不同来源产气荚膜梭菌β_(2)毒素编码基因的PCR检测方法建立及遗传多态性分析

目的建立并优化产气荚膜梭菌β_(2)毒素编码基因(cpb2)和非典型cpb(2 aty-cpb2)的PCR检测方法,分析2016-2021年中国9个地区cpb2流行特征和遗传多态性。方法使用PCR方法对188株产气荚膜梭菌菌株的cpb2进行检测,通过全基因组测序获取cpb2序列以分析其遗传多态性,使用Mega 11、Makeblastdb软件对110株产气荚膜梭菌所携带的cpb2构建系统发育树并建库,通过Blastn算法比对后得出cpb2两种不同基因型,即共有cpb(2 con-cpb2)和aty-cpb2之间的序列相似性。结果针对产气荚膜梭菌cpb2和aty-cpb2建立及改进的PCR检测方法的特异性好。cpb2的PCR检测结果与全基因组测序结果高度一致(Kappa=0.946,P<0.001)。来自中国9个地区的菌株中共有107株菌携带cpb2,94株A型菌株携带aty-cpb2,6株A型菌株携带con-cpb2,7株F型菌株携带aty-cpb2。两种不同基因型的cpb2核苷酸序列相似性为68.97%~70.97%,相同基因型的cpb2核苷酸序列相似性为98.00%~100.00%。结论本研究建立了特异性好、一致性高的cpb2的PCR检测方法,并针对既往检测aty-cpb2的PCR方法特异性差的缺陷进行了改进。cpb2以aty-cpb2为主且cpb2的不同基因型之间核苷酸序列差异大。