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基因1型狂犬病病毒一步法荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:5
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作者 许运斌 邵明富 +3 位作者 范金红 孙彦伟 席进 涂长春 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期297-302,310,共7页
目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒(rabies virus,RV)引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法。方法与结果该... 目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒(rabies virus,RV)引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法。方法与结果该方法能特异检测基因1型,不能检测基因2-7型和犬瘟热病毒(CDV)、犬细小病毒(CPV)、犬腺病病毒(CAV)、水泡性口炎病毒(VSV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)等5种非狂犬病病原体,其检测灵敏度可达到4.68个TCID50的病毒含量。用该方法对29份新鲜和5份腐败的临床犬脑组织样品进行检测,并与国际金标准确诊方法狂犬病荧光抗体染色法(FAT)和乳鼠脑内接种试验(MIT)及本实验室建立的套式RT-PCR方法进行比较。结果表明所建立的qRT-PCR与套式RT-PCR的符合率为100%,二者均检测出12份阳性的新鲜样品和5份阳性的腐败样品,而FAT只检测出12份阳性的新鲜样品和1份阳性的腐败样品,MIT只检测出12份阳性,未检测出阳性腐败样品。检测中FAT和MIT确诊的所有阳性样品在qRT-PCR检测均是阳性,而在FAT检测为阴性的4份腐败样品在qRT-PCR为阳性,说明所建立的qRT-PCR方法准确性达到了FAT和MIT的水平,而且灵敏度更高,更适合于腐败样品的检测。结论研究结果表明该qRT-PCR方法特异性好、灵敏度高、污染率低、操作简单,在我国动物狂犬病临床诊断上具有巨大的应用价值。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 基因Ⅰ型 一步法荧光定量RT-PCR
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柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立 被引量:3
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作者 蔡丽娟 陈瑶 +2 位作者 杜红延 陈骊嘉 李明 《广东医学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期598-600,共3页
目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核... 目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核苷酸区域polyprotein基因,设计特异性引物和TaqMan探针;构建重组质粒作为阳性标准品,建立检测CoxA16的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评价。结果成功建立了CoxA16的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,该方法最低检测限为101个拷贝/μL,与常规PCR相比,敏感性提高100倍。组内和组间重复性实验的变异系数小于2%。该检测方法特异性强,与肠道病毒71型、柯萨奇病毒B组5型、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒75型、登革热病毒、霍乱弧菌O1、霍乱弧菌O139、大肠杆菌O157均不发生交叉反应。结论本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于CoxA16感染的日常检测和实验室早期快速诊断。 展开更多
关键词 柯萨奇病A组16型 TAQMAN探针 一步法荧光定量RT-PCR 检测
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一步法荧光定量PCR快速检测肠道病毒EV71 被引量:2
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作者 毛国梁 《医学信息(中旬刊)》 2011年第5期1896-1897,共2页
目的:建立一步法荧光定量RT-PCR方法快速检测肠道病毒EV71。方法:从Genebank中找出最近2-3年中国大陆区域流行的EV71病毒VP1基因的序列进行比对,找出2-3个相对保守区域设计引物及taqman探针。筛选出一套表现良好的引物并进行反应条件的... 目的:建立一步法荧光定量RT-PCR方法快速检测肠道病毒EV71。方法:从Genebank中找出最近2-3年中国大陆区域流行的EV71病毒VP1基因的序列进行比对,找出2-3个相对保守区域设计引物及taqman探针。筛选出一套表现良好的引物并进行反应条件的优化。结果:筛选出一套对EV71病毒具有高度灵敏度和特异性的引物及taqman探针,检测灵敏度达10copiesVP1/μL,整个操作过程仅需2-3h。结论:该套引物及探针针对EV71具有良好特性,是用于EV71的日常监测和暴发时的应急诊断。 展开更多
关键词 TAQMAN探针 EV71 肠道病毒 一步法荧光定量PCR
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基因2型鹅星状病毒EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR的建立与应用
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作者 赵磊 刘廷惠 +3 位作者 杨贝奇 张留君 刘欣超 张训海 《安徽科技学院学报》 2023年第2期25-32,共8页
目的:建立快速、灵敏、特异的基因2型鹅星状病毒(Goose astrovirus 2,GoAstV-2)检测方法。方法:以GoAstV-2 ORF2基因为靶标,设计特异性检测引物并构建含目标基因的重组质粒作为阳性质粒标准品,以其为模板优化建立一种EvaGreen饱和染料... 目的:建立快速、灵敏、特异的基因2型鹅星状病毒(Goose astrovirus 2,GoAstV-2)检测方法。方法:以GoAstV-2 ORF2基因为靶标,设计特异性检测引物并构建含目标基因的重组质粒作为阳性质粒标准品,以其为模板优化建立一种EvaGreen饱和染料荧光定量一步法RT-PCR检测方法。结果:所建立方法采用dUTP/UDG酶防污染体系,其标准曲线在2.58×10^(1)~2.58×10^(7) copies/μL质粒模板量呈现良好的线性关系,斜率为-3.413,相关系数(R^(2))为0.995,熔解温度T_(M)为(85.5±0.5)℃;该方法对质粒标准品检测灵敏度下限为25.8 copies/μL;该方法特异性检测GoAstV-2,而新城疫病毒(NDV)、H5型禽流感病毒(AIV-H5)、禽呼肠孤病毒(ARV)等11种常见禽传染病病原检测结果均为阴性。重复性试验显示,组内和组间变异系数均小于2%,表明其具有良好的重复性。GoAstV-2感染病死鹅组织定量检测显示,心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、腺胃、胰腺、小肠、大脑和肌肉组织均可检测出GoAstV-2,其中肾脏病毒含量最高(2.58×10^(11) copies/g),大脑和肌肉组织含毒量较低。32份临床送检病死鹅组织样品的检测显示,9份存在GoAstV-2感染,阳性率为28.1%。结论:EvaGreen荧光定量一步法RT-PCR能高效检测GoAstV-2,可应用于禽类GoAstV-2感染的诊断和净化检测。 展开更多
关键词 基因2型鹅星状病毒 荧光定量一步法RT-PCR EvaGreen
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猪腹泻病毒一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法的建立及应用 被引量:4
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作者 王一丹 杨发龙 +2 位作者 陈弟诗 向华 任玉鹏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期179-192,共14页
【目的】建立一种可同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株、猪A群轮状病毒(GARV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪阿尔法冠状病毒(SADS-CoV)及猪捷申病毒(PTV)5种猪腹泻病毒的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法。为猪腹泻病的快速诊... 【目的】建立一种可同时检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株、猪A群轮状病毒(GARV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪阿尔法冠状病毒(SADS-CoV)及猪捷申病毒(PTV)5种猪腹泻病毒的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测法。为猪腹泻病的快速诊断和流行病学调查提供高效灵敏的工具。【方法】对PEDV多个基因型毒株ORF3基因比对分析,以PEDV野毒株为模板,对疫苗株ORF3基因稳定缺失区域设计特异性探针,并在两端保守区域设计上下游引物;在靠近GARV G3、G4、G5和G9型NSP5基因5′端保守碱基区域设计引物及探针,并加入简并碱基。同时,分别选择PDCoV M基因、PTV 5′UTR序列、SADS-CoV N基因等保守基因设计特异性引物及探针,用于多重荧光定量PCR方法的建立。对引物、探针浓度和退火温度进行优化;用RStudio参照代码绘制ROC曲线,确定检测方法的敏感度值、特异度值及曲线下面积AUC,并计算Youden指数,最终确定检测临界值;从阳性核酸中扩增靶基因,并克隆至pEASY-T1载体。通过体外转录,获得5种标准品分别命名为:cRNA-PEDV、cRNA-GARV、cRNA-PDCoV、cRNA-PTV和cRNA-SADS-CoV。对检测方法的敏感性、特异性和重复性等进行评估;并与同类方法对临床样本的检测符合率进行比较。【结果】得到了5种病原检测的最佳引物、探针浓度和最佳退火温度。根据ROC曲线确定PEDV、GARV、PDCoV、PTV和SADS-CoV临界CT值分别为:35.78、34.25、34.98、34.60和35.70;5种病原的检测下限均可达到1×10^(2) copies/μL,标准曲线线性关系良好,扩增效率在96.3%-104%之间;该方法对PEDV CV777疫苗株、PEDV AJ1102疫苗株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪霍乱沙门氏菌(S.choleraesuis)、多杀性巴氏杆菌(P.multocida)、大肠杆菌(E.coli)、猪链球菌(S.suis)和葡萄球菌(S.aureus)等多种菌毒株均不检出,具有良好的特异性;经重复性检验,组内变异系数在0.22%-3.08%之间,组间变异系数在0.89%-4.0%之间;对242份临床样本检测并与同类方法的检测结果进行比较,符合率分别为:PEDV 97.9%、GARV 98.8%、PDCoV 100%、PTV98.3%和SADS-CoV100%,Kappa值均大于0.9。对PEDV野毒株的检测准确性高于同类方法。此外,对临床样本检测结果显示,当前四川省腹泻猪群中尚无SADS-COV检出;但PEDV、GARV、PDCoV和PTV仍持续流行,其总体阳性率分别达到:10.7%(26/242)、13.6%(33/242)、18.2%(44/242)和14.5%(35/242),且各腹泻病原之间存在不同形式和程度的混合感染,使感染猪腹泻病情加剧。故需进一步加强几种猪腹泻病毒在本地区猪群中流行情况调查和遗传变异规律研究,为制定更具针对性的防控措施提供依据。【结论】本研究成功建立了一种同时检测PEDV野毒、PDCoV、SADS-CoV和GARV、PTV多基因型的一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR,为猪腹泻病的快速鉴别诊断和流行病学调查提供了一种高效灵敏的工具。 展开更多
关键词 一步法多重TaqMan荧光定量RT-PCR 猪腹泻相关病毒 鉴别诊断 检测临界值
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非洲猪瘟病毒一步法巢式锁核酸荧光定量PCR方法的建立 被引量:1
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作者 施科达 徐民生 +8 位作者 李艳 张昆丽 翟少伦 勾红潮 宋帅 杨冬霞 臧莹安 孙铭飞 李春玲 《中国农学通报》 2023年第11期143-151,共9页
试验基于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)B646L(P72)蛋白基因序列,建立一种高灵敏度和高特异性的检测方法。采用Oligo 7软件设计一步法巢式锁核酸荧光定量PCR(One Step NestedLocked Nucleic Acid real-time PCR,LNA-OSN-... 试验基于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)B646L(P72)蛋白基因序列,建立一种高灵敏度和高特异性的检测方法。采用Oligo 7软件设计一步法巢式锁核酸荧光定量PCR(One Step NestedLocked Nucleic Acid real-time PCR,LNA-OSN-PCR)的嵌套引物以及探针,并对外引物进行锁核酸修饰。建立并优化LNA-OSN-PCR反应体系和条件,确立LNA-OSN-PCR标准曲线,并检验LNA-OSN-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。采用LNA-OSN-PCR方法,对96份临床疑似患病样品进行检测,同时与普通荧光探针PCR方法进行比较。试验确立并优化了LNA-OSN-PCR的反应条件和体系,建立的LNA-OSN-PCR标准曲线,具有较好的线性(R2=0.9945)。该方法的最低检测限为3×10^(-1)copies/μL,变异系数小于3%,并且与其他病毒或细菌核酸无交叉反应。LNA-OSN-PCR方法与OIE推荐的荧光定量PCR方法比较,检测灵敏度提高10~100倍,在对96份临床疑似患病核酸样品进行检测中,检出55份阳性,41份阴性,比常规的荧光定量PCR具有更高的阳性检出率。并且能获得典型的扩增曲线。试验结合一步法巢式PCR和锁核酸修饰,建立了ASFV一步法巢式锁核酸荧光定量PCR,为检测ASFV提供一种高灵敏度和高特异性且经济实惠的检测方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 B646L(P72)蛋白基因 锁核酸修饰 一步法巢式荧光定量PCR
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猪流感病毒一步法荧光定量RT-PCR诊断方法的建立 被引量:6
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作者 徐敏 李志强 +6 位作者 黄元 陈晶 陈少勤 张健騑 赵亚华 宣华 向华 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1021-1025,共5页
为了建立一种在猪流感流行病学调查和临床诊断中应用的快速高效的诊断方法,根据猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)M基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条特异性TaqMan探针,建立了以RNA为反应模板的一步法荧光定量RT-PCR诊... 为了建立一种在猪流感流行病学调查和临床诊断中应用的快速高效的诊断方法,根据猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)M基因的保守序列,设计并合成1对特异性引物和1条特异性TaqMan探针,建立了以RNA为反应模板的一步法荧光定量RT-PCR诊断方法。使用含有M基因的重组质粒作为标准品绘制标准曲线,该曲线效率值为2.014,误差值为0.005。试验结果表明,该方法灵敏度极高,最低可检测到10 copies的核酸;临床样品检测结果也显示其灵敏度高于普通PCR和病毒分离法;特异性强,对猪群常见的其他6种病毒检测结果均为阴性。临床样品检测显示,该方法操作简单,可以用RNA作为模板直接检测,节省时间,而且特异性好、灵敏度高,是可以应用于猪流感流行病学调查的一种可靠的诊断方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 一步法荧光定量RT-PCR TAQMAN探针
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委内瑞拉马脑炎病毒一步法荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:5
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作者 千莎莎 何彪 +2 位作者 涂忠忠 郭焕成 涂长春 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期107-113,共7页
委内瑞拉马脑炎(Venezuelan equine encephalitis,VEE)是由委内瑞拉马脑炎病毒(Venezuelan equine encephalitis virus,VEEV)复合物引起的一种人兽共患病。我国目前尚无该病,因此建立一种快速准确的检测方法对预防和控制该病至关重要。... 委内瑞拉马脑炎(Venezuelan equine encephalitis,VEE)是由委内瑞拉马脑炎病毒(Venezuelan equine encephalitis virus,VEEV)复合物引起的一种人兽共患病。我国目前尚无该病,因此建立一种快速准确的检测方法对预防和控制该病至关重要。本研究通过分析委内瑞拉马脑炎病毒nsp1基因序列的保守性,设计了一对能检测VEEV复合物所有亚型毒株的特异性引物和Taqman探针。通过反应体系和反应条件优化,建立了检测委内瑞拉马脑炎病毒复合物的一步法实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测VEEV经体外转录获得的RNA,检测的灵敏度达3.27×102拷贝/μL。以该方法检测与VEEV同属的东方马脑炎病毒(EEEV)和西方马脑炎病毒(WEEV)nsp1基因相同区段的RNA以及同属的基孔肯雅病毒(CHIKV),结果均为阴性,表明该方法具有良好的特异性。该方法将为可能在我国出现的委内瑞拉马脑炎的侦检提供有效技术手段。 展开更多
关键词 委内瑞拉马脑炎病毒 一步法荧光定量RT-PCR 检测
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H1亚型猪流感病毒一步法实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:7
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作者 刘好朋 胡京京 +5 位作者 唐续 裴仉福 李冰 李琳 陈瑞爱 贺东生 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第11期63-68,共6页
为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实... 为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实时荧光定量RT-PCR技术。结果显示,该方法的敏感性可达102拷贝/μL,除H1亚型SIV外,对H3N2亚型SIV、H9N1亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒的检测均为阴性,且应用该方法对疑似猪流感样品进行检测,其结果与SPF鸡胚分离病毒方法结果的符合率为94%。本试验结果表明该方法特异性强、重复性好,有望成为一种特异、敏感、快速、定量检测H1亚型SIV的方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 H1亚型 TAQMAN MGB探针 一步法实时荧光定量RT-PCR
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一步法多重荧光定量RT-PCR检测人杯状病毒的建立及应用 被引量:2
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作者 王原 崔大伟 +1 位作者 胡正军 陈功祥 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期647-651,共5页
目的建立检测人杯状病毒(human calicivirus,HuCVs,主要包括SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ)的一步法多重荧光定量RTPCR(rRT-PCR)法。方法用Primer Express 3.0软件设计特异性引物和探针,通过合成的对应病毒基因的质粒来评价该方法的灵敏度、特... 目的建立检测人杯状病毒(human calicivirus,HuCVs,主要包括SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ)的一步法多重荧光定量RTPCR(rRT-PCR)法。方法用Primer Express 3.0软件设计特异性引物和探针,通过合成的对应病毒基因的质粒来评价该方法的灵敏度、特异性和重复性,检测临床标本并对阳性结果进行基因测序验证。结果建立的rRT-PCR法检测SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ的灵敏度均达到103copies/mL,特异性为100%,且变异系数(CV)均≤1.275%。HuCVs检出率为21.43%(75/350),其中SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ分别为14.67%(11/75)、21.33%(16/75)和64.00%(48/75)。随机选择检测阳性结果进行测序,结果均与该法检测结果一致。结论建立的rRT-PCR法可同时检测并区分SV、NoV-GⅠ和NoV-GⅡ病毒,可用于HuCVs引起的急性腹泻散发和暴发疫情的监测。 展开更多
关键词 人杯状病毒 札如病毒 诺如病毒 一步法多重荧光定量聚合酶链反应
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一步法实时荧光定量PCR检测大鼠胰腺组织中Insulin mRNA和PDX-1 mRNA的表达 被引量:1
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作者 于海英 孙中华 +2 位作者 崔俊生 刘晓彬 倪劲松 《中国实验诊断学》 北大核心 2011年第8期1269-1273,共5页
目的通过检测大鼠胰腺组织中Insulin mRNA和PDX-1 mRNA的表达探讨EGF/Gastrin联用促进胰岛PDX-1表达增强可能的作用机制。方法采用一步法实时荧光定量PCR检测各组大鼠胰腺组织中Insulin基因和PDX-1基因在转录水平的表达。结果大鼠胰腺... 目的通过检测大鼠胰腺组织中Insulin mRNA和PDX-1 mRNA的表达探讨EGF/Gastrin联用促进胰岛PDX-1表达增强可能的作用机制。方法采用一步法实时荧光定量PCR检测各组大鼠胰腺组织中Insulin基因和PDX-1基因在转录水平的表达。结果大鼠胰腺组织中Insulin mRNA在转录水平的表达情况正常对照组最高;糖尿病组最低,与正常对照组相比相差2.4倍(P<0.05);EGF/Gastrin组是糖尿病组的2.1倍(P<0.05)。大鼠胰腺组织中PDX-1mRNA在转录水平的表达情况正常对照组最高,糖尿病组最低,与正常对照组相比相差2.8倍(P<0.05),EGF/Gastrin组是糖尿病组的2.2倍(P<0.05)。结论 EGF/Gastrin联用促进胰岛PDX-1表达增强的作用机制可能通过其改善胰岛β细胞功能、降低血糖进而减弱糖毒性对PDX-1表达的不良影响,间接地使PDX-1的表达增强。而EGF/Gastrin联用促进胰岛新生、改善胰岛β细胞功能又有可能是通过提高PDX-1的表达而实现的。 展开更多
关键词 大鼠胰腺组织 PDX-1基因 Insulin基因 一步法实时荧光定量PCR
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登革1型和2型病毒混合感染样本的一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 孙爱娟 林立丰 +10 位作者 兰策介 刘钦梅 高剑 周洁 李春晓 石清明 邢丹 张恒端 董言德 郭晓霞 赵彤言 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2018年第1期23-27,共5页
本文旨在建立检测登革1型和2型病毒的一步法实时荧光定量PCR方法,为登革热的诊断和预测提供技术支撑。依据登革1型和2型病毒的保守区序列设计引物和探针,建立了同时检测两个血清型登革病毒的一步法实时荧光定量PCR方法。特异性实验结果... 本文旨在建立检测登革1型和2型病毒的一步法实时荧光定量PCR方法,为登革热的诊断和预测提供技术支撑。依据登革1型和2型病毒的保守区序列设计引物和探针,建立了同时检测两个血清型登革病毒的一步法实时荧光定量PCR方法。特异性实验结果显示,该方法可检测出登1型和2型病毒,与登革3型、4型病毒、黄热病毒、流感H3N2病毒均无交叉反应,具有较好的特异性。对登革1型和登革2型的灵敏度均为102copies/μL。应用该方法,可检测出登革1型和2型病毒混合感染C6/36后不同时间点病毒复制动态。在两个血清型登革病毒混合感染C6/36细胞72~120 h登革2型病毒的拷贝数与单独感染时登革2型病毒的拷贝数相比显著下降。上述研究证实建立的一步法实时荧光定量PCR方法具有特异性好灵敏度高、重复性好等特点,能够用于登革型和2型病毒混合感染样本的检测。 展开更多
关键词 登革1型病毒 登革2型病毒 一步法实时荧光定量PCR
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基于白纹伊蚊Actin基因参照的登革Ⅱ型病毒一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 李超杰 姜玉庭 +7 位作者 张强辉 高剑 刘源 邢丹 李春晓 张恒端 郭晓霞 赵彤言 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2020年第4期239-243,共5页
本研究旨在建立一种以白纹伊蚊Actin基因表达量作为参照的登革Ⅱ型病毒一步法实时荧光定量PCR检测技术,为登革病毒在蚊虫中的定量检测提供更准确的检测方法。根据登革Ⅱ型病毒和白纹伊蚊Actin基因保守区序列设计引物和探针,在检测体系... 本研究旨在建立一种以白纹伊蚊Actin基因表达量作为参照的登革Ⅱ型病毒一步法实时荧光定量PCR检测技术,为登革病毒在蚊虫中的定量检测提供更准确的检测方法。根据登革Ⅱ型病毒和白纹伊蚊Actin基因保守区序列设计引物和探针,在检测体系中同时加入病毒和Actin基因的特异性引物,计算每个样本中病毒含量与Actin表达量的比值,得到更为准确的定量结果。该方法重复性好、灵敏度高,可用于实验室白纹伊蚊感染登革Ⅱ型病毒的病毒载量检测。 展开更多
关键词 登革Ⅱ型病毒 一步法实时荧光定量PCR 白纹伊蚊 ACTIN
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体外转录法制备新城疫病毒荧光定量RT-PCR标准阳性模板 被引量:4
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作者 孙军峰 刘华雷 +1 位作者 张维 王志亮 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第4期43-46,共4页
本研究针对新城疫病毒M基因设计了1对荧光定量RT-PCR引物和Taqman探针,在上游引物的5′端引入T7启动子,采用RT-PCR方法获得了体外转录模板,并对转录产物RNA的浓度及D值进行了测定。线性试验和特异性试验结果表明,该模板具有良好的线性... 本研究针对新城疫病毒M基因设计了1对荧光定量RT-PCR引物和Taqman探针,在上游引物的5′端引入T7启动子,采用RT-PCR方法获得了体外转录模板,并对转录产物RNA的浓度及D值进行了测定。线性试验和特异性试验结果表明,该模板具有良好的线性范围和特异性,模板稀释度为2.95×104~2.95×108拷贝/L时,相关系数为0.998。该模板稳定性好,-80℃保存30 d后无显著变化。浓度为2.95×104~2.95×108拷贝/μL的标准品的变异系数分别为0.20%、0.28%、1.00%、0.54%、0.52%,表明以此模板进行荧光定量PCR具有较好的重复性。 展开更多
关键词 新城疫病毒 体外转录 一步法荧光定量RT-PCR
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罗氏沼虾野田村病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 黄光华 童桂香 +6 位作者 黎小正 李旻 黄国秋 卢小花 陈静 吴明媛 韦信贤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2059-2063,共5页
【目的】建立一种检测罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii nodavirus,MrNV)的实时荧光定量RT-PCR,为防控罗氏沼虾白尾病(White tail disease,WTD)提供技术支持。【方法】将MrNV衣壳蛋白基因片段(No.HQ287005)克隆到pG... 【目的】建立一种检测罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii nodavirus,MrNV)的实时荧光定量RT-PCR,为防控罗氏沼虾白尾病(White tail disease,WTD)提供技术支持。【方法】将MrNV衣壳蛋白基因片段(No.HQ287005)克隆到pGM-T载体,选取阳性重组质粒用SalⅠ酶切获得线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA;在MrNV基因序列的保守区域设计1对扩增片段为119 bp的特异性引物,以标准品RNA为模板进行引物浓度筛选及标准曲线制定,并对建立的检测方法进行标准曲线和融解曲线分析及特异性、敏感性、重复性、临床样品检验试验。【结果】建立的一步法实时荧光定量RT-PCR定量范围宽,检测模板范围在1×10~1~1×10~8拷贝/μL时,其标准曲线呈良好的线性关系;融解曲线表现为单一波峰,Tm为81.17~81.25℃;扩增曲线呈明显的S形,以C_t值35.00为界限,灵敏度约为10个病毒粒子,是常规RT-PCR的1000倍。该方法仅对MrNV具有良好的特异性,其组内和组间试验的Ct值变异系数分别为0.15%~0.83%和0.56%~0.95%;对83份罗氏沼虾临床样品进行检测,其结果与套式RT-PCR的检测结果一致。【结论】针对MrNV检测建立的一步法实时荧光定量RT-PCR具有快速、便捷、灵敏、准确等优点,且对样品的检测范围宽,适用于MrNV隐性感染和发病诊断。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 野田村病毒 白尾病 一步法实时荧光定量RT-PCR 检测
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TaqMan-MGB探针法快速检测对虾Taura综合征病毒的研究 被引量:1
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作者 韦信贤 童桂香 +4 位作者 谢宗升 黎小正 吴祥庆 廖永志 黄国秋 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期37-42,共6页
为建立Taura综合征病毒(Taura syndrome virus,简称TSV)的TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan-MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM-T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,... 为建立Taura综合征病毒(Taura syndrome virus,简称TSV)的TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan-MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM-T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,得到线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA。以体外转录的RNA作为模板,进行一步法荧光定量RT-PCR反应,根据RNA模板拷贝数与Ct(Cycle threshold,Ct)值制备了标准曲线,制作的标准曲线在2×101拷贝/μL≤TSV RNA≤2×107拷贝/μL的范围内具良好的线性关系,可以用于TSV的定量分析,检测灵敏度为20个拷贝数。特异性、重复性试验结果表明,该方法对SPF对虾组织RNA没有扩增反应,表现出良好的特异性;组内和组间实验变异系数分别为0.32%~1.84%和0.79%~2.71%。利用TaqMan-MGB探针建立检测TSV的一步法荧光定量RT-PCR方法可用于对虾TSV的检测。 展开更多
关键词 TSV TAQMAN-MGB探针 一步法荧光定量 RT-PCR
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新疆伊犁地区马脑组织尼帕病毒的感染情况 被引量:2
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作者 冯裕星 何丰 +9 位作者 谢亮 胡子成 孙后超 徐红波 展群岭 徐鸣明 张亮 胡永波 李雷雷 谢鹏 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2010年第10期1050-1054,共5页
目的采用一步法荧光定量RT-PCR检测新疆伊犁地区天然牧场放养马群脑组织尼帕病毒(NipahVirus,NiV)核蛋白N基因的表达,调查该地区马群中枢神经系统NiV感染的流行状况。方法针对NiV高度保守区N基因设计特异性引物和探针,建立检测马脑组织... 目的采用一步法荧光定量RT-PCR检测新疆伊犁地区天然牧场放养马群脑组织尼帕病毒(NipahVirus,NiV)核蛋白N基因的表达,调查该地区马群中枢神经系统NiV感染的流行状况。方法针对NiV高度保守区N基因设计特异性引物和探针,建立检测马脑组织样本中低浓度NiV RNA的一步法荧光定量RT-PCR方法,对该方法的敏感性及特异性进行验证,并对新疆伊犁地区天然牧场放养且未接种NiV疫苗的183匹马脑组织进行检测。结果一步法荧光定量RT-PCR的最低检出限为1.1×102 copies/μl;与NiV同为亨尼帕病毒属,且高度同源的亨德拉病毒(Hendra Virus,HeV)及同为单股负链的博尔纳病病毒(Borna Disease Virus,BDV)均无交叉反应;183份马脑组织样本未检出阳性样本。结论新疆伊犁地区天然牧场放养马匹中未发现NiV感染,该地区短时间内爆发NiV的可能性较小。 展开更多
关键词 尼帕病毒 N基因 一步法荧光定量RT-PCR 新疆伊犁地区
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新疆伊犁地区马匹亨德拉病毒脑内感染情况调查 被引量:2
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作者 冯裕星 何丰 +9 位作者 孙后超 张亮 徐红波 胡子成 牟君 展群岭 徐鸣明 胡永波 李雷雷 谢鹏 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2011年第1期28-31,37,共5页
目的检测新疆伊犁地区天然牧场放养马群脑组织中亨德拉病毒(Hendra Virus,HeV)的核酸片段,调查该地区马群中枢神经系统HeV感染流行状况。方法针对HeV高度保守区核蛋白(N)基因设计特异性引物和探针,采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测中... 目的检测新疆伊犁地区天然牧场放养马群脑组织中亨德拉病毒(Hendra Virus,HeV)的核酸片段,调查该地区马群中枢神经系统HeV感染流行状况。方法针对HeV高度保守区核蛋白(N)基因设计特异性引物和探针,采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测中枢神经系统感染样本中低浓度HeV RNA的方法,检测新疆伊犁草原地区天然放养且未接种HeV疫苗的183例马匹脑组织。结果最低特异性检出浓度可低至2.6×102copies/μL,与其他单股负链RNA病毒如同属的尼帕病毒(NiV)无交叉反应,对183例马脑组织进行一步法实时荧光定量RT-PCR检测,未检出阳性样本。结论初步流行病学研究尚未发现我国新疆伊犁地区天然牧场放养马匹中存在HeV感染的证据,提示该地区短时间内爆发亨德拉病毒感染的可能性小。 展开更多
关键词 亨德拉病毒 N基因 一步法荧光定量RT—PCR 新疆伊犁地区
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新疆伊犁地区驴脑组织亨德拉病毒感染情况调查 被引量:1
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作者 冯裕星 胡子成 +9 位作者 徐红波 何丰 孙后超 牟君 展群岭 徐鸣明 张亮 胡永波 李雷雷 谢鹏 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2010年第5期427-430,共4页
目的调查新疆伊犁地区草原放养驴群中亨德拉病毒(Hendra virus,HeV)中枢感染的流行情况。方法采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测病毒核酸片段的方法对采自新疆伊犁地区草原放养、未接种HeV疫苗的65例驴脑组织进行HeV核蛋白(N)基因片段... 目的调查新疆伊犁地区草原放养驴群中亨德拉病毒(Hendra virus,HeV)中枢感染的流行情况。方法采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测病毒核酸片段的方法对采自新疆伊犁地区草原放养、未接种HeV疫苗的65例驴脑组织进行HeV核蛋白(N)基因片段检测。结果65例驴脑组织成功进行一步法实时荧光定量RT-PCR检测,未检出阳性样本。结论目前尚未发现我国新疆伊犁地区放养驴中存在HeV中枢神经感染的证据,提示该地区出现HeV感染流行的可能性不大。 展开更多
关键词 亨德拉病毒 N基因 一步法荧光定量RT-PCR 新疆伊犁地区
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新疆伊犁地区牧羊犬脑内亨德拉病毒感染情况
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作者 王嘉佳 冯裕星 +9 位作者 谢亮 张亮 何丰 孙后超 牟君 展群岭 胡永波 朱丹 李雷雷 谢鹏 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2011年第2期133-136,145,共5页
目的分析新疆伊犁地区草原放养牧羊犬脑内亨德拉病毒(Hendravirus,HeV)的感染情况。方法采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测HeV核蛋白(N)基因片段,并验证该方法的敏感性和特异性。采用该方法对采自新疆伊犁地区草原放养、未接种HeV疫苗的... 目的分析新疆伊犁地区草原放养牧羊犬脑内亨德拉病毒(Hendravirus,HeV)的感染情况。方法采用一步法实时荧光定量RT-PCR检测HeV核蛋白(N)基因片段,并验证该方法的敏感性和特异性。采用该方法对采自新疆伊犁地区草原放养、未接种HeV疫苗的101例牧羊犬脑组织进行HeV N基因片段检测。结果建立的一步法实时荧光定量RT-PCR检测HeV N基因的最低检出浓度为2.6×102 copies/μl;与其他单股负链RNA病毒,如同属且高度同源的尼帕病毒(Nipah virus,NiV)和博尔纳病病毒(Borna disease virus,BDV)等无交叉反应;101份牧羊犬脑组织样本HeV N基因的检测结果均为阴性。结论尚未发现我国新疆伊犁地区天然牧场放养牧羊犬中存在HeV感染的证据,该地区短时间内爆发HeV感染的危险性不大。 展开更多
关键词 亨德拉病毒 一步法荧光定量RT-PCR N基因 新疆伊犁地区 牧羊犬
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