SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法检测贝类中的诺如病毒

针对诺如病毒Ⅱ型的保守区域设计引物,建立了SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR检测诺如病毒Ⅱ型的反应体系。此方法的病毒检测下限达到10^2拷贝,标准曲线的线形范围为10^2-10^6拷贝,相关系数为0.9952,斜率为-2.982,截距为35.84。对诺如病毒Ⅱ型检测特异,与轮状病毒、腺病毒、甲肝病毒、星状病毒无交叉反应。针对质粒标准品检测的批内试验变异系数（CV）为0.95%-1.69%（n=5）,批间试验CV为0.87%-1.24%（n=3）。运用此方法随机检测30份贝类水产品,检测出2份阳性样品。结果表明,SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR检测诺如病毒Ⅱ型的方法灵敏、特异、重复性好,可应用于贝类水产品的快速检测。

新型阿卡斑病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR建立及广西边境地区蚊携带新型阿卡斑病毒调查

【目的】建立检测新型阿卡斑病毒(AKAV)的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR,并结合序列测定开展广西边境地区蚊携带新型AKAV调查,了解其流行趋势及遗传进化特征,为建立重要蚊媒病毒病预警机制提供技术支持。【方法】分别针对新型AKAV的S基因和M基因主要变异位点设计引物,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR并通过Ct值、标准曲线斜率、相关系数、扩增效率及扩增准确性等指标确定最佳反应体系及扩增程序;以优化的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测2019年6-10月在广西边境地区采集的139份蚊样品,获得的新型AKAV经测序后采用ClustalW构建遗传进化树。【结果】SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR最佳反应体系:SYBR Premix Ex Taq Ⅱ 10.0μL,上、下游引物(4μmol/L)各1.0μL,标准品或反转录产物2.0μL,双蒸水补齐至20.0μL。扩增程序:95℃预变性30 s;95℃30 s,64℃(S基因)/66℃(M基因)30 s,72℃30 s,进行40个循环。SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测新型AKAV S基因和M基因的极限为1.0×101copies/μL和1.0×102copies/μL,对应的扩增效率分别为98.61%和105.81%,但不能扩增蓝舌病病毒、鹿流行性出血热病毒、竹鼠圆环病毒和布鲁氏杆菌;检测S基因和M基因的批内重复试验、批间重复试验变异系数(CV)均低于5.00%。采用建立的SYBR Green I荧光定量RT-PCR成功从广西边境地区防城港市、东兴市、宁明县、大新县及北海市的阿蚊和库蚊中检出新型AKAV,且均属于基因Ia型,尤其与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性。【结论】针对新型AKAV S基因和M基因建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR具有特异性强、灵敏度高、重复性好的特点,更适用于检测病毒拷贝数低的样品。此外,从广西边境地区蚊样品中检出的AKAV毒株均为新型AKAV,属于基因Ia型,与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性,推测新型AKAV已在广西周边省份流行。

运用SYBR GreenⅠ荧光实时RT-PCR法检测草莓中甲肝病毒

针对甲肝病毒的vp3/vp1壳蛋白区域设计引物,建立SYBR GreenⅠ实时荧光RT-PCR检测甲肝病毒的反应体系。此方法的病毒检测下限达到101TCID50,标准曲线为Ct=-3.052lg(TCID50)+34.57,线形范围101～105TCID50,相关系数0.9961。该方法对甲肝病毒检测特异,与轮状病毒、腺病毒、诺如病毒、星状病毒无交叉反应。针对甲肝病毒标准品检测的批内试验变异系数(CV)为0.85%～1.71%(n=5)、批间试验CV为0.76%～1.98%(n=3)。运用此方法随机检测45份草莓样品,检测出3份阳性样品。该检测方法灵敏、特异、重复性好,可应用于水果和蔬菜中甲肝病毒的快速检测。

鉴别犬瘟热病毒强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立犬瘟热强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法,根据Gen Bank公布的犬瘟热毒株的全基因序列并参考相关文献,选择M基因保守区域合成了1对通用引物M1/M4及鉴别犬瘟热强弱毒株的特异引物M2和M3。试验证明,该方法重复性良好;检测强弱毒株的最低检出限度在10拷贝;对新城疫病毒、水貂肠炎病毒、阿留申病毒、犬腺病毒、犬细小病毒5种病毒的特异性检测均为阴性;对175份犬瘟热疑似病料进行荧光定量RT-PCR,检出127份阳性样品,其中强毒株98份,弱毒疫苗株29份,常规RT-PCR检出112份阳性样品。结果表明,该方法的敏感性高于常规RT-PCR检测,并能有效的鉴别强弱毒株。

应用SYBR GreenI荧光定量RT-PCR测定糖尿病大鼠肾皮质TGF-β1表达水平

SYBR GreenI荧光定量RTPCR法检测正常、糖尿病和牛磺酸治疗组大鼠TGFβ1mRNA/βactinmRNA比值为(7.0±0.8)×10-3,(64.4±8.0)×10-3和(16.7±2.0)×10-3;终点法RTPCR检测比值分别为0.28±0.12,0.58±0.16和0.43±0.10。与终点法RTPCR相比,TGFβ1mRNASYBRGreenI荧光定量RTPCR实时检测法,方便快捷,敏感特异。

坦布苏病毒荧光定量RT-PCR方法的建立

【目的】利用SYBR GreenⅠ荧光定量技术建立一种相对定量检测坦布苏病毒的方法。【方法】针对坦布苏病毒NS5、E基因分别设计了1对特异性引物,同时设计1对扩增内参基因β-actin引物,将PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,倍比稀释作为质控样品,用于实时荧光定量PCR中NS5、E基因及内参基因β-actin标准曲线的构建,并进行反应的灵敏性、特异性和重复性试验。【结果】结果显示标准曲线线性关系R2值均在0.99以上,检测极限约为1.0E+01拷贝数质粒DNA;特异性结果表明只能检测到坦布苏病毒的扩增曲线;批内和批间重复性试验的变异系数均小于0.5%;用已建立的方法对临床样品进行3次重复检测,病毒RNA的检出率为100%。【结论】本研究初步建立了基于坦布苏病毒NS5、E基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR的方法,为养鸭场诊断和监测坦布苏病毒提供了一种新的特异、灵敏的检测方法。

SYBR GreenI模式荧光RT-PCR鉴别新城疫病毒毒力

方法根据NDV的F蛋白裂解位点附近的序列,设计分别对应于NDV强毒和弱毒的两对引物,然后用SYBRGreenI模式的荧光RT-PCR方法比较两对引物对同一NDV的RNA扩增效率以及扩增产物的Tm值,来区分NDV的毒力。结果对8株NDV进行检测并测定其鸡胚平均致死时间(MDT),荧光RT-PCR方法的检测结果和MDT测定的结果完全一致,说明此荧光RT-PCR法可用于NDV毒力检测。

基于SYBR Ⅰ实时荧光定量PCR对猪流行性腹泻病毒野毒和疫苗弱毒鉴别诊断方法的建立

本研究参考GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)野毒株和弱毒疫苗株(CV777弱毒疫苗株)在高度保守ORF3基因核苷酸序列的差异,设计一对特异性荧光定量引物,分别建立基于SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR方法。结合熔解曲线分析可见,其野毒株和弱毒疫苗株熔解温度(Tm)分别为(81.84±0.17)℃和(83.16±0.14)℃,扩增产物的熔解曲线分析均只出现1个单特异峰,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号。结合熔解曲线可直接鉴别猪群中PEDV的感染情况和程度,可对免疫猪群PEDV野毒感染和疫苗免疫做出快速准确的鉴别诊断,尤其是对PEDV弱毒疫苗免疫后仍爆发PEDV野毒感染的研究更有临床意义。

坦布苏病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立检测坦布苏病毒的SYBR GreenⅠ绝对荧光定量RT-PCR,针对坦布苏病毒E基因设计1对特异性引物,用PCR扩增E基因后将其连接到pMD19-T载体上构建重组质粒。重组质粒经PCR及测序鉴定后,作为阳性模板绘制了SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,经反应条件优化后,绘制的SYBR GreenⅠ绝对荧光定量RT-PCR的标准曲线的线性关系显著(r2>0.999),平均试验间变异系数为0.26%;检测敏感性可达到2×101 copies/μL。应用该方法对人工感染坦布苏病毒的鸭组织进行的检测结果显示,从36份病料组织中检出35份为阳性,检出率为97%。结果表明,成功建立了检测坦布苏病毒的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR,该方法较常规PCR更快捷、敏感、准确,适用于坦布苏病毒临床样品的检测。

LPS介导滋养层细胞TLR4信号传导通路对HBD-2表达的影响

目的研究LPS体外刺激滋养层细胞是否诱导表达HBD-2,并进一步探讨该表达与TLR4信号传导通路的关系。方法建立不同孕周的滋养层细胞原代培养体系,应用TLR4阻断剂预处理滋养层细胞30 min前后,给予不同质量浓度的LPS(25、50、100、200、400 ng/ml)作用72 h,采用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术检测滋养层细胞HBD-2 mRNA的表达。结果 1)LPS能诱导滋养层细胞HBD-2 mRNA表达,且这种表达与其具有浓度和时间依赖性;当质量浓度为200 ng/ml,刺激24 h时,HBD-2 mRNA的相对表达量最高;2)TLR4阻断剂能抑制LPS对滋养层细胞表达HBD-2 mRNA的诱导作用,与未阻断之前相比差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 LPS可能通过TLR4信号传导通路诱导滋养层细胞表达HBD-2 mRNA,将为宫内感染防治提供新靶点。

外源性皮质醇对异育银鲫TSH-βmRNA表达和血清甲状腺激素水平的影响

运用Sybr Green I荧光定量RT-PCR方法和放射免疫方法(RIA)分析了外源性皮质醇(cortisol)对异育银鲫促甲状腺激素β亚基(TSH-β)mRNA表达和血清甲状腺激素水平的影响。实验设计为10周,实验组每两周注射一次0.2 mg/kg体重的cortisol(用57%酒精溶解),对照组注射同剂量的57%酒精。实验期间没有投喂饲料。在本实验条件下,研究结果显示:注射3次外源性cortisol后,异育银鲫TSH-βmRNA表达量与对照组相比略有下降;注射5次后,与对照组相比显著降低(P<0.05)。另一方面,RIA结果显示:注射3次外源性cortisol后,实验组与对照组相比,血清甲状腺激素T3和T4含量虽略有升高,但无显著差异;而注射5次后显著升高(P<0.05)。以上结果提示:外源性cortisol能够影响异育银鲫脑下垂体-甲状腺轴。