汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒 84 FL i株的全 M片段基因序列 ,了解其分子基础 .方法 采用反转录 -聚合酶链反应 (RT- PCR) ,分节段扩增 M基因片段的 c DNA,直接用 PCR产物或克隆入 p MD18- T载体后进行测序 .结果 84 FL i株的全 M基因序列组成为 :M片段基因共由 36 16个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A 30 .92 % ,C 18.0 3% ,G 2 1.18% ,T 2 9.87% . GC含量为39.2 1% ,AT含量为 6 0 .79% .最大开放读码框为 4 1～ 344 8,共编码 1135个氨基酸 .核苷酸序列同源性分析表明 84 FL i株与 HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性 ,其中与中国株的同源性较高 ,与 HV114株的同源性为 85 .5 % .与HTNV的国际标准毒株 76 - 118的核苷酸同源性分别为84 .0 % ,氨基酸的同源性为 96 .0 % .结论 84 FL i株属于汉滩型病毒 。

汉滩病毒西安分离株84FLi的L片段核苷酸序列测定以及分析

采用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR) ,分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA ,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入 pND18 T载体中进行测序。结果表明 ,84FLi株的L片段cDNA由 6 5 33个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A33.39% ,C16 .4 3% ,G2 0 .74 % ,T2 9.4 4 %。GC含量为 37.17% ,AT含量为6 2 .83%。推导出的最大开放读码框架为从 38到 6 4 93,共编码 2 15 1个氨基酸。序列同源性分析表明 ,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株 76 118的同源性为 83.7% ,差异性为 18.8% ;而与中国株A9的同源性高达 97.6 % ,差异性仅为 2 .4 %。与SEO型代表Seoul80 39的同源性为 75 .2 % ,6 6 .1%～ 6 6 .5 %。L片段的氨基酸比较分析表明 ,L片段与HTN型间的同源性为 97.5 %～ 98.0 % ,而与SEO型的同源性为 83.5 %～ 85 .5 %。与PUC、TUL、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为 6 8.6 %～ 6 9.6 %。结果表明 84FLi株属于HTN型 。