霍乱弧菌毒素协同调节菌毛基因tcpA的克隆及序列分析

目的 以新疆分离 0 13 9霍乱弧菌XJ93 0 0 6株的DNA为模板 ,自行设计引物克隆毒素协同调节菌毛亚单位A(tcpA)基因 (包括侧序列 )并构建重组载体。方法 以 0 13 9霍乱弧菌新疆分离株XJ93 0 0 6基因组DNA作为模板 ;根据O1群E1Tor型霍乱弧菌N16961全基因组序列设计tcpAPCR引物 ,高保真酶扩增tcpA片段 :限制性内切酶切PCR产物和pNEB193空质粒 ,T4DNA连接酶连接酶切产物 ,重组质粒转化大肠杆菌TB1工程菌 ,蓝白斑菌落试验筛选阳性克隆 ;提取质粒经酶切鉴定后测序并利用生物信息数据库对该序列进行序列分析 ,比较。结果 DNA限制性内切酶可从重组质粒pNEB193_tcpA的EcoRⅠ和SalⅠ位点之间切出一个10 3 7bp的DNA片段 ,测序结果与O1群E1Tor型霍乱弧菌N16961、O13 9霍乱弧菌标准株M0 45的tcpA同源性均达到 99 9%以上。结论 成功构建O13 9霍乱弧菌新疆分离株XJ93 0 0 6毒素协同调节菌毛亚单位A(tcpA)基因的重组质粒pNEB193_tcpA ;序列分析表明霍乱弧菌毒素协同调节菌毛亚单位A(tcpA)基因在O1群EITor型霍乱弧菌和O13 9霍乱弧菌中是一类高度保守的原核基因 ,可作为霍乱弧菌疫苗的候选基因。另外为研究O13

霍乱弧菌TcpA蛋白的表达及其免疫活性分析

采用PCR方法从鱼源霍乱弧菌Y1株(Vibrio cholerae Y1)扩增毒素共调菌毛蛋白A(toxin-coregulated pilin A,TcpA)基因并克隆至pMD18-T载体。序列分析显示tcpA基因ORF长675 bp,编码224个氨基酸(GenBank登录号EU649677)。同源性比对发现,该基因与GenBank中登录的7个霍乱弧菌参考株相应基因序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性均很高,分别为99.6%～99.7%和98.7%～99.1%,表明TcpA蛋白相当保守。将tcpA基因亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,并进行IPTG诱导表达,SDS-PAGE分析发现分子量约为47.0 kD的重组TcpA融合蛋白主要以包涵体形式表达。Western blot检测结果显示,重组TcpA融合蛋白可与鼠抗Vc Y1菌株菌毛蛋白抗血清发生特异性结合反应。用纯化的重组TcpA融合蛋白免疫草鱼(Ctenopharyngodon idellus)制备抗血清,双相免疫扩散试验检测抗体效价达1∶16,且该抗血清能够明显抑制Vc Y1菌株对HEp-2细胞的黏附。草鱼免疫后第25天用Vc Y1菌株攻毒,结果相对免疫保护率达到73.33%。研究结果表明,重组TcpA蛋白仍保留着天然菌毛蛋白的免疫原性、免疫反应性和免疫保护性,重组TcpA蛋白可作为霍乱弧菌的候选诊断抗原和疫苗抗原。

6种蛋白质构建的预测模型在结直肠癌预后预测中的作用:基于TCPA数据库

目的通过生物信息学方法,分析多种蛋白质联合预测结直肠癌(CRC)预后的作用及潜在的分子机制。方法从癌症蛋白质组图集(TCPA)数据库下载CRC蛋白质表达数据及临床数据,应用Perl及R软件对数据进行整理后筛选出预后相关的蛋白质;进一步通过多因素Cox分析筛选出可作为CRC预后独立风险因子的蛋白质并据此构建预测模型。对模型中每一个蛋白质及模型风险评分进行生存分析,并对风险评分与患者生存状态绘制风险曲线验证预测模型对预后的预测作用。独立预后分析及ROC分析可反映预测模型在预后预测中的价值及优势。对模型蛋白质与CRC所有的相关蛋白质进行相互作用分析并在mRNA水平分析关键蛋白相关基因的差异表达。结果通过单因素及多因素Cox分析筛选出了6个蛋白质用于预测模型的构建;生存分析发现与单个基因相比,预测模型表现出更强大的预后价值。单因素及多因素独立预后分析均提示预测模型风险评分与预后显著相关(P<0.001),预测模型可作为评估患者预后的独立风险因子;ROC分析显示预测模型在预后预测中表现出更加稳定的特异性和灵敏度(AUC=0.734)。蛋白质相互作用关系显示,蛋白质BID、SLC1A5及SRC_pY527与其他蛋白质表现出较明显的相关性(P<0.001),蛋白质SLC1A5及SRC_pY527与其他CRC相关的蛋白质间的相互作用最显著(SLC1A5与11种蛋白质间存在显著相关性;SRC_pY527与12种蛋白质间存在显著相关性,P<0.001);除INPP4B外,各蛋白相关基因在mRNA水平均呈差异表达(P<0.05)。结论6种蛋白质构建的预测模型对CRC具有较好的预后预测作用,同时蛋白质SLC1A5及SRC_pY527在CRC的预后中起关键的作用,尤其是蛋白质SRC_pY527可能通过SRC/AKT/MAPK信号轴调节CRC的发生发展并有望为CRC的治疗提供新的靶标。

霍乱弧菌4种新类型tcpA基因发现及序列分析

目的研究中国霍乱弧菌(VC)毒力协同调节菌毛A亚单位基因(tcpA)的多态性.方法分别进行聚合酶链反应及限制性片段长度多态性分析、型特异引物PCR分型、基因测序及序列分析.结果 200株O1群埃尔托型(EVC)产毒株和100株O139群VC产毒株的tcpA基因均与EVC国际标准株N16961株为同一类型(t2型).50株EVC非产毒株中只有3株携带tcpA基因,1株为t2型,另2株为2种新类型.20株O139群VC非产毒株均不携带tcpA基因.20株非O1非O139群VC中只有2株携带tcpA基因,且为2种新类型.4种新类型tcpA基因与国外发现的4种类型比较,基因序列及推测的氨基酸序列同源性分别为58.3%～77.5%和61.0%～85.5%;5′端约102bp基因序列基本一致,推测的氨基酸序列完全一致;3′端约210bp基因序列变异最大,推测的氨基酸序列变异也最大.抗原表位分析,C末端差异最大.结论建立快速准确区分不同类型tcpA基因的方法,并发现4种新类型.

基于TCPA数据库的结直肠癌预后相关蛋白预后模型的建立与应用

目的利用TCPA数据库建立预测结直肠癌预后的蛋白预后模型,分析蛋白预后模型与结直肠癌各临床病理特征之间的关系。方法通过R语言软件筛选出TCPA数据库中结直肠癌样本及正常样本中差异表达的蛋白质,进一步利用COX比例风险回归模型筛选和建立多蛋白预后模型,计算预后评分。根据预后评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,利用Kaplan-Meier生存曲线分析高风险组及低风险组生存差异。将临床病理因素和预后评分因素纳入COX回归模型分析结直肠癌患者的生存影响因素。根据临床病理因素与结直肠癌相关蛋白预后模型预后评分的相关性,验证多蛋白模型对结直肠癌患者中的预后价值。结果共筛选出7个差异蛋白(BIM,SRC,BID,CYCLIND,SRC_pY527,IGFBP2,INPP4B)建立结直肠癌相关蛋白预后模型。Kaplan-Meier生存分析证实,在结直肠癌患者中,预后评分低风险的患者总体生存率明显升高,差异有统计学意义(P<0.001)。COX回归分析显示,结直肠癌预后相关蛋白预后模型是结直肠癌患者预后的独立影响因素(P<0.01)。结论结直肠癌预后相关蛋白预后模型可用于预测结直肠癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。

霍乱弧菌O139和El Tor菌株tcpA分子特征的研究

[目的]从霍乱弧菌XJ93006、MO45、XJ89079中克隆毒素协同调节菌毛亚单位A(tcpA)基因(包括侧序列)并测序比较。[方法]PCR扩增tcpA片段;克隆该片段;提取质粒经鉴定后测序并利用DNAMAN对该序列进行序列分析,比较。[结果]成功构建XJ93006、MO45、XJ89079 tcpA基因的重组质粒。三株霍乱弧菌及与N16961 tcpA基因及其两侧核酸序列同源性XJ89079和N16961为100%,XJ93006和XJ89079为99.8%,XJ93006和MO45为99.5%,XJ89079和MO45为99.7%。[结论]该研究初步认为我国新疆VC O139与本地EVC关系密切。

对遇局面避碰过程中DCPA及TCPA的变化

对遇碰撞是航行安全问题中最危险的问题之一.为了研究对遇局面避碰过程中DCPA(最小会遇距离)与TCPA(最小会遇时间)值变化的含义,提高航海安全.通过进行模拟实验的方法,以集装箱船为例,具体地描述了避碰过程中TCPA和DCPA值的变化情况.实验结果表明,由于船长操纵习惯的不同,会导致DCPA和TCPA值不同.同时,给出了各船舶应在何种DCPA和TCPA值进行避碰和返航的建议值.

正横前交叉相遇局面让路船减速时TCPA及DCPA的变化规律分析

与正横前来船构成交叉相遇时 ,如让路船采取单用减速的措施 ,则随着减速幅度大小的变化 ,TCPA(最近会遇时间 )和 DCPA(最近会遇距离 )也按一定规律变化 ,文中结合数学推导 ,分析了两者的变化规律 ,从而为驾驶员确立最佳避让措施提供依据 .

基于TCPA教学模式的生态环境规划课程教学改革实践与分析

由于生态环境规划课程涉及内容复杂、知识交互性和系统性强,学习难度较大;加之可用的教材数量少、内容老化,已不符合当前环境规划类高等教育的需求。此外,还易出现教学模式单一和忽视实践教学的问题,从而影响学生的积极性和学习效果。在分析生态环境规划课程教学存在问题的基础上,利用“理论-案例-实践-评价”(TCPA)教学模式,对课程教学内容和方式进行了调整优化,以增强学生主体角色,并对教改效果进行了评估,分析TCPA教学模式对于生态环境规划课程教学的适用性,以期探索更加有效的课程教学方法,提高教学质量。

对“对遇局面”中 TCPA 的分析

就“对遇局面”中的两船采取转向避让行动后，其到达最近会遇点的时间（ＴＣＰＡ）提前或推迟问题进行了分析，探讨了ＴＣＰＡ的变化规律。

对“对遇局面”中TCPA的分析

此文就“对遇局面”中的两船采取转向避让行动后,其到达最近会遇点的时间(TCPA)提前或推迟问题进行了分析,探讨了TCPA的变化规律.

航海模拟器中DCPA TCPA的算法

介绍ＤＣＰＡ，ＴＣＰＡ含义并给出不同坐标系间船舶状态的相互转换关系．在此基础上提出一种通用快速求解ＤＣＰＡ，ＴＣＰＡ的算法模型．该算法已应用于航海模拟器中。

航海中DCPA和TCPA量符号的规范用法

根据量符号使用的一般规定,以航海学科中DCPA和TCPA量符号为例,指出使用中存在的问题,给出了规范用法.

“TCPA”教学模式下的景观生态规划课程教学研究

景观生态规划是景观设计学科未来的重要研究方向,随着景观设计对象和设计类型的不断丰富,人们生活水平的不断提升,如何提高学生设计审美能力来更好地解决景观生态规划中遇到的问题显得极为重要。文章将景观生态规划内容与设计审美知识融入在课程教学改革过程中,提出一种创新的教改思路——"TCPA"教学模式,对此教学模式的可实施性进行探讨,试图为地方高校景观生态规划课程的教学改革提供新的思路。

利尔化学拟新建吡啶类除草剂重要中间体项目

2022年11月21日,利尔化学股份有限公司发布公告称,同意全资子公司广安利尔化学有限公司在公司广安基地实施化工中间体及其配套工程项目,主要产品为TCPA钠盐。TCPA钠盐即四氯吡啶甲酸钠,是系列吡啶类除草剂的重要中间体,可用于合成二氯吡啶酸和氨氯吡啶酸等。

可信计算研究

综述了可信计算的现状,介绍了主流的可信计算技术,并着重分析了现有技术的积极因素和潜在问题。基于这些论述与分析,进一步研究了可信计算的本质内涵,推论出可信计算的实施策略,归纳了可信计算平台的功能要素。结合所进行的分析,提出了可信计算的发展建议。

基于航迹预测的实时船舶安全预警方法

为实现船舶实时安全预警,以帮助驾驶员及时发现航行危险,预防水上交通事故发生,基于可采集的实时船舶自动识别系统(AIS)、水文、气象及基础通航要素等信息,对船舶的航迹进行预测。通过计算动态最近会遇距离(DCPA)和最近会遇时间(TCPA)得到航行空间危险度和时间危险度,进而得到船舶实时航行风险指标,最终实现船舶实时安全预警。以力源2轮撞武汉长江大桥的事故为例,对水域内船舶进行实时监控,在事故发生前自动判别该船航行异常情况,提前发现航行危险,并实现实时预警。结果表明,该方法能弥补现有船舶安全预警系统的不足,及时有效地发现船舶高风险航行行为,并进行实时预警。

船舶会遇过程中避碰阶段的划分与量化

在分析船舶会遇的基础上 ,就碰撞危险的含义、船舶会遇避碰的各个阶段进行了定性和定量的分析 ,提出以TCPA为基础的船舶操纵避碰阶段划分的有关建议 ,为船舶碰撞责任划分和船舶操纵行动提供参考。