扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元的克隆及序列分析

3头扬子鳄血样取自宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHCⅡ类B基因第二外元的部分片段进行扩增 ;通过克隆、单链构象多态性分析、测序 ,并将测得序列与下载的 8个物种MHC序列比对 ,确定序列差异和变异位点 ;利用MEGA软件构建NJ树 ,PAUP4 0构建MP树。结果得到 10种不同的序列 ,片段长 16 6bp。核苷酸序列中有 38个变异位点 ,氨基酸序列中有 2 3个变异位点 ;推定的抗原结合位点非同义替换 (dN)明显高于同义替换 (dS)。 10种序列的NJ树和MP树极为相似 ,均为A、B两个分支 ,两个分支明显的特异性位点核苷酸序列中有 9个 ,氨基酸序列中有 7个。表明扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元有较高的多态性 ,有利于扬子鳄饲养种群的遗传保护。

乌龟MHCⅡ类B基因第二外显子的克隆及序列分析

利用一对兼并性引物扩增了乌龟MHCⅡ类分子B基因第二外显子的部分片段,并对PCR产物进行了克隆和测序,结果得到8种长度为166 bp的不同序列。经分析,序列中有84个变异位点,核苷酸的非同义替换(dN)多于同义替换(dS),造成39个位点氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的抗原结合位点附近。利用MEGA、PAUP软件分别构建NJ树和MP树,两种树极为相似,均分为两支。同一个体中出现有多种序列,提示乌龟MHCⅡ类分子B基因可能存在着座位重复。研究表明:乌龟MHCⅡ类分子B基因第二外显子有较高的多态性,有利于乌龟野生种群的遗传保护。

文昌鸡MHCB-G基因第2外显子序列多态性分析

根据GeneBank上红色原鸡的MHCB-G序列设计特异性引物,利用PCR-SSCP和测序方法对文昌鸡18只个体的MHCB-G基因第2外显子序列332bp区域进行序列多态性分析。通过PCR-SSCP分型得到16种基因型;测序检测到21个变异位点,其中20个位点导致16个氨基酸位点发生变异。结果表明:所有序列均未发生长度变化;文昌鸡群体内MHCB-G的多态性较丰富,主要体现在氨基酸多态性上,与其抗原多样性有密切关系。

绵羊ras基因第一、二外显子的扩增及序列测定

对JSRV感染羊及健康绵羊H-ras、N-ras、K-ras基因第一、二外显子区克隆并测序,研究其变异状况。方法:本研究从JSRV感染羊及健康绵羊肺组织中提取基因组DNA,应用PCR技术扩增Hras、Nras、Kras基因第一、二外显子序列,并通过T-A克隆的方法将其克隆入pMD-18T载体中,鉴定为阳性的重组质粒进行序列测定分析。结果:与其他物种ras基因相比,所克隆的ras基因与其他物种之间的差异率较小,基本保守,且与牛的ras基因同源性最高。所克隆的H-ras、K-ras基因在第一、二外显子区域序列完全相同;N-ras第81位氨基酸A-V的不同;但试验中检测的2例JSRV感染羊与健康绵羊的ras无论是在核酸水平上,还是在氨基酸水平上均未发现突变。结论:克隆测序了绵羊ras基因第一、二外显子,为下一步实验奠定了基础。

尼罗鳄MHCⅡ类B基因第二外元的序列变异分析

利用一对简并引物扩增了尼罗鳄MHCⅡ类分子B基因第二外元的部分片段,并对PCR产物进行了克隆和测序,结果得到8种不同的序列,序列长度为166 bp;经分析,序列中有56个变异位点,核苷酸的非同义替换多于同义替换,造成30个位点氨基酸的改变,氨基酸的替换趋于集中在假定的抗原结合位点附近。核苷酸和氨基酸序列与已报道的扬子鳄和密河鳄的MHCⅡ类B基因第二外元序列有较高的同源性,利用PAUP4.0软件构建的NJ树显示,鳄类的MHCⅡ类B基因存在跨种多态性现象。

46例前列腺癌患者的组织DNA及血液ctDNA测序分析

目的探讨前列腺癌患者组织DNA与血液ctDNA检出的突变情况,分析基因突变与临床特点和治疗的相关性。方法采用探针杂交捕获和Illumina高通量测序为基础的靶向二代测序技术检测本院泌尿外科46例病理诊断明确的前列腺癌患者的前列腺组织标本(n=31)以及外周血液标本(n=32)循环肿瘤细胞DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的突变情况,检测范围包括1021个基因的全外显子区域及部分内含子区域中的4种突变类型(点突变、小片段的插入缺失、拷贝数变异和目前已知的融合基因)。结果在31例患者的前列腺组织标本中最常被检出的突变基因为TP53(29%,9/31),其次为CDK12(22.6%,7/31)、FOXA1(22.6%,7/31)与JAK1(16.1%,5/31)。在32例外周血ctDNA标本中检测出的常见突变基因为AR(34.3%,11/32)、APC(25%,8/32)、CDK12(18.8%,6/32)、DNMT3a(18.8%,6/32)与TP53(18.8%,6/32)。TMPRSS2-ERG融合基因在所有检测患者中检出率为13%(6/46)。其中1例患者同时存在TMPRSS2-ERG、VEGFA-TMPRSS2及ERG-VEGFA融合突变。46例患者中同源重组相关基因的体细胞突变检出率为21.7%,携带有胚系同源重组基因突变患者占8.7%。且携带(无论胚系或体细胞)同源重组基因突变患者的发病年龄更低、Gleason评分更高、转移灶数量更多,特别是携带胚系突变的患者更显著。结论血液ctDNA和传统的组织DNA样本均可检出基因突变;血液ctDNA检测可动态监控前列腺癌基因频谱在治疗过程中的变化,有助于及时调整治疗方案。

大足鼠耳蝠MHCⅡ-DRB基因第二外显子的克隆及序列分析

为了研究大足鼠耳蝠的MHCⅡ-DRB基因第二外显子的多态性以及大足鼠耳蝠与其他物种的亲缘关系,试验采用PCR产物直接测序方法获得江西和云南两地的大足鼠耳蝠的MHCⅡ-DRB基因第二外显子序列,然后利用BioEdit、Clustal X和Mega软件对测得的序列进行分析,并将其与GenBank中的囊翼蝠、反刍类、灵长类、啮齿类等物种的MHCⅡ-DRB基因第二外显子构建系统发生树。结果表明:大足鼠耳蝠的MHCⅡ-DRB第二外显子序列大小为224 bp,编码74个氨基酸,均具有高度的多态性;江西和云南两地的大足鼠耳蝠聚集为一支,而与包括囊翼蝠在内的其他物种分离开。