胃癌及癌前病变患者幽门螺杆菌的sabA基因多态性的研究

目的对癌症和癌前病变患者幽门螺杆菌进行sabA基因遗传信息多态性的研究。方法采用特异引物聚合酶链反应(PCR)及测序和比较基因组方法分析42株国内癌症及癌前病变患者幽门螺杆菌的sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区多态性。结果 sabA基因调节区的阳性检测率为85%,功能性sabA基因占所有测序菌株的55%。对随机挑选的18株检测阳性菌株进行测序分析,结果显示在碱基水平及氨基酸水平存在显著的遗传多态性。对sabA基因调节区的氨基酸序列聚类分析中发现,本研究菌株与国际已经完成测序的7株幽门螺杆菌可以明显的分为两个组,即中国组与西方组。结论 sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区在中国菌株中普遍存在,且在翻译水平有很显著的多态性。聚类分析发现含有功能性sabA基因的幽门螺杆菌菌株多态性存在明显的地域性分布差异。

幽门螺杆菌唾液酸结合黏附素(SabA)的克隆表达

目的构建幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,简称H.pylori或Hp)唾液酸结合黏附素(sialic acid-binding adhe-sion,SabA)的重组质粒,并在大肠杆菌BL21中表达,为探讨SabA的功能及相关疫苗的发展提供帮助。方法以Hp26695株基因组为模板,设计sabA基因特异性引物扩增目的基因,将PCR产物插入到pGEX-4T-1载体构建重组质粒,在大肠杆菌BL21中诱导表达。表达蛋白经飞行质谱鉴定,并用免疫印迹法评价其抗原性。结果经SDS-PAGE和飞行质谱鉴定,该表达蛋白为Hp外膜蛋白SabA,经免疫印法迹检测具有良好的抗原性。结论成功克隆了Hp的SabA,并能在大肠杆菌BL21中表达,该蛋白具有良好的抗原性。

撒坝猪ESR和FSH-β基因多态性及其与产仔数的关联分析

在对762头撒坝猪的ESR和FSH-β基因多态性进行检测的基础上,系统地分析了两个基因座位的基因型及其合并基因型产仔数的影响。结果表明,撒坝猪ESR基因座位的BB基因型和B等位基因的频率最高,FSH-β基因座位的AA基因型和A等位基因的频率最高。在初产胎次的产仔数上,ESR基因以AA型最多(P<0.05或P<0.01),FSH-β基因则以BB型最多(P<0.05或P<0.01),呈现显著的加性遗传效应(P<0.05);在经产胎次的产仔数上,ESR基因以AB型最高(P<0.05),表现出显著的显性遗传效应(P<0.05或P<0.01),FSH-β基因的3种基因型间则无显著差异(P>0.05)。ESR与FSH-β合并基因型为AABB型的母猪,其初产总仔数及活仔数最多(P<0.05或P<0.01);AAAB型母猪的经产总仔数与活仔数也明显高于其他基因型(P<0.05或P<0.01)。ESR和FSH-β基因确实与猪产仔数存在一定关联,但ESR基因对产仔数的效应与前人关于ESR BB型为猪产仔数增效基因型的结果明显不同。

撒坝猪MYOG基因MspI多态性及其与部分生长性状的关系

肌细胞生成素(MYOG)基因的表达产物对肌细胞的分化和肌纤维的生成有着重要的调控作用。以MYOG基因作为撒坝猪生长性状的候选基因,在通过PCR-RFLPs技术对其M spI酶切位点多态性进行检测的基础上,对该基因不同基因型与5个阶段体重和日增重性状的关系进行了分析。结果表明,撒坝猪MYOG基因M spI酶切位点2个等位基因和3种基因型均有不同频率的分布,在经历多年的开放核心群选育后仍保持了较高的遗传多态性;MYOG基因的不同基因型对撒坝猪4月龄体重和45日龄-6月龄日增重有显著影响(P<0.05),以AB型最高,AA型最低。结合前人的相关研究结果,可初步推断,MYOG基因对猪的部分生长性状确有一定影响。

以催乳素受体基因作为撒坝猪部分生产性能候选基因的研究

此文运用PCR-RFLP技术检测催乳素受体(PRLR)基因在撒坝猪群体中的多态性分布,并采用最小二乘分析模型初步统计分析基因多态性与部分生产性能的相关性。结果表明,PRLR基因等位基因B及其基因型BB在群体中占优势,频率分别为0.6594和0.4438;PRLR基因在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态;头胎繁殖性状有利等位基因B对生长性状无不利影响。

撒坝猪促卵泡素β亚基基因多态性及其与头胎产仔性能相关性研究

此文分析了促卵泡素(FSH)β亚基基因在撒坝猪群体中的多态性分布及其不同基因型与头胎产仔性能的相关性。结果表明,撒坝猪FSHβ亚基基因等位基因A及其基因型AA在群体中占优势,频率分别为0.8490和0.7604。FSHβ亚基基因在群体中处于哈迪-温伯格不平衡状态。乳头数以AA基因型最高,产仔数、产活仔数、初生窝重和45日龄窝重以AB基因型最高,BB基因型在所有分析性状上均表现最低,但3种基因型间的差异均不显著(P>0.05)。

云南撒坝猪H-FABP基因多态性及与部分生产性能的关系

采用PCR-RFLP技术检测H-FABP基因5′上游区1125-1817区段HinfⅠ酶切位点在撒坝猪群体中的多态性分布,并采用最小二乘分析模型初步统计分析检测位点多态性与部分生产性能的相关性。结果表明,H-FABP基因等位基因H及基因型Hh在群体中占优势,频率分别为0.6022和0.4194;H-FABP基因在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态;H-FABP基因检测位点基因型间在生长和繁殖性状上不存在不利影响。

撒坝猪MCUR1基因克隆、生物信息学分析及其组织表达量检测

本研究克隆了撒坝猪MCUR 1基因,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪、大白猪不同组织中的表达水平。根据GenBank上公布的猪的MCUR1基因序列(登录号:XM_003128183.4)设计引物,通过PCR扩增及测序获得撒坝猪MCUR 1基因CDS序列,该序列全长1095 bp,编码364个氨基酸;MCUR1蛋白的分子式C1787H2949N533O503S14,相对分子质量40.398 ku,理论等电点(pI)10.27,不稳定系数55.70,脂肪指数95.99,平均亲水性为-0.213,属于亲水蛋白;MCUR1蛋白没有信号肽和跨膜结构,含有2个螺旋卷曲结构,主要在细胞质中发挥生物学功能;含有32个磷酸化位点;含有一个CpG island;二级结构由58.24%的α-螺旋,4.12%的β-转角,30.22%的无规则卷曲,7.42%的延伸链构成;猪MCUR 1基因编码区序列与牛、鸡、狗、山羊、人、猴、鼠、绵羊的同源性分别为85.3%、68.0%、83.6%、87.9%、84.4%、80.3%、76.8%、88.2%,与绵羊、山羊、牛的亲缘关系较近,与鸡的关系较远;在肝脏中的表达量最多,肺脏中的表达量最少。在大白猪的背最长肌中MCUR 1的表达量高于撒坝猪的背最长肌(P<0.01)。

撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。

撒坝猪胰岛素样生长因子-Ⅰ基因多态性及其与部分生长性状的关联分析

胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因的表达产物对猪肌肉的生长有着重要的调控作用。以IGF-Ⅰ基因作为撒坝猪生长性状的候选基因,运用PCR-RFLP技术对其HhaⅠ位点的多态性进行了检测,并对IGF-Ⅰ基因的多态性与12个阶段体重、日增重和体尺性状的关系进行了分析。结果表明,撒坝猪IGF-Ⅰ基因的多态性较为丰富,产生AA、AB和BB 3种基因型,其基因型频率分别是0.3473、0.5149、0.1378,等位基因A和B的频率分别是0.6048、0.3952,且该基因座位处于Hardy-Weinberg平衡状态,撒坝猪IGF-Ⅰ基因的遗传变异对其生长性状有着显著的影响(P<0.05或P<0.01),其中,不同阶段体重和日增重的增效基因型为AB基因型,180日龄体尺性状的增效基因型多为BB基因型(部分性状表现为AB基因型最高)。结合前人的研究,初步推断IGF-Ⅰ基因可能是影响猪生长性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长性状的数量性状座位(quantiative trait locus,QTL)连锁的基因。

撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测

为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码蛋白信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和CpG岛等进行了分析,并讨论撒坝猪TNS3基因与其他物种氨基酸序列的进化关系;采用实时荧光定量PCR法检测TNS3基因在不同组织中的表达情况。结果表明:撒坝猪TNS3基因序列与NCBI上公布的野猪TNS3基因序列中的CDS区相比存在4个碱基突变;撒坝猪TNS3蛋白是疏水蛋白,也是不稳定蛋白;该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,主要在细胞外膜上发挥生物学作用,存在磷酸化位点和糖基化位点;该蛋白的三级结构由α-螺旋(17.87%)、β-转角(4.62%)、延伸链(14.22%)和无规则卷曲(63.29%)构成;TNS3基因在不同物种进化过程中分化明显;撒坝猪TNS3基因有6个CpG岛和3种高度保守的结构功能域;撒坝猪TNS3基因在肝脏中的表达量最高,其次为大脑、背脂、肾脏脏、脾脏、肺脏,而在大白猪背最长肌中的表达量比撒坝猪高(P<0.05)。说明TNS3基因与猪生长性状相关.

撒坝猪AIDA基因编码区克隆、序列特征分析及组织表达量检测

对不同猪的AIDA基因编码区进行扩增、测序、拼接,采用生物信息学方法对撒坝猪AIDA编码蛋白进行功能和性质分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪不同组织中的表达水平。PCR扩增测序表明:该基因在撒坝猪的编码区序列没有发生错义突变,序列长921 bp,编码306个氨基酸。AIDA蛋白属于亲水蛋白,没有跨膜结构和信号肽,含有两个卷曲螺旋结构,有1个糖基化位点和29个磷酸化位点,无CpG island;二级结构是以无规卷曲为主的混合型蛋白;AIDA基因在大白猪的背最长肌和背脂中表达量要高于撒坝猪,而撒坝猪AIDA基因在胰脏中的表达量最高,其他组织中的表达量依次为脾脏、背脂、肾脏、肺、大脑、肝脏、心脏和背最长肌。