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Polymerase-tautomeric Model for Untargeted Delayed Base Substitution Mutations Formation during Error-prone and SOS Replication of Double-stranded DNA Containing Thymine and Adenine in Some Rare Tautomeric Forms
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作者 Helen A.Grebneva 《Journal of Oncology Research》 2019年第2期24-37,共14页
Polymerase-tautomeric model for untargeted delayed base substitution mutations is proposed.Structural analysis of bases insertion showed that any canonical bases may be inserted opposite rare tautomeric forms of thymi... Polymerase-tautomeric model for untargeted delayed base substitution mutations is proposed.Structural analysis of bases insertion showed that any canonical bases may be inserted opposite rare tautomeric forms of thymine T3*,adenines A2*and A4*so that between them hydrogen bonds are formed.Canonical adenine and cytosine can be incorporated opposite canonical thymine only.Canonical thymine and guanine can be incorporated opposite canonical adenine only.If in the synthesis of DNA containing rare tautomeric forms of thymine T3*,adenines A2*and A4*,involved DNA polymerases with relatively high fidelity of synthesis,mutations not appear.However,if further DNA synthesis will involve DNA polymerases having a low fidelity of synthesis,there may be base substitution mutations.It was shown that the conclusion made in the Tomasetti and Vogelstein cancer risk model that the formation of about 67%of all mutations was not caused by exposure to any mutagens is erroneous. 展开更多
关键词 Radiation-induced genomic instability Untargeted delayed base substitution mutationS UV-mutagenesis Rare tautomeric forms of DNA bases Thymine adenine ERROR-PRONE REPLICATION SOS REPLICATION
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Preliminary Studies on Base Substitutions and Repair of DNA Mismatch Damage Stimulated by Low Energy N^+ Ion Beam Implantation in Escherichia coli 被引量:4
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作者 谢传晓 郭金华 +1 位作者 程备久 余增亮 《Plasma Science and Technology》 SCIE EI CAS CSCD 2003年第1期1677-1682,共6页
Ever since the low energy N+ ion beam has been accepted that the mutation effects of ionizing radiation are attributed mainly to direct or indirect damage to DNA. Evidences based on naked DNA irradiation in support of... Ever since the low energy N+ ion beam has been accepted that the mutation effects of ionizing radiation are attributed mainly to direct or indirect damage to DNA. Evidences based on naked DNA irradiation in support of a mutation spectrum appears to be consistent, but direct proof of such results in vivo are limited. Using mutS, dam and/or dcm defective Eschericha coli imitator strains, an preliminary experimental system on induction of in vivo mutation spectra of low energy N+ ion beam has been established in this study. It was observed that the mutation rates of rifampicin resistance induced by N+ implantation were quite high, ranging from 9.2 x 10~8 to 4.9× 10~5 at the dosage of 5.2×1014 ions/cm2. Strains all had more than 90-fold higher mutation rate than its spontaneous mutation rate determined by this method. It reveals that base substitutions involve in induction of mutation of low energy nitrogen ion beam implantation. The mutation rates of mutator strains were nearly 500-fold (GM2929), 400-fold (GM5864) and 6-fold larger than that of AB1157. The GM2929 and GM5864 both lose the ability of repair DNA mismatch damage by virtue of both dam and dcm pathways defective (GM2929) or failing to assemble the repair complex (GM5864) respectively. It may explain the both strains had a similar higher mutation rate than GM124 did. It indicated that DNA cytosine methylase might play an important role in mismatch repair of DNA damage induced by N+ implantation. The further related research were also discussed. 展开更多
关键词 low energy N^+ ion beam base substitutions dam(DNA adenine methylase) dcm(DNA cytosine methylase) MUTS MMR (mismatch repair) Escherichia coli mutator strain
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Evidence for Base Substitutions and Repair of DNA Mismatch Damage Induced by Low Energy N^+ Ion Beam Implantation in E. coli
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作者 谢传晓 Guo +6 位作者 Jinhua Yao Jianmin Wu Lijun Yu Zengliang 《High Technology Letters》 EI CAS 2003年第2期1-6,共6页
Ever since the low energy N + ion beam has been accepted, the mutations of ionizing radiation are attributable mainly to avoidance of DNA damages repair. Evidences based on in vivo proof results are limited. Using the... Ever since the low energy N + ion beam has been accepted, the mutations of ionizing radiation are attributable mainly to avoidance of DNA damages repair. Evidences based on in vivo proof results are limited. Using the E.coli wild type and mutator strains, the mutant frequencies suggest that base substitutions in rpoB gene are induced by the N + implantation. A highly conserved region is selected to get the direct evidence for base substitutions by sequence of the high fidelity PCR amplification products in mutants. Most of the mutants (90.9%, 40/44) have at least one base substitution in the amplification region. The evidences for CG to TA (55%, 22/40), AT to GC (20%, 8/40) and TA to CG (5%, 2/40) transitions are identified. The transversions are AT to TA (15%, 6/40) and GC to CG (5%, 2/40). It is suggested that DNA cytosine methylase might play an important role in mismatch repair of DNA damage induced by N + implantation by analysis of the mutant frequencies of mutator strains. 展开更多
关键词 碱基替换 DNA损害 失配校正 低能N^+离子束 离子注入 大肠杆菌 诱导效应
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有和无甘油的聚丙烯酰胺胶在检测突变时的差别 被引量:12
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作者 丁兰 张思仲 +2 位作者 周宏远 武辉 肖翠英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期266-268,共3页
有文献报道在非变性的聚丙烯酰胺中加入甘油可提高SSCP检测的灵敏度。我们的实验结果建议研究者在进行SSCP筛查未知突变时最好采用不加甘油的非变性的聚丙烯酰胺胶 ,这既省力省钱 ,又灵敏。在判读SSCP胶时 ,千万不要看到在双链带位置有... 有文献报道在非变性的聚丙烯酰胺中加入甘油可提高SSCP检测的灵敏度。我们的实验结果建议研究者在进行SSCP筛查未知突变时最好采用不加甘油的非变性的聚丙烯酰胺胶 ,这既省力省钱 ,又灵敏。在判读SSCP胶时 ,千万不要看到在双链带位置有一条比正常迁移率慢的带就判定为插入突变。此时要判定突变的性质 ,最好测序。 展开更多
关键词 SSCP 突变 聚丙烯酰胺胶 碱基缺失 碱基置换 甘油
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高频度微卫星不稳定性大肠癌“修饰型”微卫星变化与MLH1及KRAS基因突变密切相关(英文) 被引量:2
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作者 赵岩 张涛 +4 位作者 张剑军 郑志超 赵宜良 前原喜彦 徐惠棉 《现代生物医学进展》 CAS 2008年第5期875-880,共6页
本研究通过方法学的改良和观察方式的创新试图阐明这种现象的原因。微卫星非传统的检测方法仅能实现微卫星定性检测,我所在的研究组开发了自动片段分析双荧光标识技术,提高了微卫星检测的感度和重复性,并实现了微卫星片段变化长度的定... 本研究通过方法学的改良和观察方式的创新试图阐明这种现象的原因。微卫星非传统的检测方法仅能实现微卫星定性检测,我所在的研究组开发了自动片段分析双荧光标识技术,提高了微卫星检测的感度和重复性,并实现了微卫星片段变化长度的定量。小于6碱基的微卫星变化被定义为修饰型微卫星不稳定,大于8碱基的变化被定义为跳跃型微卫星不稳定,它们的电泳谱截然不同。前者表现为在非肿瘤来源微卫星位点基础上的增加或减少,后者表现为距离非肿瘤微卫星片段远隔部位的新波形的出现。通过研究我们发现,在DNA错配修复缺陷细胞系及基因敲除大鼠自发肿瘤样本,仅有修饰型微卫星不稳定性检出;在人类DNA错配修复缺陷细胞系连续80次传代也没有检出跳跃型变化。跳跃型变化不能通过简单重复序列不稳定基础上的增加或减少的累加而获得。在76例散发大肠癌,我们检测了微卫星不稳定性,KRAS基因突变,并对高频度微卫星不稳定性病例的两个主要DNA错配修复基因MSH2和MLH1进行了全长测序。我们发现,在大肠癌,按频度的传统分类与按波形变化的分类有高度的一致性,高频度微卫星不稳定性病例均检测到跳跃型表现,低频度微卫星不稳定性都表现为修饰型变化。在12例高频度微卫星不稳定病例,有三例检出了跳跃型和修饰型同时存在微卫星不稳定的特殊表型,这3例均检出KRAS的突变,更有趣的是该3例病例也同时检出了DNA错配修复基因MLH1的变异。而在其他9例高频度微卫星不稳定病例,KRAS突变及MLH1、MSH2突变未检出。通过对突变谱的分析我们还发现,修饰型微卫星不稳定与KRAS基因12号密码子的转换型突变高度相关,而微卫星稳定的病例检出的KRAS基因12号密码子突变多为颠换型突变。修饰型微卫星不稳定表型检出的高频度转换突变可由DNA错配修复缺陷的分子背景解释。通过本研究,我们认为以波形为基础的微卫星不稳定新分型可能是解决目前微卫星研究领域矛盾的一个选项。一直公认为高频度微卫星不稳定性是"真正"的DNA错配修复缺陷表型,我们的研究提示实际上高频度微卫星的可能是多元的。修饰型微卫星不稳定与DNA错配修复缺陷直接关联,而跳跃型微卫星不稳定的原因尚未阐明。在高频度为微型不稳定中,携带修饰型变化的病例可以通过DNA错配修复系统缺陷来解释其病因。 展开更多
关键词 微卫星不稳定性 DNA错配修复 突变表型 碱基置换
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一个改进的PCR过程中聚合酶复制精确性测定系统的建立
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作者 杜汉森 徐迈 +2 位作者 季朝能 张洁 毛裕民 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1997年第2期183-192,共10页
在大肠杆菌中建立了一套用于测定DNA聚合酶在PCR过程中复制精确性的系统,并测定了耐热FDDNA聚合酶在PCR扩增过程中的复制精确性。这一系统主要包括以质粒pUC118和pUC119为出发质粒所构建的一套共6个突变质... 在大肠杆菌中建立了一套用于测定DNA聚合酶在PCR过程中复制精确性的系统,并测定了耐热FDDNA聚合酶在PCR扩增过程中的复制精确性。这一系统主要包括以质粒pUC118和pUC119为出发质粒所构建的一套共6个突变质粒,分别为pFDFP118和pFDFP119(+1移码突变)、pFDFM118和pFDFM119(-1移码突变)、pFDFU118和pFDFU119(碱基置换突变)。这些突变质粒均不能进行lacZ-α互补反应,因此在含有X-Gal和IPTG的培养基上菌落呈白色。同时还构建了PCR产物克隆载体pFDFL118和pFDFL119。以上述突变质粒为模板进行PCR反应,取反应产物和pFDFL118或pFDFL119连接后转化到大肠杆菌中。若在PCR过程中发生回复突变,则转化子在含有X-Gal和IPTG的培养基上呈蓝色。由转化子中蓝白菌落个数即可计算出DNA聚合酶的复制差错率。用这一系统测得FDDNA耐热聚合酶的复制差错率为10-5~10-6。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 聚合酶 复制精确性 移码突变
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一性连锁智障家系AGTR2基因新突变位点的检测
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作者 陈丽萍 肖强 +3 位作者 王伯松 尹鲁骅 王咏梅 叶文静 《泰山医学院学报》 CAS 2006年第3期185-188,共4页
目地探讨AGTR2基因突变与智障的关联关系。方法通过PCR和直接测序对一性连锁智障家系13个受检个体血管紧张素-Ⅱ2型受体基因(AGTR2)的全长序列进行检测。结果在AGTR2基因第3外显子3550位点,2个男性患儿均存在C/T碱基替换,该基因第182位... 目地探讨AGTR2基因突变与智障的关联关系。方法通过PCR和直接测序对一性连锁智障家系13个受检个体血管紧张素-Ⅱ2型受体基因(AGTR2)的全长序列进行检测。结果在AGTR2基因第3外显子3550位点,2个男性患儿均存在C/T碱基替换,该基因第182位编码氨基酸由谷氨酰氨变为终止密码(nt3550C/T,Q182Stop/E3)。正常男性家系成员无此突变,而女性家系成员存在杂合子。结论nt3550C/T可能为引起该家系临床病变的突变位点,不是多态性位点。在伴性连锁智障疾病中,AGTR2基因的这个单碱基替换突变位点为首次报道。 展开更多
关键词 PCR 测序 智障 AGTR2基因 单碱基替换突变
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有和无甘油的聚丙烯酰胺胶在检测突变时的差别 被引量:1
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作者 丁兰 张思仲 +2 位作者 周宏远 邱为民 肖翠英 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第S1期222-225,共4页
有文献报道 ,在非变性的聚丙烯酰胺中加入甘油可提高SSCP检测的灵敏度 .作者采用PCR SSCP、加 5%的甘油或未加甘油的 10 %非变性聚丙烯酰胺胶和DNA测序技术 ,来检测常染色体显性多囊肾病致病基因PKD1的突变 .结果发现 ,同一个病人在未... 有文献报道 ,在非变性的聚丙烯酰胺中加入甘油可提高SSCP检测的灵敏度 .作者采用PCR SSCP、加 5%的甘油或未加甘油的 10 %非变性聚丙烯酰胺胶和DNA测序技术 ,来检测常染色体显性多囊肾病致病基因PKD1的突变 .结果发现 ,同一个病人在未加甘油的10 %非变性聚丙烯酰胺胶中 ,有 4条单链带 ,而在加 5%的甘油的 10 %非变性聚丙烯酰胺胶中仅有两条单链带 ;两种胶上均有迁移率较正常双链带慢一条的双链带 .测序结果显示 ,在有异常迁移率带的个体的 1条DNA分子中缺失 1个G .我们的实验提示 ,加入甘油后检测灵敏度不及不加甘油的非变性聚丙烯酰胺 ;并且证实 ,仅有一个碱基的缺失会导致在SSCP胶上双链带位置出现一条迁移率比正常双链带迁移率慢的带 .这是由于缺失一个碱基的DNA链与正常的DNA链间会形成有一个碱基突出来的杂合分子 ,导致其迁移率比完全碱基互补的分子迁移率慢 .因此作者建议在进行SSCP筛查未知突变时 ,最好采用不加甘油的非变性的聚丙烯酰胺胶 ,这既省力省钱 ,又灵敏 .在判读SSCP胶时 ,不可将在双链带位置有 1条比正常迁移率慢的带就判定为插入突变 .此时要判定突变的性质 ,最好测序 . 展开更多
关键词 SSCP 突变 聚丙烯酰胺胶 碱基缺失 碱基置换
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VersusSNP:一种单碱基突变的筛选及分类工具
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作者 梁群 王琪 +1 位作者 张秀清 汪建 《生物信息学》 2010年第2期150-152,155,共4页
单碱基突变的筛选和分类是SNP分析的基础。为解决手工进行突变位点挖掘工作的困难,编写了VersusSNP软件。它可以解析并过滤序列比对结果,并根据突变类型将位点加以分类,以图形界面呈现给用户。使用VersusSNP,用户可以直观地了解基因组... 单碱基突变的筛选和分类是SNP分析的基础。为解决手工进行突变位点挖掘工作的困难,编写了VersusSNP软件。它可以解析并过滤序列比对结果,并根据突变类型将位点加以分类,以图形界面呈现给用户。使用VersusSNP,用户可以直观地了解基因组中单碱基突变的情况。其程序及源代码可以从http://sourceforge.net/projects/versussnp下载。 展开更多
关键词 单碱基 点突变 替换 同义 非同义 插入 缺失
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