在GenBank中查找到已知的斑马鱼、奥尼罗非鱼、金头鲷、爪蟾等物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶的基因序列并运用Primer Premier 5.0软件对这些物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列进行同源性分析。依据同源性较大的保守区基因序列设计一对引...在GenBank中查找到已知的斑马鱼、奥尼罗非鱼、金头鲷、爪蟾等物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶的基因序列并运用Primer Premier 5.0软件对这些物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列进行同源性分析。依据同源性较大的保守区基因序列设计一对引物,并提取变态期牙鲆仔鱼总RNA作为模板进行RT-PCR,得到一条cDNA片段。将产物连接到T载体中,转化、扩增重组质粒。提取大肠杆菌中的重组质粒进行DNA测序。将DNA测序所得到的基因序列翻译成蛋白序列和已知的奥尼罗非鱼、金头鲷、底鳉、斑马鱼的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列进行同源性分析。结果显示,利用RT-PCR的方法扩增出一条280 bp的目的基因片段,比对结果发现其和奥尼罗非鱼、金头鲷、底鳉、斑马鱼的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因的蛋白序列的同源性分别为85%,83%,81%,71%。对蛋白序列进行生物信息学分析发现整个蛋白序列中无信号肽,无糖基化位点,无跨膜结构域,但含有一个典型的T4_deiodinase结构。在N-端第69～70区段有β-折叠中心;第35～37区段可能形成转角或无规则卷曲;第8～13区段,第16～20区段等区段是柔性区域。D1蛋白N端第8～11区段,第47～55区段,第90～91区段为优势抗原表位区域。本实验所获得的基因序列是前尚未见报道的牙鲆Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列的一部分,为进一步研究该基因的结构与生物学功能奠定了基础。展开更多
文摘在GenBank中查找到已知的斑马鱼、奥尼罗非鱼、金头鲷、爪蟾等物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶的基因序列并运用Primer Premier 5.0软件对这些物种的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列进行同源性分析。依据同源性较大的保守区基因序列设计一对引物,并提取变态期牙鲆仔鱼总RNA作为模板进行RT-PCR,得到一条cDNA片段。将产物连接到T载体中,转化、扩增重组质粒。提取大肠杆菌中的重组质粒进行DNA测序。将DNA测序所得到的基因序列翻译成蛋白序列和已知的奥尼罗非鱼、金头鲷、底鳉、斑马鱼的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列进行同源性分析。结果显示,利用RT-PCR的方法扩增出一条280 bp的目的基因片段,比对结果发现其和奥尼罗非鱼、金头鲷、底鳉、斑马鱼的Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因的蛋白序列的同源性分别为85%,83%,81%,71%。对蛋白序列进行生物信息学分析发现整个蛋白序列中无信号肽,无糖基化位点,无跨膜结构域,但含有一个典型的T4_deiodinase结构。在N-端第69～70区段有β-折叠中心;第35～37区段可能形成转角或无规则卷曲;第8～13区段,第16～20区段等区段是柔性区域。D1蛋白N端第8～11区段,第47～55区段,第90～91区段为优势抗原表位区域。本实验所获得的基因序列是前尚未见报道的牙鲆Ⅰ型甲腺原氨酸脱碘酶基因序列的一部分,为进一步研究该基因的结构与生物学功能奠定了基础。
