Establishment of environmental specimen bank in Shanghai

The program of the Shanghai Environmental Specimen Bank (SESB) has been established recently and its current status is briefly described. Typical specimen such as water and sediment of Suzhou creek, city particulate matter are collected and some results which have been obtained during the long term permanent operation of this project since 1998 are presented. Moreover, further aspects of environmental data evaluation and assessment are discussed.

中国研究型医院生物样本库建设与管理安全规范

生物样本资源是生物科学研究和医学发展的基石,更是重要的国家战略性资源。作为规范化保藏与管理生物样本及其相关信息资源的机构,生物样本库亟需建立标准化的安全管理体系,以保障生物样本资源的高质量和安全。中国研究型医院学会临床数据与样本资源库专业委员会经过充分讨论,从生物样本安全和生物样本库安全的双重视角出发,对当前生物样本库建设与管理中的安全规范问题达成共识。

临床生物样本库建设的思考

通过相关文献分析,结合工作实践经验探讨国内临床生物样本库的发展现状及存在问题。根据目前我国在临床生物样本库建设中存在的问题,建议样本库的建设应提升内涵、完善容灾备份机制、注重人才培养,以加快推进标准化进程,构建资源汇交平台、实现资源共享和临床生物样本库可持续发展。加强临床生物样本库建设,可为科学研究提供高质量的临床生物样本,有利于促进转化医学和精准医疗发展,助力健康中国战略和生物经济发展。

项目牵引的医疗机构生物样本库管理模式探讨

目的通过引入项目牵引的管理模式对生物样本库建设进行探讨,总结以项目为牵引的生物样本库建设模式特点,并评价验证有效性。方法综合项目牵引法、问卷调查法,进行模式分析、方案设计与试点,获取项目周期内样本库质控数据、入库、出库运行数据指标,课题申请、论文发表、专利授权、标准规范指标进行效果评价。结果2019年医院建设完成综合性临床资源生物样本库并投入使用,通过项目牵引法的方式,遴选医院优势疾病、特色疾病建立专病样本库。经3年建设,所有以项目为牵引的生物样本库建设项目均制定专病标准作业程序(SOP),信息系统建设情况符合要求、质控达标率100%。提供各类优势和特色病种样本规范入库患者32782例,产生样本208927份;出库患者8099例,产生样本14007份;样本库研究立项133项,发表文章158篇、申请专利53件、临床诊疗标准20项。结论通过项目牵引法的方式,遴选医院优势和特色疾病建立专病样本库,发挥了院级样本库的一体化和标准化管理优势、解决了临床学科参与建设的动力问题、保证了样本质量和全流程的规范性。基于专病样本库出库应用后衍生出的研究数据,支撑了纵向科研课题申请、论文发表、专利授权、标准规范建立等,为医院人才培养和学科建设提供了重要资源。

上海环境样本库的建立和发展

报道了上海环境样本库的建立和当前状况。根据研究计划 ,已完成第一批典型生态环境样品即苏州河水样、底泥和大气飘尘样品的采集、处理、分析、长期低温储存 ,并对这些样本的特性测定结果进行了初步评价和讨论。

科研型肝癌肝移植临床标本库的建立及意义

背景:建立规范化的肝癌肝移植临床样本库可为开展相关领域研究提供资源平台,是进行科学研究的先决条件。目的:初步建立科研型肝癌肝移植临床标本库,研究并制定规范化的肝癌肝移植标本采集、处理、保存操作流程,建立完善、全面的肝癌肝癌肝移植标本信息化管理系统。方法:鉴国内外标本库建立的标准化程序,制定肝癌肝移植标本库操作流程及质量控制体系,规范化收集、处理及保存肝癌肝移植受者的肿瘤组织及血液标本,同时收集良性肝病肝移植受者及健康供者的肝组织及血液标本作为研究对照。对所收集的标本及相关临床资料信息进行系统化管理。结果与结论:自2009年8月肝癌肝移植标本库收集有完整临床资料的501例肝移植供、受者组织及血液标本,其中肝癌标本203例,良性肝病标本214例,健康供肝标本84例。肝癌标本包括肿瘤组织、癌旁组织及远端非癌组织标本,共计1 773份;随机抽取45例标本进行质量监测,显示所收集的标本质量较好,开发了规范化的标本信息资料计算机管理系统。实验初步建立了具有一定规模的科研型肝癌肝移植标本库,有利于提高标本的质量,可操作性较好。

中国森林植物病害信息管理系统的建立

以VisualBasic6.0编程及Access数据库为技术支持,采用ADO数据访问技术,SQL语言查询技术和智能化技术,依据近几十年来我国森林中发生普遍而严重的病害以及中国林业科学研究院森林植物病害标本为数据库源,建立了中国森林植物病害信息管理系统。系统的数据库结构包括标本信息库(42字段),森林植物病害信息库(39字段),用户信息库(4字段)。该信息管理系统不仅具有对数据库的管理功能,而且具有对普通用户的服务功能。为了保证系统的安全和维护,设计了高级用户和普通用户,高级用户授权了对数据库的全方位维护。系统能对中国林业科学研究院森林植物病害标本库进行管理,同时也可对全国现有森林植物病害信息进行管理。系统具有良好的服务功能,主要表现在友好界面、精确查询和模糊查询方面。该系统为林业工作者提供了丰富详细的森林病害信息,在林业系统内具有广阔的应用前景。

环境样品库的建设与管理

介绍了瑞典环境样品库的特色管理经验,包括对内分工明确、对外合作密切、长期监测与特色研究项目相结合、重视数据的管理与积累、坚持对外开放等,并由此对新建长江环境样品库的运行管理,提出了明确定位、细致规划、加强队伍建设和对外合作、坚持长期监测与特色研究相结合、加强环保展示教育等几点重要建议。

广西肝癌高危人群队列和高发家系样本数据库的建立

目的建立肝癌高危人群队列和高发家系的血样本库和基础资料数据库。方法在广西肝癌高发现场,选择肝癌高发年龄段常住居民进行防癌筛查和流行病学调查,其中HBsAg阳性的对象列为肝癌高危人群队列,对其定期随访和复查;根据基于人群的肿瘤登记资料和临床流行病学资料,选取肝癌高发家系并匹配相应对照家系。对所有研究对象均采集早晨空腹静脉血,进行HBsAg等生化指标检测和腹部B超检查;分离其血清、血浆和有核细胞,置于-80℃保存。所有资料按要求进行质控,并录入数据库。结果已收集了30 000多人次的血清、血浆和有核细胞及其基础资料,并妥善保存和实行计算机动态管理。结论建立该样本数据库,为下一步开展更深层次、高水平和高质量的广西区域性高发肿瘤基础研究、现场防控与临床研究,搭建了资源共享平台;探索和建立了一个具有先进性、科学性以及通用性等优点的数据管理系统,逐步实现了样本和资料的科学有效管理。

大肠癌组织库建立及质量控制的经验

目的建立规范的大肠癌组织库,收集高质量的标本应用于肿瘤研究。方法 筹备建立组织库所需资金并通过伦理委员会同意,建立标本收集、储存的标准操作流程;收集临床患者的术后病灶标本并冷冻储存;对组织库及标本进行严格的质量控制。结果 本研究建立了标准的组织库操作流程;建库1年收集大肠癌患者组织标本587个、血浆标本549个;随机选取样本的质量检测显示样本DNA、RNA为高质量,癌组织中肿瘤细胞比例>80.0%;标本临床资料完整。结论 质量控制显示收集的冰冻大肠癌组织其分子质量可靠,并有完整的病例临床资料,可充分满足研究的需要。

新疆肿瘤资源库样本质量控制体系建立

目的：建立新疆肿瘤样本资源库质量控制体系。方法肿瘤标本收集、处理、保存按照《生物样本库最佳实践2012》第3版执行。标本每年进行1次质量检测，从标本库中按照1％比例随机抽取35例标本进行病理质检，确认取材部位与病理诊断符合情况；按照2％比例随机取样，2 a 检测标本120例，进行 RNA、DNA 和蛋白质分析。结果受检样本肿瘤部分均＞86％，坏死组织面积均＜10％，与术后病理检查结果复合率达97．1％。样本蛋白质和 DNA 无明显降解；RNA 电泳结果显示28 s 条带亮度为18 s 的1．5～2．0倍，标本 RNA 质控合格率为88．4％。结论新疆肿瘤标本资源库中的标本质量良好，可满足研究要求。

昆虫标本图片库系统的设计与应用

昆虫种类繁多,数量巨大,给昆虫实验室的标本管理工作带来了很大的不便。为了提高管理水平,保护实物标本,需对昆虫标本进行数字化管理。通过数码相机、摄像头、扫描仪、互联网等手段获取图片,利用Vistual Basic 6.0开发工具和Access 2003数据库软件建立昆虫标本图片库系统。该系统不但具有输入图片、浏览图片、查找图片的功能,还能调用数码相机、摄像头、扫描仪,能够从这些数码设备中获取图片,可以导入到图片库中。该系统既可用于科研,又可用于教学,既方便了科研人员查找相关标本图片,又满足了教师在上课时演示昆虫标本,具有广阔的应用前景。

自然沉降法分离抗凝全血建立生物样本库的特点

目的：评估用自然沉降法分离EDTA抗凝外周静脉全血（抗凝全血）建立血浆、白细胞、基因组DNA生物样本库的特点.方法：采集符合纳入标准的29名志愿者抗凝全血,进行血常规检测作为对照组;然后将抗凝全血分装到4支EP管中,每支1 mL,分为0.5、1、2、3 h 4个试验组,于室温静置自然沉降0.5、1、2、3 h后吸取血浆层,测量其体积,检测血浆层中白细胞总数及中性粒细胞、淋巴细胞的百分比;将含有白细胞的血浆层离心后,分装为无细胞血浆管和白细胞沉淀管,用部分白细胞提取DNA,建立血浆、白细胞、DNA 3种生物样本库.结果：0.5 h组血浆体积（241.72±101.52）μL显著低于1 h组（317.24±97.50）μL、2 h组（371.03±91.66）μL和3 h组（408.97±97.43）μL,P〈0.05.1 h组血浆体积显著低于2 h组和3 h组,P〈0.05;2 h组显著低于3 h组,P〈0.05.0.5 h组白细胞总数[（2.50×106）±（1.48×106）]显著高于2 h组[（1.47×106）±（7.19×105） ]和3 h组[（1.21×106）±（7.41×105）]的白细胞总数,P〈0.05,与1 h组[（2.29×106）±（1.17×106）]比较差异无统计学意义,P〉0.05;1 h组显著高于2 h和3 h组,P〈0.05;2 h组与3 h组差异无统计学意义,P〉0.05.4个试验组白细胞总数均显著低于对照组.中性粒细胞百分比：0.5 h组（54.14%±11.65%）显著高于1、2、3 h组（46.66%±12.70%,39.17%±12.33%,43.25%±14.54%）,P〈0.05,显著低于对照组（60.53%±8.46%）,P〈0.05;1 h组显著高于2 h组,P〉0.05; 1 h组与3 h组比较差异无统计学意义,P〉0.05;3 h组与1 h、2 h组比较差异无统计学意义,P〉0.05.淋巴细胞百分比：0.5 h组（35.09%±10.84%）显著低于1、2、3 h组（41.48%±12.20%、47.96%±12.27%、45.50%±13.71%）,显著高于对照组（30.98%±7.33%）,P〈0.05;1 h组显著高于对照组、0.5 h组,显著低于2 h、3 h组,P〈0.05;2 h组显著高于对照组、0.5 h、1 h组,P〈0.05,与3 h组之间差异无统计学意义,P〉0.05.结论：抗凝全血自然沉降法是一种无化学试剂干扰、低物理因素影响、低消耗、操作简单的分离白细胞血浆层的方法;0.5~1 h是抗凝全血自然沉降获取含白细胞血浆层的最佳时间段;利用一份抗凝全血可以分离出血浆、白细胞和DNA 3种生物样本,建立3种生物样本库.

人脑胶质瘤标本库的初步建立与管理

目的建立脑胶质瘤标本库,充分保护和合理应用胶质瘤标本,为胶质瘤的临床及科研提供肿瘤标本。方法收集脑胶质瘤患者手术前静脉血、获取新鲜肿瘤组织标本和部分正常脑组织标本,分别提取血液及组织标本中DNA、RNA以及蛋白,贮存于-196℃液氮罐中,记录每例患者流行病学特点及病理诊断,术后6个月开始进行随访。结果全血及组织中提取的基因组DNA、组织标本中提取的总RNA其OD260/280比值都在1.8～2.1之间、所提取蛋白经二辛可酸法蛋白定量检测均能够满足胶质瘤分子生物学研究的需要。结论脑胶质瘤标本库的初步建立,形成了一套系统的、可行的胶质瘤标本库的建设及管理方法,可为胶质瘤的分子生物学研究提供标本和相关资料来源。

多资料整合下的病理标本库建立

病理学是一门以实验为基础的形态学学科,大体标本是医学生获取病理知识的重要载体。传统标本信息孤立、颜色失真等不足严重影响了病理教学效果。建立多资料整合下的病理标本库能还原标本原色,减少甲醛标本对师生的健康伤害和环境污染,同时,丰富了标本资料,有利于学生系统掌握病理学基本知识,提升了教学效果。

加强组织学标本库建设与管理 深化实验教学改革

加强组织学标本库建设与管理,为深化形态学实验教学改革奠定良好基础。我们从组织切片玻片标本库建设着手加强组织学标本库建设;针对不同层次的学生配置玻片标本,制定实验考核评价体系;将数字切片应用于多媒体课件制作和网络课程建设以及实验考核评价。组织学标本库的建设和合理应用满足了不同层次学生的需求,对提高形态学实验教学质量,促进医学生综合素质全面、和谐地发展发挥重要作用。

形态学组织混合切片标本库建设与应用

目的:通过形态学组织混合切片标本库建设,提高形态学实验教学水平,促进学生掌握形态学知识,提高辨识标本的能力。方法:按照课程要求,取器官固定后,将上皮组织、软骨、结缔组织、脂肪组织、肌组织等组织分离出来,混合包埋制成只含有基本组织的混合标本。取不同器官制成以器官为主体的混合标本。结果:制作完成混合标本7套600余张,分为综合性实验标本和实验考试用标本。结论:实验考试标本库的建立使得对学生实践能力的评价更为全面、公正客观。混合标本库的应用丰富了学生的学习资源,提高了学生的学习效率和辨识标本的正确率。

多发性骨髓瘤分子生物学标本资料库的建立和管理

目的:建立多发性骨髓瘤分子生物学标本资料库,并探讨分子生物学研究中标本的采集、运送、保存和质量控制,以及标本库的信息化管理等相关问题。方法:收集多发性骨髓瘤患者骨髓标本及外周血标本。骨髓标本分离单个核细胞后进行磁珠分选浆细胞,分选所得的浆细胞分为2份,1份加适量TRIzol,编号后于-80℃低温冷冻保存用于后续RNA提取。另1份加适量小牛血清细胞冻存液,编号后于-80℃低温冷冻保存用于后续DNA提取;外周血标本分离血清、血浆,编号于-80℃低温冷冻保存。同时建立多发性骨髓瘤患者标本库的信息管理系统,实行专人管理并在使用过程中不断修改完善,以便于快速、有效的收集管理、查询及调用标本及临床资料数据。结果:已收集多发性骨髓瘤患者不同时期的浆细胞共244份,血清共564份,血浆1 005份。对所收集标本的临床资料及检查结果整理后归档管理。结论:初步建立了具有一定数量的多发性骨髓瘤分子生物学标本库,以保存骨髓分选的浆细胞为特色,为今后相关的多发性骨髓瘤分子生物学研究提供服务平台。

病虫害数字化标本库的实现技术

通过将Access数据库和ASP脚本语言结合起来,构建出简单实用的病虫害数字化标本库,得出了一整套建库的便捷方法:建库步骤为病虫害图像采集处理、病虫害信息数据库设计、网络查询前端页面设计以及网络数据库访问等;建库关键技术环节为采用Access来存储病虫害信息数据、使用表单制作用户查询搜索框、采用ASP实现数据库连接及查询。

新疆维吾尔族抑郁症基因样本库的初步建立及应用

目的初步建立标准的新疆维吾尔族抑郁症DNA样品库,并进行TPH-2基因多态性的研究。方法收集2010年1月-2013年1月于新疆医科大学第一附属医院精神科及新疆其他精神病院治疗的800例维吾尔族抑郁症患者的一般人口学资料、临床信息及DNA样本。DNA样品经质量控制后,保存于新疆医科大学第一附属医院重大疾病资源标本库,并建立与之一一对应的临床资料数据库,进行危险因素的评估。采用DNA直接测序法进行TPH-2基因多态性与抑郁症自杀倾向的关联性研究。结果 (1)初步应用DNA样品库后发现rs7305115位点中基因型成功测定率为99.6%。(2)不同文化程度、职业的患者HAMD-17评分差异均有统计学意义(P均<0.05);(3)基因型A/A、A/G、G/G的HAMD-17评分差异无统计学意义(P>0.05);(4)无自杀倾向组和有自杀倾向组间rs7305115位点等位基因与基因型分布频率差异无统计学意义(P>0.05)。结论初步建立了标准的新疆维吾尔族抑郁症DNA样品库,文化程度和职业可影响疾病的严重程度,未发现TPH-2基因与抑郁症自杀倾向存在明显关联。