Structure determination of glycopeptide of β-momorcharin

The structure of the N-linked oligosaccharide chain of β-momorcharin, a ribosome-inactivating protein from the seeds of Momordica charantia Linn (Cucurbitaceae), was determined. A glycopeptide liberated by pronase digestion of the glycoprotein was subjected to amino acid and neutral carbohydrate analysis to establish the composition of amino acid and sugar residues. The sequences and glycosylation hnkages of the sugar and amino acid residues in the glycopeptide were determined as Manαl-6(XyIβ1-2)-Manβ1-4GlcNAcβ1-4(Fucαl-3)-GlcNAc-Asn-Leu by 2D-NMR spectroscopy and FAB-MS data.

β-苦瓜蛋白质分子结构模建研究

使用DNAMAN软件分析β-苦瓜蛋白质氨基酸组成,亲水、疏水性,用生物信息学在线网站预测其基本特性,二、三级结构,卷曲螺旋区域,PEST序列,并用生物信息学软件分析其表面电位、可及性,建立Ramachandran图对模建结果进行结构质量分析与检测评价.结果发现:β-苦瓜蛋白质有249个氨基酸,等电点9.19,亲水区域和疏水区域交错分布;消光系数为280 nm,属于稳定蛋白质,平均亲水性是-0.138;二级结构中α-螺旋占42.57%,延伸链占20.48%,不规则卷曲占36.95%;分布着3段卷曲螺旋区域,存在5段非PEST序列,无稳定二聚体、三聚体卷曲螺旋;β-苦瓜蛋白质的三级结构、表面电位和可及性的空间分布得到了模建,Ramachandran图检测表明此模型结构符合立体化学规则.

β-苦瓜素的结构分析与表位预测

采用生物信息学方法、神经网络算法、量化矩阵法和隐式马尔可夫模型,分析β-苦瓜素蛋白的空间结构,预测其信号肽、B细胞抗原表位、细胞毒性T细胞表位、主要组织相容性复合物分子结合肽,对β-苦瓜素蛋白序列作预测打分。得出β-苦瓜素启始部有一段22个氨基酸构成的信号肽,分布着6个B细胞表位,3个CTL表位,序列71-79的HLA限制性CTL表位结合力最高,3段共有MHC-Ⅰ类分子结合肽,2段共有MHC-Ⅱ类分子结合肽。可为研究β-苦瓜素调控免疫、抗癌机理提供依据。