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Identification of a novel p.R1443W mutation in RP1 gene associated with retinitis pigmentosa sine pigmento 被引量:1
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作者 Li Ma Xun-Lun Sheng +4 位作者 Hui-Ping Li Fang-Xia Zhang Ya-Ni Liu Wei-Ning Rong Jian-Ling Zhang 《International Journal of Ophthalmology(English edition)》 SCIE CAS 2013年第4期430-435,共6页
AIM:To screen mutations in the retinitis pigmentosa 1(RP1) gene and the rhodopsin(RHO) gene in Chinese patients with retinitis pigmentosa sine pigmento(RPSP)and describe the genotype-phenotype relationship of the muta... AIM:To screen mutations in the retinitis pigmentosa 1(RP1) gene and the rhodopsin(RHO) gene in Chinese patients with retinitis pigmentosa sine pigmento(RPSP)and describe the genotype-phenotype relationship of the mutations.·METHODS:Twenty affected,unrelated Chinese individuals with RPSP(4 autosomal dominant RPSP,12autosomal recessive RPSP and 4 unknown inheritance pattern) were recruited between 2009 and 2012.The clinical features were determined by complete ophthalmologic examinations.Polymerase chain reaction(PCR) and direct DNA sequencing were used to screen the entire coding region and splice junctions of the RP1gene and the RHO gene.The cosegregation analysis and population frequency studies were performed for patients with identified mutations.·RESULTS:Five variants in the RP1 gene and one in the RHO gene were detected in 20 probands.Four missense changes(rs444772,rs446227,rs414352,rs441800) and one non-coding variant(rs56340615) were common SNPs and none of them showed a significant relationship with RPSP.A missense mutation p.R1443W was identified in the RP1 gene in three affected individuals from a family with autosomal dominant RPSP and was found to cosegregate with the phenotype in this family,suggestive of pathogenic.In addition,population frequency analysis showed the p.R1443W mutation was absent in 300 healthy controls.·CONCLUSION:The identification of p.R1443W mutationcosegregating in a family with autosomal dominant RPSP highlights an atypical phenotype of the RP1 gene mutation,while RHO gene is not associated with the pathogenesis of RPSP in this study.To our knowledge,this is the fist mutation identified to associate with RPSP. 展开更多
关键词 retinitis pigmentosa sine pigmento rp1 and RHO gene gene mutation
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氟环境下变形链球菌耐氟菌株rpl基因的差异表达
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作者 张琦 赵洪岩 +4 位作者 张志民 张红 李文月 超博 杨瑶瑶 《口腔生物医学》 2017年第1期28-31,共4页
目的:检测并分析变形链球菌耐氟菌株在氟环境下培养时rpl基因表达的改变。方法:分别将变形链球菌亲代菌株及耐氟菌株置于无氟脑心浸液(BHI)培养基,另将耐氟菌株置于含1 g/L NaF的BHI培养基中,均培养至11 h(对数生长期)、20 h(稳定生长期... 目的:检测并分析变形链球菌耐氟菌株在氟环境下培养时rpl基因表达的改变。方法:分别将变形链球菌亲代菌株及耐氟菌株置于无氟脑心浸液(BHI)培养基,另将耐氟菌株置于含1 g/L NaF的BHI培养基中,均培养至11 h(对数生长期)、20 h(稳定生长期)后提取总RNA并逆转录,采用实时定量RT-PCR技术检测各组变形链球菌rpl基因的表达。结果:与无氟培养比较,高氟培养的耐氟菌株rpl基因表达在对数期无差异(P>0.05),而在稳定期表达升高(P<0.001);与亲代菌株比较,耐氟菌株在无氟及高氟培养基中rpl的表达量均明显下降(P<0.001)。结论:氟可以增加稳定生长期的变形链球菌耐氟菌株rpl基因的表达。 展开更多
关键词 变形链球菌 变形链球菌耐氟菌株 rpl基因 rpiR家族转录调节因子 果糖PTS系统
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RPS15a基因在胃癌中高表达
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作者 刘勇攀 石定 叶水凤 《浙江临床医学》 2014年第5期689-690,共2页
目的:研究核糖体蛋白S15a(ribosomal protein S15a RPS15a)基因在胃癌及癌旁组织中表达差异,为进一步了解胃癌发生、发展的分子机制提供帮助。方法应用荧光定量PCR等方法进一步验证该基因在胃癌及癌旁组织中的表达差异,并在多种肿... 目的:研究核糖体蛋白S15a(ribosomal protein S15a RPS15a)基因在胃癌及癌旁组织中表达差异,为进一步了解胃癌发生、发展的分子机制提供帮助。方法应用荧光定量PCR等方法进一步验证该基因在胃癌及癌旁组织中的表达差异,并在多种肿瘤细胞中的表达量进行比较。结果该基因在胃癌组织中的表达量高于其对应的癌旁组织,但在多种肿瘤细胞中的表达量无显著差异。结论 RPS15a基因在胃癌中呈高表达,说明其可能与细胞恶性生物学行为相关。在多种肿瘤细胞中表达量无显著差异,推测其可能在恶性肿瘤中的高表达具有普遍性。 展开更多
关键词 核糖体蛋白S15a基因 胃癌 定量PCR
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RP2突变体RP2-dser6的克隆和表达
4
作者 于力 刘晓军 +1 位作者 何广安 柴建华 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2000年第3期5-8,共4页
视网膜色素变性 (RetinitsPigmentosa ,RP)是遗传性视觉损害以致失明的最常见原因之一 ,RP2是最近定位克隆的一个视网膜色素变性基因。为研究突变RP2蛋白与正常RP2蛋白的空间结构的差异及其对功能的影响 ,用突变的寡聚核苷酸引物自重组... 视网膜色素变性 (RetinitsPigmentosa ,RP)是遗传性视觉损害以致失明的最常见原因之一 ,RP2是最近定位克隆的一个视网膜色素变性基因。为研究突变RP2蛋白与正常RP2蛋白的空间结构的差异及其对功能的影响 ,用突变的寡聚核苷酸引物自重组质粒 pETRP2PCR扩增得到突变的RP2 dser6基因 ,克隆至 pET11C载体中 ,转化大肠杆菌BL2 1菌株。重组子经序列分析鉴定后 ,在 37℃诱导RP2 dser6突变蛋白表达 ,5mmol/LIPTG诱导 8小时表达量约为 7 8%。所得结果为进一步研究RP致病机理奠定了基础。 展开更多
关键词 rp2 rp2-dser6 基因克隆 视网膜色素变性
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贵州地区2017—2020年结核分枝杆菌卷曲霉素耐药与相关基因突变关系 被引量:1
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作者 李秋阳 曾强林 +1 位作者 陈小菊 陈玲 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期7-13,共7页
目的检测结核分枝杆菌(M.tb)对卷曲霉素(CM)耐药相关基因突变情况,探究基因型与表型的关联,为临床使用CM提供指导。方法收集2017—2020年某院痰抗酸染色阳性的肺结核病患者痰标本,培养获得临床分离M.tb,药物敏感试验(DST)明确菌株耐药表... 目的检测结核分枝杆菌(M.tb)对卷曲霉素(CM)耐药相关基因突变情况,探究基因型与表型的关联,为临床使用CM提供指导。方法收集2017—2020年某院痰抗酸染色阳性的肺结核病患者痰标本,培养获得临床分离M.tb,药物敏感试验(DST)明确菌株耐药表型;提取DNA送全基因组测序(WGS),检测CM耐药相关基因tly A、rrs、rps L、eis、Rv0194及Rv1258C的突变情况,探索CM与利福平(RIF)表型耐药相关性。结果共培养123株M.tb,WGS检出6个CM耐药相关基因共23个非同义突变位点;DST结果显示52例RIF耐药,4例CM、RIF均耐药。CM耐药菌株检出rrs基因A1401G、rps L基因A128G以及Rv0194基因C3293T和T221C非同义突变位点;CM与RIF耐药相关性分析显示,差异有统计学意义(P<0.05)。结论M.tb CM耐药可能与rrs基因A1401G、rps L基因A128G和Rv0194基因C3293T突变有关,CM存在与RIF交叉耐药可能,在制定抗结核治疗方案时可作参考。 展开更多
关键词 卷曲霉素 耐药结核病 基因突变 全基因组测序 rrs基因 rps L基因
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黄淮地区大豆种质对疫霉根腐病的抗性分析 被引量:5
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作者 孙石 赵晋铭 +4 位作者 武晓玲 郭娜 王源超 盖钧镒 邢邯 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期465-470,共6页
由大豆疫霉菌引起的大豆疫霉根腐病是严重影响大豆生产的毁灭性病害之一,防治该病唯一经济、有效和环境安全的方法是利用抗病品种。利用7个具有不同毒力公式的大豆疫霉菌株,对黄淮夏大豆产区的96个大豆品种(系)进行接种鉴定,96个大豆品... 由大豆疫霉菌引起的大豆疫霉根腐病是严重影响大豆生产的毁灭性病害之一,防治该病唯一经济、有效和环境安全的方法是利用抗病品种。利用7个具有不同毒力公式的大豆疫霉菌株,对黄淮夏大豆产区的96个大豆品种(系)进行接种鉴定,96个大豆品种(系)对7个大豆疫霉菌株共产生38种反应型,有4种反应型分别与单个抗病基因的反应型一致,有10种反应型与2个已知基因组合的反应型相同,有5种反应型与3个已知基因组合的反应型相同,其它反应型为新的类型。根据"基因对基因"学说,抗病基因的推导结果有7个品种可能含有Rps3a,有4个品种可能含有Rps3b,有1个品种可能含有Rps3c,有5个品种可能含有Rps7,有一些品种可能含有国际上尚未命名的新的抗病基因。聚类分析结果表明,在以相似系数0.691聚类,96个大豆品种可以分成8类。研究结果为大豆抗病育种选择亲本和利用品种布局进行大豆疫霉根腐病生态控制提供了依据。 展开更多
关键词 大豆 大豆疫霉根腐病 大豆疫霉菌 rps基因
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人与小鼠核糖体蛋白基因内含子中的转录调控位点分析 被引量:2
7
作者 李慧敏 陈丹 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1577-1582,共6页
前期对酵母和果蝇核糖体蛋白(Ribosomal protein,RP)基因内含子序列中的寡核苷酸分析表明,内含子中含有潜在的转录因子结合位点。为进一步发掘核糖体蛋白基因内含子参与转录调控的证据,文章首先基于频率分析方法抽提出人和小鼠核糖体蛋... 前期对酵母和果蝇核糖体蛋白(Ribosomal protein,RP)基因内含子序列中的寡核苷酸分析表明,内含子中含有潜在的转录因子结合位点。为进一步发掘核糖体蛋白基因内含子参与转录调控的证据,文章首先基于频率分析方法抽提出人和小鼠核糖体蛋白基因第一内含子中高频(Over-represented)出现的寡核苷酸片段(亦称模体,Motif),这些寡核苷酸中超过85%与已知的转录因子结合位点吻合,是潜在的转录调控元件。对抽提出的寡核苷酸进行碱基组成分析,发现95%以上的寡核苷酸富含碱基C和G,而较少富含A和T。从寡核苷酸在内含子中的分布情况看,它们相对靠近第一内含子的5′端,即距离基因转录起始位点和上游区域较近。推测这些特征可能与基因转录调控有关。 展开更多
关键词 小鼠 rp基因 内含子 转录调控
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反相高效液相谱型分析检测吸水链霉菌17997变株发酵新产物 被引量:5
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作者 赫卫清 李京艳 +2 位作者 孙桂芝 刘玉瑛 王以光 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期168-171,共4页
以吸水链霉菌17997为出发菌株,分别阻断格尔德霉素(geldanamycin,GA)生物合成酶基因簇中的I型聚酮合酶(type I polyketide synthase,pks)基因的第6模块,单加氧酶(monooxygenase,gdmM)基因和氨甲酰基转移酶(carbamoyltransferase,ct)基... 以吸水链霉菌17997为出发菌株,分别阻断格尔德霉素(geldanamycin,GA)生物合成酶基因簇中的I型聚酮合酶(type I polyketide synthase,pks)基因的第6模块,单加氧酶(monooxygenase,gdmM)基因和氨甲酰基转移酶(carbamoyltransferase,ct)基因得到3种变株(pks-)、(gdmM-)和(ct-)。比较变株与原株发酵产物的H PLC谱型,结合紫外吸收图谱分析。检测结果表明各变株的GA生物合成均被阻断,并产生3个不同于原始菌株的新物质。这证明基因操作所涉及的pks,gdm M和ct基因是GA生物合成的必需基因;这些基因的阻断可产生不同于原株的新物质。HPLC谱型比较可以在多样化代谢产物的产生菌中快速、准确地发现基因工程变株发酵产物的变化,指导新化合物的分离鉴定,样品用量甚微,是化学早期鉴别的有力工具。 展开更多
关键词 反相高效液相色谱 吸水链霉菌17997 基因阻断 化学早期鉴别
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长春花萜类吲哚生物碱含量测定及相关基因的表达分析 被引量:8
9
作者 陈雨 孙小芬 +4 位作者 赵静雅 潘俊松 王玉亮 孙克兴 唐克轩 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2010年第1期93-97,共5页
采用反相高效液相色谱法(RP-HPLC)对23个长春花品种中的重要萜类吲哚生物碱文多灵、长春质碱和长春碱含量进行了测定,发现这3种生物碱的含量在不同品种中存在较大差异。相关性分析表明,文多灵、长春质碱和长春碱这3种生物碱中,文多灵含... 采用反相高效液相色谱法(RP-HPLC)对23个长春花品种中的重要萜类吲哚生物碱文多灵、长春质碱和长春碱含量进行了测定,发现这3种生物碱的含量在不同品种中存在较大差异。相关性分析表明,文多灵、长春质碱和长春碱这3种生物碱中,文多灵含量和长春碱含量有极显著的相关性(P<0.01)。利用RT-PCR分析了香叶醇10-脱羧酶基因(g10h)和异胡豆苷合成酶基因(str)在萜类吲哚生物碱含量有显著差异的品种之间的表达水平差异,并结合生物碱含量数据结果,发现g10h和str的表达水平和文多灵和长春质碱的总含量有显著的正相关性(P<0.05),说明g10h和str基因可以作为长春花中文多灵和长春质碱含量的参考基因标记。该研究对为选育高萜类吲哚生物碱含量长春花品种及长春花萜类吲哚生物碱代谢工程具有重要意义。 展开更多
关键词 长春花 萜类吲哚生物碱 rp-HPLC 香叶醇10-脱羧酶基因(g10h) 异胡豆苷合成酶基因(str)
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宁夏马铃薯僵顶植原体的分子鉴定 被引量:3
10
作者 李正男 马强 +3 位作者 张磊 孙平平 赵文军 周洪友 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期56-61,77,共7页
通过透射电子显微镜,在从宁夏回族自治区固原市彭阳县红河镇采集的表现叶片上卷、红叶、气生薯症状的马铃薯样品叶脉韧皮部筛管细胞内观察到大量直径为500~700 nm的球形植原体粒子。以提取的感病和健康马铃薯叶片总DNA为模板,应用植原体... 通过透射电子显微镜,在从宁夏回族自治区固原市彭阳县红河镇采集的表现叶片上卷、红叶、气生薯症状的马铃薯样品叶脉韧皮部筛管细胞内观察到大量直径为500~700 nm的球形植原体粒子。以提取的感病和健康马铃薯叶片总DNA为模板,应用植原体16S rRNA基因和rp基因通用引物进行PCR扩增,从感病样品中扩增得到了长度均约为1.2 kb的片段。对获得基因核酸一致性比较分析表明,马铃薯僵顶植原体宁夏株系16S rRNA基因与‘Candidatus Phytoplasma fragariae’槭树株系(MK501642)16S rRNA基因核酸一致性最高,为99.7%,rp基因与‘Ca.P.fragariae’云南马铃薯YN-2G株系(KJ144889)rp基因核酸一致性最高,为100%;基于16S rRNA基因和rp基因构建系统进化树发现,马铃薯僵顶植原体宁夏株系与16SrⅫ-E亚组成员聚在一起。基于透射电镜观察和基因序列比较分析,证明宁夏发生的马铃薯僵顶病与植原体侵染相关,该植原体在分类地位上属于植原体16SrⅫ-E亚组。 展开更多
关键词 马铃薯僵顶植原体 16S rRNA基因 rp基因
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乳腺癌C-erbB-2基因、ER、PR受体标记结果灰度值测定
11
作者 唐威 船伯福 《苏州医学院学报》 1999年第2期133-134,共2页
用免疫组化方法检测43例乳腺癌标本ER、PR受体,其中21例同时作C-erbB-2基因检测;用图文分析系统对染色结果进行友度值测定。结果,图像分析显示C—erbB-2、ER、PR各组免疫组化染色阳性与阴性之间的灰度值有显著性差异。说明灰度值... 用免疫组化方法检测43例乳腺癌标本ER、PR受体,其中21例同时作C-erbB-2基因检测;用图文分析系统对染色结果进行友度值测定。结果,图像分析显示C—erbB-2、ER、PR各组免疫组化染色阳性与阴性之间的灰度值有显著性差异。说明灰度值测定可作为免疫组化结果辅助判断方法之一,该法客观精确地表达了染色深度,有助于弱阳性的判断。 展开更多
关键词 乳腺癌 ER PR 灰度值 受体 标记
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云南小驳骨丛枝植原体的分子鉴定及相关基因序列分析
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作者 许杏萍 苏帆 +3 位作者 杨子祥 刘俊男 万琼莲 蔡红 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期205-214,共10页
【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此... 【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。【结果】本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因(nested PCR)、1 171 bp的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rⅡ-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。【结论】小驳骨丛枝病(Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym)是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rⅡ-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明:secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。 展开更多
关键词 小驳骨丛枝病 植原体 16S rRNA基因 rp基因 secY基因 secY蛋白
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肽类抗生素生物合成基因簇在E. coli中的异源表达 被引量:1
13
作者 顾斌斌 何山 +1 位作者 朱鹏 严小军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期128-138,共11页
微生物能够产生众多结构和生物活性多样的次生代谢产物,而其生物合成基因簇的挖掘和异源表达是药物创新和产量提高的必要前提.在过去20年里,大量重要天然产物的生物合成基因簇在微生物中被不断的发现.在这些被挖掘的基因簇中,肽类抗生... 微生物能够产生众多结构和生物活性多样的次生代谢产物,而其生物合成基因簇的挖掘和异源表达是药物创新和产量提高的必要前提.在过去20年里,大量重要天然产物的生物合成基因簇在微生物中被不断的发现.在这些被挖掘的基因簇中,肽类抗生素的生物合成基因簇占了很大比重.肽类抗生素因具有抗菌、抗肿瘤、抗病毒等多种生物学活性而备受化学家和药物学家的重视.如能了解它们的生物合成机制,实现其基因簇的异源表达,将使合理化遗传修饰生物合成通路获取结构类似物(药物开发)和提高产量成为可能.大肠杆菌作为最广泛、最成功的表达体系,常用来表达外源基因,但一般只能表达一个或几个基因,却很少有用它来表达整个生物合成基因簇.2001年,Khosla和Cane在E.coli中成功异源表达了一个复杂聚酮天然产物(红霉素苷原6dEB)基因簇.这是首个有关在E.coli中异源表达天然产物生物合成基因簇的研究.至此之后,大肠杆菌开始作为生物合成基因簇的异源表达宿主,越来越受到相关领域的重视.紧接着核糖体肽和非核糖体肽生物合成基因簇也相继在大肠杆菌中成功异源表达.本文对肽类抗生素生物合成基因簇在E.coli中的异源表达进行了综述. 展开更多
关键词 核糖体肽 非核糖体肽 生物合成基因簇 异源表达
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壮族家系显性视网膜色素变性RHO基因的突变筛查
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作者 覃莉 潘尚领 +4 位作者 刘承武 王黎明 周丹 温明霞 张锋雷 《右江医学》 2015年第4期405-408,共4页
目的探讨一壮族常染色体显性遗传(ADRP)视网膜色素变性(RP)家系视紫红质(RHO)基因第58、347密码子是否存在突变。方法采集一连续4代发病的壮族ADRP家系29名成员外周血DNA,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法对RHO基因的上述密... 目的探讨一壮族常染色体显性遗传(ADRP)视网膜色素变性(RP)家系视紫红质(RHO)基因第58、347密码子是否存在突变。方法采集一连续4代发病的壮族ADRP家系29名成员外周血DNA,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法对RHO基因的上述密码子进行检测。结果 RHO基因第58、347密码子在该壮族家系中未发现突变。结论该壮族家系ADRP发病与RHO基因第58、347密码子不相关,其发病的分子遗传学机制有待进一步研究。 展开更多
关键词 视网膜色素变性 常染色体显性遗传 RHO基因 限制性片段长度多态性
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视网膜色素变性治疗的临床前研究进展
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作者 刘晓军 柴建华 《生物工程进展》 CSCD 2000年第2期16-19,31,共5页
Retinitis pigmentosa (RP),a progressive degeneration of the retina characterized by function loss of photoreceptors and retinal pigment epithelia,is one of the most frequent hereditary causes of blindness.RP therapy i... Retinitis pigmentosa (RP),a progressive degeneration of the retina characterized by function loss of photoreceptors and retinal pigment epithelia,is one of the most frequent hereditary causes of blindness.RP therapy is always a difficult problem in the field of ophthalmology.By far there has been few successful report on RP clinical study.The undergoing pathways are mainly:(1)transplantation of retinal cells;(2) gene therapy;(3) application of cell growth factors.This review will emphasize on the development in pre\|clinical investigation of the three aspects mentioned above and in retinal drug delivery systems.\; 展开更多
关键词 视网膜色素变性 遗传性疾病 细胞移植 基因治疗
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离子对高效液相色谱法分析黄瓜花叶病毒侵染烟草的总RNA水平变化 被引量:1
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作者 乔文婕 雷荣 +3 位作者 蒋弘山 胡帆 李志红 朱水芳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期90-95,共6页
为研究植物病毒在RNA水平上对寄主植物的基因表达产生的影响,采用离子对高效液相色谱法,对黄瓜花叶病毒侵染烟草造成的总RNA的组成成分变化进行研究。离子对液相色谱法,是近几年才应用于对RNA进行分离、纯化和分析的一种试验技术,具有... 为研究植物病毒在RNA水平上对寄主植物的基因表达产生的影响,采用离子对高效液相色谱法,对黄瓜花叶病毒侵染烟草造成的总RNA的组成成分变化进行研究。离子对液相色谱法,是近几年才应用于对RNA进行分离、纯化和分析的一种试验技术,具有操作简单、重复性好、所需时间短等优点。选择适宜的离子对试剂,并对选定的离子对试剂正己胺/1,1,1,3,3,3-六氟-2-丙醇进行了优化,达到了较好的总RNA分离效果,并观察到健康植株和染病植株分离峰之间的差异,有差异的RNA种类还需进一步试验来验证。为研究植物病毒的致病机制提供一种新的试验方法和途径。 展开更多
关键词 离子对高效液相色谱法 黄瓜花叶病毒 总RNA 基因表达差异
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苦楝黄化植原体的分子鉴定 被引量:1
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作者 林兆威 牛晓庆 +4 位作者 于少帅 王晔楠 杨德洁 余凤玉 宋薇薇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第1期117-125,共9页
为了明确苦楝黄化植原体海南株系的分类地位,本研究通过克隆苦楝黄化植原体16S rDNA基因和rp基因,并进行基因序列一致性分析、系统发育分析及16S rDNA基因的虚拟RFLP分析。结果显示,克隆获得16S r DNA基因片段大小为1830 bp,rp基因片段... 为了明确苦楝黄化植原体海南株系的分类地位,本研究通过克隆苦楝黄化植原体16S rDNA基因和rp基因,并进行基因序列一致性分析、系统发育分析及16S rDNA基因的虚拟RFLP分析。结果显示,克隆获得16S r DNA基因片段大小为1830 bp,rp基因片段大小为1212 bp;苦楝黄化植原体的16S rDNA基因片段与16SrI组的植原体同源性最高达100%,苦楝黄化植原体rp基因片段与rp I组的植原体同源性最高达100%;16S rDNA基因系统发育树显示,苦楝黄化植原体与槟榔黄化植原体(KF728948.1)、见月草植原体(M30790.1)集聚于同一个独立分支;rp基因系统发育树显示,苦楝黄化植原体与翠菊黄化植原体(AY183708.1)聚于同一个独立分支;苦楝黄化植原体16S rDNA基因的虚拟RFLP图谱与16SrI-B亚组代表的洋葱黄化植原体(AP006628)相同,且相似系数为1.00。综上表明,苦楝黄化植原体海南株系在分类上属于16SrI-B亚组。本研究结果可为采用铲除槟榔黄化病中间寄主的防控手段提供理论依据。 展开更多
关键词 苦楝(Melia azedarach L.) 植原体 16S rDNA基因 rp基因 分子鉴定
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枣疯病植原体tuf和rp基因的克隆与序列分析 被引量:10
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作者 林文力 牟海青 +4 位作者 赵文军 徐启聪 田国忠 廖晓兰 朱水芳 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1313-1319,共7页
【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本研究旨在明确北京及河北地区枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病在亚组水平上分类提供一定的参考依据。【方法】利用植原体通用引物fTufu/rTufu和rp(v)F1A/rp(v)R1A对北京和河北地区枣疯病植原体... 【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本研究旨在明确北京及河北地区枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病在亚组水平上分类提供一定的参考依据。【方法】利用植原体通用引物fTufu/rTufu和rp(v)F1A/rp(v)R1A对北京和河北地区枣疯病植原体延伸因子tuf基因和核糖体蛋白基因(rp)进行PCR扩增并进行核苷酸序列测定及相似性分析。【结果】获得北京地区JWB-XFSZ株系、JWB-XFDO株系以及河北地区JWB-TXSZ株系的tuf基因片段均为824 bp;北京地区JWB-XFSZ株系的rp基因片段为1196 bp。经序列相似性比较表明:tuf基因与16SrV组的葡萄黄叶病(Flavescence dorée)相似性最高,为92.84%,而与已经公布的其它地区(陕西杨凌)的枣疯病植原体tuf基因相似性较低,为57.29%;关于rp基因,北京地区枣疯病JWB-XFSZ株系与16SrV组的枣疯病泰山株系(JWB-Taishan)以及大麻丛枝病植原体(HFWB)相似性最高,均为99.83%,与16SrV组的成员相似性均在96%以上。【结论】北京与河北地区枣疯病植原体具有较高的相似性,而在tuf基因水平上,与陕西地区枣疯病植原体具有较大的差异;本研究中北京与河北两地区枣疯病植原体归属于16SrV组。 展开更多
关键词 枣疯病 植原体 tuf基因 rp基因 序列分析
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来源于湖北省枣疯病植原体分离物16S rDNA和rp基因的序列分析 被引量:4
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作者 王利平 洪霓 王国平 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-7,共7页
以田间采集的来源于我国湖北省枣树产业主产区随州市随县种植的表现为"枣疯病"症状的枣树分离株为试材,对其16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因采用Nested-PCR进行扩增以及序列分析。结果表明,湖北JWB-Hubei植... 以田间采集的来源于我国湖北省枣树产业主产区随州市随县种植的表现为"枣疯病"症状的枣树分离株为试材,对其16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因采用Nested-PCR进行扩增以及序列分析。结果表明,湖北JWB-Hubei植原体分离物16S rDNA基因的核苷酸序列与我国山东、河南等地的分离株一致率均为99%以上,在进化树中位于同一亚组的不同进化分支;虚拟RFLP图谱分析表明,JWB-Hubei属于16SrV-B亚组一个成员,与其进化树分组结果一致。JWBHubei分离株rp基因的核苷酸序列也与我国山东、陕西等地区的分离株一致率均为99%以上,在进化树中聚为同一亚组,与报道的基于RFLP分类属于rpV-C亚组的中国枣疯病分离物(JWB)聚集于同一亚组不同分支。该研究结果明确了湖北省枣疯病植原体的分类地位以及与来源于我国不同地区枣疯病分离株之间的遗传进化关系,为进一步研究植原体的株系划分、基因遗传变异研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 枣疯病 16S RDNA rp基因 进化树分析
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耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpsL基因特征分析 被引量:3
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作者 车洋 于梅 +1 位作者 平国华 林律 《中国卫生检验杂志》 CAS 2016年第3期311-313,共3页
目的阐明宁波地区耐多药结核分枝杆菌rps L基因突变特征,为本地区耐多药结核病的有效预防控制提供科学依据。方法从宁波市疾病预防控制中心共收集67例耐多药结核分枝杆菌临床分离株,包括耐链霉素(SM)菌株40株和SM敏感菌株27株。采用PC... 目的阐明宁波地区耐多药结核分枝杆菌rps L基因突变特征,为本地区耐多药结核病的有效预防控制提供科学依据。方法从宁波市疾病预防控制中心共收集67例耐多药结核分枝杆菌临床分离株,包括耐链霉素(SM)菌株40株和SM敏感菌株27株。采用PCR直接测序法分析rps L基因的分子突变特征。结果 40株耐SM菌株中有31株rps L发生突变,突变率为77.50%,突变类型主要为Lys43Arg和Lys88Arg;27株SM敏感菌株中有4株发生突变,突变率为14.81%,突变类型主要为Ala119Gly。耐多药结核分枝杆菌中SM耐药株rps L基因突变率明显高于SM敏感株,两者之间差异有统计学意义(χ^2=25.387,P〈0.05)。结论宁波地区耐多药结核分枝杆菌rps L基因突变与链霉素耐药高度相关,其中Lys43Arg突变是主要突变类型,耐药基因突变类型存在地区差异。 展开更多
关键词 耐多药结核分枝杆菌 链霉素 rpSL基因
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