离散量方法应用于蛋白质β发夹模体识别的研究

基于氨基酸一级序列,应用离散增量的方法识别ArchDB数据库中的6 100个β发夹模体和2 701个非β发夹模体。模体按照二级结构中无规卷曲的长进行分类得到"07232"、"07322"、"09432"、"09522"、"13643"、"13733"、"13832"、"13922"型。以氨基酸和氨基酸紧邻关联为参量,利用10-fold交叉检验的方法进行检验,平均识别精度均达到75.0%和83.0%以上。以氨基酸亲疏水性和亲疏水紧邻关联为参量进行检验,平均识别精度有所降低。

基于离散增量的蛋白质β发夹模体识别

从蛋白质的氨基酸序列出发,应用离散增量的方法对3088个蛋白质的β发夹模体和非β发夹模体进行了识别.以氨基酸(20种氨基酸和一个空位)和氨基酸紧邻关联为参量,利用10-fold交叉检验的方法进行检验,获得了良好的预测效果.