人们对深部真菌感染的重视,越来越多的新技术用于临床真菌的检测和鉴定。重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术因其高分辨力、快速、简便、经济等优势,已成为分析真菌基因组、明确菌属间克隆来源的重要方法。本文就rep... 随着医学科学的发展及人们对深部真菌感染的重视,越来越多的新技术用于临床真菌的检测和鉴定。重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术因其高分辨力、快速、简便、经济等优势,已成为分析真菌基因组、明确菌属间克隆来源的重要方法。本文就rep-PCR指纹技术及其自动化DiversiLab System在病原真菌分类鉴定和流行病学研究中的应用加以综述。 展开更多
关键词 重复序列PCR(rep-pcr) 病原真菌 基因分型
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用rep-PCR方法研究细菌遗传多样性的探讨 被引量:6
12
作者 李洁 熊智 《西南林学院学报》 2006年第6期1-3,共3页
对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩... 对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩增产物多态性与模板量相关. 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 多态性
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副溶血性弧菌REP-PCR分型研究 被引量:3
13
作者 许龙岩 袁慕云 +2 位作者 凌莉 黄华军 邹志飞 《检验检疫学刊》 2011年第5期30-32,8,共4页
[目的]了解食品中分离的副溶血性弧菌REP-PCR分子型别,探讨DiversiLab系统对副溶血性弧菌的分型能力。[方法]采用以REP-PCR为原理的DiversiLab系统对食品中分离的21株副溶血性弧菌进行分子分型,分析菌株之间的相关性,并与PFGE分型结果... [目的]了解食品中分离的副溶血性弧菌REP-PCR分子型别,探讨DiversiLab系统对副溶血性弧菌的分型能力。[方法]采用以REP-PCR为原理的DiversiLab系统对食品中分离的21株副溶血性弧菌进行分子分型,分析菌株之间的相关性,并与PFGE分型结果比较。[结果]DiversiLab将21株副溶血性弧菌分成16个群,菌株之间的相似度64.5%-99.1%,分离自相同食品中的副溶血性弧菌在REP-PCR聚类图中分在同一个群;7株副溶血性弧菌PFGE分型结果产生7种不同的PFGE型别,菌株之间不相关,在REP-PCR聚类图中分在7个不同的群中。[结论]食品中分离的副溶血性弧菌REP-PCR型别分散,未表现出地区特异性;DiversiLab简便、快速、分辨率高,可应用于副溶血性弧菌的快速分型和溯源。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 DiversiLab系统 rep-pcr PFGE 分子分型 食品
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rep-PCR检测产ESBL大肠埃希菌 被引量:1
14
作者 马列婷 杨朵 王亚文 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期110-111,共2页
目的 用重复序列引物聚合酶链反应 (rep- PCR)的方法分析呼吸科住院患者痰标本中分离到的产超广谱β内酰胺酶(ESBL)大肠埃希菌是否同一起源菌株。方法 用双纸片确认法检测超广谱β内酰胺酶 (ESBL)。用K B法测定对抗生素的敏感程度,选... 目的 用重复序列引物聚合酶链反应 (rep- PCR)的方法分析呼吸科住院患者痰标本中分离到的产超广谱β内酰胺酶(ESBL)大肠埃希菌是否同一起源菌株。方法 用双纸片确认法检测超广谱β内酰胺酶 (ESBL)。用K B法测定对抗生素的敏感程度,选用肠道菌广泛存在的基因间重复片段为引物进行扩增,对产ESBL大肠埃希菌进行基因分型。结果 rep -PCR法可将大肠埃希菌扩增出丰富的区带。分离到的 22株产ESBL大肠埃希菌分属 3个基因型。结论 rep- PCR法可用于医院内感染的流行病学调查。 展开更多
关键词 ESBL 大肠埃希菌 扩增 痰标本 K-B法 产超广谱Β内酰胺酶 医院内感染 rep-pcr 重复序列 引物
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红掌细菌性疫病病原菌遗传多样性的RAPD和Rep-PCR分析 被引量:1
15
作者 陈艳梅 高月荣 +1 位作者 尹俊梅 牛俊海 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1813-1819,共7页
由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引... 由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引物共扩增出131个清晰、重复性好的条带,而Rep-PCR共扩增出65个条带,所有位点多态性比率为100%。基于RAPD和Rep-PCR结果计算的群体遗传距离显著相关,综合2种标记类型的分型结果进行UPGMA聚类分析,表明我国红掌细菌性疫病具有高度的遗传多样性,在遗传相似性系数范围0.519 1~0.984 7,在0.63水平时可以将所有菌株划分为3个组群,分别包括58、28、7个个体,病菌群体的遗传多样性与其寄主品种、地理来源没有明显相关性。本研究为红掌细菌性疫病监测和抗病育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 红掌 细菌性疫病 遗传多样性 RAPD rep-pcr
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挤奶厅气载大肠杆菌的分离鉴定及其REP-PCR指纹图谱分型研究 被引量:1
16
作者 钟召兵 王宁 +1 位作者 孙红华 杨夫会 《中国奶牛》 2020年第4期1-4,共4页
为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重... 为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive Extragenic Palindromic elements,PCR,REP-PCR)鉴定技术,对分离菌株进行分子多样性分析。共采集95份样品,从23份中分离到大肠杆菌16株。REP-PCR把分离菌株分为13种基因型(A-M),只有6株菌两两同源性≥90%。结果显示,挤奶厅空气中存在大肠杆菌污染,基因型多且同源性较低,需要采取措施从源头上控制其散播。 展开更多
关键词 挤奶厅 气载大肠杆菌 分离鉴定 rep-pcr
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鸡舍环境金黄色葡萄球菌气溶胶产生及其传播的REP-PCR鉴定 被引量:17
17
作者 钟召兵 柴同杰 +3 位作者 段会勇 苗增民 姚美玲 袁文 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1395-1401,共7页
采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的... 采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的粪便,分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive extragenic palindromic elements PCR,REP—PCR)鉴定技术,扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示:4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度(P〈0.05或P〈0.01),但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著(P〉0.05)。REP-PCR结果表明,从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌(38.7%)相似性可达100%,从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌(55.9%)与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100%。可见,它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60%~87%。结果显示,鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶,进入气悬状态,不仅能在舍内传播,而且还能够借助舍内外气体交换,传播到舍外下风一定的距离。从而说明,来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气,对本舍鸡群构成传染威胁,又能传播一定的距离,对周边社区环境空气造成生物污染。 展开更多
关键词 鸡舍 气载金黄色葡萄球菌 REP—PCR 病原菌传播
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Rep-PCR应用于快速鉴定啤酒污染菌的研究 被引量:10
18
作者 朱林江 郑飞云 +3 位作者 赵亚洲 邢香楠 李崎 顾国贤 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1013-1020,共8页
为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel Com... 为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用,首先比较了DNA提取方法,确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法,从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)_5引物扩增分离菌,采用Gel ComparⅡ软件处理电泳图,构建污染菌的标准指纹图库。经过聚类分析表明,BOXA1R和(GTG)5对Lactobacillusbrevis、L.buchneri、L.casei/paracasei、L.plantarum和L.fermentum的聚类效果具有互补性,并首次提出指纹比对快速鉴定的相似系数阈值的概念。对来自三个不同来源的9株乳酸菌的快速鉴定结果表明,rep-PCR鉴定技术简单、快速、可靠,在快速鉴定方面将具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 rep—PCR BOXAIR (GTG) 相似系数阈值 啤酒腐败菌
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用rep-PCR技术研究中国花生根瘤菌的多样性 被引量:8
19
作者 李俊 徐玲玫 +3 位作者 樊蕙 李力 葛诚 杨苏声 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期296-304,共9页
采用细菌基因组重复序列PCR技术(简称repPCR)中常用的REPPCR和ERICPCR,对从中国11个省、市的23个点、24个花生品种采集的根瘤中分离的59株花生根瘤菌Bradyrhizobiumsp.(Ar... 采用细菌基因组重复序列PCR技术(简称repPCR)中常用的REPPCR和ERICPCR,对从中国11个省、市的23个点、24个花生品种采集的根瘤中分离的59株花生根瘤菌Bradyrhizobiumsp.(Arachis)进行多样性研究,同时对来自国外的6株花生根瘤菌及14株参比慢生根瘤菌也进行了比较。得到的低相似性结果表明中国花生根瘤菌基因组存在显著的多样性。REPPCR揭示,在相似性50%上分为11个群,而ERICPCR却得到24个分群。这两种结果对菌株的分群有差异,暗示这两种短重复序列在慢生根瘤菌基因组中的分布的不同。没有发现菌株间基因组的多样性分布与花生品种、地理来源之间的必然联系。将两者电泳图谱结合并分析,得到介于上述两者间的结果。此结果进一步反映了菌株基因组间存在的多样性。同时还表明repPCR不仅是研究生物多样性的快速简便方法,还可应用于菌株的鉴别和生态学研究。 展开更多
关键词 PCR 花生根瘤菌 多样性
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
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作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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