SNFS并行文件系统负载均衡技术的研究与实现

在大规模集群系统的并行运算环境中,I/O效率一直是影响系统整体性能的关键因素,并行文件系统技术是目前解决I/O性能瓶颈的有效途径之一。介绍当前并行文件系统的发展现状以及并行文件系统的类型,阐述SNFS并行文件系统的架构以及负载均衡DLC(分布式LAN客户端)技术的实现原理,并给出大规模集群系统环境中SNFS文件系统负载均衡技术的实现方法,最后,通过实际应用分析说明该技术在提升I/O性能上的优势。

SNFS安全网络文件系统的设计与实现

本文描述了一个安全网络文件系统-SNFS的设计和实现,包括其设计思想、体系结构、密钥管理、安全分析和实现方法。

基于SNFS地震资料处理并行共享存储系统

针对传统并行共享存储系统在深水海洋地震资料处理应用中存在的缺点,设计部署了一种新的基于SNFS并行共享存储系统.通过对其进行功能与性能测试分析,结果表明该系统具有优越性,能满足实际石油物探应用需求.在此基础上,进一步提出了对该存储系统优化的建议与方法.

西藏地区结直肠癌免疫治疗和靶向治疗相关分子标志物的检测及意义

目的研究西藏地区结直肠癌中SWI/SNF相关、基质相关、肌动蛋白依赖性染色质调节因子A亚科成员4(SMARCA4)/Brahma相关基因1、V-raf鼠类肉瘤病毒癌基因同源物B(BRAF)、P53、程序性死亡受体1(PD-1)及程序性死亡配体1(PD-L1)免疫组织化学表达和BRAF、神经营养因子酪氨酸受体激酶(NTRK)基因改变情况,为西藏地区结直肠癌患者的靶向治疗及免疫治疗提供依据。方法收集2015年1月至2021年7月西藏自治区人民医院经手术切除病理确诊为结直肠癌病例64例,全部病例均进行SMARCA4、BRAF、P53、PD-1、PD-L1免疫组织化学染色和NTRK1、NTRK2、NTRK3融合基因荧光原位杂交检测及BRAF V600E基因突变PCR检测。结果64例结直肠癌病例男女比例1.21∶1,平均年龄(56.59±13.27)岁;46例(71.88%)位于结肠,18例(28.12%)位于直肠;60例(93.75%)为腺癌,4例(6.25%)为其他类型;11例(17.19%)为T1或T2期,53例(82.81%)为T3或T4期;24例(37.50%)出现淋巴结转移。免疫组织化学方面,64例中1例(1.56%)SMARCA4部分肿瘤细胞表达减弱或缺失,4例(6.25%)BRAF肿瘤细胞阳性表达,35例(54.69%)P53为突变型表达;45例(70.31%)PD-1肿瘤相关免疫细胞阳性比例分数<10%,19例(29.69%)≥10%;52例(81.25%)PD-L1联合阳性分数<10,12例(18.75%)≥10。64例NTRK1、NTRK2、NTRK3融合基因检测均为阴性;4例(6.25%)检测到BRAF V600E基因突变;1例SMARCA4表达缺失病例未检测到SMARCA4基因改变。PD-L1的表达与错配修复缺陷/高度微卫星不稳定和PD-1的高表达呈显著正相关(χ^(2)=10.223,P=0.001;χ^(2)=11.979,P=0.001)。结论西藏地区结直肠癌中较少出现SMARCA4表达减弱或缺失及NTRK融合基因改变,少数病例有BRAF V600E基因突变,Pan-TRK和BRAF免疫组织化学可作为NTRK融合基因及BRAF基因突变的初筛方法。错配修复缺陷/高度微卫星不稳定的病例中更容易出现PD-L1蛋白高表达,这部分患者有望获益于免疫治疗。P53突变与PD-L1表达无相关性,PD-1的高表达和PD-L1的高表达呈正相关。

11例SMARCA4(BRG1)缺失性癌的临床病理分析

目的探讨SMARCA4(BRG1)缺失性癌患者的临床病理特征、免疫表型及诊治要点。方法回顾性分析11例SMARCA4(BRG1)缺失性癌患者的临床资料,总结其HE染色后的形态及免疫组织化学特征,并结合文献进行分析。结果11例患者中男性8例,女性3例;中位年龄60岁。8例行根治性手术切除,3例行传统化疗联合靶向及免疫治疗。镜下肿瘤细胞胞质丰富、红染,呈上皮样、横纹肌样或梭形,具明显的嗜酸性核仁,核分裂象易见(>5/10 HPF),肿瘤组织内见多灶状坏死,脉管内见大量癌栓,可伴间质黏液样变性。11例肿瘤细胞SMARCA4(BRG1)表达缺失,同时表达上皮源性CK和间叶源性Vim标记,SMARCB1(INI1)表达保留,p53突变型,肿瘤细胞呈高增殖活性(Ki-67>60%),突触素Syn呈中等强度阳性。3例为错配修复蛋白缺陷,分别表现为MLH1/PMS2、PMS2、MSH6表达缺失,其中1例经Sanger测序法检测证实为高度微卫星不稳定型。结论SMARCA4(BRG1)缺失性癌发病率低,易与其他肿瘤混淆,术前诊断困难,需依靠免疫组织化学明确诊断。

SMARCA4缺失性尿路上皮癌临床病理学分析

目的 探讨SMARCA4缺失性尿路上皮癌(UC)临床病理特点及其预后。方法 对5例SMARCA4缺失的UC临床病理特点进行分析,包括文献报道的1例,并对其治疗、预后进行讨论。结果 患者平均年龄67岁,以男性为主,均有血尿症状。大体表现为单发、灰白色肿物,局灶出血,界欠清。H&E示瘤细胞低分化;部分表达GATA3、p63及CK7,SMARCA4缺失,Ki-67平均45%。根治性手术治疗后病理显示均为肌层浸润性UC,1例淋巴结转移、2例脉管侵犯。术后生存时间5天~5月,1例存活至今且未见转移(已随访6月),1例失访。此类肿瘤手术治疗效果有限,尚无系统性化疗方案,部分患者免疫检查点抑制剂治疗有效。结论 SMARCA4缺失的UC预后差,需及时诊断,可尝试免疫检查点抑制剂治疗。

SMARCA4缺失的非小细胞肺癌1例

SMARCA4缺失型非小细胞肺癌(SMARCA4-deficient non-small cell lung cancer, SMARCA4-Dnsclc)是一类与SWI/SNF复合物突变相关的罕见恶性肿瘤,其临床表现为高度侵袭性,患者预后往往较差,SMARCA4-dNSCLC的主要难点在诊断及治疗方面,本文对一例SMARCA4-dSNCLC患者的临床诊断进行报道,并系统性回顾SMARCA4-dNSCLC的临床表现、病理学、免疫组化及治疗方面的相关研究。

SMARCA4缺失性子宫未分化肉瘤1例并文献回顾

目的 探讨SMARCA4缺失性子宫未分化肉瘤(SDUS)的临床病理特征、诊断、鉴别诊断及预后。方法 收集1例SDUS的临床资料,总结其组织病理学特征,对其进行免疫组织化学染色及分子检测,分析其临床病理特征,并复习相关文献。结果 患者女性,52岁,宫腔内见一最大径11.1 cm占位。镜下见肿瘤由弥漫分布的胞浆嗜酸的细胞组成,肿瘤细胞呈圆形或多边形,核仁明显,黏附性差,部分区域间质呈黏液样变并浸润子宫肌壁内。免疫表型:失表达BRG1,保留表达INI-1,p53野生型表达,vimentin部分表达、错配修复蛋白未见缺失,CKpan、CK8/18均阴性表达。分子检测:SMARCA4基因突变。结果SMARCA4缺失的子宫未分化肉瘤临床罕见,结合临床病理特征、免疫表型、分子特征有助于正确诊断。

SMARCA4突变非小细胞肺癌研究进展

非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是全球发生率和死亡率最高的癌症之一。尽管精准治疗模式下靶向药物及免疫药物的应用改善了患者的预后,但仍有患者无法从中获益,因此探索耐药原因及机制具有重要意义。生存分析发现SMARCA4突变NSCLC患者预后不佳。SMARCA4是SWI/SNF染色体重塑复合物中具有ATP酶活性的核心亚基,SWI/SNF复合体通过改变染色质可及性调控基因转录,影响分化、细胞周期调控等重要细胞活动,被认为具有抑癌作用。本文将综合阐述SMARCA4突变在肿瘤发生发展过程中的作用以及其在NSCLC中的临床病理特点、治疗预后及潜在治疗方案。

子宫颈SWI/SNF缺陷型未分化癌的临床病理分析

目的探讨子宫颈SWI/SNF缺陷型未分化癌的临床病理及分子学特征。方法回顾性分析2例子宫颈SWI/SNF缺陷型未分化癌的临床资料、细胞学涂片、组织学切片、免疫表型和基因检测结果,并复习相关文献。结果患者年龄分别为50岁和51岁,均因阴道不规则出血就诊,高危型HPV检测阴性,子宫颈细胞学涂片显示与基底细胞类似的恶性肿瘤细胞;组织学表现为肿瘤细胞呈片状、梁状浸润性生长,肿瘤细胞小,核质比高,染色质粗,核仁不明显,可见核分裂象及坏死。免疫表型:2例肿瘤均弥漫表达vimentin,局部表达CK8/18,1例缺失表达SMARCA4、SMARCA2,1例缺失表达SMARCA2、保留表达SMARCA4,2例均不表达Syn、CgA、CKpan、CK5/6、p40、S-100、SOX10、CD3、CD20、CD43、MPO、CD34、TDT、desmin和MyoD1;基因检测显示2例均出现SMARCA4基因突变。随访12个月,1例确诊后6个月死亡,1例手术后无瘤生存。结论子宫颈SWI/SNF缺陷型未分化癌为罕见肿瘤,组织学形态与小细胞癌相似,SMARCA4是常见的突变基因,不同病例的分子改变及预后有差异,基因检测对该肿瘤的诊断与预后具有重要价值。

伴SMARCA4缺失的非小细胞肺癌5例临床病理学特征

目的探讨伴SMARCA4缺失的非小细胞肺癌(SMARCA4-deficient non-small lung cancer,SMARCA4-dNSCLC)的临床病理学特征。方法回顾性分析5例SMARCA4-dNSCLC临床资料,肿瘤组织均进行HE、免疫组化染色及分子检测,分析其临床病理特征并复习相关文献。结果5例均为男性,平均发病年龄66岁。5例均有吸烟病史,3例以咳嗽咳痰、痰中带血为首发症状就诊,1例因肺结核病史伴肢体活动障碍就诊,1例为体检发现肺结节。镜下观察肿瘤细胞分化较差,呈实性巢片状分布,部分呈腺样结构,肿瘤细胞胞质丰富,呈嗜酸性或透明样,核染色质空泡状,核仁可见,核分裂象常见。间质可见炎细胞浸润及片状坏死。免疫组化染色示5/5弥漫表达CK(AE1/AE3)和CK7,5/5 BRG1表达缺失,1/5弥漫表达p40和CK5/6,Ki67增殖指数20%~90%,4例行FISH检测均检出SMARCA4基因缺失。5例患者随访2~15个月,3例死亡,2例存活。结论SMARCA4-dNSCLC具有广泛的形态学特征,恶性程度高,治疗复杂,分子检测BRG1缺失有助于诊断,加深对其的认识能帮助临床正确选择治疗策略并准确评估患者预后。

SWI/SNF复合体在胃癌发生和免疫治疗中的研究进展

SWI/SNF复合体为具有调控转录活性的染色质重塑家族之一,在调控机体生理功能稳态发挥重要作用。近年来多项研究表明,SWI/SNF复合体相关基因失调在肿瘤发生发展扮演重要角色,且具有作为肿瘤免疫检查点疗效生物标志物的潜能。因此,文章就近年来SWI/SNF成员与胃癌临床特征、分子机制和免疫治疗等相关研究展开综述,为胃癌诊疗提供新见解。

SMARCA4缺失型鼻腔鼻窦癌1例报道

目的探讨SMARCA4缺失型鼻腔鼻窦癌的临床病理特征、诊断要点、鉴别诊断及预后。方法收集沂水县人民医院诊治的1例SMARCA4缺失型鼻腔鼻窦癌患者临床资料,分析临床病理特征,复习相关文献,并对其治疗及预后进行探讨。结果患者男性,年龄60岁,以鼻塞入院,右侧鼻腔见球形肿物,肿瘤切除病理检查:大部分区域细胞上皮样类圆形,黏附性差,细胞核偏位,胞质弱嗜酸性,可见清晰核仁,少部分区域细胞梭形。肿瘤细胞具有上皮细胞分化CK(AE1/AE3)胞质阳性,SMARCA4/BRG1表达完全缺失,NUT阴性,INI-1表达阳性,SYN阳性,Melan A弱阳性,HMB45阴性,p63阴性,CK5/6阴性,CD56灶阳性,Cg A灶阳性,Vimentin阴性。结论SMARCA4缺失型鼻腔鼻窦癌是一种高度侵袭性恶性肿瘤,患者可能会从免疫治疗中获益。

DPF2基因研究进展

开关/蔗糖-非发酵(switch/sucrose non-fermentable,SWI/SNF)复合体,在哺乳动物中也称为BAF复合体,是腺嘌呤核苷三磷酸(adenosine triphosphate,ATP)依赖性染色质重塑复合物超家族的一个亚家族。BAF45是BAF复合体的组成成员,包括BAF45B(DPF1)、BAF45C(DPF3)、BAF45D(DPF2)以及一个远亲蛋白BAF45A(PHF10)[1]。

SWI/SNF复合体基因突变促进NSCLC细胞在NSI小鼠体内肝转移的研究

背景与目的SWI/SNF复合体(switch/sucrose nonfermentable chromatin-remodeling complex,SWI/SNF)是一种重要的染色质重塑复合物,其亚基变异在多种肿瘤中存在,并与多种肿瘤细胞生物学特征相关。但其基因突变是否参与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)肝转移过程尚不清楚。本研究拟探究SWI/SNF复合体基因突变对NSCLC肝转移的影响及潜在机制。方法我们使用全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES)分析了NSCLC细胞H1299、H23和H460中SWI/SNF复合体基因突变。通过CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)技术构建了ARID1A基因稳定敲除的H1299细胞株,建立了小鼠模型模拟NSCLC肝转移,观察不同基因突变对肝转移的影响。利用RNA-Seq和蛋白印迹分析差异基因的表达,并通过免疫组化技术(immunohistochemistry,IHC)检测了SWI/SNF复合体调控的靶分子在小鼠肝转移灶中的表达。结果WES分析确定了SWI/SNF复合体基因的突变情况。动物实验结果显示SWI/SNF复合体基因突变与免疫缺陷小鼠较高的肝转移率相关。转录组测序和蛋白印迹分析显示SWI/SNF复合体基因突变细胞中ALDH1A1和APOBEC3B表达上调,尤其是ARID1A蛋白缺失的H460和H1299 sgARID1A中ALDH1A1表达水平显著上升。IHC染色亦显示H460和H1299 sgARID1A细胞肝转移灶中ALDH1A1高表达。结论本研究强调了SWI/SNF复合体基因ARID1A和SMARCA4等突变在促进肺癌细胞肝转移中的关键作用。这些基因突变可能通过促进ALDH1A1与APOBEC3B高表达进而发挥肝特异性转移的作用,为深入探究肺癌肝转移分子机制提供了新线索。

SWI/SNF染色质重塑复合体及其与肿瘤病理生理相关性的研究进展

SWI/SNF复合体是具有ATP酶活性的染色质结构重塑复合体,通过调控核小体空间位置、结构的方式产生相应表观遗传学效应。SWI/SNF复合体表观遗传学效应主要涉及细胞增殖、分化及DNA修复等过程,其有序进行密切相关复合体的完整性。体细胞内,累及SWI/SNF复合体编码基因的失能性突变可造成其亚基缺失,并破坏相关细胞生理活动的有序进行。最终,导致多种肿瘤的发生与进展。全基因组测序示,SWI/SNF复合体编码基因失能性突变比例在泛癌组织中达25%,略低于经典抑癌基因TP53编码基因突变率(26%)。SWI/SNF复合体内亚基缺失所产生的促癌效应具有多层次性。在表观遗传学层面,亚基缺失可阻遏SWI/SNF复合体有效拮抗多种癌症相关表观遗传学效应因子,如PRC合体的转录效应。导致细胞去分化或过度增殖。在基因组层面,由于SWI/SNF复合体参与以同源重组修复为主的DNA修复进程,可导致基因组不稳定及癌症相关突变的累积。此外,亚基缺失可转变SWI/SNF复合体功能表观遗传学功能,致使其以“残余”效应促进肿瘤进展。由于SWI/SNF复合体部分亚基在细胞生理功能上存在互补性且密切参与DNA双链修复途径,靶向其特定亚基或使用PARP抑制剂,可产生合成致死效应而有效抑制SWI/SNF复合体缺陷肿瘤进展。部分SWI/SNF复合体缺陷肿瘤,如ARID1A缺陷型,其肿瘤免疫微环境存在显著抑制状态,使其对肿瘤免疫治疗存在良好的敏感性。

SWI/SNF中BAF和PBAF复合物在乳腺癌中的作用

由于人口老龄化、环境恶化和一些不良生活习惯的出现,乳腺癌发病率和致死率位居女性恶性肿瘤的首位。SWI/SNF复合物中BAF和PBAF染色质重塑复合物在转录机制中起至关重要的作用,全基因组测序发现癌症中SWI/SNF复合物发生约20%的突变。文章综述BAF和PBAF复合物与乳腺癌相关研究进展,并讨论各亚基在乳腺癌形成和发展机制中的重要作用。

SRCAP和CEACAM5蛋白水平对结肠癌根治术后复发转移的预测价值

目的探讨Snf2相关CREBBP激活蛋白(SRCAP)和癌胚抗原相关细胞黏附分子5(CEACAM5)蛋白水平对结肠癌根治术后复发转移的预测价值。方法选择2016年12月至2019年12月在同济大学附属杨浦医院接受腹腔镜结肠癌根治术治疗的100例结肠癌患者纳入研究。所有受试者在腹腔镜下采集结肠癌组织及癌旁正常结肠黏膜组织。采用免疫组织化学染色法测定SRCAP和CEACAM5的表达水平。采用电话和门诊复查的方式对患者进行随访,记录复发转移情况并计算无病进展生存率(PFS)。结果结肠癌组织中SRCAP和CEACAM5蛋白阳性表达率分别高于癌旁正常结肠黏膜组织,差异均有统计学意义(P均<0.05)。肿瘤直径≥3 cm、TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期、浸润侵及浆膜层、高分化、有淋巴结转移、有神经侵犯的结肠癌患者组织中SRCAP蛋白的阳性表达率较高,肿瘤直径≥3 cm、TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期、浸润侵及浆膜层、有淋巴结转移、有神经侵犯的结肠癌患者组织中CEACAM5蛋白的阳性表达率较高,差异均有统计学意义(P均<0.05)。SRCAP和CEACAM5蛋白阳性表达者的PFS均低于阴性表达者(P均<0.05)。Cox回归模型分析结果显示,TNM分期、分化程度、淋巴结转移、SRCAP蛋白水平、CEACAM5蛋白水平是结肠癌根治术后复发转移的危险因素(P均<0.05)。ROC曲线分析结果显示,SRCAP蛋白水平预测结肠癌根治术后复发转移的敏感度、特异度、曲线下面积(AUC)分别为76.34%、73.98%和0.723(95%CI:0.702~0.853),CEACAM5蛋白水平预测结肠癌根治术后复发转移的敏感度、特异度、AUC分别为73.08%、71.28%和0.696(95%CI:0.678~0.706),两者联合检测预测结肠癌根治术后复发转移的敏感度、特异度、AUC分别为79.74%、77.72%和0.789(95%CI:0.741~0.832),均高于单项检测(P均<0.05)。结论结肠癌组织中SRCAP和CEACAM5蛋白阳性表达率较高,且SRCAP和CEACAM5蛋白阳性表达者的术后复发转移率较高,其可作为结肠癌根治术后复发转移的预测指标。

胃食管交界部SMARCA4缺陷型未分化癌

目的探讨胃食管交界部SMARCA4缺陷型未分化癌的临床病理特征。方法回顾性分析2例原发于胃食管交界部的SMARCA4缺陷型未分化癌的临床资料、形态学特点及免疫表型特征,并复习相关文献进行讨论。结果2例患者年龄60岁和80岁,均为男性,分别以进行性吞咽困难和上腹部闷痛不适为首发症状。例1伴有同期肝转移,行姑息手术治疗,术后接受多期化疗及靶向治疗,术后8个月肿瘤进展,更改治疗方案,术后11个月肿瘤再次进展,治疗无效死亡。例2行根治性手术后未予其他治疗,术后4个月复查发现肝脏多发转移。镜下肿瘤以失黏附性的横纹肌样细胞弥漫生长,部分区域以间变样大细胞呈黏附性的实性巢状生长。2例肿瘤细胞免疫组化BRG1缺失表达,例1BRM保留表达,且角蛋白及上皮膜抗原阴性,例2伴有BRM缺失表达,但角蛋白及上皮膜抗原部分阳性。结论胃食管交界部SMARCA4缺陷型未分化癌是一类罕见的高度恶性肿瘤,是食管未分化癌的一组特殊亚群,具有独特的临床病理及分子特征,预后差。包括BRG1、BRM在内的SWI/SNF复合体蛋白的缺失表达对本病的诊断和预后有重要作用。

多原发恶性肿瘤合并SWI/SNF复合体缺陷型胃癌1例报告及文献复习

多原发恶性肿瘤合并SWI/SNF复合体缺陷型胃癌的病例报道较少见。本例是由上海交通大学医学院附属仁济医院肿瘤科收治的1例多原发恶性肿瘤合并SWI/SNF复合体缺陷型胃癌的病例,通过分析临床病理特点、诊疗过程等,并结合文献复习,讨论该类肿瘤的发生、病理和免疫组化特征、诊治及预后。该例患者是异时性多原发恶性肿瘤,先确诊早期肺癌,经手术治愈,后确诊为SWI/SNF复合体缺陷型胃癌,合并ARID1A突变及TMB-H,经化疗联合免疫治疗效果不佳,总生存期13月。本报道旨在提高对多原发恶性肿瘤合并SWI/SNF复合体缺陷型胃癌的认知及诊治水平,改善患者的生存预后。