不同单细胞全基因组扩增体系扩增牛微量血液DNA效果评价

旨在通过二代测序技术评估不同单细胞全基因组扩增(single cell whole genome amplification,scWGA)体系对牛微量血液基因组DNA的扩增效果,建立微量DNA全基因组扩增体系。本研究分别采用MDA(multiple displacement amplification)和MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles)两种scWGA体系对华西牛1 ng血液基因组DNA进行全基因组扩增,随后基于两种体系的扩增产物以及原始未稀释血液DNA构建测序文库,利用DNBSEQ-T7RS测序平台进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),通过比较扩增产物片段大小、浓度、总质量评估扩增效率,通过分析GC含量、测序覆盖度、基因分型一致率、基因型检出率等评估两种体系的扩增效果。结果显示,MDA体系的扩增产物片段大于MALBAC体系(8 kb vs.0.2~2 kb),产物浓度和总质量显著高于MALBAC体系(P<0.05)。基于测序数据,1×和5×测序深度下,MDA体系的基因组覆盖度显著高于MALBAC体系(P<0.05),此外,MDA体系的分型一致率、检出率显著高于MALBAC体系,而等位基因缺失率、假阳性率显著低于MALBAC体系(P<0.05)。综上,本研究揭示了MDA和MALBAC两种扩增体系基于华西牛1 ng血液基因组DNA扩增的体系特点,为改进现有华西牛胚胎基因组选择中的关键扩增技术提供理论依据,促进华西牛遗传育种进展。

DNATyper^(TM) 30六色荧光STR复合扩增冻干试剂的验证

本研究旨在测试DNATyper^(TM) 30冻干试剂的技术性能指标,评估其在法医学案件检验中的应用能力。制定测试方案,设置不同的存储条件和时间范围,通过检测标准DNA 9947A对冻干试剂的检出率、灵敏度、稳定性等方面进行测试,并使用案件样本对冻干试剂进行检测,同时将液体试剂和冻干试剂性能进行平行比对。结果显示,DNATyper^(TM) 30冻干试剂分型结果准确,可重复性好,具有较高的灵敏度(0.125 ng),对微量陈旧检材有很好的适应性,可常温状态下保存1个月以上。本研究表明DNATyper^(TM) 30冻干试剂可显著增加上样模板量、可延长试剂在常温下的保存时间、操作简单、灵敏度高,可满足微量DNA检测、试剂长途运输和常温携带的需要。

甲藻单个细胞DNA的制备及在赤潮藻类分子鉴定中的应用

报导一种赤潮甲藻单个细胞ＤＮＡ的制备方法．该法仅需１或数个甲藻细胞，在常规实验条件下，２０～３０ｍｉｎ即可完成整个过程．此方法的建立，可直接对自然种群进行分子分析，避免了实验室培养种与自然种群的差异，同时，使材料的来源并不依赖于甲藻培养技术的完善．最后。

接触DNA检验成功率的影响因素探讨

人在接触物体后,会在物体表面留下少量的接触DNA,对它的检验是目前法医DNA检验的热点和难点。在不同情况下,接触DNA的STR检验成功率差异较大。影响接触DNA检验成功率的主要因素有个体差异、载体属性、接触时间、遗留时间、检验时能否突出重点部位、检验策略的选取和结果分析等,本文详细综述了接触DNA检验成功率的影响因素。

一种适用于昆虫痕量DNA模板制备的方法

近年来分子生物学技术在昆虫学各领域中得到了广泛地运用 ,从昆虫样品中有效地获得DNA模板是实验成功的前提。但是由于许多昆虫体形微小 ,许多研究需要取单个个体的样品 ,用传统的酚∶氯仿抽提法难以从痕量样品中获得总DNA ,而某些生物公司的试剂盒相对而言价格昂贵。该文介绍一种快速简便、广泛适用于不同种类昆虫。

硒、铁、锌和铜对动物健康的影响及其对表观遗传调控机制的研究进展

微量矿物元素(微量元素)少量存在于动物机体中,但对机体生理功能至关重要。研究证明,微量元素通过表观遗传调控对动物机体产生影响,起到提高动物生产力、防治动物疾病的作用,可降低饲养成本、提高动物产品(肉、蛋和奶等)质量。表观遗传学的定义为不依赖于DNA序列变化而导致染色体变化的、可遗传基因表达变化的现象和机制,是近年来研究的一大热点,其调控机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控等。本文主要论述常见的几种微量元素硒、铁、锌和铜对动物健康的影响及其表观遗传的调控作用和机制,以期为之后的研究和应用提供一定参考。

微量接触类生物检材的游离DNA问题分析

目的探究接触类生物检材的游离DNA问题,游离DNA和细胞内DNA含量的比例问题,以及游离DNA在法医检验中的影响。方法对手部、面部和足部的皮肤及口腔粘膜进行模拟微量接触类检材的制备,对模拟检材进行浸泡,对游离DNA进行定量和STR扩增,对剩余检材使用常规程序进行DNA提取、定量和STR扩增,并对结果进行分析和讨论。结果实验观察到,78.55%的样品检测到了游离DNA,其中,手部模拟检材的游离DNA检测率为82.1%,脸部模拟检材的游离DNA检测率为82.1%,口腔模拟检材的游离DNA检测率为96.4%,足部模拟检材的游离DNA检测率为53.6%,微量接触类检材中游离DNA量占DNA总量的12.9%。结论接触类生物检材中提取到的DNA,除了包括细胞内DNA,还存在一定比例的细胞外游离DNA,这为微量接触类检材的DNA有效提取和检验提供了新的理论依据。

肉苁蓉炮制对微量元素含量及对动物体内DNA合成率的影响

对不同方法炮制的肉苁蓉进行了肝脾脱氧核糖核酸合成率以及金属微量元素的测定分析。结果表明,蒸制盐大芸对“阳虚”动物脱氧核糖核酸及微量元素锌、锰、铜、铁的含量均高于其他的传统炮制品。

聚丙烯酰胺电泳条带中微量DNA片段的回收与再扩增方法的改进

【目的】研究聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）条带中微量DNA片段的回收和再扩增.【方法】比较了4种方法溶解聚丙烯酰胺凝胶的效果和回收微量核酸的效率.【结果和结论】Bioteke溶胶/结合液能获得极高的DNA片段回收率,可从仅含1.0－7.5 ng核酸的PAGE胶中有效回收到足量的片段;再扩增的效果与回收效率呈正相关;将液态混合液与杂质分离是成功进行再扩增的关键.本研究构建的一套快速、高效的PAGE多态性条带回收及再扩增的方法为分析生物遗传多样性成因提供了新途径.

兰州市大气PM_(10)对质粒DNA的损伤

使用质粒DNA评价法研究了2005年12月～2006年10月兰州市区、郊区大气中PM10对质粒DNA的氧化性损伤，并初步探讨了其损伤原因．结果表明，PM10对质粒DNA的氧化性损伤具有冬、夏季相对较高，春、秋季相对较低的特征．市区冬、春、夏、秋季大气PM10全样的TD20平均值分别为17,625，56，260μg／mL，水溶部分的TD20平均值分别为62，840，193，403μg／mL．沙尘暴期间和降雨数天后，PM10对质粒DNA的氧化性损伤相对较小，其全样和水溶部分的TD20值均大于1000μg/mL．PM10全样和水溶部分的TD20值均与样品中12种水溶性微量元素总含量呈明显的负相关关系，表明PM10对质粒DNA的氧化性损伤能力主要来自其水溶性微量元素．

接触性DNA检验现状与展望

随着犯罪嫌疑人的反侦查意识及能力加强,接触性栓材在现场提取检材中所占的比重越来越大,现场接触性DNA在案件侦破中发挥的作用也日渐明显。由于人在接触物体后,会在物体表面留下相应的微量接触性DNA,对这类接触性检材的检验分析是目前法医物证检验工作的热点和难点。对接触性检材的现场发现、前期处理及DNA的提取方法、扩增方法、电泳以及结果分析等方面对其检验研究进展综述。希望能够为侦查实战工作在接触类检材的现场发现,提取以及成功检测分型方面提供方法和思路。展望:首先,关于接触性检材的分类按接触物体表面质地分更为合理,因为潜在DNA转移的发生,与物体表面质地及样本的湿度密切相关,而且检材的表面质地很大程度上影响实验者提取方法的选择;其次,现勘人员应该及时出现场并且能结合案情科学地提取、包装并运送检材;再次,我们在处理接触类检材必须做到检验时突出重点部位、选择合适的检验策略与方案;最后,根据接触性检材的检测结果下鉴定意见时应十分谨慎。

从微量血中快速制备线粒体DNA片段

目的 建立并鉴定用于从微量血中快速制备线粒体DNA片段的技术 .方法 采用微量血样品 ,改进提取线粒体DNA的方法 ;以不同的方法提取的血DNA为模板 ,同时扩增nDNA上的基因片段和mtDNA上的基因片段 ,PCR相对定量分析比较各种方法提取的mtDNA片段的纯度 ;结果 用华美公司生产的ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和作者的方法都得到了mtDNA ,而用作者的方法获得的mtDNA的纯度较高 ;结论 由于线粒体DNA与核DNA存在有同源片段 ,ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和常规酶解法提取DNA不适合用于对mtDNA的鉴定 ,作者的方法简便快捷地排除了核DNA的污染 ,非常适合于对mtDNA进行PCR分析 .

一种适用于昆虫微量DNA模板制备的方法

随着分子生物学在昆虫领域中运用 ,昆虫 DNA的提取是有技术运用的前提 ,具有其重要的地位。但是由于一些昆虫体形较小 ,采用传统的酚 :氯仿抽提法不适用于微量 DNA模板的制备 ,而某些生物公司的试剂合相对而言价格较高。本文介绍一种适用于普通昆虫实验室贮藏及运用的微量 DNA模板制备方法。

微量Se保护细胞膜和细胞内DNA免受~1O_2损伤的研究

本文利用亚甲蓝光敏化产生~1O_2,对~1O_2的荧光检测法做了研究;利用滤膜过滤法研究了硒化合物保护NIH小鼠肾细胞DNA免受~1O_2损伤的作用;利用~3H-TdR掺入法研究了Na_2SeO_3对~1O_2抑制Wistar大鼠骨髓细胞DNA合成的作用;利用TBA法检测细胞脂质过氧化作用,观察到Na_2SeO_3抑制~1O_2诱导的细胞脂质过氧化的作用.Na_2SeO_3起保护作用的最适宜浓度范围为0.01～1.00μmol/L,高浓度的Na_2SeO_3表现出毒性作用.

三种痕迹显现方法对唾液斑DNA检测影响

目的:该研究以唾液斑为研究对象,研究碘熏、茚三酮和"502"熏显等三种痕迹显现方法对唾液斑生物检材DNA检测的影响,同时探讨该三种方法在唾液斑生物检材发现上的作用。方法:分别采用碘熏、茚三酮和"502"熏显法处理烧杯口唾液斑,采用棉签擦拭法采集烧杯口唾液斑DNA,采用chelex法提取DNA,Identifiler Kit试剂盒进行PCR扩增,3130基因分析仪进行扩增产物分型。结果与讨论:"502"熏显、碘熏对唾液斑DNA检测无明显影响,且"502"熏显在唾液斑生物检材发现上具有应用价值。茚三酮喷显对唾液斑DNA检测影响大,经茚三酮喷显处理的唾液斑难以进行有效DNA检测。

改良IPEP法用于痕量DNA检测的实验研究

目的探讨改良扩增前引物延伸（IPEP）法对痕量DNA样本STR检测分型的效果。方法用改良IPEP法对痕量样品DNA进行全基因组扩增（WGA），扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTR Indentifiler试剂盒作基因型检测。结果该方法可增加模板DNA约200～1100倍。基因组DNA不低于0．025ng时，可获得15个STR基因座和Amelogenin性别基因座的分型结果。基因组DNA0．01～0．025ng时，可获得9个以上基因座的分型结果。结论改良IPEP法可有效提高痕量DNA样本STR分型检验的灵敏度，有较好的实用价值。

滚环DNA扩增的原理、应用和展望

滚环DNA扩增 (rollingcircleDNAamplification ,RCA)是一种等温信号扩增方法 ,其线性扩增倍数为 1 0 5,指数化扩增能力大于 1 0 9,产生的扩增产物连接在固相支持物 (如玻片、微孔板等 )表面的DNA引物或抗体上。RCA是一种适合在芯片上 (on chip)进行信号扩增的新技术 ,它既能提供研究分析的敏感性和特异性 ,又能保持立体分析的多元性。RCA亦是一种痕量的分子检测方法 。

基于PLP-LDR-HRCA策略进行微量DNA分析——rs17750303位点分型

增强PCR和全基因组扩增是当前微量DNA分析的主要策略,但是,由于DNA模板量过少,受随机效应影响显著,往往不能得到可靠的DNA分型结果.本文提出一种新的检验策略:PLP-LDR-HRCA,尝试微量DNA检材的SNPs分型研究.选择rs17750303位点,并设计等位基因特异性锁式探针,采用连接酶检测反应来识别等位基因,而后采用超分支滚环扩增反应来放大检测信号.结果表明,PLP-LDR-HRCA反应特异性好,灵敏度高,能够直接鉴别微量基因组DNA模板中待测SNP位点,rs17750303纯合型样品(AA型或CC型)和杂合型样品(AC型)准确分型所需最少模板量分别为20pg和30pg.对于增强PCR和全基因组扩增技术不能有效检验的微量检材,PLP-LDR-PCR策略独具优势,可能具有较大的开发价值.

SYBR Green I荧光检测痕量宿主DNA

基于SYBR Green I荧光染料与双链DNA结合产生荧光的原理,建立一种痕量DNA荧光检测方法。采用不同稀释倍数的SYBR Green I荧光染料做DNA的标准曲线,确定SYBR Green I荧光染料的最佳稀释倍数。比较荧光法和Southern blotting杂交法定量DNA。结果表明,SYBR Green I荧光染料稀释倍数为1∶10 000时线性范围广,线性关系好(R2=0.9999);荧光法和Southern blotting杂交法可以相互印证。由此可知,SYBR Green I荧光法定量DNA是一种快速、稳定的痕量DNA检测方法。

罂粟浆液微量DNA检验鉴定种属

目的目前涉毒案件中罂粟种属的DNA检验,主要针对的是罂粟叶、籽、根、茎等可获得高纯度DNA的检材,很少涉及罂粟浆液、残根等仅含微量DNA的样本,本文就涉毒案件中罂粟浆液类含微量DNA样本的种属DNA检验方法进行探索。方法使用涉毒案件中的疑似罂粟浆液,分别取悬浮液、离心后上清液以及干燥的沉渣,采用磁珠法提取纯化DNA,使用罂粟种属特异性荧光引物(P14)按照优化的条件进行PCR扩增,并对扩增产物进行检测,对照已知罂粟测序结果确定其种属来源。结果经离心干燥后的沉渣检出了两条清晰的罂粟特异性DNA片段,增加循环次数可提高特异性条带峰值。结论涉毒案件中DNA含量较低的罂粟浆液类检材也可通过DNA检验确定其种属,为日后相关案件中此类检材的种属检验提供参考,具有重要的应用前景。