生物信息学辅助定位及延伸辐射诱导未知表达序列标签

研究辐射诱导的基因表达调控对于认识细胞对辐射损伤的应激反应有重要意义 .在低剂量辐射诱导新基因RIG1表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)片段的基础上 ,通过非克隆cDNA文库和RACE (rapidamplificationofcDNAend)技术获得了其 3′末端 .依据实验得到的这两段EST序列所提供的信息 ,通过生物信息学分析将RIG1基因初步定位在 2 0号染色体 .对 2 0号染色体RIG1区基因组序列进行外显子扫描 ,发现预测的外显子正好与实验得到的EST相吻合 .利用预测的外显子设计特异引物 ,成功地克隆了RIG1基因全长序列 .同时 ,对 2 0号染色体RIG1区的生物信息学分析表明 ,在RIG1基因的上游存在启动子区 ,从而确定了RIG1基因的基因组序列 .因此 ,通过生物信息学辅助设计实验 ,快捷地定位及延伸了未知EST片段RIG1,基本完成了RIG1的全基因、基因组序列及染色体定位研究 .

非克隆cDNA文库与RACE技术克隆小剂量辐射诱导新基因RIG1

目的 在获得了低剂量辐射诱导新基因RIG1EST片段的基础上 ,简便、有效地获得其全长cDNA ,进行下一步的基因功能研究。方法 结合应用非克隆cDNA文库技术及增强RACE技术 ,设计了巢式RACEPCR、生物素磁性分离、生物素标记探针杂交、再次磁性分离的纯化流程。结果 成功地克隆到RIG1EST片段 3′端约 1kb的序列 ,该序列 3′端具有明显的polyA加尾信号 ,有编码区的终止密码子。进一步的分析明确了RIG1EST的正、负链及其蛋白编码方向 ,为RIG15′端的克隆提供了大量可靠的信息 ,目前RIG15′端的克隆已得到很好的进展。结论 所得结果与我们的设计完全一致 ,说明这一技术路线是简便可行的 ,为下一步研究RIG1基因在细胞辐射应激反应中的功能及被辐射诱导表达的调控模式奠定了基础。