玉米cyclin Ⅲ基因的染色体原位杂交物理定位

本文首次报道了玉米低拷贝基因ｃｙｃｌｉｎⅢ（Ｂ－类）生物素标记的染色体原位杂交定位结果。供试探针为该基因的ｃＤＮＡ克隆，其长度仅为１６ｋｂ。结果表明，探针的信号分布在第６染色体短臂和第９染色体长臂，与着丝粒的百分距离分别为７００５±３３１和８６８６±１６４，检出率分别为８２９％和６８３％。文中对基因的物理位置与功能间的关系等作了讨论。

马铃薯可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因克隆及生物信息学分析

用RT-PCR方法从马铃薯中克隆了可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因的cDNA片段,序列分析表明该cDNA片段全长为3967bp,开放阅读框为3693bp,编码1230个氨基酸。核酸序列同源性分析表明,该cDNA与已发表的马铃薯SSⅢ基因(X94400)具有99%同源性,氨基酸序列同源性达98%。应用生物信息学软件对SSⅢ基因分析表明:其编码的蛋白质具有多个磷酸化位点;蛋白质二级结构预测显示,有369个氨基酸可能形成α-螺旋结构,249个氨基酸可能形成β折叠,102个氨基酸可能形成β转角,510个氨基酸可能形成无规则卷曲;通过亚细胞定位可知,它是一种含有75个氨基酸的叶绿体转运肽蛋白。

中国人内源性高甘油三酯血症患者载脂蛋白CⅢ基因SstⅠ酶切位点多态性的研究

目的 探讨中国人内源性高甘油三酯血症 (HTG)患者血脂及载脂蛋白的改变是否与 apo C 基因 Sst 酶切位点多态性有关。方法 应用聚合酶链反应 (PCR)对 176例 HTG患者及 199例正常对照 apo C 基因 Sst 酶切位点的限制性片段长度多态性 (RFL P)进行研究。血脂用酶法 ,血清 apo A 、A 、B10 0、C 、C 及 E用 RID试剂盒测定。结果 HTG患者和正常对照组 apo C 基因均以 S1等位基因为主 ,S2等位基因少见 ,其频率显著高于白种人 (0 .2 89vs0 .0 6～ 0 .16 ,P<0 .0 5 )。正常对照组和 HTG组 S2等位基因频率分别为 0 .2 89和 0 .2 87,两者无显著差异 (P>0 .0 5 )。apo C 基因 S2 S2基因型者血脂、载脂蛋白水平与 S1S1者无显著差异。结论 未发现apo C 基因 Sst 酶切位点的 RFL P与中国人 HTG有关联。

应用变性高效液相色谱筛查颅内静脉系统血栓形成AT-Ⅲ基因突变及多态性

目的应用变性高效液相色谱(DHPLC)方法筛查生育期女性颅内静脉系统血栓形成(CVT)AT-Ⅲ基因的突变及多态性。方法标本来自于2006年6月～2007年12月南方医院生育期女性CVT患者,及52例严格配伍的健康女性外周静脉血。提取所有受试者全血DNA,PCR扩增后应用变性高效液相色谱(DHPLC)技术分析抗凝血酶-Ⅲ(AT-Ⅲ)基因的启动子区,第1～6外显子及其侧翼序列的基因变异情况。结果DHPLC技术分析发现病例组出现6种异常峰形,经测序证实1例致病突变为Exon6 G13328A的杂合突变,1例新发现的同义突变Exon4+243G>A;SNP位点6个,其中4个SNP库已报道的SNP位点,2个新发现的SNP位点。对照组发现一种异常峰型(三峰)。结论DHPLC是一种自动、快速、高通量的基因突变及SNP位点的筛查方法,AT-Ⅲ基因突变可能是导致生育期非妊娠女性CVT的遗传因素之一,功能性SNP位点也可能参与了该人群VTE的发生。

可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因对马铃薯的遗传转化

马铃薯是淀粉生产中重要的农作物之一,而可溶性淀粉合成酶SSⅢ是可溶性淀粉合成酶的主要活性成分,通过基因工程的手段来研究SSⅢ基因在淀粉合成中的功能可以用于改良马铃薯淀粉的品质。本研究采用根癌农杆菌介导法将强组成型表达启动子CaMV35S驱动的可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因的RNA干扰表达载体导入马铃薯栽培品种克新1号和克新4号中,获得了65株卡那霉素抗性植株。对抗性植株PCR检测结果表明,SSⅢ基因的干扰片段已整合到马铃薯基因组中,RT-PCR检测表明SSⅢ基因在转录水平上受到了明显抑制。该研究为马铃薯淀粉品质的改良奠定了基础。

AT-Ⅲ基因突变及多态性与颅内静脉系统血栓形成的相关性

目的探讨AT-Ⅲ基因突变及多态性与女性颅内静脉系统血栓形成(cerebral venous thrombosis,CVST)的相关性。方法采集南方医院生育期女性CVST住院患者50例及严格配伍的健康女性52例外周静脉血。采用ELISA法及发色底物法分别检测AT-Ⅲ抗原水平(AT-Ⅲ:Ag)、AT-Ⅲ血浆活性水平(AT-Ⅲ:A)。提取所有受试者全血DNA,PCR扩增后应用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)技术分析抗凝血酶-Ⅲ(antithrombin,AT-Ⅲ)基因的启动子区,第1～6外显子及其侧翼序列的基因变异情况。结果病例组与对照组比较,AT-Ⅲ抗原含量水平相当(F=0.754,P=0.472),AT-Ⅲ活性明显降低(P<0.001)。DHPLC筛查发现突变位点1个已报道的致病突变Intron1 5+5 G>A突变,SNP位点5个,其中4个为SNP库已报道的SNP位点,1个为新发现的SNP位点。对照组亦发现4个为SNP库已报道的SNP位点。结论AT-Ⅲ基因突变可能是导致生育期女性CVST的遗传因素之一,功能性SNP位点也可能参与了该人群CVST的发生。

线粒体COⅢ基因分析三种常见鲳鱼的亲缘关系

金鲳(Trachinotusovatus)、银鲳(Pampusargenteus)和中间低鳍鲳(Peprilusmedius)是重要经济鱼种,其中后两种鱼外形较为相似,分类一直存在分歧.本研究随机采集烟台、青岛地区银鲳、中间低鳍鲳和金鲳的生鲜海鱼样本,提取3种鱼的全基因组DNA,设计通用引物对目标基因进行PCR扩增和测序,后对其线粒体COⅢ全序列及ATP6部分序列进行基因多态性分析,探讨3种鱼的亲缘关系;依据测序结果,设计各鱼种的特异引物,用特异引物和通用引物进行复合PCR扩增方法对各鱼种进行种源性鉴定.通过比对分析测序结果,获得了中间低鳍鲳COⅢ基因全序列及ATP6基因部分序列且收录在NCBI核苷酸数据库中,登录号分别为KT210112和KT210113.证明NCBIGenBank中发布的刺鲳(Psenopsis anomala)序列(KP334103.1)实为中间低鳍鲳.遗传距离分析发现银鲳与金鲳的距离最大,与中间低鳍鲳次之,中间低鳍鲳与金鲳的遗传距离最小.采用复合PCR方法,实现了在同一复合PCR体系中有效区分3种鱼的方法,具有更加便捷、准确的优势.

紫稻型水稻线粒体cox Ⅲ基因转录本的RNA编辑

紫稻细胞质雄性不育系是本实验室构建的新型细胞质雄性不育系。使用PCR、RT-PCR、DNA测序等技术,得到了紫稻细胞质雄性不育水稻不育系(樱香A)及其保持系(樱香B)线粒体细胞色素C氧化酶亚基coxⅢ基因转录本cDNA序列。通过与水稻"93-11"线粒体基因组序列比对发现,樱香AcoxⅢ cDNA序列中,没有发生RNA编辑;而樱香BcoxⅢ cDNA序列中有13个编辑位点,11个为C-T编辑,2个为T-C编辑。在樱香B cDNA序列中的13个编辑位点位于13个密码子中,所编码的氨基酸有10个发生改变,这些氨基酸的改变大大增加了蛋白质的疏水性。研究表明,RNA编辑在合成具正常功能的COXⅢ多肽的过程中具有至关重要的作用,同时也说明RNA编辑可能与细胞质雄性不育相关。

基于线粒体COⅢ基因变异鉴定黄渤海地区海鱼种类

本研究根据GenBanK发布的核苷酸数据库信息,设计扩增鱼类线粒体COⅢ基因的通用引物,扩增黄渤海地区7种重要商品海鱼(光鱼、梭鱼、鲫鱼、舌鳎、扒皮鱼、六线鱼、白姑鱼)的COⅢ全长基因序列.对扩增产物进行测序、比对,利用分子生物学软件进行序列酶切分析,最终选用Nla Ⅲ限制性内切酶进行酶切,并获得了所研究的各鱼种的特异酶切片段图谱.结果表明,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术能有效地区分以上7种海鱼,PCR-RFLP技术应用在鱼种鉴定上具有快速、准确的优势.

一氧化氮合成酶Ⅲ基因多态性与阿尔茨海默病的相关性

目的 研究中国汉族人群中的一氧化氮合成酶 (nitric oxide synthase NOS)Ⅲ基因 G 894T 多态性与散发 性 阿 尔 茨 海 默 病 (Alzheim er's disease AD ) 的 相 关 性 。 方 法 采 用 聚 合 酶 链 反 应 - 限 制 性 片 段 长 度 多 态 性PCR -RFLP 法对 75例 AD 患者 68例正常对照者进行 NOSⅢ等位基因和基因型分析。结果 在 AD 组和正常对照组均可鉴别到 GG 、GT 两种基因型,其在 AD 组频率分别为 78.7%和 21.3%,在正常对照组分别为 82.4%和 17.6%,两组间频率分布差异无显著性 (P >0.05)。NOSⅢ基因型与 AD 无明显关联 (P >0.05)。在 AD 组和正常对照组中均检出两种等位基因 G 和 T,在 AD 组 G 、T 等位基因频率分别为 89.3%和 10.7%,正常对照组分别为 91.2%和 8.8%,两组间频率分布差异无显著性 ( P >0.05)。未发现 NOSⅢ等位基因与 AD 有明显关联 (P >0.05)。结论 未发现中国汉族人群中 NOSⅢ基因 G 894T 多态性与 AD 存在关联。

冠心病患者载脂蛋白AⅠ-CⅢ基因簇限制性片段长度多态性研究

本文利用2.2 kb人载脂蛋白A Ⅰ基因探针,检测河南省商丘地区冠心病患者及健康对照成人的载脂蛋白A Ⅰ—C Ⅲ基因区域Sst Ⅰ限制性片段长度多态性。发现Sst Ⅰ多态性位点与冠心病无密切关系,不宜作为该地区冠心病患者的遗传标记。

F VⅢ基因的分子遗传学研究

对若干个不相关个体的FVⅢ基因进行了 4个基因内的RFLPs(BclI、HindⅢ、XbalⅠ、MspⅠ )及几个基因外的RFLPs(TaqⅠ、BstxⅠ、PstⅠ、AccⅠ )的研究 ,计算了FVⅢ基因内多态位点的杂合子频率 ,在内含子 2 2处 ,发现了两个额外的XbalⅠ多态位点。在FVⅢ基因外的DXS5 2区域 ,用探针St14- 1检测到两个TaqⅠ多态系统 ,并计算了杂合子频率。同时观察到在BclⅠ、XbalⅠ。

紫花苜蓿几丁质酶ClassⅢ基因克隆及生物信息学分析

本文根据截叶苜蓿(Medicago truc atula)几丁质酶ClassⅢ基因(GenBank:AY294484.1)的全长序列设计引物,通过RT-PCR的方法得到紫花苜蓿(Medicago sative)几丁质酶ClassⅢ的核酸序列,命名为MsChiⅢ,在NCBI中的登录号为FJ872918。利用生物信息学软件分析MsChiⅢ,预测氨基酸序列的等电点、二级结构和三级结构,并构建系统发育树。结果显示该核酸序列全长为953bp,包括完整的开放阅读框,编码301个氨基酸,等电点为8.212。该序列所编码的蛋白属于几丁质酶18家族的内切酶,分布于细胞间隙,并含有几丁质酶18家族的特征序列——LGDVDFDIE,并预测MschiⅢ可能是一种具有几丁质酶和溶菌酶的双功能酶。

中甸牦牛mtDNA ND6和COⅢ基因遗传多样性及系统进化分析

为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。

载脂蛋白AI-CⅢ基因区域多态性与冠心病的关系

目的 探讨载脂蛋白的 AI- C 基因区域多态性与冠心病的关系。 方法 应用 PCR方法检测 5 0例正常人 (汉族 )及 5 0例冠心病患者 (汉族 ,其中 38例为陈旧性心肌梗塞患者 ) Apo AI- C 基因区域 Pst I、Sst I和Msp I酶切位点上限制性片段长度多态性 (RFL Ps) ,并作单倍型分析。 结果 5 0例正常人中 ,P2 、S2 、M2 等位基因频率分别为 2 5 % ,33%和 46 % ;5 0例冠心病患者为 2 8% ,6 2 %和 40 %。冠心病患者 S2 等位基因频率与正常人比较差异有显著性 (P<0 .0 1) ,M2 和 P2 差异无显著性 (P>0 .0 5 )。单倍型频率及连锁平衡程度分析 ,S1 、S2 、P1 、P2 及M1 、M2 之间处于连锁不平衡状态 (P<0 .0 1)。单倍型 S1 P2 、S1 M2 和 M2 P1 S1 频率在冠心病人与正常人比较差异有显著性 (P<0 .0 5 )。 结论 S2 等位基因和单倍型 S1 P2 、S1 M2 和 M2 P1 S1 频率的升高与冠心病有关 ,可考虑作为该疾病易患性基因的标志。

猪CAⅢ基因CDS区克隆、生物信息学及组织表达分析

对猪碳酸酐酶Ⅲ(Carbonic anhydrase Ⅲ,CAⅢ)基因进行克隆及生物信息学分析,并分析该基因的时空表达特性。通过RT-PCR和克隆测序技术获得猪CAⅢ基因的CDS序列,综合利用多种生物信息学软件,对该基因编码的蛋白质生物学特性进行预测,采用qRT-PCR技术检测CAⅢ基因的组织表达谱和时序表达规律。结果表明,猪CAⅢ基因CDS区长783bp,编码260个氨基酸;CAⅢ蛋白为亲水性碱性蛋白,无信号肽,主要在细胞质中发挥作用;CAⅢ基因在心脏、肝脏、胰脏、肺、胃、背最长肌、皮下脂肪、脾脏、盲肠等9种组织中均有表达,但在背最长肌中表达量最高,极显著地高于其他组织。从初生到5月龄,大白猪背最长肌中CAⅢ基因mRNA表达量呈上升—下降—上升—下降的趋势,初生时最低,随后表达量逐渐升高,到3月龄时达到峰值,之后开始下降;马身猪中,从初生到5月龄,CAⅢ基因mRNA的表达量基本呈上升趋势,在5月龄时达到峰值,极显著地高于其他各个阶段。2个不同品种相比,3月龄和4月龄时,大白猪CAⅢmRNA表达量显著或极显著地高于马身猪;而在5月龄时,马身猪CAⅢmRNA表达量极显著地高于大白猪,其他阶段2个品种CAⅢmRNA表达量无显著差异。CAⅢ基因可能直接或间接参与猪骨骼肌的生长发育过程。

甘蔗蔗糖磷酸合成酶SPS Ⅲ基因表达分析

为探讨蔗糖磷酸合成酶(sucrose phosphate synthase,简称SPS)对甘蔗糖分代谢的重要影响,以4个甘蔗品种桂糖28号(GT28)、果蔗Badila、新台糖20号(ROC20)、新台糖22号的+1、0叶(最高可见肥厚带的第1张完全展开叶为+1叶,自下而上位于+1叶之上的为0叶)、幼嫩叶鞘、幼茎等部位为材料,采用半定量RT-PCR技术分析甘蔗蔗糖磷酸合成酶基因(简称SPSⅢ)在工艺成熟期不同部位中的表达情况。结果表明,在工艺成熟期间,SPSⅢ在4个甘蔗基因型的+1、0叶、幼嫩叶鞘和幼茎中均有表达,表达量因基因型及测定部位与时期不同而不同;在工艺成熟初期,以GT28的4个部位较其他3个品种的低,而在果蔗Badila的4个部位中表达较稳定,在ROC20中以嫩叶鞘表达最高,而在ROC22中以幼茎表达最高,在工艺成熟中期,SPSⅢ在4个甘蔗基因型中的+1、0叶、幼嫩叶鞘和幼茎中的表达较初期没有明显差异;在工艺成熟后期,SPSⅢ在4个甘蔗基因型中的+1、0叶、幼嫩叶鞘和幼茎中的表达较前2个时期迅速提高,均达到了较高的表达水平。

甘蔗SPSⅢ基因启动子5’侧翼缺失的GUS表达载体构建

蔗糖磷酸合成酶是调节植物蔗糖合成的关键酶之一。本研究根据该段序列上预测的顺式作用元件将SPSⅢ5'侧翼序列不同长度的片段与GUS基因融合,成功构建了3个缺失表达载体,为进一步的甘蔗SPSⅢ启动子活性区域鉴定提供基础。

ApoCⅢ基因多态性与高脂血症及中医证型的相关研究

载脂蛋白(apolipoprotein,APO)是一类能与血浆脂质结合的蛋白质,是构成脂蛋白的主要成分。APO不仅对血浆脂蛋白代谢起决定性作用,而且对动脉粥样硬化的发生和发展也有很大影响。研究表明,多个基因多态性位点与血脂代谢及动脉粥样硬化的发生和发展密切相关。

月季新型PKSⅢ基因的生物信息学分析及原核表达

【目的】对月季Ⅲ型聚酮合酶基因(RcPKSⅢ)进行生物信息学和原核表达分析,为进一步探究该基因的催化功能奠定基础。【方法】以‘月月粉’花瓣为研究材料,从其基因组中筛选月季PKS基因(RcPKSs)家族成员,并对其进行生物信息学分析;利用MEGA软件对RcPKSs与其他植物PKS氨基酸序列进行系统发育分析;利用DNAMAN软件对RcPKSs和紫花苜蓿查尔酮合酶2(CHS2)基因进行序列比对分析;对RcPKSs和紫花苜蓿CHS2活性位点上的氨基酸残基进行比较,分析其催化特征;利用SWISS-MODEL对RcPKSs进行同源建模,并与紫花苜蓿CHS2蛋白三维结构进行比较。利用实时荧光定量PCR方法,分析RcPKSs和间苯三酚甲基化酶编码基因在‘月月粉’花蕾期、半开期和盛开期的表达模式;克隆RcPKSs基因全长,构建其原核表达载体pET-32a-RcPKSs,进行诱导表达,并对重组蛋白进行纯化。【结果】从‘月月粉’基因组中共鉴定出6个RcPKSs,生物信息学分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3为CHS基因,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6为新型PKSⅢ基因。系统发育分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3编码CHS蛋白,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6编码新型的非CHS蛋白。序列比对分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3蛋白与紫花苜蓿CHS2相似度均为72.16%,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6与紫花苜蓿CHS2相似度分别为67.52%,33.85%和32.73%。活性位点上氨基酸残基比较发现,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3活性位点上氨基酸残基均保守,RcPKS4氨基酸残基在起始口袋和延伸口袋处发生替换,RcPKS5和RcPKS6氨基酸残基均在延伸口袋处发生替换。对RcPKSs蛋白质结构的分析结果显示,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6蛋白质采用了几乎相同的αβαβα三维整体折叠形式。实时荧光定量分析表明,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6表达量在‘月月粉’花朵盛开期最高,间苯三酚O-甲基转移酶基因(POMT)、苔黑酚O-甲基转移酶基因1(OOMT1)和OOMT2表达量在盛开期最低。聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结果表明,重组蛋白诱导并且纯化成功。【结论】鉴定了‘月月粉’新型RcPKSⅢ基因,该基因可能参与花发育调控过程。克隆了RcPKSs基因,并诱导表达获得了RcPKSs重组蛋白。