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The PPR protein PDM1 is involved in the processing of rpoA pre-mRNA in Arabidopsis thaliana 被引量:6
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作者 WU Hao ZHANG LiXin 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2010年第30期3485-3489,共5页
Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins,containing tandem repeats of degenerate 35 amino acid motifs,are important for post-transcriptional chloroplast gene expression. In this study,we report the characterization of ... Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins,containing tandem repeats of degenerate 35 amino acid motifs,are important for post-transcriptional chloroplast gene expression. In this study,we report the characterization of a pigment-deficient mutant 1 (pdm1) in Arabidopsis,which displays the albino phenotype. PDM1 contains 5 PPR motifs followed by a PLS domain. The levels of plastid-encoded polymerase-dependent chloroplast genes were reduced dramatically,whereas those of nucleus-encoded polymerase-dependent chloroplast genes increased in the mutant. In addition,the pattern of rpoA pre-mRNA was altered and the rpoA transcript was absent in pdm1. Thus,these results suggest that PDM1 is required for processing of rpoA pre-mRNA in Arabidop-sis. 展开更多
关键词 基因表达 拟南芥 PR蛋白 前处理 叶绿体基因 缺失突变体 串联重复序列 薪酬水平
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日本对虾(Penaeus japonicus)病原需钠弧菌(Vibrio natriegens)表型与分子特征及LAMP检测方法的建立 被引量:4
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作者 陈丽 白雪松 +3 位作者 张晓君 毕可然 秦蕾 阎斌伦 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1227-1232,共6页
采用常规表观生物学特性及16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索与系统发育学分析等方法,对分离自江苏连云港某育苗场的大批死亡日本对虾蚤状幼体的优势生长菌进行了综合鉴定。结果表明,其形态和生理生化特征与弧菌属的需钠弧菌相近;16S ... 采用常规表观生物学特性及16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索与系统发育学分析等方法,对分离自江苏连云港某育苗场的大批死亡日本对虾蚤状幼体的优势生长菌进行了综合鉴定。结果表明,其形态和生理生化特征与弧菌属的需钠弧菌相近;16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索也均与需钠弧菌相似性最高,分别为98%、89%和95%,且三种基因的NJ系统发育树也均与需钠弧菌聚为一个分支;分离菌的致病性试验表明其半数致死量LD50为1.8×106CFU/ml。综合分离菌的致病性、形态与生理生化特征及基因同源性与系统发育分析结果,认为引起日本对虾蚤状幼体大批死亡的病原为需钠弧菌。基于gyrB基因序列设计1套LAMP特异性引物,建立了需钠弧菌的快速特异性检测方法,可用于由需钠弧菌引起的水产动物疾病的诊断及分子流行病学的调查研究。 展开更多
关键词 日本对虾 需钠弧菌 16S RRNA GYRB rpoa LAMP
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一株病原发光杆菌的分离与鉴定 被引量:3
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作者 徐加涛 阎斌伦 +3 位作者 张晓君 白雪松 秦蕾 毕可然 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1457-1464,共8页
从三疣梭子蟹育苗场发病且大量死亡的大眼幼体中分离到优势生长的菌株SX1,人工感染试验证明,SX1对健康三疣梭子蟹大眼幼体及Ⅲ期幼蟹有较强的致病性;对菌株SX1进行了形态特征、理化特性等表型生物学特性检验,并进行了菌株SX1的16S rRNA... 从三疣梭子蟹育苗场发病且大量死亡的大眼幼体中分离到优势生长的菌株SX1,人工感染试验证明,SX1对健康三疣梭子蟹大眼幼体及Ⅲ期幼蟹有较强的致病性;对菌株SX1进行了形态特征、理化特性等表型生物学特性检验,并进行了菌株SX1的16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因的同源性检索与系统发育学分析。结果显示,菌株SX1具有发光杆菌属的特征,且16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因序列均与发光杆菌具有较高的同源性,在系统发育树中与Photobacteriumganghwense聚为一个分支,自举数据值达100%。综合菌株SX1的形态特征、理化特性及3种基因的同源性检索与系统发育学分析,研究表明菌株SX1与P.ganghwense亲缘关系更近,鉴定SX1为P.ganghwense且为本次引起三疣梭子蟹大眼幼体大量死亡的病原菌。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 Photobacterium ganghwense 16S RRNA基因 gyrB基因 rpoa基因
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鲨鱼弧菌LAMP检测方法的建立 被引量:6
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作者 刘金叶 冯娟 +4 位作者 刘广峰 苏友禄 徐力文 郭志勋 王云新 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期146-149,F0003,共5页
采用环介导等温扩增技术(LAMP)成功构建了一种鲨鱼弧菌的检测方法。根据鲨鱼弧菌的rpoA基因序列设计4条引物(内引物F3和B3,外引物FIP和BIP),并对LAMP扩增反应的各物质浓度和反应条件进行优化,确定最佳反应温度为65°C,最佳反应时间... 采用环介导等温扩增技术(LAMP)成功构建了一种鲨鱼弧菌的检测方法。根据鲨鱼弧菌的rpoA基因序列设计4条引物(内引物F3和B3,外引物FIP和BIP),并对LAMP扩增反应的各物质浓度和反应条件进行优化,确定最佳反应温度为65°C,最佳反应时间为55 min。该法对鲨鱼弧菌纯菌培养物的检测浓度约为2.4×102CFU/mL,结果比PCR法具有相似或更高的灵敏度,而且操作简单,反应后体系变浑浊,肉眼可辨;加入SRYB Gold荧光染料,阳性反应为绿色,阴性对照为浅橘色,更便于观察,有望发展成为快速检测鲨鱼弧菌的一种有效方法。 展开更多
关键词 鲨鱼弧菌 环介导等温扩增技术 rpoa基因
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绿色魏斯氏菌实时荧光定量聚合酶链式反应检测方法的建立
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作者 张艺鸽 姜晓冰 +1 位作者 于涛 孙丽滢 《肉类研究》 北大核心 2018年第11期41-46,共6页
以rpoA基因为靶基因,建立绿色魏斯氏菌SYBR GreenⅠ实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)快速检测方法。针对rpoA基因设计特异性引物,建立绿色魏斯氏菌实时荧光定量PCR检测体系,通过特异性、灵敏度和重复性实验... 以rpoA基因为靶基因,建立绿色魏斯氏菌SYBR GreenⅠ实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)快速检测方法。针对rpoA基因设计特异性引物,建立绿色魏斯氏菌实时荧光定量PCR检测体系,通过特异性、灵敏度和重复性实验评价体系的检测效果,同时与常规PCR方法进行比较。结果表明:实时荧光定量PCR方法能够特异性检出绿色魏斯氏菌,对基因组DNA的检测灵敏度达到2.667×10^(-3) pg/μL,对纯培养物和模拟污染牛肉样品直接检测的灵敏度分别为30 CFU/mL和0.8 CFU/g;与常规PCR相比,实时荧光定量PCR检测的灵敏度是其1 000倍;不同浓度样品独立重复实验循环阈值的标准差均小于1,变异系数在0.02%~1.28%之间。本研究所建立的绿色魏斯氏菌实时荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏度高、重复性好的特点,能够进行准确的定量检测,是快速检测绿色魏斯氏菌的有效手段。 展开更多
关键词 绿色魏斯氏菌 实时荧光定量PCR SYBR Green rpoa基因
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4株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)鉴定及其毒力基因检测 被引量:20
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作者 高晓建 姚东瑞 +6 位作者 孙晶晶 白雪松 繆一恒 张荧荧 毕可然 秦蕾 张晓君 《海洋湖沼通报》 CSCD 北大核心 2015年第3期87-96,共10页
为明确江苏连云港养殖长牡蛎大规模死亡病因,对分离自长牡蛎的4株病原菌开展了致病性、表型特征、分子特征等研究,结果表明4株病原菌均具致病性,4株病原菌ML1、ML2、ML3、ML4对长牡蛎的半数致死量LD50分别为2.8×105、1.1×105... 为明确江苏连云港养殖长牡蛎大规模死亡病因,对分离自长牡蛎的4株病原菌开展了致病性、表型特征、分子特征等研究,结果表明4株病原菌均具致病性,4株病原菌ML1、ML2、ML3、ML4对长牡蛎的半数致死量LD50分别为2.8×105、1.1×105、1.8×105和1.6×105 CFU/mL;4株病原菌均为呈短杆状革兰氏阴性细菌,氧化酶阳性,还原硝酸盐,能利用甘露醇、纤维二糖,形态及理化特性结果表明4株分离菌与弧菌属的哈维氏弧菌亲缘关系最近;16SrRNA、gyrB、rpoA基因同源性检索及系统发育学分析结果表明4株分离菌与GenBank数据库中哈维氏弧菌的基因序列相似性最高且在系统发育树中聚为1个分支;根据4株分离菌的致病性、表型与分子特征,表明引起长牡蛎大规模死亡的病原为哈维氏弧菌。为进一步明确分离菌株毒力基因的携带情况,检测了分离鉴定的4株病原菌的9种毒力基因,结果表明,4株病原菌均可检测到luxR、toxR、vhhA和vhhB 4种毒力基因,扩增片段大小分别为679bp、390bp、1324bp和216bp,其他5种毒力基因未检测到,且分离鉴定的4株病原哈维氏弧菌携带相同的毒力基因,这些毒力基因可作为检测致病性哈维氏弧菌的分子标记。 展开更多
关键词 长牡蛎 哈维氏弧菌 16S RRNA GYRB rpoa 毒力基因
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粪便乳杆菌新种在中国的再发现 被引量:1
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作者 戴雨珂 王海娟 +4 位作者 余小平 许颖 苏森森 代富英 潘渠 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2015年第7期745-748,共4页
目的分离鉴定白鹭粪便中的乳杆菌。方法使用乳杆菌PCR快速检出技术检出白鹭粪便样品中的乳杆菌。将乳杆菌的保守基因16S r DNA、rpo A和rec A克隆测序,并进行序列分析。使用细菌微量生化管和常规生化试验测定乳杆菌糖发酵产酸等生化特... 目的分离鉴定白鹭粪便中的乳杆菌。方法使用乳杆菌PCR快速检出技术检出白鹭粪便样品中的乳杆菌。将乳杆菌的保守基因16S r DNA、rpo A和rec A克隆测序,并进行序列分析。使用细菌微量生化管和常规生化试验测定乳杆菌糖发酵产酸等生化特征。结果从白鹭粪便样品得到1株乳杆菌菌株FZB1,其16S r DNA基因和粪便乳杆菌AFL13-2的16S r DNA基因最相似,相似性为99.2%。Rpo A的氨基酸残基序列比对结果表明:该菌株和姬鼠乳杆菌、动物乳杆菌、鼠乳杆菌的亲缘关系最近,其相似性分别达到了97.1%、97.1%和96.7%。该菌株的Rec A氨基酸残基序列和粪便乳杆菌完全相同,和姬鼠乳杆菌、动物乳杆菌、鼠乳杆菌的Rec A氨基酸残基序列有较高的相似性,分别为91.9%、91.5%和91.5%。生化鉴定结果表明:该菌株符合乳杆菌属和粪便乳杆菌的生化特征。结论我们从中国的白鹭粪便中分离鉴定到了一株粪便乳杆菌,这是2013年在南非发现的新种。粪便乳杆菌在中国的再次发现充实了乳杆菌种质资源库,证明了粪便乳杆菌的广泛分布。 展开更多
关键词 粪便乳杆菌 16S RDNA RECA rpoa 益生菌
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肠球菌菌种鉴定方法的探索 被引量:2
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作者 白一波 徐明超 +5 位作者 焦一帆 周娟 张思慧 杨晶 刘丽云 徐建国 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期462-467,共6页
目的选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法。方法分别使用生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术(DNA-DNA hybridization,DDH)和平均核苷酸相似度(Average nucleotide identity,ANI)对12... 目的选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法。方法分别使用生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术(DNA-DNA hybridization,DDH)和平均核苷酸相似度(Average nucleotide identity,ANI)对12株肠球菌进行种水平鉴定,并比较生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术和rpoA基因测序技术和DDH/ANI结果的一致性。结果经过DDH和ANI鉴定,分离自高原野生岩羊粪便的12株肠球菌中有5株屎肠球菌,4株海氏肠球菌,1株蒙氏肠球菌,1株鹑鸡肠球菌和1株疑似肠球菌属内新种,rpoA基因序列比对结果与DDH/ANI结果高度一致,生化鉴定和16S rRNA基因测序技术与DDH/ANI结果不完全相符。结论rpoA基因序列比对可以方便快捷准确的将肠球菌鉴定到种水平。 展开更多
关键词 肠球菌 rpoa基因 16S rRNA基因 生化鉴定 基因组杂交技术 平均核苷酸相似度
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AgrB信号分子对B型产气荚膜梭菌生物被膜形成的影响
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作者 陈晓慧 贺曦 +2 位作者 徐淑琴 贺晓龙 冶贵生 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第10期1148-1152,共5页
目的探讨QS系统AgrB分子对B型产气荚膜梭菌生物被膜(biofilm, BF)形成过程中htrA、rpoA基因表达水平的影响。方法体外培养B型产气荚膜梭菌12、24、36、48、56及64 h时期的BF,提取其总RNA,通过实时Real-Time PCR检测不同时间段B型产气荚... 目的探讨QS系统AgrB分子对B型产气荚膜梭菌生物被膜(biofilm, BF)形成过程中htrA、rpoA基因表达水平的影响。方法体外培养B型产气荚膜梭菌12、24、36、48、56及64 h时期的BF,提取其总RNA,通过实时Real-Time PCR检测不同时间段B型产气荚膜梭菌BF agrB基因对BF形成相关基因htrA、rpoA表达的调节作用。结果 B型产气荚膜梭菌在24、36、48、56及64 h 5个时间段中,QS系统agrB基因和BF rpoA、htrA基因相对表达量均呈现出先增高后降低的趋势,且在36 h达到峰值。在峰值前期,agrB、rpoA、htrA基因的表达量较高,48 h后表达量迅速下降,提示B型产气荚膜梭菌BF形成相关基因rpoA、htrA的表达受到QS系统agrB基因表达的影响。结论 AgrB信号分子对rpoA、htrA基因调控表达趋势在产气荚膜梭菌BF形成过程呈现关联性。 展开更多
关键词 B型产气荚膜梭菌 BF AgrB信号分子 htrA基因 rpoa基因 Real-Time PCR
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