福建茶树潜隐病毒1的检测及全基因组序列特征

为明确福建茶树潜隐病毒(camellia cryptic virus 1,CCV1)发生情况,探明其全基因组序列特征及其与油茶潜隐病毒1(camellia oleifera cryptic virus 1,CoCV1)的关系,本研究通过RT-PCR方法对采自福建7个茶树种植区疑似感染CCV1的叶片进行检测,并随机选取18个CCV1分离物,经扩增、克隆获得全基因组序列,对其序列特征和系统发育关系进行分析。结果显示,431份样品中共有94份样品检测出CCV1,检出率为21.81%。测定获得的18个CCV1分离物dsRNA1、dsRNA2和dsRNA3的核苷酸序列全长分别为1722-1725 bp、1504-1506 bp和1497-1499 bp。克隆获得的RdRp、CP和mCP的氨基酸序列与CCV1代表分离物Won(GenBank登录号MH898482-MH898484)和CoCV1代表分离物PXCS5(GenBank登录号MH814756-MH814758)的一致性值分别≥91%、≥84%和≥90%,超过了δ-分体病毒属(Deltapartitivirus)中种的界定标准阈值。进一步的系统发育分析结果显示,所有CCV1分离物与CoCV1分离物以高置信值相聚成簇,证实CCV1和CoCV1为Deltapartitivirus属的同一种病毒。