基于OBE理念的师范院校生物信息学课程考核方法改革与实践

师范类专业认证工作强调学生中心,以师范生的学习效果为导向,对照师范毕业生核心能力素质要求,全方位评价师范类专业人才培养质量。生物信息学课程具有多学科交叉和实践操作性强的特点,探索对学生进行全面评价的课程考核方法是课程建设和人才培养评价的重点和难点。该文详细阐述了河北师范大学一流课程生物信息学课程科学合理的考核方法,该方法全面评价学生的知识获得效果、技能掌握情况及学生本身的综合素养,为同类院校的相关课程考核方法的制定提供参考。

生物信息学课程在动物科学类专业中的教学方法探索

生物信息学是生物学、统计学、计算机科学等多学科交叉融合的新型前沿学科,研究内容主要包括生物数据的采集、存储、处理、分析和解释等。随着生物信息学在畜牧学领域的应用越来越广泛,生物信息学课程在动物科学类专业中的教学地位也越来越重要。文章以河南科技学院动物科技学院生物信息学课程教学为例,提出线下讲授和网络学习相结合、理论与实践相结合,注重学生实践操作能力的培养、以就业为导向、科研促进教学,教学反哺科研等教学方法,提升生物信息学课程的教学质量。结果表明,这些教学方法的应用有助于激发动物科学类专业学生学习的兴趣,增强其实践应用能力。

基于生物信息学方法挖掘奶山羊miRNAs研究

microRNAs(miRNAs)是长约22nt的内源非编码小分子RNA,在转录后基因调控中发挥重要作用。奶山羊是具有重要经济价值的产乳动物,有关奶山羊miRNAs研究相对匮乏,识别和鉴定新的奶山羊miRNA至关重要。文章以与奶山羊高度同源的绵羊基因组为参考数据库,应用生物信息学方法得到101条新的奶山羊miRNAs序列,并对其进行序列特性分析,为今后基因组信息不全物种的miRNAs挖掘与鉴定提供参考。

应用生物信息学方法分析人HCA56基因

目的利用生物信息学对新克隆的人ligatin样基因HCA 5 6的基因和蛋白序列进行分析,探讨生物信息学在新基因研究中的作用。方法以人类基因组数据库为基础,利用电子PCR和SAGE数据库对HCA 5 6进行染色体定位和组织表达分布分析;BLAST程序进行HCA 5 6的基因结构分析和相似序列搜索;ORFfinder和GeneRunner3 0 5程序对HCA 5 6编码蛋白进行序列预测和功能分析。结果得出HCA 5 6的全长cDNA为2 0 2 1bp ,定位于染色体1q31 q32 ,其最长的开放读码框架为175 5bp ,编码5 84个氨基酸,编码氨基酸含有一个亮氨酸拉链和一假定的RNA结合保守序列。相似性搜索发现HCA 5 6基因片段与人ligatin基因片段具有很高的相似性(99% )。SAGE结果显示HCA 5 6在多种组织中都有表达。结论生物信息学是进行新基因研究的有效方法;HCA 5 6很可能是ligatin的全长编码基因。

《生物信息学》课程教学方法探索与实践

从教学实践出发,探讨开设生物信息学选修课的教学大纲、内容及方法,为提高学生综合能力提供一种教学模式。

应用生物信息学方法筛选与早期胃癌预后相关的核心基因

目的应用生物信息学方法筛选与早期胃癌预后相关的核心基因。方法以“early gastric cancer,Homo”为关键词,从GEO数据库中下载人类早期胃癌基因芯片数据集(GSE3438、GSE55696)。利用GEO2R在线分析工具筛选早期胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因(DEGs),采用维恩图确定GSE3438、GSE55696数据集的交集基因。利用生物学信息注释数据库DAVID对早期胃癌DEGs进行GO功能注释和KEGG富集分析。应用STRING在线数据库,以medium confidence>0.4为条件构建DEGs的蛋白质相互作用网络,并通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因。以核心基因mRNA表达的最佳截断值为临界值,将早期胃癌患者分为高表达者与低表达者,比较不同表达者的总生存期(OS)。结果从GSE3438、GSE55696数据集中共获取30个DEGs,其中表达上调基因11个、表达下调基因19个。GO功能注释显示,早期胃癌的DEGs主要存在于细胞外外来体的细胞学组分,介导烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)为受体的氧化还原酶活性的生物学功能,参与细胞增殖调控的生物学过程。KEGG富集分析显示,DEGs主要参与糖酵解和糖异生以及细胞色素P450信号通路的调控。通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因,分别为CDKN2A、ANXA2、CTSB、ATF3、CD59、CCND2。ANXA2高表达者中位OS高于ANXA2低表达者,CTSB高表达者中位OS低于CTSB低表达者(P均<0.01);CCND2、CD59、ATF3、CDKN2A不同表达者中位OS比较P均>0.05。结论早期胃癌组织存在多种DEGs,其中ANXA2、CTSB表达变化可能与早期胃癌患者预后有关。

SNP功能分析的生物信息学方法及其资源

在后基因组时代,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意。针对这一问题,文章根据SNP的分类,分别对错义SNP、同义SNP和非编码区SNP功能分析的生物信息学方法进行了总结。其中重点介绍了基于序列特征和基于结构特征的有害错义SNP预测方法。还介绍了互联网上提供SNP资源和功能注释工具。分析表明,各种SNP功能分析方法还有很大的改进余地。

核机器学习方法及其在生物信息学中的应用

核机器学习方法是一种基于统计学习理论和核函数的机器学习方法。本文阐述了核机器学习方法的基本原理,介绍了目前常用的几种核机器学习方法,给出了构造新的核函数的原则,总结了结构数据核函数的研究现状。在此基础上,以生物信息学为背景,着重指出了当前序列数据的核函数在生物信息学中的应用进展。

机器学习方法及其在生物信息学中的应用

分析了机器学习技术的内容,介绍了生物信息学的内涵和新的应用技术,同时探索了机器学习技术对生物信息挖掘应用的途径.这些方法有助于加速生物分子结构预测、基因发现、基因组学和蛋白组学等方面研究的进展.

生物信息学专业Java语言课程的教学方法初探

Java语言是一门面向对象的编程语言,功能强大,在工业界和学术领域具有广泛的应用。本文针对生物信息学专业的Java语言课程教学提出了几点教学建议,注重理论基础、实践基础的学习,采用项目驱动教学方法和引入PBL教学方法,使学生掌握Java语言的编程思想并能够将其应用到生物信息学专业领域中,为以后的工作和学习打下良好的编程基础,培养使用Java语言开发应用平台的能力,帮助学生解决生物信息学专业问题。

医学院校生物信息学专业《数据库原理与技术》教学方法研究与实践

根据医学院校生物信息学专业数据库教学的现状及普遍存在的问题,深入研究PBL教学法,将该方法引入到数据库教学中,以传统教学方法为辅,理论与实践相结,应用多种数据库软件,强调生物信息专业的数据库知识学习和应用的专业特点,促使学生在快乐的氛围中掌握专业知识,提高学习能力,感受学习的快乐,增强学习信心,从而达到较好的教学效果。

农林院校生物信息学课程教学方法改革探析

随着大量农作物、农业动物和微生物基因组的测序完成,为农业基础和应用研究中提供海量的数据和信息资源。因此,生物信息学已成为农林院校生物学和农林相关专业的一门重要课程,特别是近年来网络和专业数据库的发展,为生物信息学教学和研究提供了有利条件。从网络环境下对生物信息学课程教学模式和教学方法的改革进行研究,提出了"三结合"的教学模式,启发式、互动式和探究式的教学方法、计算机开放式考核方法及网络教学资源库建设的改革措施,有助于提高学生的学习能力、动手能力和创新意识,可为网络环境下的《生物信息学》及其他课程所借鉴。

医学院校生物信息学专业《组合数学》教学方法浅谈

组合数学可以培养学生的逻辑思维能力用于解决医药学科的实际问题，但是也正是因为其高度的抽象性和严密的逻辑推理正远离学生的兴趣。本文从组合数学在医学院校课程开设的特点和现状出发进行探讨，加深学生理解组合数学在生物医学中的应用。通过改进教学内容和教学方法，充分利用多媒体辅助教学，提高学生的学习兴趣，加设组合数学实验课培养学生创新性思维，精挑细选课后练习，培养学生利用组合数学理论解决生物医学实际问题的能力。

浅谈动物遗传育种专业《生物信息学》课程教学方法

《生物信息学》是东北农业大学生命科学学院的传统核心课程，然而动物遗传育种专业由于其内容涉夏家养动物的遗传育种的分子遗传基础研究，需要一定的生物信息学知识，因此，动物遗传育种专业同样需要开设《生物信息学》课程，本文对动物遗传育种专业《生物信息学》课程的教学内容以及教学方法进行了探讨。

基于生物信息学方法筛选结肠癌进展相关的枢纽基因

目的利用生物信息学方法筛选结肠癌进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法从GEO数据库下载GSE127069、GSE145626数据集,运用GEO在线分析工具GEO2R提取这两个数据集的原始数据,利用韦恩图在线分析工具筛选DEGs。利用基因功能注释在线工具DAVID对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建PPI网络,并通过CytoHubba插件筛选枢纽基因;利用GEPIA数据库验证枢纽基因在结肠癌组织与癌旁组织中的表达差异。结果经GEO2R筛选,共从GSE127069、GSE145626数据集中获得DEGs 142个,其中表达上调基因35个、表达下调基因107个。GO功能注释发现,这些DEGs的生物学过程主要涉及细胞外基质降解、氧化还原过程、细胞黏附,分子功能主要涉及钙离子结合、碳酸盐脱水酶活性,细胞组分主要涉及胞外区域、膜的组成;KEGG通路富集分析显示,筛选获得的DEGs主要涉及PI3K-Akt通路和代谢途径通路。通过CytoHubba插件筛选PPI网络中相互作用排名前10位的DEGs作为枢纽基因,分别为IL-6、GCG、SLC26A3、TIMP1、SPP1、TMIGD1、MYC、MMP3、MMP1、SLC9A2。结肠癌组织GCG、TMIGD1表达低于癌旁组织,TIMP1、SPP1、MYC、MMP3、MMP1表达高于癌旁组织(P均<0.05);而结肠癌组织与癌旁组织IL-6、SLC26A3、SLC9A2表达比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论本研究共筛选出10个与结肠癌进展相关的枢纽基因,分别为IL-6、GCG、SLC26A3、TIMP1、SPP1、TMIGD1、MYC、MMP3、MMP1、SLC9A2。

生物信息学课程的教学探索与实践

生物信息学作为一门集生物学、计算机科学、数学和统计学于一体的跨学科科学领域,已经成为现代生物科学研究的重要工具。随着生物数据的爆炸式增长和分析技术的迅速发展,生物信息学教育面临着前所未有的挑战和机遇。本文基于南京林业大学生命科学学院的教学实践,探讨了生物信息学课程在教学过程中遇到的主要问题,包括知识跨度大、实践经验不足、知识更新速度快以及评估方法单一等,同时提出了相应的解决策略。通过强化基础知识教学、分层次教学、利用虚拟实验室和公共数据库增加实践机会、及时更新教学内容以及采用多元化评估方法等措施,旨在提高生物信息学教育的质量和效果,为生物信息学及相关领域的教育改革提供参考。

保险行业敏感个人信息的识别方法与合规实践——《网络安全标准实践指南——敏感个人信息识别指南》解读

一、敏感个人信息的定义《个人信息保护法》作为个人信息保护领域的基石,其第二十八条对敏感个人信息作出了明确定义:"敏感个人信息是一旦泄露或者非法使用,容易导致自然人的人格尊严受到侵害或者人身、财产安全受到危害的个人信息,包括生物识别。

生物信息学本科教学方法初探

随着生命科学研究和大数据的迅猛发展,越来越多的高校开设《生物信息学》并将其作为核心课程。现通过在生物信息学教学过程中采用线上线下相结合、注重学生课堂操作、加强计算机编程在生物信息学中的应用及以就业为导向的教学方法进行探索,有助于提高课堂教学质量,为生物信息学的教学改革提供一定的参考。

布鲁菌Irr蛋白的生物信息学分析、表达纯化以及ELISA方法的初步建立

为建立一种检测布鲁菌抗体的间接ELISA检测方法,本研究对Irr蛋白进行生物信息学分析、原核表达,用纯化的重组蛋白Irr作为包被抗原,建立了一种检测布鲁菌抗体的间接ELISA方法。结果显示,重组蛋白Irr包被量为0.25μg,5%脱脂奶粉封闭2 h,一抗稀释浓度1∶500孵育2 h,二抗稀释浓度1∶5000孵育2 h,显色15 min时建立的间接ELISA方法条件最优,该方法的OD_(450)临界值为0.55,与凝集实验的符合率达到96.7%,同时具有较好的特异性和重复性。以上结果表明,本研究基于Irr蛋白建立了操作简单、特异性高、重复性好的血清学间接ELISA检测方法,为布鲁菌病的诊断和流行病学调查提供了技术支持。

立足方法学基点 培育生物信息学素养

以方法学为切入点,结合现代生命科学的发展与科研实践,运用试验-对照比较、距离与相似性、特征提取与特征选择、聚类分析、分类预测、数据整合再分析,以及数据库和在线工具等多个重要生物信息学策略或方法,帮助学生在较短的时间内学习和了解有别于传统实验生物学的计算思维与方法,加深学生对生物学交叉学科研究手段的理解。通过在生物学相关课程讲授过程中对生物信息学研究方法的引入,强化高校生物学相关专业学生的数理思维和交叉学科知识的运用能力,提升本科生的培养质量。