基于生物信息学探讨复发性静脉血栓栓塞症易感基因在恶性肿瘤中的临床意义

目的探讨复发性静脉血栓栓塞症(VTE)的发病机理及其与恶性肿瘤的相关性,运用生物信息学预测易感基因并分析其在肿瘤组织中的表达和总生存期(OS)。方法基因预测基于GEO2R在线分析工具对GSE19151芯片分析,筛选差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,构建PPI网络获取关键基因与疾病相关基因取交集,得到易感基因。利用GEPIA2数据库分析易感基因在肿瘤中的表达及预后情况。结果共筛选出211个DEGs,其中上调49个、下调162个。上调基因GO生物学过程主要涉及生长素响应因子(ARF)蛋白信号转导的调节、B细胞受体信号通路、Rho蛋白信号转导和细胞外渗的正向调节等;KEGG信号通路涉及志贺氏菌病、人类T细胞白血病病毒Ⅰ型感染、磷脂酶D信号通路、Rap1信号通路和磷脂酰肌醇信号通路等。PPI网络分析出19个关键基因,与疾病相关基因相交,得到5个易感基因,分别为TP53、ICAM1、PIK3CD、PLEC和TLN1。与其他肿瘤比较,易感基因在脑胶质瘤中分布较为集中,TP53、ICAM1、PIK3CD和TLN1高表达者的OS显著低于低表达(P<0.05),TP53、ICAM1和TLN1在脑胶质瘤肿瘤组织中的表达显著高于正常组织(P<0.05)。结论通过生物信息学的分析方法挖掘出TP53、ICAM1、PIK3CD、PLEC和TLN1可能是复发性VTE的潜在标志物,其基因表达与肿瘤不良预后显著相关,为研究恶性肿瘤诱发VTE提供线索及方向。

信号转导和转录激活因子3和长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11在子痫前期胎盘中的表达及与胎盘螺旋动脉重铸的关系

目的 探究子痫前期(PE)病人胎盘组织中信号转导及转录活化因子3(STAT3)、长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11(lncRNA CASC11)表达水平与胎盘螺旋动脉重铸的关系。方法 选取2019年1月至2022年4月于沧州市人民医院行剖宫产分娩的68例PE病人为PE组,并选取同期该院行剖宫产分娩的68例健康孕妇为健康组。比较PE组、健康组一般资料及胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11的相关性;比较健康组与PE组胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积的相关性。结果 PE组病人舒张压、收缩压高于健康组(P<0.05),胎盘组织中STAT3mRNA、lncRNA CASC11表达水平分别为0.40±0.14、0.46±0.15,低于健康组的1.04±0.35、1.01±0.34(P<0.05),胎盘螺旋动脉管壁厚度高于健康组(P<0.05),管腔面积小于健康组(P<0.05);PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11,及STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管腔面积均呈正相关(P<0.05),STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度呈负相关(P<0.05)。结论 PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平均较低,二者均与胎盘螺旋动脉重铸关系密切,可能为临床诊治PE提供新方向。

子宫内膜癌易感基因研究进展

子宫内膜癌是常见的影响女性健康的肿瘤疾病的一种,子宫内膜癌的发生率与社会经济水平、群众的生活质量、饮食、运动等习惯有着密切相关的联系。在临床上将子宫内膜癌类型分为多种,Ⅰ型子宫内膜癌更为多见,并且其发病年龄趋于年轻化,导致其发病的原因与长期无孕激素拮抗的雌激素有着密切的关联。子宫内膜癌的转移途径主要为直接蔓延、淋巴转移、血行转移,在疾病病发的早期会沿着子宫向输卵管、宫颈管等部位缓慢的延伸;淋巴转移是最为常见的、最为重要的一种转移途径。但目前临床对子宫内膜癌的发病机制仍未有一个明确的标准,但导致疾病发生与多种基因有着密切的关系,各种基因增加了女性患者换子宫内膜癌的风险。因此本文对子宫内膜癌易感基因进行综述。

髓系肿瘤遗传易感基因在骨髓增殖性肿瘤中的临床价值

目的:探讨髓系肿瘤遗传易感基因对骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者临床特征的影响。方法:收集2017年9月至2021年12月就诊于天津医科大学第二医院的232例MPN患者,通过靶向二代测序技术检测髓系肿瘤相关基因,并进行胚系验证,分析携带髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变MPN患者的临床特征及生存。结果:MPN患者髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变携带率为21.6%(50/232),携带髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变的PV、ET、PMF患者分别为25/114(21.9%)例、8/69(11.6%)例、17/49(34.7%)例,其中PMF患者携带率最高(P=0.01),且年龄较大(P=0.02)。携带髓系肿瘤遗传易感基因组的MPN患者较未携带组染色体异常发生率高(26.5%vs 11.8%,P=0.05)。MPN患者髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变主要集中在RAS通路,且携带RAS通路相关髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变的患者无AML进展生存期较未携带组更短(P<0.001)。携带CBL、TP53胚系突变的MPN患者总生存期较未携带者更短(P=0.001;P=0.043)。结论:MPN中PMF患者更易携带髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变;携带髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变的MPN患者易发生染色体异常;集中于RAS途径的髓系肿瘤遗传易感基因胚系突变的MPN患者更易进展为AML;CBL、TP53胚系突变影响MPN患者的总生存。

肿瘤易感基因101在胃癌细胞中的表达及意义

目的 探讨肿瘤易感基因 10 1(TSG10 1)在不同胃癌细胞系中的表达及其意义。方法 采用巢式RT PCR、DNA重组技术和Westernblot等方法从mRNA和蛋白水平检测TSG10 1的表达。结果 在 7株胃癌细胞系中均有野生型TSG10 1表达 ,经测序分析无基因突变 ;此外 ,尚存在 1个 2 88bp的剪接变异体 ;在胃癌细胞系MKN4 5、SGC790 1及其耐药亚系SGC790 1/VCR和SGC790 1/ADR中 ,还发现 1个 874bp的剪接变异体 ;并发现野生型TSG10 1在SGC790 1/VCR和SGC790 1/ADR中的表达较亲本细胞SGC790 1增高。结论 TSG10 1及其剪接变异体的表达在胃癌细胞系中常见 ,野生型TSG10 1可能参与了胃癌多药耐药的发生。

胃低分化腺癌中肿瘤易感基因101的表达与细胞增殖的关系

目的观察胃低分化腺癌中肿瘤易感基因(TSG)101蛋白的表达,关注其与增殖细胞核抗原(PCNA)标记的增殖指数的相关性。方法57例经病理确诊为胃低分化腺癌的患者术后蜡块组织作为观察组,21例胃高分化腺癌术后组织作为对照组,21例正常胃黏膜组织作为正常对照组。三组中TSG101和PCNA的检测应用免疫组化SP法。结果观察组中TSG101表达的阳性率明显低于对照组和正常对照组,PCNA表达的阳性率明显高于对照组和正常对照组,观察组中TSG101和PCNA表达的阳性率与肿瘤的脉管累犯、肿瘤最大径密切相关,TSG101表达的阳性率与肿瘤的淋巴结转移密切相关,PCNA表达的阳性率与肿瘤的浸润深度密切相关;相关分析显示TSG101与PCNA呈负相关性。结论 TSG101在胃低分化腺癌中可能起抑癌基因样的作用,TSG101可能通过对肿瘤细胞增殖进行调节发挥作用。

肿瘤易感基因101的裸鼠荷瘤实验

目的探讨胃癌细胞SGC7901中高表达的肿瘤易感基因101(TSG101)对肿瘤增殖的作用及机制。方法将不同TSG101表达水平的胃癌细胞亚系接种于裸鼠体内,观察移植瘤生长状况及相关因子的表达。结果 TSG101转染组裸鼠的移植瘤体积明显高于空质粒组与未转染组(P<0.05)。TSG101转染组瘤组织切片中血管内皮细胞生长因子(VEGF)表达明显高于空质粒组和未转染组(P<0.05)。结论 SGC7901细胞中高表达的TSG101可能通过上调VEGF的表达增强胃癌细胞增殖。

TSG 101基因敲低对猪伪狂犬病病毒体外增殖的影响

本研究旨在使用慢病毒包装敲低技术构建敲低肿瘤易感基因(tumor susceptibility gene 101,TSG 101)的慢病毒质粒及稳转PK15细胞系,并验证该敲低细胞系对伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)感染的影响。针对TSG 101基因构建并筛选,成功获得重组慢病毒,用获得的重组慢病毒感染PK15细胞,并使用嘌呤霉素进行筛选,获得稳转敲低TSG 101基因的PK15细胞系。通过Real-time PCR以及Western blot方法对所构建的细胞系进行编辑效率检测;使用CCK-8法对筛选出的细胞系进行细胞活力及生长状况检测;通过流式细胞术、Real-time PCR、Western blot以及子代病毒滴度方法验证该细胞系对PRV复制的影响;最后对PRV的吸附、进入以及复制阶段的试验探究敲低TSG 101基因对于PRV感染有影响的阶段。结果表明,1)本研究所构建的细胞系中TSG101的表达明显降低,并将该细胞系命名为sh-TSG101细胞系;2)细胞活性检测结果显示,敲低TSG 101基因对细胞活性及生长情况无显著影响;3)使用PRV-GFP、PRV-QXX感染sh-TSG101,体外试验证明敲低TSG 101对PRV的增殖有显著的抑制作用。4)病毒的吸附、进入以及复制试验证明,敲低TSG 101在PRV的复制阶段有明显的抑制作用。综上,本研究成功构建TSG 101基因敲低的PK15细胞系,体外敲低TSG101能够显著抑制PRV增殖,为PRV等DNA病毒性疾病的防控提供了新思路,并为进一步探究TSG101调控PRV感染的分子机制奠定了基础。

肺浸润性腺癌中肿瘤易感基因101和上皮型黏附蛋白的表达

目的检测肺浸润性腺癌中肿瘤易感基因(TSG)101和上皮型黏附蛋白(E-cadherin)的表达,探讨二者关系及意义。方法确诊为肺腺癌的术后标本68例作为观察组,选择距肿瘤边缘>3 cm的正常肺组织18例作为对照组,均留取术后石蜡包埋的组织,应用免疫组化SP法检测两组中TSG101和E-cadherin的表达。结果两组中TSG101和E-cadherin表达的阳性率差异有统计学意义(P<0.01),两组中TSG101和E-cadherin表达的阳性率与肿瘤的淋巴结转移密切相关(P<0.05),TSG101的表达与肿瘤的分化程度相关(P<0.05),E-cadherin的表达与肿瘤的胸膜累犯密切相关(P<0.05)。二者均与患者的性别、年龄无关(P>0.05)。线性相关分析显示二者在观察组中的表达无相关性(P>0.05)。结论 TSG101和Ecadherin在肺腺癌中异常表达可以促进肿瘤的形成和进展。TSG101和E-cadherin无明显的协同作用。

复杂疾病基因定位策略与肿瘤易感基因鉴定

对于不存在某单一基因位点经典的孟德尔显性或隐性遗传模式的疾病,称为复杂疾病,肿瘤是最常见的类型之一.目前,以连锁和相关分析为基础的功能克隆、功能候选克隆、定位克隆、定位候选克隆、系统生物学等复杂疾病易感基因定位策略逐渐发展起来.其中,系统生物学策略由于整合了从DNA到蛋白质的各个层面的信息,对复杂疾病基因调控网络做出了良好诠释,使其成为最有潜力的方法之一.目前,虽然已有近100种肿瘤/遗传性癌综合症的易感基因被鉴定出来,但未来的复杂疾病易感基因定位工作仍充满了挑战.

肿瘤易感基因101与肿瘤发生发展的关系

肿瘤易感基因101所编码的蛋白质参与多种重要的生物功能,如泛素化、细胞增殖与生存、病毒出芽等,其表达的稳定性对于维持细胞内稳态和细胞周期调控很重要,这种稳定性一旦被干扰会导致细胞转化。有意思的是,TSG101在人类恶性肿瘤中的表达既有上调又有下调;剪接变异体的发现则提出又一种可能的解释。目前,TSG101与肿瘤发生的关系以及其在癌细胞中的表达调控机制仍未明了。

长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11在卵巢癌组织中的表达及意义

目的观察长链非编码RNA(lncRNA)肿瘤易感候选基因11(CASC11)在卵巢癌组织中的表达情况,探讨抑制该基因对卵巢癌SKOV3细胞增殖、迁移和侵袭力的影响。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测卵巢癌组织和癌旁组织中CASC11表达情况。将SKOV3细胞分为si-CASC11组、阴性对照组和空白组,分别转染CASC11的干扰物序列、阴性对照序列和加入转染试剂,采用实时荧光定量PCR法检测细胞中CASC11表达情况,采用噻唑蓝(MTT)法检测细胞增殖活力,采用划痕实验检测细胞迁移能力,采用Transwell小室检测细胞侵袭能力。结果卵巢癌组织中CASC11相对表达量高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.001)。不同分化程度、国际妇产科联盟(FIGO)分期和淋巴结转移情况下,卵巢癌组织中CASC11相对表达量差异有统计学意义(P<0.05)。与阴性对照组和空白组比较,si-CASC11组细胞中CASC11相对表达量降低,细胞增殖活力、迁移能力、侵袭能力降低,差异有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。结论卵巢癌组织中CASC11呈高表达,且与恶性进展临床病理指标相关,抑制CASC11表达能够显著抑制SKOV3细胞增殖、迁移和侵袭能力。

肿瘤坏死因子基因多态性与疾病的易感性

近年来 ,肿瘤坏死因子 (TNF)的各种生物活性已被鉴定 ,并且对 TNF基因的多态性有一定的认识。经研究发现在某些疾病中 ,TNF基因的多态性与 TNF表达量特征性升高有关 ,进一步研究发现 ,这种多态性与某些疾病的易感性及疾病的进展、预后相关。

与肺部肿瘤和急性肺损伤有关的几个易感基因

基因是指能够合成有功能的蛋白质或RNA所必须的全部DNA序列(除部分病毒RNA外),即一个基因不仅包括编码蛋白质或RNA的核酸序列,还应包括为保证转录所必需的调控序列.目前,普遍认为人类疾病的发生都直接或间接与基因受损有关,遗传因素是内因,环境因素是外因,人类疾病是遗传因素(基因组信息)与环境因素相互作用的结果.

胃肠肿瘤易感基因调控网络的生物信息学研究

基因调节是一个连续而复杂的过程，正常细胞中的基因通过多途径、多步调节的网络来控制细胞生长、发育和细胞凋亡，也是细胞分化和肿瘤生成等生物现象的深层原因。基因调控网络是连续的多层次动力系统模型，具有稳定性、层次性、复杂性、

破译肿瘤易感基因，期待个体性肿瘤防治的应用——记中国医科院肿瘤研究所林东昕教授及其获奖项目

恶性肿瘤是多基因参与的一类复杂性疾病,其病因及发病机制尚不完全清楚。环境因素是大多数肿瘤的病因,但暴露于相同环境的人群只有少数个体发病,提示个体的遗传易感因素起重要作用。许多年来,肿瘤领域的科学家在寻找肿瘤遗传易感基因方面进行了大量卓越的研究,相继发现了一些高外显度的肿瘤易感基因(先天性突变基因)。然而这些易感基因只在某些罕见的家族性肿瘤中出现,而绝大多数常见肿瘤如肺癌、食管癌、贲门癌等并不存在特异的先天性突变基因。那么什么是大多数常见肿瘤的遗传易感因素?这个未知问题已成为肿瘤学乃至生物医学领域积极探讨的基本科学问题。近日,记者采访到了中国医学科学院肿瘤研究所林东昕教授,请他介绍了遗传因素对于肿瘤预防和治疗方面的重要影响。林东昕教授是中国医学科学院中国协和医科大学肿瘤医院肿瘤研究所病因及癌变研究室主任,同时兼任癌发生及预防分子机理北京市重点实验室主任,在研究致癌物代谢、DNA修复、细胞周期和凋亡控制、肿瘤免疫等基因遗传变异与肺癌、食管癌、乳腺癌等常见肿瘤发生和发展的关系方面取得了许多创新性成果,2006年在全国科技奖励大会上,由林老师为第一完成人的"单核苷酸多态与肿瘤的研究"项目获得了国家自然科学二等奖。

Wilms肿瘤易感基因在急性髓系白血病中的研究进展

Wilms肿瘤易感基因(Wilms tumor type 1,WT1)起初作为肿瘤抑制基因而被大家认识,而最近报道指出WT1作为原癌基因在正常造血系统细胞增殖分化过程中发挥着重要的作用,且预示着较差的肿瘤预后。表明WT1基因与疾病的发生、发展及预后存在密切关系。近年来对WT1基因的表达、突变与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)疗效和预后的关系有进一步的研究进展。本文就近几年WT1在AML疾病中的作用进行了综述,旨在全面考虑该基因对于疾病的作用并对患者实施分层治疗,从而达到精准治疗。

针对胃癌多基因变异特性鉴定肿瘤易感基因

目的 :针对胃癌发生、发展过程中多基因变异的特性 ,鉴定几类与肿瘤相关的基因在胃癌中的改变 ,进一步探讨其与肿瘤易感性的关系。方法 :选择c met原癌基因、错配修复基因hMLH1、E cadherin基因以及HLA Ⅱ类区的 (DQA1、DR2、DR3、DR4、DR7、DR9) 6个基因位点 ,采用PCR系列技术对 32例肠型胃癌标本和 4个胃癌细胞系进行检测以确定上述基因在肠型胃癌中的变异情况。结果 :在c met基因第 17、18和 19外显子未检测到点突变。对错配修复基因hMLH1的D3S12 98和D3S15 6 1两个位点进行微卫星不稳定性 (microsatelliteinstability ,MSI)和杂和性缺失 (lossofheterozygosity ,LOH)检测 ,其中在D3S12 98位点检测到 6例MSI,2例LOH ,D3S15 6 1位点有2例检测到MSI。在E cadherin基因附近选择两个微卫星位点D16S30 83和D16S30 95进行MSI和LDH检测 ,D16S30 83位点有 4例检测到MSI ,2例有LOH ,D16S30 95位点未检测到MSI和LOH。HLA Ⅱ类基因区 6个基因位点基因型在个体中存在着明显多态性 ,PCR SSCP结果显示DR4基因位点有较高频率的变异 (9/ 2 0 ) ,明显高于其它几个基因位点。结论 :c met原癌基因在胃癌中的变化方式不是以点突变为主 ,hMLH1、E cadherin基因在肠型胃癌中有明显改变 ,HLA Ⅱ类基因区DR4基因的变异可能与?

癌症易感基因及其所致肿瘤综合征的防治策略

癌症易感基因是近几年研究的热点之一。癌症易感基因异常所致的肿瘤综合征具有遗传性及伴有其他器官病变等特性。不同类型的癌症易感基因突变可引起不同的肿瘤综合征。通过对病人肿瘤发生的家族史的了解、遗传学咨询、遗传学试验等措施可以对不同的遗传性肿瘤综合征提出相应的防治策略。