随机单链DNA文库SELEX筛选寡核苷酸适配子方法的建立

指数富集配基的系统进化 (SELEX)技术是一种新的组合化学技术 .体外构建了一个长度为 81nt、含有35个随机序列的单链DNA (ssDNA)文库 ,优化了ssDNA文库扩增为双链DNA (dsDNA)文库的PCR反应条件 .通过对比不对称PCR和生物素 -链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA文库的效果 ,确定了以生物素 -链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA .由于脱氧核糖核酸的疏水性导致ssDNA文库与硝酸纤维素滤膜的结合背景过高 ,因此选择以微孔板为介质 ,分离与靶蛋白结合的适配子 .经过 9轮循环筛选 ,随机ssDNA文库与丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白 (C蛋白 )的结合率从 0 . 5 %上升到 32 . 5 % .

筛选环孢霉素A适体的SELEX技术的建立(英文)

体外合成一个全长78个核苷酸,中间含35个随机序列的随机单链寡核苷酸序列(ssDNA)文库,运用指数富集的配体系统进化(SELEX)技术,以环孢霉素A(CsA)为靶目标,以磁珠作为筛选介质,利用生物素-链酶抗生物素-辣根过氧化物酶系统,检测每轮ssDNA文库与CsA的亲和力,筛选并鉴定CsA特异性的适体.经过11轮的筛选,ssDNA文库与CsA的亲和力呈上升趋势.将第10轮筛选产物克隆测序并运用相关软件进行一级结构和二级结构分析.随机挑选的19个克隆适体,根据一级结构的同源性可分为5个家族,二级结构预测以茎环(发夹)为主,这可能是适体与CsA作用的部位.CsA特异性的适体将用于酶联法、免疫荧光法等对CsA进行检测.

采用毛细管电泳技术筛选特异识别蓖麻毒素适配子的研究

采用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得特异识别蓖麻毒素靶分子的适配子.将毛细管电泳技术作为分离手段引入到SELEX筛选中,利用毛细管电泳高效的分离能力使得筛选周期大大缩短.酶联免疫和斑点杂交实验结果表明,仅经4轮筛选即可获得特异识别蓖麻毒素蛋白的寡核苷酸适配子.

两种富集方法相结合对蓖麻毒素进行SELEX筛选研究

为了获得能特异识别具有细胞毒性的蓖麻毒素蛋白寡核苷酸适配子 ,体外构建了含 4 0个随机序列全长 87nt的随机ssDNA文库 ,采用指数富集配基的系统进化 (SELEX)技术方法 ,结合微孔板和亲和树脂两种分离、富集方法 ,经过数轮筛选 ,文库与蓖麻毒素的结合率达到了 38.5 %。结果表明 ,以亲和树脂为分离介质进行筛选 。

毛细管电泳法评价细胞色素c与单链脱氧核糖核酸库的相互作用

以细胞色素c(Cyt c)为碱性蛋白质模型,建立了毛细管电泳评价Cyt c与3种不同链长的单链脱氧核糖核酸(ssDNA)库相互作用的评价方法,研究了离子强度对Cyt c与ssDNA库相互作用的影响。比较了Cyt c与含有20、40和60个随机碱基序列的3种不同链长的ssDNA库的作用及基于未涂层毛细管和涂层毛细管的毛细管区带电泳方法。因碱性蛋白质在未涂层毛细管管壁上存在吸附,因此利用未涂层毛细管区带电泳不能区别3种ssDNA库与其作用的差异。利用涂层毛细管电泳法,在压力辅助的反向电压下,根据游离ssDNA库的峰面积变化可比较3种ssDNA库与细胞色素c的相互作用差异。结果表明,含有20个随机寡核苷酸链长的ssDNA库与Cty c的作用最强。此外,NaCl浓度显著影响Cyt c与ssDNA60库的作用。在优化的实验条件下,0.02 mol/L NaCl有利于两者的相互作用。调节盐浓度可抑制非特异性静电作用,能提高碱性蛋白质适配体的单轮筛选效率。利用未涂层毛细管电泳分析复合物及游离ssDNA库的峰面积变化,可优化有利复合物形成的盐浓度。

用SELEX技术筛选环孢霉素A适体

目的:运用指数富集的配体系统进化(SELEX)技术筛选并鉴定环孢霉素A(CsA)特异性适体。方法:合成全长78个核苷酸中间含35个随机序列的随机单链DNA(ssDNA)文库,通过SELEX方法,以CsA为靶标、磁珠为筛选介质,利用生物素-链亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮ssDNA文库与CsA的亲和力,筛选针对CsA的适体,将最后一轮筛选产物克隆测序,并运用相关软件进行一级结构和二级结构分析。结果:经过10轮筛选,ssDNA文库与CsA的亲和力呈上升趋势,随机挑选的19个克隆适体根据一级结构的同源性可分为5个家族,二级结构预测以茎环(发夹)为主。结论:通过改良SELEX方法筛选得到了CsA特异性的适体。