橡胶树炭疽HK-36菌株α-淀粉酶基因家族生物信息学分析

淀粉酶是生物体内参与淀粉水解的一类重要酶,分析橡胶树炭疽菌HK-36菌株α-淀粉酶基因家族的生物学信息可为深入研究炭疽菌α-淀粉酶基因功能打下基础。本研究借助炭疽菌HK-36菌株基因组测序数据,利用生物信息学方法鉴定其α-淀粉酶基因家族,对比分析该菌α-淀粉酶家族成员的基因结构、预测蛋白的理化性质和结构、在炭疽菌亚细胞的定位、启动子元件,构建蛋白三维模型和邻接法进化树。鉴定到5个CgAmys基因,α-淀粉酶家族成员的基因推定的蛋白含有500~549个氨基酸,分别定位于溶酶体、质膜、内质网、过氧物酶体和线粒体中,多为亲水性、酸性蛋白;CgAmys推定蛋白的N端由延长链和螺旋结构组成,C端基本由延长链组成;CgAmys的编码蛋白包含典型的Glyco_hydro_13_cat_dom(IPR006047)结构域,属于糖基水解酶家族13;CgAmys基因启动子上含有大量非生物逆境诱导和激素的顺式作用元件,其中光响应、生长素和茉莉酸诱导有关元件数量最多。橡胶树炭疽菌α-淀粉酶家族基因可能在不同生育期受光照和多种激素调控,并参与炭疽菌对多种逆境的应答调控。该研究有助于进一步解析橡胶树炭疽菌CgAmys基因家族在生长发育及逆境胁迫响应中的功能。