15种植物δ8-FAD2基因密码子使用模式比较

为明确草本油料、木本油料与非油料作物内δ8-FAD2基因密码子的使用偏好性及其影响因素的差异,为进一步通过基因调控改良油料作物品质提供研究基础,从GenBank数据库选取15种不同类型植物的δ8-FAD2完整基因序列,对其密码子使用偏好性进行分析;并使用CodonW软件分析序列,得出A3、T3、C3、G3、GC3、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等重要参数;通过相关指数分析、多种参照体系的最优密码子确定、ENC-plot绘图分析、PR2-plot分析及系统关系分析对比15种植物的基因序列。结果表明,15种植物δ8-FAD2基因密码子使用偏好性均较弱且偏好使用A或T结尾;δ8-FAD2基因共有17个优势密码子,最优密码子多达21个;不同植物δ8-FAD2基因的最优密码子有所差异。通过ENC-plot和PR2-plot分析得出,油料作物的δ8-FAD2基因密码子使用偏好性要强于非油料作物,木本植物间其密码子偏好性的受压力情况基本类似,而草本植物间各不相同。分别基于RSCU值和完整基因序列进行聚类分析,发现物种间的亲缘关系并不是密码子使用偏好性的决定性因素。