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Investigation of Radix Achyranthis Bidentatae Phytochemistry and Pharmacology 被引量:6
1
作者 Liu Yang A-Jiao Hou +7 位作者 Mei-Ling Yan Xu-Dong Xing Xin-Yue Guo Hai Jiang Bing-You Yang Kelvin Chan Qiu-Hong Wang Hai-Xue Kuang 《World Journal of Traditional Chinese Medicine》 2019年第1期50-60,共11页
Radix achyranthis bidentatae(RAB), a member of the Amaranthaceae family, has been widely used in Traditional Chinese Medicine for1000 s of years. Increasing interest in RAB-derived medicinal has led to the discovery o... Radix achyranthis bidentatae(RAB), a member of the Amaranthaceae family, has been widely used in Traditional Chinese Medicine for1000 s of years. Increasing interest in RAB-derived medicinal has led to the discovery of additional triterpenoid saponins, phytoecdysones,polysaccharides, and many other compounds, as well as investigations into their pharmacology. A large number of pharmacological studies have shown RAB and its active components possess a range of pharmacological activities, including anti-tumor, anti-fertility, anti-senile, and anti?inflammatory effects. This review is an up?to?date summary and synthesis of the uses of RAB from phytochemical and pharmacological perspectives. 展开更多
关键词 pharmacology phytoecdysones POLYSACCHARIDES RADIX achyranthis bidentatae TRITERPENOID SAPONINS
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车前子、牛膝配伍治疗膜性肾病的网络药理学研究 被引量:12
2
作者 赵宏 高琪 +4 位作者 孔令洲 焦莹莹 张宇 沈宇 舒尊鹏 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1343-1349,共7页
目的研究车前子、牛膝配伍治疗膜性肾病可能的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索筛选出车前子、牛膝有效活性成分与作用靶点;利用OMIM、GeneCards数据库搜索膜性肾病的相关靶点;采用R语言对成分靶点和疾病靶点进行映... 目的研究车前子、牛膝配伍治疗膜性肾病可能的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索筛选出车前子、牛膝有效活性成分与作用靶点;利用OMIM、GeneCards数据库搜索膜性肾病的相关靶点;采用R语言对成分靶点和疾病靶点进行映射,将交集靶点上传至在线STRING数据库,构建蛋白相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.1软件绘制成分-靶点-疾病网络图和PPI网络图;运用分子对接软件对活性成分及关键靶点进行分子对接,验证网络分析结果;利用DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果去重后共得到27个有效成分,包括槲皮素(Quercetin)、山奈酚(Kaempferol)、小檗碱(Berberine)等;关键靶点12个,涉及转录因子AP-1(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素6(IL-6)等;GO功能富集分析得到GO条目106个,KEGG通路富集得到99条信号通路,主要涉及MAPK信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路和相关疾病通路等。结论初步揭示了车前子、牛膝配伍治疗膜性肾病具有多成分、多靶点、多途径的特点。通过调控MAPK等信号通路来影响炎性因子的表达及肾小球系膜细胞的增生,达到治疗膜性肾病的作用。 展开更多
关键词 车前子 牛膝 网络药理学 膜性肾病 分子对接
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独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证 被引量:11
3
作者 张永奎 李念虎 +4 位作者 井成 王象鹏 宋绪钰 毕荣修 谢文鹏 《广州中医药大学学报》 CAS 2023年第3期713-720,共8页
【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运... 【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集;运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活-牛膝药对中槲皮素与MMP9、VEGFA、TP53等关键靶点有较好的结合能力。体外实验验证结果显示,蛋白免疫印迹(Western Blot)及定量聚合酶链反应(RT-PCR)证明槲皮素可以抑制MMP9、VEGFA、TP53的表达(P<0.05)。【结论】独活-牛膝药对治疗KOA的机制可能是通过抑制MMP9、VEGFA、TP53的表达进而综合抑制炎症反应、影响软骨代谢及细胞增殖凋亡的结果。 展开更多
关键词 独活 牛膝 药对 膝骨关节炎 网络药理学 分子对接 细胞验证
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牛膝防治慢性牙周炎机制的网络药理学研究 被引量:4
4
作者 赵今 吴泽钰 +1 位作者 龚怡 王琛 《新疆医科大学学报》 CAS 2021年第4期399-406,共8页
目的用网络药理学方法研究牛膝防治慢性牙周炎(chronic periodontitis, CP)的主要活性成分,以及分析其潜在分子机制和药理活性。方法在TCMSP数据库获取牛膝的主要化学成分及作用靶点,从Genecards等数据库搜索CP疾病靶点,通过韦恩分析获... 目的用网络药理学方法研究牛膝防治慢性牙周炎(chronic periodontitis, CP)的主要活性成分,以及分析其潜在分子机制和药理活性。方法在TCMSP数据库获取牛膝的主要化学成分及作用靶点,从Genecards等数据库搜索CP疾病靶点,通过韦恩分析获得交集靶点。构建牛膝防治CP的"成分-靶点"网络,并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI network)。进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析后,构建"成分-靶点-通路"网络。结果获得牛膝活性成分20个,交集靶点183个,其中关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等。牛膝治疗CP的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、黄芩苷等。GO富集分析得到抑菌活性等952个GO条目。KEGG富集分析得到IL-17信号通路等101条通路。结论阐述了牛膝中治疗CP的主要成分、作用靶点和途径,为进一步开发牛膝中的主要成分来防治CP具有重要的研究价值。 展开更多
关键词 牛膝 慢性牙周炎 网络药理学 作用机制
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牛膝多糖对小鼠细胞免疫功能的影响 被引量:31
5
作者 宋义平 刘彩玉 +1 位作者 周刚 刘雄伯 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 1998年第3期158-159,共2页
从牛膝根中提取分子量为4.17KD的多糖(ABP4170),对其影响小鼠细胞免疫功能的性质进行了实验研究。结果显示,小鼠ip100、200mg/(kg·d)×8d,可以增强H22腹水型肝癌小鼠的自然杀伤细胞(... 从牛膝根中提取分子量为4.17KD的多糖(ABP4170),对其影响小鼠细胞免疫功能的性质进行了实验研究。结果显示,小鼠ip100、200mg/(kg·d)×8d,可以增强H22腹水型肝癌小鼠的自然杀伤细胞(NK)和淋巴因子(IL_2)激活的杀伤细胞(LAK细胞)的杀瘤活性,并显著地提高小鼠的TNF_α与IL_2的产生水平,其效果与ip猪苓多糖注射液40mg/(kg·d)×8d相当。 展开更多
关键词 牛膝多糖 药理学 细胞免疫 药物作用
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牛膝治疗骨关节炎作用机制的网络药理学探讨 被引量:12
6
作者 魏锦强 孙赫 +3 位作者 曹学伟 徐逸生 李春花 吴柯柯 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1052-1060,共9页
目的采用网络药理学的原理和方法探讨牛膝治疗骨关节炎(osteoarthritis,OA)的物质基础和作用机制。方法先通过TCMSP、Batman-TCM、DrugBank数据库及手工检索获得牛膝活性成分及作用靶点,然后与从Drugbank等6个数据库挖掘的骨关节炎疾病... 目的采用网络药理学的原理和方法探讨牛膝治疗骨关节炎(osteoarthritis,OA)的物质基础和作用机制。方法先通过TCMSP、Batman-TCM、DrugBank数据库及手工检索获得牛膝活性成分及作用靶点,然后与从Drugbank等6个数据库挖掘的骨关节炎疾病靶点匹配,经Cytoscape软件构建网络、拓扑学分析,再分别用ClueGO和R软件包clusterProfiler对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后采用AutoDock 4.2和PyRx软件对活性成分和主要核心靶点进行分子对接。结果获得22个牛膝潜在活性成分和203个靶蛋白,收集到205个骨关节炎疾病靶点,得到29个牛膝治疗骨关节炎的关键靶点。GO功能和KEGG通路富集结果显示,牛膝治疗骨关节炎涉及趋化因子代谢、吞噬作用调节等多个生物过程,以及涉及软骨细胞增殖、分化、凋亡及炎症反应等多条通路。分子对接结果提示牛膝治疗骨关节炎的活性成分与核心靶点IL6、PTGS2、VEGFA、TNF、TP53有良好的亲和力。结论牛膝治疗骨关节炎具有多靶点、多通路的特点。牛膝可能通过多条通路直接或者间接影响骨关节炎的发生和发展,与目前牛膝治疗骨关节炎的机制研究相符。 展开更多
关键词 骨关节炎 牛膝 网络药理学 作用机制 信号通路 分子对接
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基于网络药理学的牛膝防治骨质疏松潜在分子机制研究 被引量:17
7
作者 鞠洋 曲宁宁 任艳玲 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第3期40-44,I0012,I0013,共7页
目的通过网络药理学方法探讨牛膝防治骨质疏松(Osteoporosis)潜在的分子生物学机制。方法从文献资料及中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取牛膝相关活性成分及靶点;通过Therapeutic Target Database、DrugBank以及DisGeNET数据库查找与Os... 目的通过网络药理学方法探讨牛膝防治骨质疏松(Osteoporosis)潜在的分子生物学机制。方法从文献资料及中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取牛膝相关活性成分及靶点;通过Therapeutic Target Database、DrugBank以及DisGeNET数据库查找与Osteoporosis相关的靶点,并将牛膝及Osteoporosis靶点通过基因标准化后进行映射;利用STRING数据库筛选核心靶点,通过Cytoscape软件进行靶蛋白之间可视化分析;利用DAVID数据库对核心靶点蛋白进行GO及KEGG通路富集分析,并构建牛膝-成分-靶点-信号通路多维网络。结果共得到牛膝21个活性成分,主要成分有β-蜕皮甾酮、黄连碱、小檗碱、β-谷甾醇、黄连素、黄芩苷等;211个牛膝相关靶点,主要包括SELE、VCAM1、ICAM1、ESR1、AR、IL6、IL1B、MYC等;485个Osteoporosis相关靶点,主要包括VDR、ESR1、AR、PGR、CALCR、SOST、SHBG等。映射结果通过STRING筛选出TNF、ESR1、AR、IL6、IL1B等共35个核心靶点。GO注释分析筛选出280个生物学过程,包括对雌二醇的反应、血管内皮生长因子产生的正调控、细胞增殖的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、血管生成等过程;20个细胞组分主要涉及线粒体、细胞器膜、蛋白质复合物等;50个分子功能主要包括蛋白质结合、维生素D24羟化酶活性、雌激素受体活性、血红素结合、铁离子结合等。KEGG富集分析结果有87条信号通路,主要涉及破骨细胞分化、NF-κB信号通路、MAPK信号通路、雌激素信号通路、肌萎缩侧索硬化(ALS)、造血细胞系等。结论牛膝是通过多成分、多靶点、多途径相互作用,从而达到防治骨质疏松的目的。 展开更多
关键词 网络药理学 牛膝 骨质疏松 分子机制
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基于网络药理学探讨牛膝-王不留行治疗糖尿病勃起功能障碍大鼠的机制研究 被引量:5
8
作者 王继升 李海松 +7 位作者 李霄 代恒恒 鲍丙豪 冯隽龙 邓省 龙中闻 徐洪胜 王彬 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第5期1579-1587,共9页
目的为了探索牛膝-王不留行治疗糖尿病勃起功能障碍大鼠的靶点、机制。方法通过TCMSP数据库收集牛膝-王不留行活性成分及潜在靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集糖尿病勃起功能障碍相关的疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交... 目的为了探索牛膝-王不留行治疗糖尿病勃起功能障碍大鼠的靶点、机制。方法通过TCMSP数据库收集牛膝-王不留行活性成分及潜在靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集糖尿病勃起功能障碍相关的疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交集得到共同靶点,进行PPI分析;使用Cytoscape构建可视化"药物-靶点-疾病"网络并进行分析,通过R语言对共同靶点进行GO富集与KEGG富集分析。通过腹腔注射链脲佐菌素(STZ)溶液(55 mg·kg^(-1))构建糖尿病大鼠模型,予以阿扑吗啡(APO)皮下注射(100 ug·kg^(-1))筛选糖尿病勃起功能障碍(DMED)模型。造模成功后予以牛膝-王不留灌胃干预。通过APO诱导来评估大鼠勃起功能,运用HE染色观察大鼠阴茎海绵体组织结构变化,采用PCR和Western blotting方法检测组织相关蛋白及mRNA的表达,以验证牛膝-王不留行对DMED治疗作用及机制。结果网络药理学研究结果表明ICAM-1和NOS是牛膝-王不留行在治疗DMED中的关键靶点。实验结果表明牛膝-王不留行可以明显的改善DMED大鼠的勃起功能,同时可以明显改善阴茎海绵体组织结构结构。与模型组相比,药对可以抑制大鼠阴茎组织中ICAM-1蛋白及mRNA的表达,并促进NOS蛋白及mRNA的表达。结论牛膝-王不留行通过抑制ICAM-1和促进NOS蛋白及mRNA的表达,进而改善阴茎海绵体组织结构,从而调节DMED的大鼠的勃起功能。 展开更多
关键词 牛膝-王不留行 糖尿病勃起功能障碍 网络药理学
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牛膝-杜仲药对治疗糖皮质激素性骨质疏松症的网络药理学分析 被引量:8
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作者 张孙正远 李峻昊 +4 位作者 章喻 魏元基 吴宏进 王成龙 戴薇薇 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1377-1385,共9页
目的运用网络药理学方法及体外实验探讨牛膝-杜仲药对治疗糖皮质激素性骨质疏松症(GIOP)的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选牛膝-杜仲药对的活性成分并预测其作用靶点;利用DrugBank、GeneCards、OMIM、PharmGkb数据库筛选GIOP疾病相... 目的运用网络药理学方法及体外实验探讨牛膝-杜仲药对治疗糖皮质激素性骨质疏松症(GIOP)的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选牛膝-杜仲药对的活性成分并预测其作用靶点;利用DrugBank、GeneCards、OMIM、PharmGkb数据库筛选GIOP疾病相关靶点,并与牛膝-杜仲活性成分作用靶点映射取交集,交集基因即为牛膝-杜仲药对治疗GIOP的潜在作用靶点。采用STRING数据库构建潜在作用靶点的蛋白互作(PPI)网络;利用Cytoscape 3.8.2软件构建“活性成分-潜在作用靶点”网络;通过R 4.1.1软件对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。以牛膝-杜仲(10μg·mL-1)对地塞米松(10-5mol·L^(-1))诱导损伤的MLO-Y4骨细胞进行干预,采用CCK-8法检测细胞增殖能力,采用流式细胞术检测细胞凋亡情况。结果从牛膝、杜仲中分别筛选出20、28个活性成分,预测得到976个作用靶点(牛膝、杜仲共同作用靶点205个),筛选出2006个GIOP疾病相关靶点,最终确定133个牛膝-杜仲药对治疗GIOP的潜在作用靶点。筛选出槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、β-胡萝卜素、β-谷甾醇、豆甾醇等关键活性成分;得到JUN、FOS、ESR1、MYC、CDKN1A、AKT1、CCND1、CTNNB1、HIF1A、MAPK14、RELA等核心靶点;KEGG通路富集分析得到166条信号通路,筛选得到与GIOP密切相关的细胞增殖、凋亡相关通路及骨代谢相关通路。体外实验结果显示,与模型组比较,牛膝+杜仲组的细胞存活率明显升高,细胞总坏死率显著降低,差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。结论牛膝-杜仲药对治疗GIOP具有多成分、多靶点、多途径的特点,可能与其通过槲皮素、山柰酚、黄芩素、β-谷甾醇等活性成分,调控细胞凋亡、自噬、PI3K-Akt、HIF-1等多条信号通路有关。 展开更多
关键词 牛膝 杜仲 糖皮质激素性骨质疏松症 网络药理学 MLO-Y4骨细胞 凋亡 体外实验
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基于网络药理学探讨当归-牛膝防治骨关节炎的作用机制 被引量:3
10
作者 林青 王南卜 +8 位作者 李小云 叶倩云 王昊宇 黄嘉家 梁梓雯 王攀攀 朱晓峰 杨丽 张荣华 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2022年第9期3532-3547,共16页
目的运用网络药理学、分子对接、细胞验证方法,探讨当归-牛膝防治骨关节炎(Osteoarthritis,OA)的作用机制。方法从TCMSP筛选当归-牛膝的活性成分,并用Swiss Target Prediction预测其作用靶点;从GEO、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库收... 目的运用网络药理学、分子对接、细胞验证方法,探讨当归-牛膝防治骨关节炎(Osteoarthritis,OA)的作用机制。方法从TCMSP筛选当归-牛膝的活性成分,并用Swiss Target Prediction预测其作用靶点;从GEO、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库收集OA相关靶点。取活性成分与OA交集靶点,借助Cytoscape 3.8.2的BisoGenet构建交集靶点的蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,CytoNCA拓扑分析获得PPI核心靶点,ClueGO对PPI核心靶点进行GO和KEGG富集分析。运用Autodock4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。构建IL-1β诱导的软骨炎症细胞模型,RT-PCR与流式细胞仪验证预测结果。结果研究显示当归-牛膝活性成分与OA的交集靶点183个,PPI核心靶点373个;PPI核心靶点的GO富集分析涉及有丝分裂细胞周期相变等调控,KEGG涉及细胞周期、泛素介导的蛋白水解等信号通路;分子对接显示槲皮素、汉黄芩素、山奈酚与关键核心靶点ESR1、RELA、MAPK1、CDKN1A、CDK2具有较好亲和力。RT-PCR显示核心药效成分可调节细胞周期信号通路靶点的mRNA表达水平,增加软骨细胞的S、G_(2)/M期比例,提高软骨指标ACAN、COL2、SOX9的mRNA表达水平。结论该研究验证了当归-牛膝药对可介导细胞周期信号通路而促使炎症软骨细胞的软骨增殖与修复,其防治OA的综合机制可涉及调节软骨细胞周期相变、促进软骨的增殖与修复、抗炎、抗凋亡等方面的多靶点、多途径机制,对临床实践具有重要指导意义。 展开更多
关键词 网络药理学 当归 牛膝 骨关节炎 分子对接 作用机制 细胞周期
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基于网络药理学牛膝对成骨细胞影响的潜在分子机制研究 被引量:1
11
作者 张佳旭 郭新月 +3 位作者 李晓亮 林晓婷 李嘉楠 杨柳 《中医药信息》 2020年第6期60-67,共8页
目的:基于网络药理学的方法研究牛膝对成骨细胞的干预机制。方法:使用TCMSP、OMIM等数据库检索并得到牛膝的活性化合物、作用靶点和成骨细胞相关基因。利用String和DAVID数据库对潜在疾病靶点进行分析,最终构建“化学成分-成骨细胞-代... 目的:基于网络药理学的方法研究牛膝对成骨细胞的干预机制。方法:使用TCMSP、OMIM等数据库检索并得到牛膝的活性化合物、作用靶点和成骨细胞相关基因。利用String和DAVID数据库对潜在疾病靶点进行分析,最终构建“化学成分-成骨细胞-代谢通路”综合网络。结果:在牛膝中发现了20种活性化学成分,10个与成骨细胞功能相关的关键靶点;富集分析得到牛膝可能通过DNA模板转录、信号传导、转录正调控等生物过程,在质膜、细胞核、核质等处影响蛋白质结合、酶结合、ATP结合等功能来实现作用,涉及MAPK、肿瘤坏死因子、Pl3K-Akt等多条信号通路。结论:运用网络药理学的方法,研究了牛膝多成分、多靶点、多信号通路协同影响成骨细胞功能的分子机制,为生物实验提供了理论基础。 展开更多
关键词 牛膝 成骨细胞 网络药理学 分子机制 通路
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基于网络药理学探讨牛膝-钩藤药对治疗糖尿病合并高血压的作用机制 被引量:1
12
作者 喻诗雯 齐月 《河南中医》 2022年第8期1206-1213,共8页
目的:基于网络药理学技术研究牛膝-钩藤药对治疗糖尿病合并高血压的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索牛膝、钩藤的... 目的:基于网络药理学技术研究牛膝-钩藤药对治疗糖尿病合并高血压的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索牛膝、钩藤的活性成分及相关作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”相互作用网络图;在人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、DrugBank数据库及疗效药靶数据库(therapeutic target database,TTD)中筛选糖尿病、高血压的相关靶点,与活性成分靶点进行映射,并绘制“活性成分-疾病”交集靶点韦恩图。利用STRING在线分析平台分析交集靶点的相互作用关系,利用CentiScaPe 2.2插件进行网络拓扑分析,筛选出牛膝-钩藤治疗糖尿病合并高血压的潜在核心靶点。采用基因注释和资源分析数据库(Metascape)对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-核心靶点-通路-疾病”网络图。结果:共筛选出牛膝-钩藤活性成分46个及其作用靶点199个,糖尿病合并高血压相关靶点1 494个,将活性成分靶点与疾病靶点取交集,得到104个交集靶点。网络拓扑分析筛选出潜在核心靶点47个。GO富集分析得到生物过程1 004条、分子功能32条及细胞组成84条。KEGG通路富集分析得出153条信号通路。结论:牛膝-钩藤药对通过多成分、多靶点、多途径干预并治疗糖尿病合并高血压。 展开更多
关键词 糖尿病 高血压 牛膝 钩藤 药对 网络药理学 作用机制
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基于网络药理学探讨牛膝防治动脉粥样硬化的分子机制 被引量:3
13
作者 王健 王涛 +4 位作者 李敬田 张泉 郝杰 曹步凡 王世发 《潍坊医学院学报》 2021年第2期129-134,共6页
目的基于网络药理学的方法,预测牛膝治疗动脉粥样硬化(AS)的有效成分和作用靶点,探讨其可能的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选出牛膝的有效成分,并在GeneCards数据库匹配各有效成分的靶点,利用DisGeNET数据库筛选出与AS相关的靶点,基于... 目的基于网络药理学的方法,预测牛膝治疗动脉粥样硬化(AS)的有效成分和作用靶点,探讨其可能的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选出牛膝的有效成分,并在GeneCards数据库匹配各有效成分的靶点,利用DisGeNET数据库筛选出与AS相关的靶点,基于Cytoscape软件构建有效成分-靶点-AS关系网络图。利用DAVID数据库对关键靶点进行KEGG通路富集分析和GO分析,并绘制网络图。结果筛选出牛膝中有效成分7种,与其相关的作用靶点共311个,选取与AS发生最相关的5种有效成分进一步分析,最终筛选出与AS相关的靶点537个,主要涉及AGT,LDLR,Sirt1等靶点,并筛选出AMPK,cGMP-PKG,RAS,cAMP等多条信号通路,参与牛膝抗AS的作用。结论牛膝可能主要通过黄连素、黄连碱等有效成分,共同调节Sirt1,AGT及LDLR等相关靶点,调控AMPK信号通路、cAMP信号通路、细胞凋亡等发挥调脂、抗炎、改善内皮功能等作用防治动脉粥样硬化。 展开更多
关键词 网络药理学 牛膝 动脉粥样硬化 靶点 信号通路
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基于网络药理学的牛膝防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制研究 被引量:18
14
作者 熊婷 何堃 +4 位作者 孙梦盛 燕波 朱卫丰 刘红宁 黄丽萍 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期142-149,共8页
目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学... 目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 牛膝 阿尔茨海默病 抗炎 槲皮素 汉黄芩素 山柰酚 大黄酚 黄芩素 海棠果素E
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基于计算机模拟探讨牛膝治疗骨关节炎软骨退变机制 被引量:7
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作者 黄艳峰 谢新宇 +3 位作者 林晴 邱志伟 叶锦霞 付长龙 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第15期148-155,共8页
目的:基于生物信息学和网络药理学方法,筛选荣筋拈痛方君药牛膝相关活性成分,通过动物体内体外实验观察其对骨关节炎相关治疗靶点的影响。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药牛膝主要活性成分和治疗靶点;通... 目的:基于生物信息学和网络药理学方法,筛选荣筋拈痛方君药牛膝相关活性成分,通过动物体内体外实验观察其对骨关节炎相关治疗靶点的影响。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药牛膝主要活性成分和治疗靶点;通过GEO数据库获得与疾病的差异表达基因,并进行交叉分析;采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Realtime PCR),蛋白免疫印迹法(Western blot)检测牛膝主要活性成分对骨关节炎大鼠体内体外富集治疗靶点的影响。结果:牛膝作用骨关节炎相关活性成分共20种,槲皮素为其中重要成分之一;靶基因共3个,其中骨桥蛋白(OPN),纤维蛋白溶解抑制剂-1(PAI-1)等为该网络中的关键基因;基因本体(GO)分析共获得相关条目227条,涉及到的功能包括创伤生理反应调节(GO:1903034),创伤反应负调节(GO:1903035)等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析获得相关通路12条,涉及细胞外基质受体相互作用(hsa04512)等。动物实验中,与正常组比较,模型组OPN,PAI-1 mRNA和蛋白表达量增加与模型组比较,槲皮素组OPN,PAI-1 mRNA和蛋白表达量降低(P<0.05)。细胞实验中,与正常组比较,模型组OPN,PAI-1蛋白表达量增加,Ⅱ型胶原(CollagenⅡ)蛋白表达量降低;与模型组比较,槲皮素组和抑制剂组OPN,PAI-1蛋白表达量降低,CollagenⅡ蛋白表达量明显增加(P<0.05)。结论:牛膝可能主要通过其活性成分(槲皮素)下调软骨细胞OPN,PAI-1靶mRNA表达,上调CollagenⅡ蛋白表达,实现抑制软骨退变,防治骨关节炎。 展开更多
关键词 槲皮素 软骨退变 生物信息学 网络药理学 机制研究 牛膝 荣筋拈痛方
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钩藤-牛膝药对治疗肾血管性高血压的潜在分子机制
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作者 于芳宁 刘武 +4 位作者 高艺玮 张宁 李心怡 王薇 沈潜 《中华肾病研究电子杂志》 2023年第2期74-80,共7页
目的应用网络药理学及分子对接技术探讨钩藤-牛膝药对活性成分治疗肾血管性高血压的潜在机制。方法通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP),获取钩藤、牛膝的化学成分和潜在靶标。检索人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因蛋白质组数据库... 目的应用网络药理学及分子对接技术探讨钩藤-牛膝药对活性成分治疗肾血管性高血压的潜在机制。方法通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP),获取钩藤、牛膝的化学成分和潜在靶标。检索人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因蛋白质组数据库(GeneCards)、药物信息数据库(DrugBank)以及人类疾病基因数据库(DisGeNET),获取肾血管性高血压相关靶点。使用Cytoscape3.8.2软件构建"成分-靶标-疾病"网络。利用STRING平台绘制关键靶点蛋白互作网络。针对关键靶标,开展基因本体(GO)数据库基因蛋白富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。使用AutoDock4.2.3软件对钩藤-牛膝药对的8个活性成分和6个核心靶点进行分子对接验证。结果检索得到钩藤-牛膝药对中有效成分54个、潜在靶标199个,其中涉及肾血管性高血压的关键靶标38个。蛋白质相互作用(PPI)网络图分析发现,IL-6、血管内皮生长因子A(VEGFA)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、一氧化氮合酶3(NOS3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、FOS、血红素加氧酶1(HMOX1)可能是钩藤-牛膝药对治疗肾血管性高血压的核心靶点。GO富集分析结果:涉及内质网腔、含胶原细胞外基质等细胞组分,血红素结合、细胞因子受体结合等分子功能,以及氧化应激、炎症反应调节等生物过程。KEGG富集分析结果:主要涉及糖基化终末产物、肿瘤坏死因子、低氧诱导因子等信号通路。分子对接显示:黄连碱、钩藤碱等活性成分与NOS3的结合能绝对值较高。结论在钩藤-牛膝药对治疗肾血管性高血压的活性成分中,黄连碱、钩藤碱均与NOS3结合较好,NOS3可能是钩藤-牛膝药对治疗肾血管性高血压的潜在靶标。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 钩藤 牛膝 药对 肾血管性高血压
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基于网络药理学及分子对接探讨牛膝-杜仲-桑寄生治疗膝骨关节炎的作用机制 被引量:4
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作者 范伟 费熙 +1 位作者 李小平 唐光平 《湖南中医杂志》 2023年第12期157-164,共8页
目的:利用网络药理学平台整合分析牛膝-杜仲-桑寄生治疗膝骨关节炎(KOA)的分子机制,为药组的使用提供理论依据。方法:通过TCMSP平台筛选药组有效成分及靶点,与KOA靶点取交集制作韦恩图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,筛选关键... 目的:利用网络药理学平台整合分析牛膝-杜仲-桑寄生治疗膝骨关节炎(KOA)的分子机制,为药组的使用提供理论依据。方法:通过TCMSP平台筛选药组有效成分及靶点,与KOA靶点取交集制作韦恩图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,筛选关键成分和核心基因,对核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出药组有效成分41种,作用靶点239个;主要有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、黄芩素、汉黄芩素、β-胡萝卜素等关键成分;磷酸激酶B1(AKT1)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子(VEGF)等核心基因。关键信号通路有晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)通路、TNF通路、脂肪与动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇3-激酶/磷酸激酶B(PI3K/Akt)通路等,分子对接结果显示活性成分与核心基因结合能力较强。结论:牛膝-杜仲-桑寄生药组可以通过多靶点、多通路发挥抗炎、抗氧化、调控细胞凋亡及稳定关节内环境的作用,达到治疗膝骨关节炎的目的。 展开更多
关键词 膝骨关节炎 牛膝 杜仲 桑寄生 网络药理学
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巴戟天-牛膝治疗骨关节炎的计算机模拟分析研究
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作者 郭逸尔 李民 丁怀利 《湖南中医杂志》 2022年第12期126-133,共8页
目的:基于网络药理学技术挖掘及佐证巴戟天-牛膝药对切合骨关节炎(OA)治则的效应机制。方法:在TCMSP数据库中筛选巴戟天-牛膝药对的所有成分,借助UniProt数据库将药对中显效物质成分所靶向关联的效用点进行筛选,对OA的疾病靶点进行联合... 目的:基于网络药理学技术挖掘及佐证巴戟天-牛膝药对切合骨关节炎(OA)治则的效应机制。方法:在TCMSP数据库中筛选巴戟天-牛膝药对的所有成分,借助UniProt数据库将药对中显效物质成分所靶向关联的效用点进行筛选,对OA的疾病靶点进行联合检索、收集与分析。将筛选出的显效靶标与OA靶点进行交联分析,将其共有靶标作为巴戟天-牛膝药对治疗OA的预测靶基因。将预测靶基因通过蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络显示,筛选核心基因,构建“药物-成分-疾病-靶点”网络。联合基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,探究巴戟天-牛膝药对切合OA治则的药效基础及效应机制。结果:经筛选分析得出槲皮素可能在巴戟天-牛膝药对治疗OA中发挥主导作用,观察预测靶基因之间的PPI关系,发现网络中转录因子AP-1(JUN)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、白细胞介素-6(IL-6)5个核心基因度值较高。GO功能和KEGG通路富集分析提示巴戟天-牛膝药对治疗OA主要涉及抗炎、抗氧化以及白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡途径。在大鼠体外实验中,模型组与正常组比较,RELA、IL-17、IL-6蛋白表达升高(P<0.01);经过槲皮素治疗后RELA、IL-17、IL-6蛋白表达降低(P<0.01)。结论:巴戟天-牛膝药对治疗OA的潜在机制是通过槲皮素降低RELA、IL-17、IL-6蛋白表达,抑制炎症反应,从而延缓关节软骨退变。 展开更多
关键词 骨关节炎 巴戟天 牛膝 网络药理学 计算机模拟分析
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