非洲猪瘟病毒一步法巢式锁核酸荧光定量PCR方法的建立

试验基于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)B646L(P72)蛋白基因序列,建立一种高灵敏度和高特异性的检测方法。采用Oligo 7软件设计一步法巢式锁核酸荧光定量PCR(One Step NestedLocked Nucleic Acid real-time PCR,LNA-OSN-PCR)的嵌套引物以及探针,并对外引物进行锁核酸修饰。建立并优化LNA-OSN-PCR反应体系和条件,确立LNA-OSN-PCR标准曲线,并检验LNA-OSN-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。采用LNA-OSN-PCR方法,对96份临床疑似患病样品进行检测,同时与普通荧光探针PCR方法进行比较。试验确立并优化了LNA-OSN-PCR的反应条件和体系,建立的LNA-OSN-PCR标准曲线,具有较好的线性(R2=0.9945)。该方法的最低检测限为3×10^(-1)copies/μL,变异系数小于3%,并且与其他病毒或细菌核酸无交叉反应。LNA-OSN-PCR方法与OIE推荐的荧光定量PCR方法比较,检测灵敏度提高10~100倍,在对96份临床疑似患病核酸样品进行检测中,检出55份阳性,41份阴性,比常规的荧光定量PCR具有更高的阳性检出率。并且能获得典型的扩增曲线。试验结合一步法巢式PCR和锁核酸修饰,建立了ASFV一步法巢式锁核酸荧光定量PCR,为检测ASFV提供一种高灵敏度和高特异性且经济实惠的检测方法。

刍议活动性肺结核早期检验中半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法的应用研究

目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验及简单法固体培养法同时检测90例疑似肺结核患者痰标本,对检测结果进行比较。结果以固体培养结果作为金标准,痰培养阳性率85.56%,阴性率14.44%。Xpert MTB/RIF阳性率84.44%、阴性率15.56%。涂片抗酸染色法检验阳性率48.88%、阴性率51.11%。Xpert MTB/RIF检验的灵敏度97.40%、准确度96.67%、阳性预测值98.68%以及阴性预测值85.71%均高于涂片抗酸染色法检验50.64%、52.22%、88.64%、17.39%,差异有统计学意义(χ^(2)=43.768、46.722、5.922、22.546,P均<0.05)。结论与涂片抗酸染色法相比,在活动性肺结核早期检验中采用半巢式全自动实时荧光定量PCR检测(Xpert MTB/RIF)的应用效能更高。

一步法实时荧光定量PCR检测大鼠胰腺组织中Insulin mRNA和PDX-1 mRNA的表达

目的通过检测大鼠胰腺组织中Insulin mRNA和PDX-1 mRNA的表达探讨EGF/Gastrin联用促进胰岛PDX-1表达增强可能的作用机制。方法采用一步法实时荧光定量PCR检测各组大鼠胰腺组织中Insulin基因和PDX-1基因在转录水平的表达。结果大鼠胰腺组织中Insulin mRNA在转录水平的表达情况正常对照组最高;糖尿病组最低,与正常对照组相比相差2.4倍(P<0.05);EGF/Gastrin组是糖尿病组的2.1倍(P<0.05)。大鼠胰腺组织中PDX-1mRNA在转录水平的表达情况正常对照组最高,糖尿病组最低,与正常对照组相比相差2.8倍(P<0.05),EGF/Gastrin组是糖尿病组的2.2倍(P<0.05)。结论 EGF/Gastrin联用促进胰岛PDX-1表达增强的作用机制可能通过其改善胰岛β细胞功能、降低血糖进而减弱糖毒性对PDX-1表达的不良影响,间接地使PDX-1的表达增强。而EGF/Gastrin联用促进胰岛新生、改善胰岛β细胞功能又有可能是通过提高PDX-1的表达而实现的。

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立一种能快速、高效、敏感、特异地检测口蹄疫病毒（FMDV）的一步法荧光定量RT—PCR检测方法。方法根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果，设计特异性引物和MGB探针；通过优化，得到最佳反应体系和反应条件；分别以质粒和病毒RNA为模板，构建标准曲线；并进行特异性、敏感性、重复性试验。

登革1型和2型病毒混合感染样本的一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立

本文旨在建立检测登革1型和2型病毒的一步法实时荧光定量PCR方法,为登革热的诊断和预测提供技术支撑。依据登革1型和2型病毒的保守区序列设计引物和探针,建立了同时检测两个血清型登革病毒的一步法实时荧光定量PCR方法。特异性实验结果显示,该方法可检测出登1型和2型病毒,与登革3型、4型病毒、黄热病毒、流感H3N2病毒均无交叉反应,具有较好的特异性。对登革1型和登革2型的灵敏度均为102copies/μL。应用该方法,可检测出登革1型和2型病毒混合感染C6/36后不同时间点病毒复制动态。在两个血清型登革病毒混合感染C6/36细胞72~120 h登革2型病毒的拷贝数与单独感染时登革2型病毒的拷贝数相比显著下降。上述研究证实建立的一步法实时荧光定量PCR方法具有特异性好灵敏度高、重复性好等特点,能够用于登革型和2型病毒混合感染样本的检测。

一步法荧光定量PCR快速检测肠道病毒EV71

目的:建立一步法荧光定量RT-PCR方法快速检测肠道病毒EV71。方法:从Genebank中找出最近2-3年中国大陆区域流行的EV71病毒VP1基因的序列进行比对,找出2-3个相对保守区域设计引物及taqman探针。筛选出一套表现良好的引物并进行反应条件的优化。结果:筛选出一套对EV71病毒具有高度灵敏度和特异性的引物及taqman探针,检测灵敏度达10copiesVP1/μL,整个操作过程仅需2-3h。结论:该套引物及探针针对EV71具有良好特性,是用于EV71的日常监测和暴发时的应急诊断。

基于白纹伊蚊Actin基因参照的登革Ⅱ型病毒一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究旨在建立一种以白纹伊蚊Actin基因表达量作为参照的登革Ⅱ型病毒一步法实时荧光定量PCR检测技术,为登革病毒在蚊虫中的定量检测提供更准确的检测方法。根据登革Ⅱ型病毒和白纹伊蚊Actin基因保守区序列设计引物和探针,在检测体系中同时加入病毒和Actin基因的特异性引物,计算每个样本中病毒含量与Actin表达量的比值,得到更为准确的定量结果。该方法重复性好、灵敏度高,可用于实验室白纹伊蚊感染登革Ⅱ型病毒的病毒载量检测。

快速检测洋葱伯克霍尔德菌巢式荧光定量PCR法建立

目的建立能直接快速应用于临床检测洋葱伯克霍尔德菌的巢式荧光定量PCR法。方法根据洋葱伯克霍尔德菌recA基因序列设计用于普通PCR扩增的外引物,同时设计用于荧光定量PCR的内引物。分别以洋葱伯克霍尔德菌等细菌的标准株为模板,以外引物进行第一轮PCR扩增;所得PCR产物为模板,以内引物进行染料法荧光定量PCR检测recA基因表达水平,评估巢式荧光定量PCR法的特异性。同时将洋葱伯克霍尔德菌的菌液和基因组DNA进行浓度梯度稀释,继续进行巢式荧光定量PCR,确定此方法的灵敏度。最后用巢式荧光定量PCR法和Vitek 2 Compact仪器分别鉴定35例临床标本,比较两者的检出能力。结果巢式荧光定量PCR法只针对洋葱伯克霍尔德菌有扩增曲线,而对其他菌株无检测信号。同时,巢式荧光定量PCR法的检测下限是1×10^1 CFU/mL的菌液和1×10^⁃5 ng/μL的基因组DNA,具有较高的灵敏度。巢式荧光定量PCR法能有效检测出14例临床标本存在洋葱伯克霍尔德菌感染(检出率为40.0%),而Vitek 2 Compact仪器仅检测出10例(检出率为28.6%),其中4例无法识别。结论巢式荧光定量PCR法具有有效、快速和直接应用于临床检测的优点,并且特异、灵敏和准确等特点,值得在临床推广。

巢式实时荧光定量PCR检测RA患者外周血单个核细胞TGF-βRⅡmRNA

目的建立检测人外周血单个核细胞(PBMC)中转化生长因子βⅡ型受体(TGF-βRⅡ)mRNA实时荧光定量PCR方法,并探讨其在RA中的临床意义。方法跨内含子设计外引物,并根据扩增片段,设计一对内引物,采用巢式实时荧光定量PCR(nested-real-time-PCR)方法。首次扩增采用减少引物、酶浓度、及循环次数的方法保持扩增片段的高度特异性,再进行第二次PCR扩增作实时荧光定量检测,同时以β-actin作内参,二者比值作为TGF-βRⅡ表达水平指标。结果Ct值和模板起始浓度对数值之间具有良好的线性关系(r2=0.999);检测最低浓度可达101拷贝。RA患者组和健康对照组的TGF-βRⅡ与β-actin的比值分别为0.45±0.11和0.37±0.10,两者有显著差异(P<0.01);RA治疗前、后两者比值分别为0.46±0.11和0.40±0.11,治疗后下降13.0%。结论巢式实时灾光定量PCR检测PBMC中TGF-βRⅡmRNA的方法简便,特异,重复性好,可信度高,其表达水平对RA具有一定的诊断价值,并可作为评价该病治疗效果的一种方法。

牛结核病荧光定量PCR快速检测方法的建立及初步应用

目的建立牛结核病荧光定量PCR快速检测方法。方法根据分枝杆菌的插入序列IS1081设计引物和探针,优化反应条件,建立标准曲线,进行特异性、敏感性、重复性实验,并用所建立的方法对临床样品进行检测。结果该方法的敏感性达到了10个拷贝,且特异性高,重复性好。对30份PPD试验和巢式PCR检测都为阳性的临床样本进行荧光定量PCR检测的结果全部为阳性;而对PPD检测阳性,巢式PCR检测为阴性的15份临床样本进行检测时,2份为阳性;在对2份PPD检测阴性而巢式PCR检测阳性的临床样本的检测结果也为阳性。结论成功建立了牛结核病荧光定量PCR快速检测方法,对临床样品的快速检测和牛结核病的早期诊断具有重要意义。

荧光定量PCR技术检测疟原虫方法初探

目的探索荧光定量PCR技术在献血者疟原虫检测中的应用。方法参照文献设计针对疟原虫18S小亚基核糖体RNA (18S rRNA)基因序列的通用引物和探针并构建标准质粒;将标准质粒和4种疟原虫阳性标本进行梯度倍比稀释后进行荧光定量PCR检测,建立符合本实验室条件的实验体系,与巢式PCR方法进行灵敏度比较,并对47例献血者进行疟原虫筛查。结果应用荧光定量PCR技术检测标准质粒的检测下限是10-1copy/μL,用于恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(P.vivax)、三日疟原虫(P.malaria)和卵形疟原虫(P.ovale)阳性标本检测,其下限均为1 copy/μL,且整个PCR程序仅用时1 h 59 min;应用荧光定量PCR技术检测47例献血者全血标本,均为阴性;应用巢式PCR技术检测间日疟原虫和三日疟原虫的检测下限为102copy/μL,检测灵敏度明显低于荧光定量PCR检测方法。结论荧光定量PCR检测方法具有操作简单、快速、灵敏、经济等特点,通过针对本实验室的特定实验优化,更加适用于献血者疟原虫的快速大量筛查。

TaqMan荧光定量PCR快速检测锦鲤疱疹病毒方法的建立与应用

本研究采用一步DNA提取法快速提取锦鲤组织样品中的DNA,利用针对锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus,KHV)TK基因保守区设计的一对特异性引物、一条特异荧光探针,经反应体系优化,应用实时荧光定量PCR检测技术,通过对荧光信号的实时监测实现对KHV的定量检测。整个过程快速、简捷,操作简单,可对KHV进行快速有效的诊断,具有一定的应用价值。

寨卡病毒荧光定量PCR检测方法的建立与验证

目的建立基于一步法实时荧光定量PCR技术的寨卡病毒检测方法。方法通过分析寨卡病毒全基因组核酸序列,根据其NS5基因片段,设计特异性引物,构建重组质粒,经体外转录后获得寨卡病毒RNA,即阳性标准品,建立标准曲线,利用RT-PCR方法对检测体系做灵敏性、重复性试验,以寨卡病毒GZ01毒株与Huh7.5.1细胞RNA混合或加入寨卡病毒的血浆标本对本方法测试。结果建立的标准曲线线性关系良好,灵敏度较高,检测下限可达0.1 PFU/mL,标准曲线方程:Y=-3.353X+36.345,相关系数(CV)可达0.999。该方法特异性较好,对登革病毒和丙肝病毒核酸检测无交叉反应,可检出寨卡病毒感染的细胞样品和血浆样品中的寨卡病毒。结论成功建立了1种基于实时荧光定量PCR的寨卡病毒核酸检测的高灵敏性方法。

多重巢式和定量PCR联合应用提高SARS病毒检测率

目的寻求一种可靠、可行的对急性严重呼吸道综合征病毒的早期诊断方法。方法应用多重巢式PCR联合荧光实时定量方法,对广州地区91份确诊和疑似病例标本、25份健康志愿者标本同时进行检测。结果25份健康志愿者标本经两种方法检测均为阴性。91份确诊和疑似病例标本经多重巢式PCR方法检测,阳性标本数53例,总阳性检测率58.24%;荧光实时定量PCR检测阳性标本数68例,阳性检出率74.73%;两种方法联合,阳性标本数76例,阳性检出率83.52%。结论多重巢式PCR联合荧光实时定量方法可进一步提高SARS病毒的阳性检出率,也为今后应对可能发生的其它突发性传染病病毒的检测提供分子诊断基础。

两种一步法RNA提取试剂的比较

RNA的提取在生物医学研究和临床检测上应用广泛。本文分别用进口Invitrogen公司生产的以及我们自己研制的一步法RNA提取试剂,提取大肠杆菌RNA、鸡肌肉组织RNA和尿裳液RNA,通过核酸电泳和荧光定量RT-PCR进行比较。结果表明用我们自己研制的和进口的试剂提取的RNA都不含有DNA;这些RNA都可以作为模板进行RT-PCR检测,并且在数量上相互之间没有明显差异。说明我们自己研制的一步法RNA提取试剂可以取代进口试剂。此外,本文还讨论了此类试剂一些评定方法。

荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法在临床的应用评价

目的:对国产荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法(FH—PCR—MC)检测乙型肝炎病毒聚合酶酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸基序(HBVYMDD)变异的试剂进行临床应用评价.方法:慢性乙型肝炎患者外周血浆标本217份,分别采用荧光标记Taqman探针定量PCR法(FT—PCR)和荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法(FH—PCR—MC)检测HBVDNA含量和YMDD及其变异;其中78份HBVDNA阳性标本采用基因型特异性多引物对巢式PCR法进行基因分型(A—F),30份标本用PCR产物克隆测序法检测HBVYMDD及其变异.结果:血浆标本HBVDNA阳性率(≥1.0×106copies/L)为75.6%(164/217).YMDD及其变异检出率为67.7%(147/217).其中YMDD44.9%(66/147),YIDD22.5%(33/147).YVDD17.7%(26/147),YIDD/YVDD混合株10.9%(16/147),其他混合株4.0%(6/147);结合HBVDNA含量,HBVYMDD及其变异的检出下限为HBVDNA=5.0×106copies/L,但在106copies/L时检出率较低,仅为36.4%,随着HBVDNA含量增高,检出率显著增高(>80%),且在107copies/L时即有显著增高(χ2=7.177,P<0.01).在基因分型的78份标本中,C基因型占89.8%,B和D基因型分别占8.9%和1.3%,YMDD及其变异总检出率为100%,变异总检出率为59.0%;1份D基因型YMDD及其变异检测为YIDD/YVDD混合变异;B,C两种基因型变异检出率分别为71.4%和55.7%,但二者无统计学差异.以测序法的检测结果为相对标准,则FH—PCR—MC法检测HBVYMDD及其变异的相对敏感性、特异性和符合率分别为96.3%(26/27),100%(3/3)和96.7%(29/30);对于HBVYMDD及其变异的类型,两种方法检测结果一致.结论:FH—PCR—MC法是一种快速、特异的HBVYMDD及其变异检测方法,具有较高的检出率,且能区分YMDD及其变异的类型.

浓缩一步法新型肺炎支原体核酸检测试剂盒的临床应用初步评价

目的通过对比实验,对新型肺炎支原体(mycoplasma pneumoniae,MP)核酸检测试剂(采用浓缩一步法处理样本,以下简称"浓缩一步法")的临床使用进行评价。方法用浓缩一步法试剂与煮沸法试剂对临床收集的样本进行MP DNA检测并对比其结果,同时,将两种试剂的检测结果分别与金标准培养法检测结果进行对比。结果新型肺炎支原体核酸检测试剂与煮沸法试剂的阳性一致性百分比为98.36%,阴性一致性百分比为96.80%,总一致性百分比为97.68%;对5例不符样本进行测序复核,并对复核后的结果进行Kappa检验一致性分析,结果 Kappa值=1.000,表明新型试剂的检测结果与煮沸法试剂及复核检测的结果具有很好的一致性。在与金标准培养法检测结果的对比中,两种试剂均表现出较好的准确性。结论新型肺炎支原体核酸检测试剂与已上市的煮沸法试剂检测结果具有很好的一致性,操作简单快速,减少污染环节,并具有内标控制假阴性,结果准确,符合临床检测要求,具有较高的临床应用价值。

中国大陆地区乙型脑炎病毒一步法TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

流行性乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus，JEV）是黄病毒科黄病毒属的单股正链RNA病毒，三带喙库蚊是其主要的传播媒介，感染人体后可引起流行性乙型脑炎（乙脑）。人群对本病普遍易感，15岁以下儿童发病率较高。

三种PCR方法检测柑橘黄龙病菌的效果比较

为了比较常规PCR、巢式PCR和实时荧光定量PCR方法在大田检测中对柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)的检测效果,首先比较了3种检测方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度,结果发现:3种检测方法的灵敏度依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。运用3种检测方法对广东5个柑橘品种上的189个黄龙病疑似病样进行检测,结果发现:黄龙病检出率依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。研究表明:常规PCR适合以较低成本大规模检测黄龙病;实时荧光定量PCR具有最大的检测灵敏度;巢式PCR检测技术同时具有前两者的一些优点,但操作较复杂,适合技术熟练的研究者使用。

一种新型快速定量检测HBV DNA试剂的评价

目的对一种新型快速定量检测HBV DNA试剂进行性能评价。方法以达安公司HBV DNA定量检测试剂(浓缩碱裂解法)为参比试剂,湖南圣湘公司HBV DNA定量检测试剂(一步法)为实验试剂,比较两法对117例临床标本和2012年江苏省室间质评样本检测结果的相关性和准确性。评价一步法PCR试剂的敏感性、特异性、线性关系和重复性。结果两种试剂检测25例HBV DNA阴性标本,结果均为阴性,92例HBV DNA阳性样本中87例两法均为阳性。经以10为底数的对数转换后,一步法检测结果为4.82±1.80,浓缩碱裂解法为4.78±1.89,结果无统计学差异(t=-0.74,P>0.05),且两法相关性良好(r=0.971,P<0.05)。两法特异性均为100%(25/25);一步法敏感性为98.9%(91/92),浓缩碱裂解法为95.7%(88/92);两法检测室间质评样本均在合格范围内。一步法检测试剂的r为0.999;两份HBV DNA阳性样本重复检测10次的变异系数(CV)分别为0.89%和0.15%。结论一步法试剂的检测结果准确可靠,与浓缩碱裂解法试剂相比,操作简便快速。