2016年我国部分地区类NADC30新亚群猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传变异分析

为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在我国新的流行特点，本研究根据GenBank中美国2012年提交的PRRSV NADC30株全基因组序列设计合成8对引物，通过RT-PCR的方法对本实验室2016年从4个省搜集的临床样品中检测到的15株类NADC30 PRRSVs株进行了全基因组测序，并且结合参考株进行了序列分析。NSP2推导氨基酸的序列比对表明，15株PRRSVs均具有aa323～aa433＋aa484＋aa505～aa523 （111＋1＋19） 131个氨基酸缺失的分子特征；经RDP4和Simplot生物学软件分析表明，15株PRRSVs中14株为重组病毒株，参与重组的亲本病毒株为PRRSV NADC30株，提供重组基因片段的病毒株为HP-PRRSV或以VR2332为代表的经典PRRSV株，这些类NADC30重组病毒株的重组位置、重组的基因片段及重组片段长度均具有多样性，而且重组的位置多位于编码非结构蛋白或次要结构蛋白的基因区域；全基因组遗传演化分析表明，这些病毒株远离国内之前流行的HP-PRRSV，同源性仅为83.4 %～87.2 %，而与其它的类NADC30病毒株位于一个相对独立的分支，以上结果均表明这类病毒株已形成了一个新的亚群，命名为5亚群。本研究中不同地区PRRSV的核苷酸同源性差异较大，仅为88.6 %～99.6 %，并且只有2个病毒株可以感染PAM和MARC-145细胞。本研究表明，以基因缺失和基因重组多样性为主要特征的5亚群PRRSV已在我国流行，其生物学特性有待进一步研究。