猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。

犬源贾第虫β-贾第素基因的克隆及序列分析

为了鉴定犬源贾第虫佛山分离株的基因型,根据GenBank中登录的贾第虫β-贾第素(bg)基因序列(X85958),设计2对引物GF1/GR、GF2/GR,采用套式PCR方法从贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段;将扩增产物纯化并连接到质粒载体pMD18-T,克隆转入感受态细胞JM109,挑选阳性克隆测序,然后进行序列分析。结果显示,犬源贾第虫bg序列长为384 bp,与预期目的片段一致;分子进化树表明该犬源贾第虫分离株为蓝氏贾第虫D型。该基因型在我国为首次报道,为贾第虫的分子鉴定以及分子遗传学研究奠定了基础。

宁夏部分地区奶牛贾第鞭毛虫分子流行病学调查

为了明确宁夏地区奶牛贾第鞭毛虫的优势基因型及其流行特征,试验首先于宁夏地区10个规模化奶牛养殖场采集880份奶牛粪便样品,针对贾第鞭毛虫保守基因——β-贾第素(β-giardin,βg)基因序列设计引物,然后以提取的粪便样品全基因组DNA为模板进行巢式PCR,将PCR产物的测序结果进行BLAST比对分析,鉴定贾第鞭毛虫的基因型,并建立系统进化树,最后对宁夏地区不同城市、不同月龄及腹泻和非腹泻奶牛粪便样品的感染阳性率和基因型进行统计。结果表明:880份粪便样品中,有145份样品扩增到大小为510 bp的条带,贾第鞭毛虫感染阳性率为16.5%(145/880),其中集聚体A的占比为1.4%(2/145),集聚体E的占比为98.6%(143/145);所有集聚体A的βg基因为1种序列(已上传至GenBank,登录号为OQ1012611NX),所有集聚体E的βg基因为4种序列(已上传至GenBank,登录号分别为OQ1012622NX、OQ1012633NX、OQ1012644NX和OQ1012655NX);OQ1012611NX(奶牛)与MK5773339.1(藏牛)、MF497409.1(麝香鹿)和LC437420.1(犬)等在同一分支上;OQ1012622NX(奶牛)、OQ1012633NX(奶牛)、OQ1012644NX(奶牛)与MK862313.1(马)、KR0755939.1(绵羊)、MK610388.1(滩羊)等在同一分支上;OQ1012655NX(奶牛)与KJ188047.1(奶牛)、KJ188056.1(奶牛)、MK5773337.1(藏牛)在同一分支上。宁夏地区四个城市奶牛贾第鞭毛虫感染阳性率表现为中卫市(50.0%,8/16)>银川市(16.3%,126/772)>吴忠市(14.3%,9/63)>石嘴山市(6.9%,2/29);仅在银川市同时检测出集聚体A(1.6%,2/126)和集聚体E(98.4%,124/126),在中卫市、石嘴山市和吴忠市均仅检测出集聚体E;不同月龄奶牛贾第鞭毛虫感染阳性率表现为3~4月龄(26.5%,30/113)>0~2月龄(23.3%,53/227)>5~7月龄(17.4%,49/282)>12月龄以上(6.9%,13/189)>8~12月龄(0,0/69),仅在5~7月龄奶牛粪便中同时检测出集聚体A(4.1%,2/49)和集聚体E(95.9%,47/49),其他月龄段均仅检测出集聚体E;腹泻样品中贾第鞭毛虫感染阳性率为23.6%(37/157),非腹泻样品中贾第鞭毛虫感染阳性率为14.9%(108/723),腹泻样品中集聚体A和集聚体E的占比分别为2.7%(1/37)和97.3%(36/37),非腹泻样品中集聚体A和集聚体E的占比分别为0.9%(1/108)和99.1%(107/108)。说明宁夏地区奶牛存在第鞭毛虫感染,集聚体E为优势基因型。