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Assemblages of <i>Giardia duodenalis</i>Isolates from Dogs by Amplification and Restriction of tpi and <i>β</i>-Giardin Genes and Sequencing of SSU rDNA Gene
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作者 Leticia Eligio-Garcia Cortés-Campos Adrian +1 位作者 Cano-Estrada Apolinar Jiménez-Cardoso Enedina 《Open Journal of Veterinary Medicine》 2013年第3期222-227,共6页
Giardia duodenalis exhibits seven assemblages (A-G) that are distributed in different hosts. The A and B assemblages are commonly found in humans and several mammals, while C and D assemblages are typically found in d... Giardia duodenalis exhibits seven assemblages (A-G) that are distributed in different hosts. The A and B assemblages are commonly found in humans and several mammals, while C and D assemblages are typically found in dogs. The purpose of this study was to determine the assemblage of Giardia duodenalis present in the stool samples of ten canines using an assay based on PCR amplification, restriction analysis, and sequencing of the small subunit ribosomal DNA (SSU-rDNA), β-giardin, and triosephosphate isomerase (tpi) genes in order to establish the similarities or differences between the assemblage obtained with each gene. The results indicated that all positive isolates belonged to assemblage A, and specifically to the sub-assemblage A-I. A comparison of the SSU-rDNA gene sequence revealed the presence of three subgroups of assemblage A. These findings highlight the importance of canine transmission of Giardia in Mexico and its genetic plasticity. They also establish a method for additional and more molecularly extensive epidemiological studies to improve sanitation and hygiene in the most affected areas. 展开更多
关键词 GIARDIA duodenalis Genotyping ZOONOSIS TPI β-giardin SSU rDNA
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成都动物园野生动物源贾第虫的多位点基因分型鉴定
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作者 李威 屈羽 +7 位作者 钟志军 杨平 李云娇 王吴优 刘学涵 谢娜 邓家波 彭广能 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期185-190,共6页
为了解四川省成都市动物园野生动物贾第虫的流行及基因型,本研究采集了146份不同野生动物的新鲜粪便并提取基因组DNA.通过巢式PCR扩增β-giardin、tpi和gdh基因,扩增产物测序后进行种系发育分析.结果表明,CDZOO1黇鹿源和CDZOO3龟源贾第... 为了解四川省成都市动物园野生动物贾第虫的流行及基因型,本研究采集了146份不同野生动物的新鲜粪便并提取基因组DNA.通过巢式PCR扩增β-giardin、tpi和gdh基因,扩增产物测序后进行种系发育分析.结果表明,CDZOO1黇鹿源和CDZOO3龟源贾第虫通过多位点基因分型(MLG)鉴定为AI-1亚型;CDZOO2鹿源贾第虫为E型(β-giardin基因位点);CDZOO4黇鹿源贾第虫为A型(β-giardin和tpi基因位点);CDZOO5浣熊源和CDZOO6细尾獴源贾第虫在β-giardin位点为D型而在tpi位点为A型. 展开更多
关键词 贾第虫 β-giardin基因 tpi基因 gdh基因 MLG 种系发育 人畜共患
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宁夏部分地区奶牛贾第鞭毛虫分子流行病学调查
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作者 黎玉琼 郜军荣 +5 位作者 刘芸芸 李红兵 高海慧 赵正伟 于有利 牛晓昊 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第20期83-88,共6页
为了明确宁夏地区奶牛贾第鞭毛虫的优势基因型及其流行特征,试验首先于宁夏地区10个规模化奶牛养殖场采集880份奶牛粪便样品,针对贾第鞭毛虫保守基因——β-贾第素(β-giardin,βg)基因序列设计引物,然后以提取的粪便样品全基因组DNA为... 为了明确宁夏地区奶牛贾第鞭毛虫的优势基因型及其流行特征,试验首先于宁夏地区10个规模化奶牛养殖场采集880份奶牛粪便样品,针对贾第鞭毛虫保守基因——β-贾第素(β-giardin,βg)基因序列设计引物,然后以提取的粪便样品全基因组DNA为模板进行巢式PCR,将PCR产物的测序结果进行BLAST比对分析,鉴定贾第鞭毛虫的基因型,并建立系统进化树,最后对宁夏地区不同城市、不同月龄及腹泻和非腹泻奶牛粪便样品的感染阳性率和基因型进行统计。结果表明:880份粪便样品中,有145份样品扩增到大小为510 bp的条带,贾第鞭毛虫感染阳性率为16.5%(145/880),其中集聚体A的占比为1.4%(2/145),集聚体E的占比为98.6%(143/145);所有集聚体A的βg基因为1种序列(已上传至GenBank,登录号为OQ1012611NX),所有集聚体E的βg基因为4种序列(已上传至GenBank,登录号分别为OQ1012622NX、OQ1012633NX、OQ1012644NX和OQ1012655NX);OQ1012611NX(奶牛)与MK5773339.1(藏牛)、MF497409.1(麝香鹿)和LC437420.1(犬)等在同一分支上;OQ1012622NX(奶牛)、OQ1012633NX(奶牛)、OQ1012644NX(奶牛)与MK862313.1(马)、KR0755939.1(绵羊)、MK610388.1(滩羊)等在同一分支上;OQ1012655NX(奶牛)与KJ188047.1(奶牛)、KJ188056.1(奶牛)、MK5773337.1(藏牛)在同一分支上。宁夏地区四个城市奶牛贾第鞭毛虫感染阳性率表现为中卫市(50.0%,8/16)>银川市(16.3%,126/772)>吴忠市(14.3%,9/63)>石嘴山市(6.9%,2/29);仅在银川市同时检测出集聚体A(1.6%,2/126)和集聚体E(98.4%,124/126),在中卫市、石嘴山市和吴忠市均仅检测出集聚体E;不同月龄奶牛贾第鞭毛虫感染阳性率表现为3~4月龄(26.5%,30/113)>0~2月龄(23.3%,53/227)>5~7月龄(17.4%,49/282)>12月龄以上(6.9%,13/189)>8~12月龄(0,0/69),仅在5~7月龄奶牛粪便中同时检测出集聚体A(4.1%,2/49)和集聚体E(95.9%,47/49),其他月龄段均仅检测出集聚体E;腹泻样品中贾第鞭毛虫感染阳性率为23.6%(37/157),非腹泻样品中贾第鞭毛虫感染阳性率为14.9%(108/723),腹泻样品中集聚体A和集聚体E的占比分别为2.7%(1/37)和97.3%(36/37),非腹泻样品中集聚体A和集聚体E的占比分别为0.9%(1/108)和99.1%(107/108)。说明宁夏地区奶牛存在第鞭毛虫感染,集聚体E为优势基因型。 展开更多
关键词 宁夏地区 贾第鞭毛虫 奶牛 β-贾第素 巢式PCR 粪便样品
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猴源贾第虫新亚型B11的基因鉴定
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作者 李威 钟志军 +7 位作者 屈羽 刘学涵 谢娜 邓家波 周紫峣 刘俊卿 程云 彭广能 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期156-160,共5页
运用饱和蔗糖溶液漂浮法收集了26份雅安市碧峰峡野生动物园不同野生动物的粪便寄生虫卵囊,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin和tpi基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果显示,环尾狐猴(YARTL01)和猕猴(YARM01)感染贾第虫... 运用饱和蔗糖溶液漂浮法收集了26份雅安市碧峰峡野生动物园不同野生动物的粪便寄生虫卵囊,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin和tpi基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果显示,环尾狐猴(YARTL01)和猕猴(YARM01)感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型,被命名为B11;YARM01分离株为蓝氏贾第虫B1亚型。YARTL01分离株的β-giardin基因序列与环尾狐猴分离株6LC(GenBank登录号HQ616629)的相似率为99.4%,tpi基因序列与猕猴分离株34538(GenBank登录号JX000563)的相似率为98.6%。种系发育分析显示,YARTL01在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,而在tpi基因位点,此分离株单独成一分支。YARM01的β-giardin基因序列和tpi基因序列分别与河狸分离株Be1(GenBank登录号EU014382)、猕猴分离株36395(GenBank登录号KC441076)的相似率达到100%;在进化树中,YARM01分离株在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,在tpi基因位点此分离株与聚集体B1处于同一个进化分支。本研究是首次报道四川省猴感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型。 展开更多
关键词 贾第虫 巢式PCR β-giardin基因 tpi基因 种系发育分析 亚型
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复齿鼯鼠源贾第虫新亚型B15的基因鉴定
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作者 弓超 屈羽 +12 位作者 钟志军 刘学涵 谢娜 李威 曹雪峰 邓家波 李奇 廖莉 杨平 杨俊 陈英 谭和林 彭广能 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期879-883,共5页
为了对复齿鼯鼠粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,采用饱和蔗糖溶液漂浮法进行卵囊收集,然后提取虫卵的DNA,采用巢式PCR对贾第虫的β-giardin和tpi基因位点进行扩增、测序,建立了系统进化树并进行分析。结果显示,共检测到3株贾... 为了对复齿鼯鼠粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,采用饱和蔗糖溶液漂浮法进行卵囊收集,然后提取虫卵的DNA,采用巢式PCR对贾第虫的β-giardin和tpi基因位点进行扩增、测序,建立了系统进化树并进行分析。结果显示,共检测到3株贾第虫分离株,其中HNSMX03分离株为新亚型,被命名为B15,HNSMX20分离株为蓝氏贾第虫的B14亚型和E型混合感染。HNSMX49分离株为蓝氏贾第虫A型。本研究是我国首次报道复齿鼯鼠感染贾第虫,新基因亚型B15的发现为进一步研究我国野生啮齿类动物的流行病学提供了一定的资料。 展开更多
关键词 蓝氏贾第虫 巢式PCR β-giardin基因 tpi基因 复齿鼯鼠
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猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定 被引量:2
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作者 刘远佳 张萍 +4 位作者 李结 郭建超 孟祥龙 LOUTOU H M 李国清 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期900-905,共6页
为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRN... 为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 十二指肠贾第虫 基因型 16SRRNA基因 β-贾第素基因
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