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犬和猫皮肤癣菌三重荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 徐博 郭思宇 +5 位作者 纪佳豪 李梓豪 刘文扬 勾永志 白二钢 李睿文 《动物医学进展》 北大核心 2024年第9期56-60,共5页
建立鉴别犬小孢子菌(Microsporum canis,MC)、须癣毛癣菌(Trichophyton mentagrophytes,TM)和秕糠马拉色菌(Malassezia furfur,MF)的三重荧光PCR检测方法,根据MC、TM和MF 3种真菌的ITS基因保守序列设计引物和探针,建立三重荧光PCR检测... 建立鉴别犬小孢子菌(Microsporum canis,MC)、须癣毛癣菌(Trichophyton mentagrophytes,TM)和秕糠马拉色菌(Malassezia furfur,MF)的三重荧光PCR检测方法,根据MC、TM和MF 3种真菌的ITS基因保守序列设计引物和探针,建立三重荧光PCR检测方法。所建立的三重荧光PCR方法仅对MC、TM和MF出现阳性扩增,与大肠埃希氏菌、产色葡萄球菌和铜绿假单胞菌等犬、猫皮肤病常见病原无交叉反应,对MC、TM和MF的最低检出限分别为1.36×10^(1)、1.35×10^(1)、1.33×10^(1)拷贝;组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。应用建立三重荧光PCR方法对88份犬、猫临床样品进行检测,结果检出1份MC阳性、21份TM阳性、20份MF阳性,检测结果与单一荧光PCR方法一致。该方法可对MC、TM和MF同时快速检测,可用于犬、猫真菌性皮肤病的快速诊断。 展开更多
关键词 犬和猫皮肤病 犬小孢子菌 须癣毛癣菌 秕糠马拉色菌 三重荧光pcr
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三重PCR检测鱼类致病性嗜水气单胞菌 被引量:34
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作者 王远微 汤承 +2 位作者 于学辉 王英 岳华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期947-951,共5页
【目的】建立一种能够快速准确地检测致病性嗜水气单胞菌的PCR方法。【方法】根据嗜水气单胞菌的16S rRNA、气溶素基因(aer)和丝氨酸蛋白酶基因(ahp)的保守序列设计了3对引物,然后进行了PCR反应条件的优化、特异性和敏感性的检测并与普... 【目的】建立一种能够快速准确地检测致病性嗜水气单胞菌的PCR方法。【方法】根据嗜水气单胞菌的16S rRNA、气溶素基因(aer)和丝氨酸蛋白酶基因(ahp)的保守序列设计了3对引物,然后进行了PCR反应条件的优化、特异性和敏感性的检测并与普通的细菌分离鉴定进行了临床样本和人工攻毒样本检出率的比较。【结果】该方法特异性好,只对致病性嗜水气单胞菌呈阳性扩增;敏感性高,最低可检测100fg的细菌DNA模版。对临床疑似黄鳝(Monopterus albus)样本的检出率为81.8%,高于细菌分离的40.9%;对人工攻毒鲫鱼(Carassius auratus)样本的检出率为87.5%,高于细菌分离的67.5%。【结论】本方法的成功建立,实现在同一反应管中同时对16SrRNA、aer和ahp的检测,避免了只针对aer或ahp单个毒力基因的PCR检测方法可能存在的漏检和误检,为致病性嗜水气单胞菌的诊断、大规模检疫、流行病学调查等提供了一种快速、准确而有效的检测方法。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 AER AHP 16S RRNA 三重pcr
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牛支原体、无乳支原体和丝状支原体丝状亚种小克隆三重PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:30
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作者 李大伟 黄灿平 +4 位作者 张彦明 谢建华 冉智光 熊仲良 范伟兴 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期306-310,共5页
本研究旨在建立一种可一次性区分牛支原体、丝状支原体丝状亚种小克隆和无乳支原体的三重PCR诊断方法,为临床诊断和流行病学调查提供可靠检测技术。根据GenBank发表的上述3种病原的基因组序列保守区域设计3对特异性引物建立三重PCR方法... 本研究旨在建立一种可一次性区分牛支原体、丝状支原体丝状亚种小克隆和无乳支原体的三重PCR诊断方法,为临床诊断和流行病学调查提供可靠检测技术。根据GenBank发表的上述3种病原的基因组序列保守区域设计3对特异性引物建立三重PCR方法;确定其检测敏感性,以猪支原体、鸡支原体、无乳支原体和丝状支原体丝状亚种小克隆基因作模板检验其特异性;同时和病原分离鉴定结果对比其准确性。结果表明在优化体系和条件下能够同时得到扩增长度为448、549、375 bp 3条特异性片段,未扩增出猪、鸡支原体模板特异性片段;其敏感性(可检测到的最小模板DNA含量)为0.8 ng.μL-1;36份临床样品检测结果显示,三重PCR检测结果与分离培养鉴定方法一致,均能鉴定出牛支原体阳性病料。本研究建立的三重PCR诊断方法能够一次性鉴别3种支原体,具有高敏感性、特异性和准确性,可用于临床诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 牛支原体 丝状支原体丝状亚种小克隆 无乳支原体 三重pcr
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微卫星三重PCR基因扫描技术在中国明对虾家系标识中的应用 被引量:16
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作者 孔杰 高焕 +5 位作者 于飞 罗坤 王伟继 孟宪红 刘萍 张天时 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期59-66,共8页
在开发中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物的基础上,利用3对微卫星引物,克隆编号分别为H081、RS0683和RS1101,构建中国明对虾的三重PCR稳定扩增体系。在此基础上,进一步利用荧光标记引物的基因扫描技术(Genescan)对利用精... 在开发中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物的基础上,利用3对微卫星引物,克隆编号分别为H081、RS0683和RS1101,构建中国明对虾的三重PCR稳定扩增体系。在此基础上,进一步利用荧光标记引物的基因扫描技术(Genescan)对利用精荚移植技术建立的中国明对虾7个半同胞家系和16个全同胞家系进行识别研究。结果表明,该项技术可以准确地把7个半同胞家系的子代个体间、16个全同胞家系的子代个体间以及总的31个全同胞家系的子代个体间区别开,且能准确把这些家系产生的任意子代个体定位到各个家系。该技术可以满足大批量家系材料样本的分析,具有较好的应用价值。[中国水产科学,2007,14(1):59-66] 展开更多
关键词 微卫星 三重pcr 基因扫描 中国明对虾 家系识别
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三重PCR检测草莓灰霉病菌、炭疽病菌和黄萎病菌 被引量:18
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作者 王楠 王剑 +2 位作者 尹丹韩 高观朋 王伟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第21期4392-4400,共9页
【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组... 【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组合的3种病原菌特异引物,研究多重PCR的影响因素,优化PCR退火温度,采用正交试验方法,以3个引物组、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+六因素三水平优化多重PCR体系。【结果】建立并验证适合上述草莓主要病原菌的三重PCR最佳检测体系,可分别扩增出729、539和450bp的特异条带,最适退火温度为50℃,25μL的反应体系中含有0.32μmol·L-1C729+/-、0.032μmol·L-1DB19/DB22、0.32μmol·L-1CgInt/ITS4、1.5UTaq聚合酶、0.15mmol·L-1dNTP、1.6mmol·L-1MgCl2。【结论】利用上述引物组合和反应体系进行三重PCR检测,能够快速从田间发病植株和土壤中将草莓灰霉病菌、草莓炭疽病菌和草莓黄萎病菌检测出来,灵敏度可以达到10pg菌丝DNA。 展开更多
关键词 草莓 灰霉病菌 炭疽病菌 黄萎病菌 分子检测 三重pcr
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肉鸡源弯曲菌的分离、多重PCR鉴定及其耐药性分析 被引量:8
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作者 朱冬梅 刘书亮 +2 位作者 彭珍 赖海梅 韩新锋 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期390-396,共7页
目的了解肉鸡屠宰加工过程中弯曲菌的污染及其耐药情况。方法根据GB 4789.9-2008,采用增菌培养、选择性平板分离、生化鉴定从肉鸡屠宰过程中分离疑似弯曲菌,并以弯曲菌属的16SrRNA、空肠弯曲菌的Hip O和结肠弯曲菌的Ceu E为靶基因,采用... 目的了解肉鸡屠宰加工过程中弯曲菌的污染及其耐药情况。方法根据GB 4789.9-2008,采用增菌培养、选择性平板分离、生化鉴定从肉鸡屠宰过程中分离疑似弯曲菌,并以弯曲菌属的16SrRNA、空肠弯曲菌的Hip O和结肠弯曲菌的Ceu E为靶基因,采用三重PCR方法对疑似菌株进行鉴定。采用琼脂稀释法对弯曲菌阳性菌株进行8种常用抗生素的药敏试验,参考CLSI标准(2010)判定药敏结果。结果根据形态特征、生化指标及PCR鉴定结果,从651份样品中,鉴定出空肠弯曲菌160株、结肠弯曲菌130株,其他弯曲菌11株,弯曲菌总分离率为46.24%;其中屠宰前、屠宰过程中及屠宰后鸡肉中弯曲菌的污染率分别为56.10%、31.00%、17.00%,可能存在由屠宰前向屠宰后传播趋势。药敏试验表明,弯曲菌对环丙沙星、左氧氟沙星、四环素和林可霉素的耐药率较高,分别为93.02%、87.71%、87.71%、80.07%,对庆大霉素、红霉素、链霉素、氟苯尼考的耐药率分别为67.11%、49.50%、31.89%、13.29%。结论肉鸡屠宰过程中弯曲菌的污染及其耐药情况较为严重,应该加强卫生和抗生素使用监督。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 结肠弯曲菌 三重pcr 耐药性 肉鸡
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牛支原体、牛病毒性腹泻病毒和牛传染性鼻气管炎病毒三重二温式PCR检测方法的建立及应用 被引量:10
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作者 范晴 谢芝勋 +10 位作者 谢志勤 谢丽基 黄莉 黄娇玲 张艳芳 曾婷婷 王盛 罗思思 邓显文 刘加波 庞耀珊 《动物医学进展》 北大核心 2018年第2期43-48,共6页
为建立一种可同时检测牛支原体(MB)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛传染性支气管炎病毒(IBRV)的三重二温式PCR检测方法。根据GenBank中MB、BVDV和IBRV的保守基因Uvrc基因、5′端非编码区(5′-UTR)和GB基因,分别设计了3对特异引物,将三温式... 为建立一种可同时检测牛支原体(MB)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛传染性支气管炎病毒(IBRV)的三重二温式PCR检测方法。根据GenBank中MB、BVDV和IBRV的保守基因Uvrc基因、5′端非编码区(5′-UTR)和GB基因,分别设计了3对特异引物,将三温式PCR扩增程序简化为两个温度梯度,优化反应条件建立了用于同时检测MB、BVDV以及IBRV 3种常见牛呼吸道传染病病原的三重二温式PCR。结果显示,该方法特异性好,只对MB、BVDV和IBRV模板进行扩增,扩增的目的片段长度分别为412、170、727bp,对其他牛病原体无特异性扩增;灵敏度高,最低能同时检测到10 000拷贝的目的核酸;干扰性小,能同时检测3个不同浓度的模板。研究所建立的MB、BVDV和IBRV三重二温式PCR检测方法,具有特异性好、灵敏度高、方便快速等优点,可用于临床鉴别诊断和流行病学调查,具有很高的临床应用价值。 展开更多
关键词 三重二温式pcr 牛支原体 牛病毒性腹泻病毒 传染性鼻气管炎病毒 检测
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鸡新城疫病毒、鸡细小病毒和禽流感病毒三重PCR检测方法的建立及应用 被引量:7
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作者 奉彬 谢芝勋 +7 位作者 邓显文 张艳芳 谢丽基 谢志勤 范晴 曾婷婷 罗思思 黄娇玲 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期2576-2582,共7页
【目的】建立能同时检测鸡新城疫病毒(NDV)、鸡细小病毒(ChPV)和禽流感病毒(AIV)的三重PCR检测方法,为临床上快速诊断及有效防控NDV、ChPV和AIV的单一或混合感染提供技术支持。【方法】参考NCBI中已公布NDV的F基因(登录号DQ195265.1)、C... 【目的】建立能同时检测鸡新城疫病毒(NDV)、鸡细小病毒(ChPV)和禽流感病毒(AIV)的三重PCR检测方法,为临床上快速诊断及有效防控NDV、ChPV和AIV的单一或混合感染提供技术支持。【方法】参考NCBI中已公布NDV的F基因(登录号DQ195265.1)、ChPV的NS1基因(登录号GU214704.1)和AIV的M基因保守区(登录号DQ485211.1),设计合成针对NDV、ChPV和AIV的特异性引物,应用这3对引物建立三重PCR检测方法,对反应体系及扩增程序进行优化,并通过特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测等评估其实用性。【结果】优化后的三重PCR反应体系为ChPV和AIV的上、下游引物各0.5μL,NDV的上、下游引物各1.0μL,NDV、ChPV和AIV的核酸模板各1.0μL,Premix TaqTM 12.5μL,无RNase水补足至25.0μL。最佳扩增程序:95.0℃预变性5 min;94.0℃1 min,58.5℃1 min,72.0℃1 min,进行35个循环;72.0℃延伸10 min,12.0℃结束反应。建立的三重PCR能同时扩增出NDV(453 bp)、ChPV(687 bp)和AIV(239 bp)的特异性条带,对应的最低检测下限分别为2.5 pg NDV、6.4 pg ChPV和2.0 pg AIV,但扩增传染性支气管炎病毒(IBV)、禽呼肠孤病毒(ARV)、马立克病毒(MDV)、传染性喉气管炎病毒(AILTV)和禽肺炎病毒(APV)等病原体均呈阴性。应用建立的三重PCR对50份鸡喉头或泄殖腔棉拭子样品进行检测,结果显示有1份NDV阳性、9份ChPV阳性和2份AIV阳性样品,其中包含2份ChPV和AIV均呈阳性的样品,1份ChPV和NDV均呈阳性的样品,与常规PCR的检测结果一致。【结论】建立的三重PCR能同时对NDV、ChPV和AIV 3种病原进行特异性诊断,在混合感染病例鉴别诊断方面具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 鸡新城疫病毒 鸡细小病毒 禽流感病毒 三重pcr 特异性 敏感性
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烟草青枯病、黑胫病和猝倒病的多重PCR检测 被引量:9
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作者 张丽芳 陈海如 +1 位作者 方敦煌 赵兴能 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第S1期22-26,共5页
烟草青枯病、黑胫病和猝倒病是烟草生产中的重要病害,常发生复合侵染。以3种重要烟草病原菌基因组DNA作为目的基因,分别设计3对特异性引物,通过优化引物和模板浓度,摸索扩增参数,建立了能同时检测3种病害的多重聚合酶链式反应(Multiplex... 烟草青枯病、黑胫病和猝倒病是烟草生产中的重要病害,常发生复合侵染。以3种重要烟草病原菌基因组DNA作为目的基因,分别设计3对特异性引物,通过优化引物和模板浓度,摸索扩增参数,建立了能同时检测3种病害的多重聚合酶链式反应(Multiplex polymerase chain reaction,mPCR)体系。结果表明,多重PCR能分别扩增出长度为461,364,265 bp的特异性目的条带,能同时检测3种病原菌DNA的最低检出限为1.01 ng/μL,该多重PCR检测体系反应准确、快速、高效,为同时检测以上3种烟草病害提供了新的方法,对烟草复合侵染病害的诊断和防治提供了重要的指导作用。 展开更多
关键词 烟草青枯病 烟草黑胫病 烟草猝倒病 多重pcr检测
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猪流行性腹泻病毒、猪肠道病毒9型及猪嵴病毒三重RT-PCR检测方法建立及初步应用 被引量:7
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作者 任玉鹏 张斌 +1 位作者 岳华 刘燕 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期603-608,共6页
旨在建立一种同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪肠道病毒9型(PEV-9)、猪嵴病毒(PKV)的三重RT-PCR法,并初步应用于临床样品检测。根据GenBank中PEDV和PKV基因序列保守区设计2对引物,参照文献合成1对PEV-9引物,在同一体系进行RT-PCR扩增... 旨在建立一种同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪肠道病毒9型(PEV-9)、猪嵴病毒(PKV)的三重RT-PCR法,并初步应用于临床样品检测。根据GenBank中PEDV和PKV基因序列保守区设计2对引物,参照文献合成1对PEV-9引物,在同一体系进行RT-PCR扩增,对引物浓度、退火温度、灵敏度、特异性等进行优化,应用该法对采自四川省6个猪场46份样品进行检测。结果表明引物量分别为PEDV 0.5μL、PEV-9 0.25μL、PKV0.25μL,退火温度为55℃时扩增效果最理想;本方法最低检测量分别为PEDV 5.97pg、PEV-9 0.11pg、PKV0.74pg;用该方法对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒、猪萨佩罗病毒、猪博卡病毒、猪环曲病毒、猪源大肠杆菌、猪源沙门菌、副猪嗜血杆菌、猪链球菌和空肠弯曲杆菌等病原进行RT-PCR扩增时,均无非特异性扩增条带出现。对46份腹泻样品的检测结果显示,PEDV感染率为76.1%、PEV-9为73.9%、PKV为39.1%,3种病原在同一样本检出率达29.1%,表明存在混合感染或协同致病的可能;与单项RT-PCR法相比,阳性样本的检出符合率均在91%以上,表明该方法具较高可信度。建立的方法可快速、准确地检测3种猪腹泻病毒性病原,为病原学诊断和分子流行病学调查提供了有效技术支持。 展开更多
关键词 多重RT-pcr PEDV PEV-9 PKV 检测
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H3N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立 被引量:4
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作者 刘婷婷 谢芝勋 +5 位作者 宋德贵 罗思思 谢丽基 李孟 谢志勤 邓显文 《动物医学进展》 北大核心 2015年第2期7-11,共5页
为建立检测禽流感病毒(AIV)且同时区分H3N2亚型AIV的方法,本研究根据H3、N2亚型AIV HA、NA基因及AIV最保守M基因的保守区域,设计并筛选出3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了AIV H3N2亚型和M基因三重RT-PCR的检测方法。对该法进行特... 为建立检测禽流感病毒(AIV)且同时区分H3N2亚型AIV的方法,本研究根据H3、N2亚型AIV HA、NA基因及AIV最保守M基因的保守区域,设计并筛选出3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了AIV H3N2亚型和M基因三重RT-PCR的检测方法。对该法进行特异性及敏感性检测,并通过该三重RT-PCR方法对96份临床样品进行检测。结果显示,H3N2亚型AIV可扩增出3条特异性条带,其中518bp为AIV M基因、418bp为N2亚型AIV NA基因、271bp为H3亚型AIV HA基因;H3亚型和N2亚型AIV均可扩增出2条特异性条带,大小分别为518bp、271bp和518bp、418bp;其他亚型AIV可扩增出一条特异性条带,大小为518bp;常见禽病病原体均未扩增出任何条带。敏感性试验表明该法对H3N2亚型AIV的检测下限为100pg,96份临床样品检测结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究所建立的AIV H3N2亚型和M基因三重RT-PCR为一种简便、快速、有效的检测方法。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H3N2亚型 M基因 三重RT-pcr
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猪圆环病毒1型和2型a与b基因型三重PCR鉴别方法的建立及应用 被引量:3
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作者 徐磊 郭抗抗 +4 位作者 陈恒 曹伟伟 吕其壮 宁蓬勃 张彦明 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2013年第6期1-7,共7页
根据PCV-1、PCV-2a和PCV-2b差异序列,设计了3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了可以用于PCV检测及PCV-1、PCV-2a和PCV-2b分型的PCR方法。结果表明,三重PCR检测的最低敏感度可达4.87×107 copies/μL(PCV-1)、2.83×107 copi... 根据PCV-1、PCV-2a和PCV-2b差异序列,设计了3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了可以用于PCV检测及PCV-1、PCV-2a和PCV-2b分型的PCR方法。结果表明,三重PCR检测的最低敏感度可达4.87×107 copies/μL(PCV-1)、2.83×107 copies/μL(PCV-2a)和2.96×106 copies/μL(PCV-2b)。引物特异性良好,各引物之间没有交叉反应,对伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)检测均为阴性。应用该方法对采自陕西省的56份样品进行检测,PCV-1检出率57.14%(32/56),PCV-2a检出率1.78%(1/56),PCV-2b检出率42.86%(24/56),多重PCR检测结果与单PCR检测结果的符合率达99%以上,可用于猪圆环病毒的临床检测及流行病学监测等。 展开更多
关键词 猪圆环病毒1型 猪圆环病毒2型a基因型 猪圆环病毒2型b基因型 三重pcr
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同步检测棉黄萎病菌、枯萎病菌和炭疽病菌三重PCR方法的建立 被引量:4
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作者 孙娟 陈舜胜 +3 位作者 胡培龙 于子翔 于翠 杨翠云 《上海农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期10-15,共6页
棉黄萎病、枯萎病和炭疽病是对棉花生产和产垣威胁最大、危害最重的病害,为此建立了同步检测进境棉籽中携带上述3种病害的三重PCR办法。结果表明:单一PCR检测棉黄萎痫菌、枯萎病菌和炭疽病菌的最低DNA量分别为56.988 pg、2.633 pg和32.3... 棉黄萎病、枯萎病和炭疽病是对棉花生产和产垣威胁最大、危害最重的病害,为此建立了同步检测进境棉籽中携带上述3种病害的三重PCR办法。结果表明:单一PCR检测棉黄萎痫菌、枯萎病菌和炭疽病菌的最低DNA量分别为56.988 pg、2.633 pg和32.325 pg.同步检测3种真菌混合物最低DNA量为1.061 ng。建立的三重PCR方法特异性强、灵敏度高,节省了检测时间和成本,可在我国检验检疫口岸和农林生产部门推广应用。 展开更多
关键词 棉花病害 棉黄萎病菌 棉枯萎病菌 棉炭疽病菌 三重pcr 同步检测
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三重PCR检测黄瓜靶斑病菌、炭疽病菌和细菌性角斑病菌 被引量:2
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作者 高士刚 曾蓉 +3 位作者 徐丽慧 罗金燕 陈磊 戴富明 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第16期3119-3129,共11页
【目的】开发一种可同时检测黄瓜靶斑病菌(Corynespora cassiicola)、黄瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)和黄瓜细菌性角斑病菌(Pseudomonas syringae pv.lachrymans)的三重PCR快速检测方法。【方法】根据ITS或16S r DNA序列分别... 【目的】开发一种可同时检测黄瓜靶斑病菌(Corynespora cassiicola)、黄瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)和黄瓜细菌性角斑病菌(Pseudomonas syringae pv.lachrymans)的三重PCR快速检测方法。【方法】根据ITS或16S r DNA序列分别设计黄瓜靶斑病原菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌特异性检测引物;通过鉴定引物的特异性,筛选可在目标菌株中扩增出特异片段的特异引物;选择可以组合的3种病原菌特异性引物进行三重PCR,对引物浓度、退火温度、延伸时间和循环数分别进行优化,优化三重PCR体系。【结果】针对黄瓜靶斑病菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌分别设计出5对、7对和6对特异性引物,其中引物CC4F/CC4R和CC5F/CC5R可特异扩增黄瓜靶斑病菌ITS,引物CL1F/CL1R、CL2F/CL2R、CL3F/CL3R、CL3F/CL4R、CL3F/CL5R、CL3F/CL6R和CL3F/CL7R可特异扩增黄瓜炭疽病菌ITS,引物PS3F/PS4R和PS4F/PS4R可特异扩增黄瓜细菌性角斑病菌16S rDNA。引物CC5F/CC5R、CL3F/5R和PS3F/4R扩增片段长度分别为370、275和698 bp,其混合扩增产物可在3%琼脂糖凝胶上得到充分分离,这3对引物选择作为三重PCR引物。在三重PCR反应体系中,当引物CC5F/CC5R、CL3F/5R和PS3F/4R的终浓度分别为0.16、0.4和0.16μmol·L^(-1)时,3个目的片段能同时得到有效扩增;当退火温度大于65℃时,部分目的片段不能有效扩增。最终建立并验证了适合上述3种黄瓜主要病原菌的三重PCR检测体系,即25μL PCR反应体系中含有12.5μL 2×Hiff^(TM) PCR Master Mix(With Dye)、0.16μmol·L^(-1) CC5F/CC5R、0.4μmol·L^(-1) CL3F/CL5R、0.16μmol·L^(-1) PS3F/PS4R。反应程序:95℃预变性3 min;95℃变性30 s,65℃退火30s,72℃延伸2 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。【结论】建立的三重PCR方法能够快速检测田间采集的黄瓜发病叶片中的黄瓜靶斑病菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌,灵敏度均可达到0.4 pg·μL^(-1)。 展开更多
关键词 黄瓜靶斑病菌 黄瓜炭疽病菌 黄瓜细菌性角斑病菌 分子检测 三重pcr
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马铃薯上PVY、PVS和PLRV的三重RT.PCR检测 被引量:7
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作者 张华鹏 张剑峰 +1 位作者 刘俊莹 王聪聪 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第5期40-45,共6页
根据PVY、PVS和PLRV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列的保守区域设计各自的引物,利用三重RT-PCR技术实现了在同一反应体系中同时扩增出3种病毒产物。PVY、PVS和PLRV扩增产物测序长度均与目的片段的长度相符,分别为781,181,364 bp;各... 根据PVY、PVS和PLRV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列的保守区域设计各自的引物,利用三重RT-PCR技术实现了在同一反应体系中同时扩增出3种病毒产物。PVY、PVS和PLRV扩增产物测序长度均与目的片段的长度相符,分别为781,181,364 bp;各种病毒产物的测序结果同GeneBank中的序列比对后的同源性均高达95%以上。将3种病毒的RNA稀释后进行RT-PCR,PVY、PVS和PLRV的最低检测含量分别为4.5 pg/μL~4.5 fg/μL、3.7fg/μL和4.6 fg/μL。三重RT-PCR为检测单独或复合感染PVY、PVS和PLRV的马铃薯材料,提供了一种方便、高效的分子学方法。 展开更多
关键词 马铃薯 病毒检测 三重RT-pcr
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检疫性真菌病害向日葵黑茎病菌和茎溃疡病菌的三重PCR分子检测 被引量:11
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作者 张伟宏 廖芳 +1 位作者 罗加凤 李关荣 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期10-15,共6页
向日葵黑茎病菌Leptosphaeria lindguistii和向日葵茎溃疡病菌Diaporthe helianthi是向日葵上寄生的2种重要的检疫性真菌病害.针对这2种致病菌,目前国内外已有形态学鉴定和危害的研究报道以及向日葵黑茎病菌的ITS序列分析和RFLP初步研究... 向日葵黑茎病菌Leptosphaeria lindguistii和向日葵茎溃疡病菌Diaporthe helianthi是向日葵上寄生的2种重要的检疫性真菌病害.针对这2种致病菌,目前国内外已有形态学鉴定和危害的研究报道以及向日葵黑茎病菌的ITS序列分析和RFLP初步研究,但未见有2种病原菌同步分子检测的报道.本研究首先通过培养,观察比较了2种病原菌的菌落和形态特征.发现前者菌落絮状,分生孢子器深褐球型,分生孢子为单胞肾形;后者菌落短绒毛状,分生孢子器柠檬黄,分生孢子为线型.通过油菜黑茎病菌L.biglobosa的肌动蛋白基因设计供试材料的通用引物act F/act R,扩增产物片段约为720bp,然后采用真菌通用引物ITS1/ITS4和引物act F/act R,针对所有菌株菌丝DNA进行ITS区域和Actin基因PCR扩增,经克隆测序结果比对分析发现,向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌的ITS区域存在极高的相似度.因此,依据Actin基因特异位点分别设计出向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌的特异引物LLF/LLR和DHF/DHR.在同一PCR管中3组引物(ITS1/ITS4,LLF/LLR和DHF/DHR)经优化体系后,ITS1/ITS4扩增序列作为所有菌株菌丝基因组DNA提取模板的质量监控,针对向日葵黑茎病菌和向日葵茎溃疡病菌单一模板的ITS区域与Actin基因中的两个位点同时进行三重PCR扩增.利用此方法检测向日葵黑茎病菌出现580bp的ITS保守区扩增片段和255bp的Actin基因的特异扩增带,向日葵茎溃疡病菌出现580bp的ITS保守区扩增片段和394bp的Actin基因特异扩增带.所有菌株均未见非特异性片段的干扰.此三重PCR检测体系的建立为此两种检疫性真菌病害的同步分子检测提供了特异方法. 展开更多
关键词 向日葵黑茎病菌 向日葵茎溃疡病菌 检疫性真菌 三重pcr 特异分子检测
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应用多重PCR方法检测石蜡包埋组织标本中的分枝杆菌DNA 被引量:3
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作者 李子玲 秦卫松 +2 位作者 岳清华 孟奎 林勍 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期69-75,共7页
应用多重PCR方法检测并鉴别石蜡包埋组织中的结核分枝杆菌复合体与非结核分枝杆菌DNA扩增片段类型 ,为结核分枝杆菌复合体感染与非结核分枝杆菌感染的病理学诊断提供一种补充的鉴别诊断方法。应用三对具有特异性的寡核苷酸引物 ,进行多... 应用多重PCR方法检测并鉴别石蜡包埋组织中的结核分枝杆菌复合体与非结核分枝杆菌DNA扩增片段类型 ,为结核分枝杆菌复合体感染与非结核分枝杆菌感染的病理学诊断提供一种补充的鉴别诊断方法。应用三对具有特异性的寡核苷酸引物 ,进行多重PCR扩增。这三对引物分别对应于分枝杆菌 6 5kD表面抗原、结核分枝杆菌插入序列IS6 1 1 0及人类β 珠蛋白基因的部分序列 ,其扩增产物分别为 3 83bp、1 2 3bp和 2 6 8bp。此种多重PCR方法检测的灵敏度为 0 6pg。经多重PCR扩增后进行凝胶电泳 ,结核分枝杆菌复合体 (结核分枝杆菌、牛型结核分枝杆菌、BCG)均可见 3 83bp、1 2 3bp片段 ,而非结核分枝杆菌 (鸟、龟、瘰疬、蟾蜍、堪萨斯、胞内、耻垢分枝杆菌 )仅见 3 83bp片段 (猿猴分枝杆菌与结核分枝杆菌复合体相同 )。与上述相比 ,分枝杆菌感染的临床标本分别增加了一条 2 6 8bp片段。对 2 0 9例临床初步诊断为淋巴结结核病人的石蜡包埋组织标本进行了多重PCR检测 ,1 93例病理诊断为淋巴结结核、结核性肉芽组织、结核性肉芽肿性炎症病人的标本 ,检测结果符合结核分枝杆菌复合体感染。1 6例病理诊断为可疑淋巴结结核病人的标本 ,1 5例检测结果符合结核分枝杆菌复合体感染 ,1例符合非结核分枝杆菌感染。此种多重PCR方法可? 展开更多
关键词 多重聚合酶链反应 结核分枝杆菌复合体 非结构分枝杆菌 石蜡包埋组织标本 病毒DNA 检测
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猪圆环病毒2型猪伪狂犬病病毒和猪细小病毒三重PCR检测方法的建立 被引量:19
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作者 方立 徐辉 +3 位作者 陈伟杰 赵灵燕 倪柏锋 方维焕 《中国兽医科技》 CSCD 北大核心 2005年第12期954-958,共5页
针对猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2、猪伪狂犬病病毒(PRV)gD和猪细小病毒(PPV)VP2基因保守区域,设计了特异性引物,在分别建立单一病毒基因PCR检测方法的基础上,通过对3组引物的比例和浓度、dNTPs和Mg2+浓度、退火温度等条件的优化,建立了针... 针对猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2、猪伪狂犬病病毒(PRV)gD和猪细小病毒(PPV)VP2基因保守区域,设计了特异性引物,在分别建立单一病毒基因PCR检测方法的基础上,通过对3组引物的比例和浓度、dNTPs和Mg2+浓度、退火温度等条件的优化,建立了针对上述3种病毒的三重PCR检测方法。敏感性试验表明,应用该方法最低可检测到4×10-4ng/μL的PRV双链DNA模板和2×10-5ng/μL的PCV2和PPV单链DNA模板。对21份自然感染病猪样品的检测结果表明,该三重PCR检测结果与单一PCR检测的结果完全符合。试验结果显示,建立的三重PCR方法可用于3种DNA病毒的同时检测,具有快速、准确的特点,有临床应用前景。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 猪伪狂犬病病毒 猪细小病毒 三重pcr
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SIV、PCV-2、PRRSV三重PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 陈胜锋 徐振娜 +2 位作者 王丙云 计慧琴 陈志胜 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2013年第12期42-45,共4页
为建立猪流感病毒(SIV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)单一或混合感染的快速检测方法,针对病毒保守区设计3对特异性引物用于扩增SIV、PCV-2与PRRSV基因的相应片段,并通过优化反应条件,建立了SIV、PCV-2、... 为建立猪流感病毒(SIV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)单一或混合感染的快速检测方法,针对病毒保守区设计3对特异性引物用于扩增SIV、PCV-2与PRRSV基因的相应片段,并通过优化反应条件,建立了SIV、PCV-2、PRRSV三重PCR检测方法,其最低检测限度为10-4-10-5数量级。用三重PCR和单项PCR/RT-PCR检测40份临床病料,符合率为100%。提示建立的三重PCR检测方法能够对SIV、PCV-2、PRRSV单一或混合感染的临床样品进行快速鉴别检测,具有一定的临床应用价值。 展开更多
关键词 猪流感病毒 猪圆环病毒2型 猪繁殖与呼吸综合征病毒 三重pcr
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应用三重RT-PCR技术检测三种马铃薯病毒 被引量:5
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作者 张威 白艳菊 +4 位作者 范国权 高艳玲 申宇 张抒 孟宪欣 《中国马铃薯》 2015年第3期162-166,共5页
马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯M病毒(PVM)和马铃薯A病毒(PVA)是导致马铃薯种薯退化的重要病毒,有时复合侵染,因此建立快速、准确检测体系尤为重要。试验从中、英文文献中查找引物,通过筛选和综合评价,每种病毒确定1对特异性引物,再通过对PC... 马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯M病毒(PVM)和马铃薯A病毒(PVA)是导致马铃薯种薯退化的重要病毒,有时复合侵染,因此建立快速、准确检测体系尤为重要。试验从中、英文文献中查找引物,通过筛选和综合评价,每种病毒确定1对特异性引物,再通过对PCR部分Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度梯度优化,最终建立了稳定的三重RT-PCR反应体系,得到长度分别为711、520、273 bp的特异性条带。应用该体系和DAS-ELISA方法同时对田间150份马铃薯毒源样品进行检测,两种方法检测结果吻合,三重RT-PCR体系的灵敏度更高、特异性更强,可以用于马铃薯田间样品检测。 展开更多
关键词 三重RT-pcr 马铃薯 PVX PVM PVA 检测
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