叶籽银杏trnS-trnG序列测定与分析

利用叶绿体基因trnS-trnG基因间隔区的通用引物,扩增并分析了不同地区的14个叶籽银杏和2个银杏的trnS-trnG基因间隔区序列,结果表明,14个叶籽银杏和2个银杏的trnS-trnG序列长度均为1005bp,A+T的含量为62.19%～62.39%。用DNASTAR软件对14个叶籽银杏和2个银杏的trnS-trnG基因间隔区序列进行同源性和差异性分析,建立了系统进化树。各样品之间变异小,14个叶籽银杏和2个银杏共有23个可变位点,1个信息位点,这些变异都以碱基的置换发生。除这些变异位点外的核苷酸序列完全相同,说明各样品序列之间具有高度同源性。YZ1变异位点较多,与其它样品的同源性较低。所测序列Blast检验后发现叶籽银杏trnS-trnG序列与银杏的相似度最高,苏铁类次之。

基于核基因ITS及叶绿体psbA-trnH和trnS-trnG基因怀地黄栽培起源探讨

目的 从野生型驯化为栽培品种角度分析地黄Rehmannia glutinosa的遗传多样性,探讨河南焦作地区怀地黄的栽培起源。方法 对地黄野生自然居群,栽培品种及其近缘物种ITS、psb A-trn H和trn S-trn G序列进行扩增和测序,分析比较中药材地黄野生自然居群,栽培品种间各序列的单倍型类型和核苷酸多态性,构建Neighbor-Joining（NJ）分子系统发育树。结果 单倍型分析结果显示,地黄野生居群单倍型类型数量（ITS 6个,psb A-trn H 8个,trn S-trn G 9个）明显高于怀地黄栽培品种单倍型类型数量（ITS 3个,psb A-trn H 2个,trn S-trn G 3个）。地黄野生居群的单倍型多样性和核苷酸多样性均远高于怀地黄栽培品种间,在3个基因联合系统树上,地黄野生居群和栽培品种所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为90%;23个栽培品种（29个样本）与来自温县的10号地黄野生居群聚为一支,支持率为78%。结论 地黄野生型驯化为栽培品种过程发生了明显的遗传瓶颈,导致现存怀地黄栽培品种遗传基础狭窄,遗传多样性降低。怀地黄栽培品种可能起源于河南温县区域的地黄野生群体。

濒危植物宽叶羌活天然居群cpDNA非编码区多态性分析

采用叶绿体DNA非编码区直接测序的方法,对青海、甘肃、四川3个省区内濒危植物宽叶羌活14个天然居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究,以明确其遗传背景,为宽叶羌活的保护提供理论依据。结果表明：（1）14个居群138个个体的序列长度介于509~515 bp；碱基组成A＋T含量较高（平均67.6%）。（2）根据序列的核苷酸变异共鉴定出31个单倍型,其中9种单倍型（H5、H1、H9、H10、H16、H17、H19、H20、H22）为居群所共享,而且单倍型H5分布最广、在10个群体的67个个体中检测到,占总样品数的48.56%。（3）14个居群宽叶羌活具有高水平单倍型多样性（Hd=0.750 3）和较高水平核苷酸多样性（Pi=0.007 11）,但31个单倍型没有按地理分布形成明显的族群,各地理单元中的单倍型相互混杂,没有明显的地理分化模式。（4）AMOVA分析、居群间分化度（FST=0.602 4）分析和基因流（Nm=0.330）分析的结果一致,表明宽叶羌活大部分遗传变异（60.24%）发生在居群间,居群间的基因流较低,群体间变异是宽叶羌活的主要变异来源。（5）14个居群的遗传距离在0.000～0.007,平均为0.003,表明居群间的亲缘关系较远,且居群间的遗传距离与地理距离之间无显著相关关系（P=0.143）,说明宽叶羌活居群遗传变异的分布没有明显的地理趋势。研究认为,宽叶羌活居群间高的遗传变异可能是由基因流受阻、遗传漂变、地理隔离造成的,并提出了对该物种遗传多样性的保护策略。

西川红景天nrDNA ITS序列初步研究

[目的]对西川红景天nrDNA ITS序列进行分析,并与cpDNA(叶绿体DNA)trnS-trnG序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步比较2套植物基因组的进化速率。[方法]采用改良CTAB法从硅胶干燥的西川红景天叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS区进行扩增、纯化、测序,然后与cpDNAtrnS-trnG和rpl20-rps12序列进行比较。[结果]序列比对后得到长度为701 bp的ITS序列,其中变异位点13处,占总序列的1.85%。在13处变异位点中,8处为碱基置换,5处为插入/缺失。(A+T)含量为46.9%,(G+C)含量为53.1%。核苷酸多样性为0.004 27。[结论]西川红景天nrDNA ITS区域较cpDNAtrnS-trnG序列和rpl20-rps12序列保守,进化速率较慢。

西川红景天nrDNA ITS序列初步研究(英文)

[Objective] The study aimed to analyze the ITS sequences of nrDNA from Rhodiola alisa and investigate the difference of evolution rate between nrDNA and trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of cpDNA(chloroplast DNA).[Method]Total DNA was extracted from silica-dried leaves of R.alsia by using modified CTAB method.With the extracted DNA sample as template,nrDNA ITS region was amplified,then purified and sequenced.In addition,the yielded ITS sequences were also compared with the known trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of cpDNA from R.alsia.[Result]The ITS sequence of nrDNA from R.alsia was 701 bp in length,of which 13 variable sites were found with a percentage of 1.85%.Of the 13 variable sites,8 were caused by point mutations,5 were the results of insertions or deletions.The(A+T)content and(G+C)content were 46.9% and 53.1%,respectively.The nucleotide diversity(π)was 0.004 27.[Conclusion]The ITS region of nrDNA from R.alsia was more conservative and evolved more slowly than the trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of its cpDNA.

基于叶绿体基因的药用梅群体遗传学研究

目的 对药用梅Prunusmume开展群体遗传学研究,揭示其遗传变异情况、单倍型地理分布格局,推测其起源和多样化中心。方法 采用叶绿体基因片段(psb A-trn H、rps16、trn S-trnG、ycf1b)对我国23个地区的药用梅野生群体进行测序,开展群体遗传多样性、遗传结构和历史动态分析。结果 药用梅共检测出20个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.790,核苷酸多样性(π)为0.001 71。AMOVA分析显示,药用梅在cp DNA水平上的遗传变异主要发生在群体间,表明该物种具有明显的谱系地理结构,群体间基因流主要以花粉流为主。中性检验和失配分布分析表明药用梅群体历史是基本稳定的,没有经历明显的快速扩张事件。单倍型中H2是分布最广泛的共享单倍型,H1、H15位于单倍型网络图中心位置。结论 药用梅具有明显的谱系地理结构,群体遗传性较高,四川、福建作为药用梅主产区,也是其起源和多样化中心。

DNA条形码在检疫性杂草银毛龙葵鉴定中的应用研究

银毛龙葵是我国进境植物检疫性有害生物,到目前为止我国还没有关于银毛龙葵的分子检测方法。本研究收集26份茄属植物样品,包括银毛龙葵5个不同来源的个体以及它的15个近缘种,使用了3个DNA区段trnS-trnG、ndhF和waxy来探讨银毛龙葵的DNA条形码检测方法。研究结果显示银毛龙葵从其近缘种中被成功鉴定出;此外trnS-trnG、ndhF和waxy 3个片段由于具有较强的分辨力而被建议作为茄属植物补充条形码。该研究对于银毛龙葵及其他茄属植物的检疫和监测具有重要价值。