‘波邦’咖啡叶绿体基因组密码子使用特征研究

本研究对小粒咖啡‘波邦’叶绿体基因组进行系统分析,探讨影响密码子使用偏性形成的因素。结果表明,‘波邦’叶绿体基因组密码子偏好性较弱,倾向于A/T结尾的密码子。ENC-GC3s绘图、PR2绘图以及中性绘图分析表明,‘波邦’密码子偏好性受突变影响的同时,也受自然选择等因素的影响,但自然选择起到更大的作用。进一步对应分析发现,基因表达水平、基因长度、GC含量对‘波邦’密码子偏性也有影响。密码子使用频率结果表明,拟南芥、烟草和酿酒酵母可考虑作为‘波邦’基因的表达受体系统,其中,烟草与酿酒酵母更为理想。研究表明,在‘波邦’中发现了GCT、TGT、GAT等20个高频密码子,确定了GCA、GCT、TGT等21个最优密码子。