全基因组关联分析筛选文昌鸡体尺性状相关分子标记

【目的】体尺是评价禽类生长特性的主要指标,通过筛选与文昌鸡体尺性状相关的分子标记及候选基因,为解析体尺性状的遗传机制及分子育种提供理论支撑。【方法】利用海南省文昌鸡品系3个世代(n=2024)群体作为研究对象,测定每只鸡在上市日龄的胫长、胫围、体斜长、龙骨长及胸宽等5个体尺性状。采集血液进行鸡“京芯一号”55 K芯片测序及基因分型,使用GEMMA软件与PLINK软件进行全基因组关联分析,鉴定与体尺性状相关的SNP位点和候选基因,通过LD分析鉴定与体尺性状显著相关的单倍型。【结果】表型结果显示,113日龄文昌鸡公鸡平均胫长8.64 cm,胫围0.46 cm,体斜长19.73 cm,龙骨长12.32 cm,胸宽6.81 cm;母鸡平均胫长6.98 cm,胫围0.40 cm,体斜长17.79 cm,龙骨长10.45 cm,胸宽6.24 cm。经过质控后,共保留42206个SNPs和2024个个体用于后续研究。使用Plink软件进行PCA主成分分析,结果发现3个世代群体存在一定的分散情况,因此在GWAS关联分析中加入了前3个主成分作为协变量,以校正群体结构对关联分析的影响。GWAS结果研究共鉴定出19个SNPs位点与胫长性状显著或建议性显著相关(P值分别为2.17789E-06和4.35578E-05),23个SNPs位点与胫围性状显著或建议性显著相关,7个SNPs位点与体斜长性状显著或建议性显著相关,2个SNPs位点与龙骨长性状显著或建议性显著相关,未鉴定出与胸宽性状或建议性显著相关的SNPs位点。通过对显著性位点进行注释,结果共鉴定到16个体尺性状相关的候选基因,包括羧基末端LIM结构域结合蛋白2(LIM domain binding 2,LDB2)、染色体缩合蛋白G(non-SMC condensin I complex subunit G,NCAPG)、序列相似家族184成员B基因(family with sequence similarity 184 member B,FAM184B)、A型钾离子通道调节蛋白4(potassium voltage-gated channel interacting protein 4,KCNIP4)等。通过LD单倍型分析结果显示,GGA4存在3个显著关联的单倍型,对于胫长性状,rs316943436和rs313978573两个位点位于单倍型区块中;对于胫围性状,rs313196946AA、rs316242963、rs315796839、rs313978573、rs734365522共5个位点位于单倍型区块中;对于体斜长性状,只有1个位点(rs313978573)位于单倍型区块中,其中候选基因LDB2和NCAPG在显著的block区块中被注释到。【结论】经GWAS方法筛选出SEPSECS、LGI2、DHX15、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、LDB2、CC2D2A作为胫长性状潜在的候选基因;FH、TBC1D1、DTHD1、SEPSECS、LGI2、SOD3、PPARGC1A、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、CLRN2、LDB2、TAPT1、CC2D2A作为胫围性状潜在的候选基因,KCNIP4、LDB2、TAPT1、NRXN3作为体斜长性状潜在的候选基因,FAM184B作为龙骨长性状潜在的候选基因。总之,本文确定了LDB2、NCAPG和FAM184B等作为胫长、胫围、体斜长和龙骨长等体尺性状的潜在功能基因。为文昌鸡体尺性能的分子标记辅助选择育种提供理论支撑。

浙江省四个地方品种鸡体尺比较分析

为了比较温州红鸡与其他浙江地方品种鸡体尺的差异性,试验随机选取300日龄温州红鸡、灵昆鸡、仙居鸡和雁荡麻鸡四个地方品种鸡作为试验对象,进行体尺测定及比较分析。结果表明:温州红鸡公鸡体重为(2755.6±282.2)g、体斜长为(27.7±1.0)cm、龙骨长为(15.7±0.9)cm、胸深为(11.6±0.8)cm、胫长为(11.3±0.6)cm、胫骨长为(17.6±0.8)cm,均显著高于其他三个鸡种(P<0.05);温州红鸡母鸡龙骨长为(12.4±0.8)cm、胫长为(8.9±0.5)cm、胫骨长为(13.6±0.6)cm,均显著高于其他三个鸡种(P<0.05)。温州红鸡胫长及胫骨长之和与体斜长的比值(公鸡104.3%±2.9%、母鸡106.5%±4.4%)均显著高于其他鸡种(P<0.05);温州红鸡、灵昆鸡和雁荡麻鸡的颈椎数为14个,仙居鸡的颈椎数为13和14个。温州红鸡的颈长为(24.9±1.1)cm,显著高于其他三个鸡种(P<0.05),颈长和体斜长的比值是(92.2%±5.2%),也显著高于其他三个鸡种(P<0.05)。试验结果说明温州红鸡的体尺与浙江省其他三个地方品种在体型外貌上有较大差异,其突出特点是体大、腿长和颈长,具有较高的遗传资源保护和开发利用价值。

鸡胫长和胫围的全基因组关联分析

为了揭示影响鸡胫生长的遗传基础和分子机制,本试验以中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平试验基地鸡场鸡F2资源群体为基础,测定了F2代个体93日龄的体重、胫长和胫围,并利用60KSNP芯片对个体基因组DNA进行分型,进行胫长和胫围的全基因组关联分析(GWAS)。结果表明,与鸡胫长和胫围达到5%全基因组水平显著关联位点分别为1个和4个(P<2.98×10-6),潜在关联位点分别为4个和25个(P<5.96×10-5)。其中1个SNP位点位于13号染色体上的NKX2-5基因的下游138 834bp,另一个SNPs位于8号染色体ELAVL4基因的下游52 248bp处。4号染色体14.93Mb(71.01～85.94Mb)区域多个SNPs位点与胫围显著或潜在关联。该区域内含有的LDB2、BOD1L1和QDPR等基因。这些基因和区域可作为影响胫长和胫围的重要候选区域和基因,为揭示胫生长的遗传基础和分子机制以及后期的分子标记辅助选择奠定了基础。

乌蒙凤鸡体重和胫长生长曲线拟合及相关性研究

为了解乌蒙凤鸡的生长发育规律,本研究以Logistic和Gompertz 2种非线性生长模型对乌蒙凤鸡体重及胫长进行拟合分析。结果表明:Gompertz模型在估计乌蒙凤鸡母鸡体重生长规律上效果更优,该模型拐点周龄为3.49周,拐点体重为753.84 g;Logistic模型在拟合乌蒙凤鸡胫长方面效果更优,拐点周龄为2.32周,拐点胫长为4.26 cm。这说明即使对同一品种的不同性状,其适用的最优模型也存在差别。

甘肃黄鸡早期生长发育规律的分析

为探讨甘肃黄鸡的选育效果及其利用价值，对甘肃黄鸡早期生长发育规律进行了系统测定。结果表明，甘肃黄鸡体重达 2.0 kg的日龄平均为 87.5 d(公鸡 77 d，母鸡 98 d)，全期饲料转化比为 2.93，成活率较高达 94.0％；甘肃黄鸡 9周龄时体重接近 1.5 kg，有一定的市场意义，可以考虑及早上市；对甘肃黄鸡体重进行选择时，应同时注意对胫长的适当控制。

蛋鸡育雏舍环境参数与育雏效果的评测

为培育发育良好、活泼和健壮的雏鸡,试验对1~60日龄蛋鸡育雏舍舍内环境参数进行24 h连续监测,并对育雏鸡的采食量、体重和胫长等生产性能进行测量。结果:舍内二氧化碳浓度和温度略高于标准,雏鸡发育效果良好,5、6周龄体重略低于同期标准,其他时间段达到正常要求。

生长激素(GH)基因在不同胫长性状鸡种中的差异表达分析

为研究生长激素(GH)基因与鸡胫长之间的相关性及其表达规律,利用实时荧光定量PCR技术对胫长差异较大的高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡3个品种的心脏、肝脏、胸肌、腿肌中GH基因的相对表达量进行了检测,结果发现相同品种不同组织GH基因表达量均以腿肌最高;不同品种相同组织中,高脚鸡各组织的GH基因表达量均为最高。结果表明,GH基因在不同品种及不同组织间存在差异表达,且其表达量与鸡的胫长间存在正相关。

6～18周龄固始鸡G_2系日粮中适宜蛋白质水平的研究

将288只5周龄固始鸡G2系随机分成8组,预试1周后,分别饲喂含蛋白质水平为8.87%、10.02%、11.23%、12.37%、13.49%、14.68%、15.85%、17.07%的日粮,研究了上述8种不同蛋白质水平的日粮对固始鸡体重、胫长、料重比等生产性能的影响,并从供试鸡行为学观察和固始鸡育种的角度进行分析。试验结果表明,6～18周龄固始鸡G2系日粮中适宜蛋白质水平为13.49%。

贵州兴义矮脚鸡与矮脚黄鸡生产性能研究

试验对贵州兴义矮脚鸡与矮脚黄鸡生产性能进行了对比研究,结果:兴义矮脚鸡0～45日龄时体重与矮脚黄鸡接近,而在45～90日龄显著高于矮脚黄鸡(P<0.05);胫长在0～75日龄时极显著低于矮脚黄鸡(P<0.01),而在75日龄后低于矮脚黄鸡,表明对兴义矮脚鸡的优势性能值得更进一步开发和利用。兴义矮脚鸡和矮脚黄鸡从初产至12月龄平均产蛋率为42.42%与52.38%,试验结果表明矮脚黄鸡产蛋率高于兴义矮脚鸡。

伊犁马主要体尺性状测定及分析

通过对昭苏种马场1995年的原始资料和2006年测定的700多匹不同年龄伊犁马的体尺进行统计发现,伊犁马的体高增加,体长率、胸围率、管围率减小,体尺和体型更加接近理想的骑乘马;体成熟年龄提前;作为群牧马,其身体生长发育规律与舍饲马的生长发育情况有一定区别。

京白商品蛋鸡胫长的标准曲线

胫长是鸡的骨架发育的重要指标,通过对京白商品蛋鸡生长期胫长的测量和分析,拟合了一条标准曲线,并制定出1～140日龄的胫长标准值.

广西三黄鸡胫生长发育规律探讨

通过运用Logistic、Compertz和Bertalanffy模型拟合优质广西三黄鸡生长期体重、胫长和胫宽的生长曲线,发现3种模型都能很好地拟合体重、胫长和胫宽的生长曲线,与体重相比,胫长和胫宽属于早期发育性状,16周龄胫长与胫宽已经非常接近极限值,但体重仍有较大的增长空间。

不同羽色及性别乌蒙凤鸡育成期生长曲线拟合研究

为探究不同羽色及性别乌蒙凤鸡育成期的生长发育规律,本研究用Logistic、Gompertz和von Bertalanffy 3种生长曲线模型拟合分析不同羽色及性别乌蒙凤鸡育成期体重和胫长发育特征。结果表明:Logistic模型对不同羽色和不同性别乌蒙凤鸡体重和胫长生长规律的拟合效果最优,且公鸡拟合效果比母鸡好。在Logistic模型中,黄羽公鸡体重拐点周龄为10.839周,拐点体重为823.531 g,胫长拐点周龄为6.82周,拐点胫长为5.62 cm;麻羽公鸡体重拐点周龄为10.695周,拐点体重为802.678 g,胫长拐点周龄为6.31周,拐点胫长为5.61 cm;黄羽母鸡体重拐点周龄为10.134周,拐点体重为590.079 g,胫长拐点周龄为4.73周,拐点胫长为4.05 cm;麻羽母鸡拐点周龄为9.786周,拐点体重为570.913 g,胫长拐点周龄为4.53周,拐点胫长为4.26 cm。

桂香鸡胫长、胫围与体重的相关性分析

以3个批次的桂香鸡为研究对象,分析120日龄时桂香鸡的胫长、胫围以及体重之间的相关性。研究结果表明,第3批桂香鸡的120日龄体重和胫围显著高于第1批(P<0.05),第2批和第3批桂香鸡的120日龄胫长显著高于第1批(P<0.05)。相关分析表明,第1批桂香鸡120日龄体重和胫长以及胫围之间存在极显著的相关(P<0.01),相关系数分别为0.583和0.623;120日龄胫长和胫围之间存在极显著的相关(P<0.01),相关系数为0.369。第2批和第3批数据合并分析表明,桂香鸡120日龄体重和胫长以及胫围之间存在极显著的相关(P<0.01),相关系数分别0.605和0.726;120日龄胫长和胫围之间存在极显著的相关(P<0.01),相关系数为0.463。研究结果为桂香鸡胫长、胫围与体重性状的选择,尤其是桂香鸡胫长、胫围与体重性状的综合选择提供了参照。

成年巴特肯羊体重与体尺指标的多元回归分析

[目的]分析成年巴特肯羊的体尺指标与体重的相关性。[方法]以2~3岁成年巴特肯羊为研究对象,通过测量巴特肯羊的体重、体高、体长、胸围等体尺性状,并对各性状间的相关性进行了分析,探究了与成年巴特肯羊体重密切相关的体尺指标,根据体长、胸围和管围建立了成年巴特肯羊体重的最优回归模型。[结果]影响成年巴特肯公羊体重的主要体尺指标为胸围和体长,且体重与胸围和体长呈极显著正相关(P<0.01)。巴特肯母羊的主要体尺指标为胸围和管围,且体重与胸围和管围呈极显著正相关(P<0.01)。巴特肯公羊体重估算公式为Y(体重)=0.681X_(2)(体长)+0.282X_(3)(胸围)+0.652X_(4)(管围)-5.109。巴特肯羊母羊体重估算公式为Y(体重)=3.69X_(4)(管围)+0.253X_(3)(胸围)-5.81。[结论]该试验结果可用于相关领域实际生产过程中成年巴特肯公羊和母羊体重的估算。

3个鸡种NKX2-5基因多态性与胫长的关联性分析

以贵州特有鸡种高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为试验对象,利用PCR-SSCP和DNA测序等方法检测了NKX2-5基因T563C、C675T位点在3个试验鸡群中不同基因型与胫长的关联性。T563C与胫长关联分析表明,高脚鸡群体中TT基因型个体胫长显著高于CC型,百宜黑鸡群体中TT基因型显著高于CT型,矮脚鸡群体中不同基因型个体间胫长差异不显著;C675T突变位点在3个鸡种中只有CC和CT两种基因型,且各鸡种不同基因型个体间胫长差异不显著。

无量山乌骨鸡体重和胫长的相关性研究

为研究无量山乌骨鸡发育过程中体重和胫长之间的关系,以无量山乌骨鸡母鸡为研究对象,将出壳当日记为第0周(0 W),测定0 W、6 W、12 W、18 W和24 W共5个阶段的体重和胫长,并对其进行相关性分析。结果表明,体重在不同阶段持续增加且各阶段之间差异显著(P<0.05);胫长在0 W、6 W、12 W和18 W各阶段之间差异显著(P<0.05),18 W和24 W之间差异不显著(P>0.05);对不同阶段的体重和胫长的相关性分析表明,12 W体重和胫长之间存在显著相关(P<0.05)。综上所述,无量山乌骨鸡母鸡体重和胫长在12 W存在显著相关,该研究结果可为无量山乌骨鸡的选种选育及种质特性等研究提供参考。

京红蛋鸡体重、胫长和小肠生长规律及生长曲线拟合的研究

为了了解京红蛋鸡的体重、胫长和小肠生长规律。本文运用Logistic、Gompertz和Bertalanffy3种非线性模型分别对0~17周龄京红蛋鸡体重、胫长和小肠进行生长曲线拟合和分析。结果表明:Beralanffy模型能较好地拟合京红蛋鸡体重的生长曲线,根据Bertalaun曲模型得到的京红蛋鸡体重生长曲线方程为y=2722.069×(1-0.756e^(-0.079t))~3,拐点体重、周龄和最大周增量分别是806.54 g、10.37周龄和95.57 g。Logistic模型能较好地拟合京红蛋鸡十二指肠的生长曲线,Bertalanffy模型能较好地拟合京红蛋鸡空肠和回肠的生长曲线。Logistic模型能较好地拟合京红蛋鸡胫长的生长曲线。根据Logistic模型得到的京红蛋鸡胫长生长曲线方程为y=9.782/(1+2.985×e^(-0.3t)),拐点长、拐点周龄和最大周增量分别是4.89 cm、3.65周龄和0.73 cm。可用3种模型拟合和分析京红蛋鸡生长规律,不同的评价指标所确定的最优模型不同,根据最合适的模型分析得出的规律可以对进一步研究京红蛋鸡提供参考。