基于Sequenom MassARRAY SNP技术检测嗅觉受体基因与工作犬嗅探能力的关联性研究

目的开展嗅觉受体基因(OR)的单核苷酸多态性(SNP)与工作犬嗅探能力之间的关联性研究。方法应用Sequenom MassARRAY SNP技术,对OR基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,并分析不同SNP基因型与工作犬嗅探能力之间的关联性。结果建立的Sequenom MassARRAY SNP检测OR基因分型技术方法,68个SNP位点在史宾格犬、拉布拉多犬和德国牧羊犬3个犬种中检出率在90%以上;显示与工作犬的嗅探能力呈一般统计学意义上显著相关(P<0.05)的SNP位点有23个,但经过多重检验bonferroni (BONF)法和FDR_BH法校正后,表明COR52AC1_436、rs850523383、CfOR0149_364和CfOR0055_265这4个SNP位点与嗅探能力分别呈显著相关(P<0.05)和极显著相关(P<0.01)。结论筛选出显著影响工作犬嗅探能力的主效OR基因SNP位点4个,初步建立了一种适用于史宾格犬、拉布拉多犬和德国牧羊犬这3个工作犬种,鉴定其嗅探能力的分子遗传学检测方法。

Sequenom质谱法分析细胞毒性T淋巴细胞相关分子4基因多态性与宫颈癌易感性的关系

目的探索细胞毒性T淋巴细胞相关分子4（cytotoxic T-lymphocyte-associated protein4，CTLA4）基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNPs）与宫颈癌易感性的关系。方法应用sequenomMassARRAY时间飞行质谱系统对100例宫颈癌及100名健康对照者CTLA4基因20个多态位点（CTLA4—1-CTLA4—20）进行基因型分型，统计分析基因型频率和肿瘤易感性的关系。结果与正常人群中最常见的CTLA4基因单倍型-1576A、-318C和1402G相比，带有单倍型-1576G、-318T或1402A的个体均显著增加宫颈癌的风险（P〈0．05），相对风险度的比值比及其95％可信区间分别为2．87（1．75～4．76），4．02（1．72～9．09）和4．51（1．46～13．88）．而其余基因型与宫颈癌发病风险没有显著的相关性；其中rs5742909易感位点与先前的报道相一致。而双荧光素酶报告基因实验进一步证明，位于基因启动子区域的rs11571316多态位点能显著影响报告基因的表达活性。结论CTLA4基因启动子区域的SNP可能通过影响CTLA4基因的表达水平来影响个体对宫颈癌的易感性。

荷斯坦奶牛GHR基因F279Y多态位点与产奶性状的关联分析

为了研究GHR基因F279Y多态位点与宁夏地区荷斯坦奶牛产奶性状的关联性,试验采用Sequenom单核苷酸多态性(SNP)分型检测确定768头宁夏地区荷斯坦奶牛的基因型,用最小二乘法对产奶性状进行关联性分析。结果表明:GHR基因F279Y位点A、T等位基因频率分别为0.145 8,0.854 2。AA基因型305 d产奶量优于其他2种基因型(P>0.05),TT基因型乳脂率极显著高于其他2种基因型(P<0.01),AT基因型与TT基因型乳蛋白率差异极显著(P<0.01),因此等位基因A对产奶量有正效应,等位基因T是乳脂率、乳蛋白率的优势基因。

甲状腺乳头状癌与基质金属蛋白酶抑制因子3(TIMP3)基因启动子甲基化的关系研究

目的研究基质金属蛋白酶抑制因子3(TIMP3)基因启动子甲基化水平与甲状腺乳头状癌发生的内在联系,建立基于启动子高甲基化抑癌基因的甲状腺乳头状癌早期诊断方法。方法收集甲状腺手术切除的组织标本共46例,其中甲状腺乳头状癌(Papillary thyroid carcinoma,PTC)29例,结节性甲状腺肿(nodular goiter)17例。经提取DNA,设计并合成BSP引物,PCR扩增,采用亚硫酸氢盐法克隆测序(bisulfite sequencing)和Sequenom Mass ARRAY甲基化DNA定量分析法检测甲状腺乳头状癌组织TIMP3基因启动子CpG片段的甲基化水平。结果亚硫酸盐修饰测序结果显示TIMP3基因在甲状腺乳头状癌组织中的高甲基化克隆百分比为70%,显著高于结节性甲状腺肿的0%(P<0.05)。TIMP3基因启动子区5个CpG位点在甲状腺乳头状癌组织中的甲基化有呈较高的甲状腺乳头状癌特异性。Sequenom Mass ARRAY提供的单一CpG位点甲基化定量数据显示TIMP3基因在甲状腺乳头状癌组织的甲基化率均值(0.28)高于结节性甲状腺肿的甲基化率均值(0.15),差异有统计学意义(P<0.05)。TIMP3基因启动子3个CpG位点在甲状腺乳头状癌组织中的甲基化率均值高于结节性甲状腺肿甲基化率,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 TIMP3基因CpG-16及CpG-17位点可能为甲状腺乳头状癌的启动子甲基化检测的关键位点,有望成为甲状腺癌早期诊断的分子标志物。

林麝FSHβ、LHβ基因多态位点与产香性能关联分析

【目的】为加快高产香林麝群体的选育,本文通过分析FSHβ和LHβ基因多态性位点与产香性能的关联性,以期从遗传水平上寻找林麝产香性能标记位点。【方法】研究利用新一代测序技术,采用DNA混池测序方法对100个林麝血液样本进行SNP扫描,重点关注2个候选基因的基因区或上下游2 kb区域;运用质谱分析,对74只林麝的20个候选SNP位点进行定位分析;再结合生产实际,利用产香数据与这些SNP位点进行关联分析。【结果】位于FSHβ的2个SNP和LHβ的1个SNP位点与林麝泌香性能高度相关(P<0.05);这3个SNP均位于基因的非编码区,提示这些突变位点可能与顺式调控作用有关。【结论】3个突变位点的发现可作为分子标记运用于林麝的人工选育,并为高产香林麝群体培育选种提供辅助依据。

中国荷斯坦奶牛EEF1D和TRAPPC9基因多态性与SCS关联性分析

乳房炎抗性的遗传选择已成为抗病育种的新措施,对现代畜牧业预防疾病具有重要的意义,可以永久地改变群体遗传组成,长期有效地控制疾病的发生。笔者采用Sequenom SNP分型测序方法对宁夏地区764头中国荷斯坦奶牛的EEF1D和TRAPPC9基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与体细胞评分(SCS)关联性。结果表明:EEF1D-3位点有GG、AA和GA 3种基因型,其基因型频率分别为0.58,0.04,0.38;TRAPPC9-2525852位点有GG、TT和GT 3种基因型,其基因型频率分别为0.18,0.30,0.52;2个位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态且处于中度多态;平均小于5,其中EEF1D-3位点中GA基因型SCS最低为3.95;TRAPPC9-2525852位点中TT基因型SCS最低为3.91,即该地区中国荷斯坦奶牛均为健康牛。不同基因型与SCS关联性分析表明,基因型个体的SCS差异不显著(P>0.05)。

大肠杆菌的高通量突变检测新工具

美国加利福尼亚州立大学圣地亚哥分校(UCSD)的研究者使用圣地亚哥Sequenom公司的群阵列系统来进行微生物特别是细菌Escherichia coli-K12(E．coli)基因组的完全自动化高通量突变的检测。根据《基因组研究》杂志2004年12月发表的研究，使用群阵列系统，可以最快和最灵敏的进行比较序列测定的研究。加州大学圣地亚哥分校的生物工程学教授Bemhard Palsson博士选择群阵列系统用于比较序列测定，

发现ICAM基因的一般性遗传变异

Sequenom公司的科学家最近发现了细胞间黏附分子(ICAM)基因的一般性遗传变异，这是继BRCA1和BRCA2之后在癌症基因领域的重大发现。《癌症研究》2004年12月15日发表的报告说，ICAM基因出问题的人患乳癌和前列腺癌的风险比不携带该基因的人要高40％。数据还表明，有乳癌家族史的人患乳癌的的风险比其他人高300％。